MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tetra-nucleotide Coding Repeats of Yersinia pestis CO92 plasmid pCD1

Total Repeats: 119

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_003131	TCGC	2	8	329	336	0 %	25 %	25 %	50 %	16082692
2	NC_003131	CATT	2	8	383	390	25 %	50 %	0 %	25 %	16082692
3	NC_003131	GCTG	2	8	896	903	0 %	25 %	50 %	25 %	16082692
4	NC_003131	CTCA	2	8	1391	1398	25 %	25 %	0 %	50 %	16082693
5	NC_003131	TCAG	2	8	1642	1649	25 %	25 %	25 %	25 %	16082693
6	NC_003131	CAGA	2	8	1841	1848	50 %	0 %	25 %	25 %	16082693
7	NC_003131	TAAG	2	8	3214	3221	50 %	25 %	25 %	0 %	16082696
8	NC_003131	ATTT	2	8	3614	3621	25 %	75 %	0 %	0 %	16082697
9	NC_003131	AGCC	2	8	3764	3771	25 %	0 %	25 %	50 %	16082697
10	NC_003131	GCAG	2	8	4196	4203	25 %	0 %	50 %	25 %	16082697
11	NC_003131	AGAA	2	8	6275	6282	75 %	0 %	25 %	0 %	16082702
12	NC_003131	ACCA	2	8	6735	6742	50 %	0 %	0 %	50 %	16082702
13	NC_003131	TTCC	2	8	6988	6995	0 %	50 %	0 %	50 %	16082702
14	NC_003131	AAGC	2	8	7043	7050	50 %	0 %	25 %	25 %	16082702
15	NC_003131	AATT	2	8	7115	7122	50 %	50 %	0 %	0 %	16082702
16	NC_003131	GTCA	2	8	7316	7323	25 %	25 %	25 %	25 %	16082703
17	NC_003131	TCCA	2	8	7377	7384	25 %	25 %	0 %	50 %	16082703
18	NC_003131	GACT	2	8	7389	7396	25 %	25 %	25 %	25 %	16082703
19	NC_003131	GACT	2	8	7631	7638	25 %	25 %	25 %	25 %	16082703
20	NC_003131	ATCA	2	8	7898	7905	50 %	25 %	0 %	25 %	16082703
21	NC_003131	CCAT	2	8	7930	7937	25 %	25 %	0 %	50 %	16082703
22	NC_003131	TGGA	2	8	8070	8077	25 %	25 %	50 %	0 %	16082703
23	NC_003131	GCCA	2	8	9703	9710	25 %	0 %	25 %	50 %	16082705
24	NC_003131	CTGC	2	8	9952	9959	0 %	25 %	25 %	50 %	16082706
25	NC_003131	AACA	2	8	11966	11973	75 %	0 %	0 %	25 %	16082708
26	NC_003131	TATT	2	8	12032	12039	25 %	75 %	0 %	0 %	16082708
27	NC_003131	GGCG	2	8	13096	13103	0 %	0 %	75 %	25 %	16082709
28	NC_003131	CCAA	2	8	13758	13765	50 %	0 %	0 %	50 %	16082710
29	NC_003131	TTTG	2	8	13772	13779	0 %	75 %	25 %	0 %	16082710
30	NC_003131	TAAA	2	8	14859	14866	75 %	25 %	0 %	0 %	16082712
31	NC_003131	TCAA	2	8	19349	19356	50 %	25 %	0 %	25 %	16082716
32	NC_003131	CTGT	2	8	20189	20196	0 %	50 %	25 %	25 %	16082716
33	NC_003131	GCTT	2	8	20432	20439	0 %	50 %	25 %	25 %	16082717
34	NC_003131	AGCC	2	8	20930	20937	25 %	0 %	25 %	50 %	16082717
35	NC_003131	CTTG	2	8	20970	20977	0 %	50 %	25 %	25 %	16082717
36	NC_003131	AAGC	2	8	21135	21142	50 %	0 %	25 %	25 %	16082717
37	NC_003131	TGGC	2	8	21254	21261	0 %	25 %	50 %	25 %	16082717
38	NC_003131	AGGA	2	8	21867	21874	50 %	0 %	50 %	0 %	16082718
39	NC_003131	TGAA	2	8	21987	21994	50 %	25 %	25 %	0 %	16082719
40	NC_003131	GTTG	2	8	22636	22643	0 %	50 %	50 %	0 %	16082719
41	NC_003131	GAGC	2	8	23365	23372	25 %	0 %	50 %	25 %	16082721
42	NC_003131	TAAT	2	8	24198	24205	50 %	50 %	0 %	0 %	16082722
43	NC_003131	CACG	2	8	24456	24463	25 %	0 %	25 %	50 %	16082722
44	NC_003131	ATCA	2	8	24670	24677	50 %	25 %	0 %	25 %	16082722
45	NC_003131	CTTT	2	8	25250	25257	0 %	75 %	0 %	25 %	16082722
46	NC_003131	AACC	2	8	26073	26080	50 %	0 %	0 %	50 %	16082723
47	NC_003131	GACT	2	8	26219	26226	25 %	25 %	25 %	25 %	16082724
48	NC_003131	GCTT	2	8	26331	26338	0 %	50 %	25 %	25 %	16082724
49	NC_003131	ACTC	2	8	26856	26863	25 %	25 %	0 %	50 %	16082725
50	NC_003131	ATCG	2	8	26893	26900	25 %	25 %	25 %	25 %	16082726
51	NC_003131	TCAC	2	8	27171	27178	25 %	25 %	0 %	50 %	16082727
52	NC_003131	GGTA	2	8	27382	27389	25 %	25 %	50 %	0 %	16082727
53	NC_003131	TCAC	2	8	27675	27682	25 %	25 %	0 %	50 %	16082727
54	NC_003131	GTAG	2	8	28231	28238	25 %	25 %	50 %	0 %	16082728
55	NC_003131	TTAC	2	8	28329	28336	25 %	50 %	0 %	25 %	16082728
56	NC_003131	GGGT	2	8	28478	28485	0 %	25 %	75 %	0 %	16082728
57	NC_003131	TGCT	2	8	28718	28725	0 %	50 %	25 %	25 %	16082728
58	NC_003131	GCTT	2	8	29574	29581	0 %	50 %	25 %	25 %	16082729
59	NC_003131	GCAG	2	8	29582	29589	25 %	0 %	50 %	25 %	16082729
60	NC_003131	TGCG	2	8	30168	30175	0 %	25 %	50 %	25 %	16082730
61	NC_003131	GGAA	2	8	30206	30213	50 %	0 %	50 %	0 %	16082730
62	NC_003131	AAAT	2	8	31959	31966	75 %	25 %	0 %	0 %	16082731
63	NC_003131	GTGA	2	8	32691	32698	25 %	25 %	50 %	0 %	16082732
64	NC_003131	AACC	2	8	33339	33346	50 %	0 %	0 %	50 %	16082734
65	NC_003131	ATTG	2	8	33410	33417	25 %	50 %	25 %	0 %	16082734
66	NC_003131	ACCC	2	8	33976	33983	25 %	0 %	0 %	75 %	16082735
67	NC_003131	ACCT	2	8	35789	35796	25 %	25 %	0 %	50 %	16082736
68	NC_003131	TTGC	2	8	36541	36548	0 %	50 %	25 %	25 %	16082737
69	NC_003131	AGCG	2	8	36751	36758	25 %	0 %	50 %	25 %	16082737
70	NC_003131	AGTC	2	8	36838	36845	25 %	25 %	25 %	25 %	16082737
71	NC_003131	TGGC	2	8	38162	38169	0 %	25 %	50 %	25 %	16082740
72	NC_003131	AGCG	2	8	38327	38334	25 %	0 %	50 %	25 %	16082740
73	NC_003131	TGAT	2	8	38752	38759	25 %	50 %	25 %	0 %	16082740
74	NC_003131	TGAT	2	8	38869	38876	25 %	50 %	25 %	0 %	16082740
75	NC_003131	TCGC	2	8	39094	39101	0 %	25 %	25 %	50 %	16082740
76	NC_003131	TTCT	2	8	39675	39682	0 %	75 %	0 %	25 %	16082741
77	NC_003131	TTCT	2	8	39951	39958	0 %	75 %	0 %	25 %	16082741
78	NC_003131	ACTA	2	8	40896	40903	50 %	25 %	0 %	25 %	16082742
79	NC_003131	AAAT	2	8	41020	41027	75 %	25 %	0 %	0 %	16082742
80	NC_003131	CAAA	2	8	41114	41121	75 %	0 %	0 %	25 %	16082743
81	NC_003131	AAAT	2	8	41476	41483	75 %	25 %	0 %	0 %	16082744
82	NC_003131	TTAT	2	8	42027	42034	25 %	75 %	0 %	0 %	16082745
83	NC_003131	GCTG	2	8	42339	42346	0 %	25 %	50 %	25 %	16082746
84	NC_003131	GAAG	2	8	42573	42580	50 %	0 %	50 %	0 %	16082747
85	NC_003131	AGTG	2	8	43113	43120	25 %	25 %	50 %	0 %	16082747
86	NC_003131	CACT	2	8	43601	43608	25 %	25 %	0 %	50 %	16082748
87	NC_003131	GGCT	2	8	43660	43667	0 %	25 %	50 %	25 %	16082748
88	NC_003131	CAGG	2	8	44249	44256	25 %	0 %	50 %	25 %	16082749
89	NC_003131	AGGT	2	8	44367	44374	25 %	25 %	50 %	0 %	16082749
90	NC_003131	TGTC	2	8	45658	45665	0 %	50 %	25 %	25 %	16082751
91	NC_003131	TGGA	2	8	46579	46586	25 %	25 %	50 %	0 %	16082753
92	NC_003131	TCAT	2	8	47267	47274	25 %	50 %	0 %	25 %	16082755
93	NC_003131	CATA	2	8	47379	47386	50 %	25 %	0 %	25 %	16082755
94	NC_003131	GTAA	2	8	47874	47881	50 %	25 %	25 %	0 %	16082755
95	NC_003131	ATCC	2	8	50951	50958	25 %	25 %	0 %	50 %	16082759
96	NC_003131	ATTT	2	8	51051	51058	25 %	75 %	0 %	0 %	16082759
97	NC_003131	ATTT	2	8	51076	51083	25 %	75 %	0 %	0 %	16082759
98	NC_003131	CATC	2	8	53026	53033	25 %	25 %	0 %	50 %	16082760
99	NC_003131	CATC	2	8	56575	56582	25 %	25 %	0 %	50 %	16082764
100	NC_003131	GGTA	2	8	56752	56759	25 %	25 %	50 %	0 %	16082764
101	NC_003131	TCTG	2	8	57521	57528	0 %	50 %	25 %	25 %	16082766
102	NC_003131	TGAA	2	8	57581	57588	50 %	25 %	25 %	0 %	16082766
103	NC_003131	ACGT	2	8	62844	62851	25 %	25 %	25 %	25 %	16082773
104	NC_003131	AGCC	2	8	63289	63296	25 %	0 %	25 %	50 %	16082773
105	NC_003131	TGTC	2	8	63570	63577	0 %	50 %	25 %	25 %	16082773
106	NC_003131	AATG	2	8	64599	64606	50 %	25 %	25 %	0 %	16082773
107	NC_003131	AGGG	2	8	65462	65469	25 %	0 %	75 %	0 %	16082774
108	NC_003131	GAAA	2	8	66191	66198	75 %	0 %	25 %	0 %	40548798
109	NC_003131	ATTT	2	8	66534	66541	25 %	75 %	0 %	0 %	16082775
110	NC_003131	GGCT	2	8	67411	67418	0 %	25 %	50 %	25 %	16082777
111	NC_003131	GCAC	2	8	67512	67519	25 %	0 %	25 %	50 %	16082777
112	NC_003131	GGTC	2	8	67647	67654	0 %	25 %	50 %	25 %	16082777
113	NC_003131	CAGA	2	8	67732	67739	50 %	0 %	25 %	25 %	16082777
114	NC_003131	TCTT	2	8	68222	68229	0 %	75 %	0 %	25 %	16082778
115	NC_003131	AAGA	2	8	68244	68251	75 %	0 %	25 %	0 %	16082778
116	NC_003131	CGAT	2	8	69134	69141	25 %	25 %	25 %	25 %	16082779
117	NC_003131	GCCA	2	8	69467	69474	25 %	0 %	25 %	50 %	16082780
118	NC_003131	GCGG	2	8	69890	69897	0 %	0 %	75 %	25 %	16082780
119	NC_003131	CGCC	2	8	70285	70292	0 %	0 %	25 %	75 %	16082780

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.