MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tetra-nucleotide Coding Repeats of Yersinia pestis CO92 plasmid pMT1

Total Repeats: 197

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_003134	TCGC	2	8	328	335	0 %	25 %	25 %	50 %	16082782
2	NC_003134	CATT	2	8	382	389	25 %	50 %	0 %	25 %	16082782
3	NC_003134	GCTG	2	8	895	902	0 %	25 %	50 %	25 %	16082782
4	NC_003134	CTCA	2	8	1390	1397	25 %	25 %	0 %	50 %	40787861
5	NC_003134	TCAG	2	8	1641	1648	25 %	25 %	25 %	25 %	40787861
6	NC_003134	CAGA	2	8	1840	1847	50 %	0 %	25 %	25 %	40787861
7	NC_003134	TTTA	2	8	2021	2028	25 %	75 %	0 %	0 %	16082784
8	NC_003134	TGAG	2	8	3064	3071	25 %	25 %	50 %	0 %	40787862
9	NC_003134	GGTT	2	8	3400	3407	0 %	50 %	50 %	0 %	40787862
10	NC_003134	AGCC	2	8	4173	4180	25 %	0 %	25 %	50 %	40787862
11	NC_003134	TCCA	2	8	4258	4265	25 %	25 %	0 %	50 %	40787862
12	NC_003134	CTAT	2	8	4481	4488	25 %	50 %	0 %	25 %	40787862
13	NC_003134	CTTC	2	8	5613	5620	0 %	50 %	0 %	50 %	40787862
14	NC_003134	ACTT	2	8	5867	5874	25 %	50 %	0 %	25 %	40787862
15	NC_003134	TCGT	2	8	5997	6004	0 %	50 %	25 %	25 %	16082787
16	NC_003134	ATTA	2	8	6246	6253	50 %	50 %	0 %	0 %	16082787
17	NC_003134	TTCA	2	8	6566	6573	25 %	50 %	0 %	25 %	16082788
18	NC_003134	GATT	2	8	6666	6673	25 %	50 %	25 %	0 %	16082788
19	NC_003134	CTGC	2	8	7029	7036	0 %	25 %	25 %	50 %	16082788
20	NC_003134	CTGC	2	8	7189	7196	0 %	25 %	25 %	50 %	16082788
21	NC_003134	TGTT	2	8	8550	8557	0 %	75 %	25 %	0 %	16082788
22	NC_003134	CAAC	2	8	8800	8807	50 %	0 %	0 %	50 %	16082788
23	NC_003134	TTGA	2	8	9174	9181	25 %	50 %	25 %	0 %	16082788
24	NC_003134	ACGC	2	8	9380	9387	25 %	0 %	25 %	50 %	16082788
25	NC_003134	AAGG	2	8	9680	9687	50 %	0 %	50 %	0 %	16082788
26	NC_003134	TGCG	2	8	9730	9737	0 %	25 %	50 %	25 %	16082788
27	NC_003134	GACG	2	8	9909	9916	25 %	0 %	50 %	25 %	16082788
28	NC_003134	CAGG	2	8	10266	10273	25 %	0 %	50 %	25 %	16082788
29	NC_003134	ACGA	2	8	10381	10388	50 %	0 %	25 %	25 %	16082788
30	NC_003134	CCAC	2	8	10489	10496	25 %	0 %	0 %	75 %	16082788
31	NC_003134	TGAC	2	8	10846	10853	25 %	25 %	25 %	25 %	16082788
32	NC_003134	CTGC	2	8	11326	11333	0 %	25 %	25 %	50 %	16082789
33	NC_003134	ACCA	2	8	11467	11474	50 %	0 %	0 %	50 %	16082789
34	NC_003134	AACT	2	8	11762	11769	50 %	25 %	0 %	25 %	16082789
35	NC_003134	TGAA	2	8	11939	11946	50 %	25 %	25 %	0 %	16082790
36	NC_003134	TTCG	2	8	12478	12485	0 %	50 %	25 %	25 %	16082790
37	NC_003134	AGAT	2	8	12506	12513	50 %	25 %	25 %	0 %	16082790
38	NC_003134	GCGT	2	8	12620	12627	0 %	25 %	50 %	25 %	16082791
39	NC_003134	AGTC	2	8	13663	13670	25 %	25 %	25 %	25 %	16082792
40	NC_003134	GTTA	2	8	13718	13725	25 %	50 %	25 %	0 %	16082793
41	NC_003134	GTTG	2	8	14421	14428	0 %	50 %	50 %	0 %	16082793
42	NC_003134	TGCC	2	8	14867	14874	0 %	25 %	25 %	50 %	16082793
43	NC_003134	GCCG	2	8	15309	15316	0 %	0 %	50 %	50 %	16082793
44	NC_003134	CTTC	2	8	15338	15345	0 %	50 %	0 %	50 %	16082793
45	NC_003134	AGCC	2	8	16779	16786	25 %	0 %	25 %	50 %	16082793
46	NC_003134	CGAA	2	8	16847	16854	50 %	0 %	25 %	25 %	16082793
47	NC_003134	AAGC	2	8	16880	16887	50 %	0 %	25 %	25 %	16082793
48	NC_003134	CGCA	2	8	17025	17032	25 %	0 %	25 %	50 %	16082793
49	NC_003134	CAAG	2	8	17555	17562	50 %	0 %	25 %	25 %	16082793
50	NC_003134	CGCC	2	8	17608	17615	0 %	0 %	25 %	75 %	16082793
51	NC_003134	CATC	2	8	17729	17736	25 %	25 %	0 %	50 %	16082793
52	NC_003134	CCCG	2	8	18226	18233	0 %	0 %	25 %	75 %	16082793
53	NC_003134	GCGA	2	8	18463	18470	25 %	0 %	50 %	25 %	16082794
54	NC_003134	CGCA	2	8	18496	18503	25 %	0 %	25 %	50 %	16082794
55	NC_003134	CAGT	2	8	18740	18747	25 %	25 %	25 %	25 %	16082795
56	NC_003134	CAGT	2	8	19219	19226	25 %	25 %	25 %	25 %	16082796
57	NC_003134	TCAA	2	8	19895	19902	50 %	25 %	0 %	25 %	16082797
58	NC_003134	AACC	2	8	19948	19955	50 %	0 %	0 %	50 %	16082797
59	NC_003134	TGGC	2	8	20148	20155	0 %	25 %	50 %	25 %	16082797
60	NC_003134	GATA	2	8	20388	20395	50 %	25 %	25 %	0 %	16082798
61	NC_003134	CAGA	2	8	21268	21275	50 %	0 %	25 %	25 %	16082800
62	NC_003134	TGAA	2	8	22861	22868	50 %	25 %	25 %	0 %	16082802
63	NC_003134	ACGG	2	8	22926	22933	25 %	0 %	50 %	25 %	16082802
64	NC_003134	AAGC	2	8	22980	22987	50 %	0 %	25 %	25 %	16082802
65	NC_003134	GCTC	2	8	23008	23015	0 %	25 %	25 %	50 %	16082802
66	NC_003134	GCAG	2	8	23370	23377	25 %	0 %	50 %	25 %	16082803
67	NC_003134	TGCT	2	8	23382	23389	0 %	50 %	25 %	25 %	16082803
68	NC_003134	CGAT	2	8	23987	23994	25 %	25 %	25 %	25 %	16082803
69	NC_003134	GGCT	2	8	24324	24331	0 %	25 %	50 %	25 %	16082804
70	NC_003134	GAAG	2	8	24444	24451	50 %	0 %	50 %	0 %	16082804
71	NC_003134	CATC	2	8	24881	24888	25 %	25 %	0 %	50 %	16082804
72	NC_003134	TAAG	2	8	25028	25035	50 %	25 %	25 %	0 %	16082805
73	NC_003134	GTCA	2	8	25222	25229	25 %	25 %	25 %	25 %	16082805
74	NC_003134	CCAT	2	8	25293	25300	25 %	25 %	0 %	50 %	16082805
75	NC_003134	GATG	2	8	26158	26165	25 %	25 %	50 %	0 %	16082805
76	NC_003134	ATGA	2	8	26269	26276	50 %	25 %	25 %	0 %	16082805
77	NC_003134	CGCC	2	8	26414	26421	0 %	0 %	25 %	75 %	16082805
78	NC_003134	ACTT	2	8	26551	26558	25 %	50 %	0 %	25 %	16082806
79	NC_003134	GTGC	2	8	26871	26878	0 %	25 %	50 %	25 %	16082806
80	NC_003134	CCGA	2	8	28158	28165	25 %	0 %	25 %	50 %	16082807
81	NC_003134	CGCA	2	8	28227	28234	25 %	0 %	25 %	50 %	16082807
82	NC_003134	TTTG	2	8	28898	28905	0 %	75 %	25 %	0 %	16082808
83	NC_003134	ACTC	2	8	29222	29229	25 %	25 %	0 %	50 %	16082809
84	NC_003134	CGGA	2	8	29331	29338	25 %	0 %	50 %	25 %	16082809
85	NC_003134	TGTC	2	8	29810	29817	0 %	50 %	25 %	25 %	16082809
86	NC_003134	GCGG	2	8	30189	30196	0 %	0 %	75 %	25 %	40787863
87	NC_003134	CAGC	2	8	30712	30719	25 %	0 %	25 %	50 %	16082812
88	NC_003134	GCAA	2	8	30795	30802	50 %	0 %	25 %	25 %	16082812
89	NC_003134	CCAG	2	8	31173	31180	25 %	0 %	25 %	50 %	16082812
90	NC_003134	CTCG	2	8	31548	31555	0 %	25 %	25 %	50 %	16082813
91	NC_003134	CTCG	2	8	32568	32575	0 %	25 %	25 %	50 %	16082814
92	NC_003134	AATC	2	8	32610	32617	50 %	25 %	0 %	25 %	16082814
93	NC_003134	AATA	2	8	33575	33582	75 %	25 %	0 %	0 %	16082814
94	NC_003134	CATC	2	8	34225	34232	25 %	25 %	0 %	50 %	16082816
95	NC_003134	AGCA	2	8	35559	35566	50 %	0 %	25 %	25 %	16082818
96	NC_003134	CCAA	2	8	35822	35829	50 %	0 %	0 %	50 %	16082818
97	NC_003134	AATC	2	8	35832	35839	50 %	25 %	0 %	25 %	16082818
98	NC_003134	TAAT	2	8	35962	35969	50 %	50 %	0 %	0 %	16082818
99	NC_003134	AAAG	2	8	36884	36891	75 %	0 %	25 %	0 %	40787864
100	NC_003134	GCCA	2	8	36921	36928	25 %	0 %	25 %	50 %	40787864
101	NC_003134	GGTG	2	8	37533	37540	0 %	25 %	75 %	0 %	40787865
102	NC_003134	TTAC	2	8	38084	38091	25 %	50 %	0 %	25 %	40787866
103	NC_003134	TTGC	2	8	38874	38881	0 %	50 %	25 %	25 %	16082823
104	NC_003134	CTTC	2	8	38933	38940	0 %	50 %	0 %	50 %	16082823
105	NC_003134	CACG	2	8	39009	39016	25 %	0 %	25 %	50 %	16082823
106	NC_003134	ATCA	2	8	39468	39475	50 %	25 %	0 %	25 %	16082824
107	NC_003134	GCGT	2	8	39690	39697	0 %	25 %	50 %	25 %	16082824
108	NC_003134	TGCG	2	8	40054	40061	0 %	25 %	50 %	25 %	16082824
109	NC_003134	CGAG	2	8	41047	41054	25 %	0 %	50 %	25 %	16082825
110	NC_003134	AGCG	2	8	41222	41229	25 %	0 %	50 %	25 %	16082825
111	NC_003134	GCCA	2	8	41266	41273	25 %	0 %	25 %	50 %	16082825
112	NC_003134	TGCG	2	8	41412	41419	0 %	25 %	50 %	25 %	16082825
113	NC_003134	AGCC	2	8	42607	42614	25 %	0 %	25 %	50 %	16082827
114	NC_003134	CCTG	2	8	43847	43854	0 %	25 %	25 %	50 %	16082828
115	NC_003134	GAAA	2	8	44315	44322	75 %	0 %	25 %	0 %	16082828
116	NC_003134	CAAG	2	8	44717	44724	50 %	0 %	25 %	25 %	16082828
117	NC_003134	TCGT	2	8	44960	44967	0 %	50 %	25 %	25 %	16082829
118	NC_003134	TGTT	2	8	45660	45667	0 %	75 %	25 %	0 %	16082830
119	NC_003134	GCGT	2	8	45724	45731	0 %	25 %	50 %	25 %	16082830
120	NC_003134	CAAC	2	8	48333	48340	50 %	0 %	0 %	50 %	16082832
121	NC_003134	CTGG	2	8	49763	49770	0 %	25 %	50 %	25 %	16082837
122	NC_003134	TCAT	2	8	49989	49996	25 %	50 %	0 %	25 %	16082837
123	NC_003134	CCCA	2	8	50459	50466	25 %	0 %	0 %	75 %	16082838
124	NC_003134	TACC	2	8	50487	50494	25 %	25 %	0 %	50 %	16082838
125	NC_003134	TTAC	2	8	50976	50983	25 %	50 %	0 %	25 %	16082838
126	NC_003134	TGAG	2	8	51000	51007	25 %	25 %	50 %	0 %	16082839
127	NC_003134	TCGC	2	8	51306	51313	0 %	25 %	25 %	50 %	16082840
128	NC_003134	AACA	2	8	52640	52647	75 %	0 %	0 %	25 %	16082842
129	NC_003134	TGGG	2	8	52744	52751	0 %	25 %	75 %	0 %	16082842
130	NC_003134	ATCC	2	8	53395	53402	25 %	25 %	0 %	50 %	16082842
131	NC_003134	GGGC	2	8	53415	53422	0 %	0 %	75 %	25 %	16082842
132	NC_003134	CAGC	2	8	53638	53645	25 %	0 %	25 %	50 %	16082843
133	NC_003134	TCAA	2	8	54240	54247	50 %	25 %	0 %	25 %	16082843
134	NC_003134	CAGA	2	8	54283	54290	50 %	0 %	25 %	25 %	16082843
135	NC_003134	GGTT	2	8	54942	54949	0 %	50 %	50 %	0 %	16082844
136	NC_003134	TAAG	2	8	56196	56203	50 %	25 %	25 %	0 %	16082845
137	NC_003134	TCTG	2	8	57374	57381	0 %	50 %	25 %	25 %	16082847
138	NC_003134	CTGA	2	8	57573	57580	25 %	25 %	25 %	25 %	16082847
139	NC_003134	TGAG	2	8	57824	57831	25 %	25 %	50 %	0 %	16082847
140	NC_003134	CAGC	2	8	58319	58326	25 %	0 %	25 %	50 %	16082848
141	NC_003134	GAAT	2	8	58831	58838	50 %	25 %	25 %	0 %	16082848
142	NC_003134	GCGA	2	8	58886	58893	25 %	0 %	50 %	25 %	16082848
143	NC_003134	CAGT	2	8	60976	60983	25 %	25 %	25 %	25 %	16082849
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196	NC_003134	CAGC	2	8	92833	92840	25 %	0 %	25 %	50 %	16082881
197	NC_003134	TCCA	2	8	92935	92942	25 %	25 %	0 %	50 %	16082881

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.