MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tri-nucleotide Repeats of Yersinia pestis CO92 plasmid pPCP1

Total Repeats: 106

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_003132	GCC	2	6	215	220	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	16082680
2	NC_003132	CGC	2	6	229	234	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	16082680
3	NC_003132	CTG	2	6	238	243	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	16082680
4	NC_003132	GAC	2	6	448	453	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	16082680
5	NC_003132	CTT	2	6	605	610	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	16082680
6	NC_003132	TGG	2	6	611	616	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	16082680
7	NC_003132	AGC	2	6	970	975	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	16082680
8	NC_003132	TGA	2	6	1025	1030	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	16082680
9	NC_003132	CAT	2	6	1062	1067	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	16082680
10	NC_003132	TGA	2	6	1107	1112	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	16082680
11	NC_003132	GAA	2	6	1253	1258	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	16082681
12	NC_003132	TCA	2	6	1270	1275	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	16082681
13	NC_003132	CGG	2	6	1314	1319	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	16082681
14	NC_003132	CAG	3	9	1518	1526	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	16082681
15	NC_003132	ACG	2	6	1574	1579	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	16082681
16	NC_003132	TCA	2	6	1611	1616	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	16082681
17	NC_003132	TGA	2	6	1618	1623	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	16082681
18	NC_003132	GAA	2	6	1649	1654	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	16082681
19	NC_003132	TTC	2	6	1664	1669	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	16082681
20	NC_003132	GCA	2	6	1760	1765	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	16082681
21	NC_003132	TGG	2	6	1913	1918	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
22	NC_003132	CGT	2	6	1944	1949	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
23	NC_003132	TGA	2	6	1958	1963	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
24	NC_003132	CAG	2	6	2096	2101	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
25	NC_003132	ACA	2	6	2116	2121	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
26	NC_003132	GAT	2	6	2241	2246	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
27	NC_003132	GTT	2	6	2381	2386	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
28	NC_003132	GTC	2	6	2399	2404	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
29	NC_003132	TGT	2	6	2536	2541	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
30	NC_003132	TAC	2	6	2721	2726	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
31	NC_003132	AAT	2	6	2799	2804	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
32	NC_003132	ACA	3	9	2933	2941	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	16082682
33	NC_003132	CGA	2	6	3017	3022	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	16082682
34	NC_003132	GGC	2	6	3026	3031	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	16082682
35	NC_003132	GAA	2	6	3060	3065	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	16082682
36	NC_003132	GCG	2	6	3408	3413	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
37	NC_003132	GCA	2	6	3878	3883	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
38	NC_003132	GCA	2	6	4076	4081	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
39	NC_003132	AAG	2	6	4108	4113	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
40	NC_003132	CAG	2	6	4155	4160	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
41	NC_003132	ATG	2	6	4167	4172	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
42	NC_003132	TGC	2	6	4188	4193	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
43	NC_003132	ATT	2	6	4309	4314	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
44	NC_003132	ATC	2	6	4393	4398	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	16082683
45	NC_003132	GAT	2	6	4588	4593	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	16082683
46	NC_003132	TAA	2	6	4656	4661	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	16082683
47	NC_003132	TAG	2	6	4725	4730	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	16082683
48	NC_003132	TAT	2	6	4769	4774	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	16082683
49	NC_003132	ATT	2	6	4794	4799	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
50	NC_003132	CAA	2	6	4889	4894	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	16082684
51	NC_003132	TAT	2	6	4895	4900	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	16082684
52	NC_003132	CCT	2	6	5171	5176	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	16082684
53	NC_003132	ATA	2	6	5190	5195	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	16082684
54	NC_003132	CTA	2	6	5314	5319	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	16082684
55	NC_003132	CAA	2	6	5387	5392	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	16082684
56	NC_003132	ACG	2	6	5403	5408	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	16082684
57	NC_003132	TTA	2	6	5482	5487	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	16082684
58	NC_003132	ACC	2	6	5853	5858	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	16082684
59	NC_003132	TAA	2	6	5968	5973	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
60	NC_003132	CGC	2	6	5979	5984	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
61	NC_003132	AAT	2	6	6000	6005	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
62	NC_003132	GCA	2	6	6064	6069	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	16082685
63	NC_003132	CTG	2	6	6168	6173	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	16082685
64	NC_003132	GAA	2	6	6198	6203	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	16082685
65	NC_003132	GAC	2	6	6547	6552	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
66	NC_003132	ATT	2	6	6569	6574	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
67	NC_003132	ATT	2	6	6590	6595	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
68	NC_003132	ATA	2	6	6624	6629	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
69	NC_003132	GAA	2	6	6667	6672	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	16082686
70	NC_003132	GCA	2	6	6722	6727	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	16082686
71	NC_003132	GAA	2	6	6834	6839	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	16082686
72	NC_003132	CAG	2	6	7116	7121	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	16082686
73	NC_003132	GGT	2	6	7157	7162	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	16082686
74	NC_003132	TAA	2	6	7174	7179	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	16082686
75	NC_003132	ATT	2	6	7300	7305	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	16082686
76	NC_003132	ATG	2	6	7338	7343	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	16082686
77	NC_003132	TTA	2	6	7393	7398	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	16082686
78	NC_003132	ATG	2	6	7473	7478	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	16082686
79	NC_003132	AGG	2	6	7486	7491	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	16082686
80	NC_003132	TGC	2	6	7543	7548	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	16082686
81	NC_003132	CGG	2	6	7578	7583	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	16082686
82	NC_003132	TCC	2	6	7631	7636	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
83	NC_003132	GGA	2	6	7645	7650	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
84	NC_003132	AGG	2	6	7662	7667	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
85	NC_003132	TGT	2	6	7737	7742	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
86	NC_003132	GCT	2	6	7903	7908	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	16082687
87	NC_003132	CTG	2	6	7921	7926	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	16082687
88	NC_003132	TTC	2	6	7976	7981	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	16082687
89	NC_003132	CAT	2	6	7985	7990	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	16082687
90	NC_003132	ATC	2	6	8010	8015	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	16082687
91	NC_003132	CGA	2	6	8204	8209	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	16082688
92	NC_003132	TCT	2	6	8381	8386	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	16082688
93	NC_003132	GTC	2	6	8401	8406	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	16082688
94	NC_003132	CAC	2	6	8538	8543	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
95	NC_003132	CAA	2	6	8589	8594	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
96	NC_003132	CCG	2	6	8608	8613	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
97	NC_003132	TGG	2	6	8719	8724	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
98	NC_003132	CAA	2	6	8803	8808	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
99	NC_003132	CAG	2	6	8868	8873	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
100	NC_003132	CAA	2	6	9023	9028	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
101	NC_003132	TGC	2	6	9074	9079	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
102	NC_003132	AAT	2	6	9191	9196	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
103	NC_003132	CCT	2	6	9378	9383	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
104	NC_003132	CCA	2	6	9408	9413	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
105	NC_003132	AGG	2	6	9432	9437	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
106	NC_003132	ATA	2	6	9573	9578	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.