MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Repeats of Yersinia pestis CO92 plasmid pCD1

Total Repeats: 46

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_003131	GTTCG	2	10	427	436	0 %	40 %	40 %	20 %	16082692
2	NC_003131	AAGGT	2	10	776	785	40 %	20 %	40 %	0 %	16082692
3	NC_003131	AGCGC	2	10	1176	1185	20 %	0 %	40 %	40 %	16082693
4	NC_003131	TCAAA	2	10	1814	1823	60 %	20 %	0 %	20 %	16082693
5	NC_003131	TTTTG	2	10	3491	3500	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
6	NC_003131	CAGCC	2	10	6543	6552	20 %	0 %	20 %	60 %	16082702
7	NC_003131	TTTGG	2	10	8019	8028	0 %	60 %	40 %	0 %	16082703
8	NC_003131	GGACC	2	10	9018	9027	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
9	NC_003131	TGTAG	2	10	9061	9070	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
10	NC_003131	ATTAA	2	10	10253	10262	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
11	NC_003131	AACAT	2	10	12375	12384	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
12	NC_003131	GCTTG	2	10	13622	13631	0 %	40 %	40 %	20 %	16082710
13	NC_003131	TTTTA	2	10	19110	19119	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
14	NC_003131	TAAAA	2	10	19249	19258	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
15	NC_003131	GATGC	2	10	20948	20957	20 %	20 %	40 %	20 %	16082717
16	NC_003131	GCCGC	2	10	21191	21200	0 %	0 %	40 %	60 %	16082717
17	NC_003131	CCATC	2	10	25071	25080	20 %	20 %	0 %	60 %	16082722
18	NC_003131	GCATC	2	10	25344	25353	20 %	20 %	20 %	40 %	16082722
19	NC_003131	TTCAC	2	10	32924	32933	20 %	40 %	0 %	40 %	16082733
20	NC_003131	TTGTT	2	10	33233	33242	0 %	80 %	20 %	0 %	16082734
21	NC_003131	GCAGA	2	10	34133	34142	40 %	0 %	40 %	20 %	16082735
22	NC_003131	TAAAT	2	10	35447	35456	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
23	NC_003131	TTTCT	2	10	35618	35627	0 %	80 %	0 %	20 %	16082736
24	NC_003131	CCAAG	2	10	36886	36895	40 %	0 %	20 %	40 %	16082737
25	NC_003131	TTTGG	2	10	38021	38030	0 %	60 %	40 %	0 %	16082740
26	NC_003131	CGTCT	2	10	38077	38086	0 %	40 %	20 %	40 %	16082740
27	NC_003131	CTGAA	2	10	38920	38929	40 %	20 %	20 %	20 %	16082740
28	NC_003131	GTACG	2	10	39238	39247	20 %	20 %	40 %	20 %	16082740
29	NC_003131	CATTC	2	10	40189	40198	20 %	40 %	0 %	40 %	16082741
30	NC_003131	AAAGT	2	10	40398	40407	60 %	20 %	20 %	0 %	16082741
31	NC_003131	ATTGC	2	10	41367	41376	20 %	40 %	20 %	20 %	16082744
32	NC_003131	GAATG	2	10	41608	41617	40 %	20 %	40 %	0 %	16082744
33	NC_003131	CTATA	2	10	48555	48564	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
34	NC_003131	TGGAT	2	10	52563	52572	20 %	40 %	40 %	0 %	16082760
35	NC_003131	GCCAT	2	10	53073	53082	20 %	20 %	20 %	40 %	16082760
36	NC_003131	TGGCT	2	10	53336	53345	0 %	40 %	40 %	20 %	16082760
37	NC_003131	CGGGG	3	15	55733	55747	0 %	0 %	80 %	20 %	Non-Coding
38	NC_003131	AAAAG	2	10	55981	55990	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
39	NC_003131	AGCGC	2	10	56782	56791	20 %	0 %	40 %	40 %	16082764
40	NC_003131	TCGCC	2	10	57290	57299	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
41	NC_003131	ATTAA	2	10	59296	59305	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
42	NC_003131	AATCG	2	10	62079	62088	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
43	NC_003131	CCTCA	2	10	62161	62170	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
44	NC_003131	CTGTA	2	10	62356	62365	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
45	NC_003131	GCTAA	2	10	65726	65735	40 %	20 %	20 %	20 %	16082774
46	NC_003131	ACCTT	2	10	69865	69874	20 %	40 %	0 %	40 %	16082780

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.