MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Di-nucleotide Repeats of Yersinia pestis CO92 plasmid pCD1

Total Repeats: 125

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_003131	TC	4	8	394	401	0 %	50 %	0 %	50 %	16082692
2	NC_003131	CG	3	6	623	628	0 %	0 %	50 %	50 %	16082692
3	NC_003131	TC	3	6	737	742	0 %	50 %	0 %	50 %	16082692
4	NC_003131	CT	3	6	2190	2195	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
5	NC_003131	CG	3	6	2658	2663	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
6	NC_003131	TA	3	6	3094	3099	50 %	50 %	0 %	0 %	16082696
7	NC_003131	AT	3	6	3187	3192	50 %	50 %	0 %	0 %	16082696
8	NC_003131	AT	3	6	3202	3207	50 %	50 %	0 %	0 %	16082696
9	NC_003131	TC	3	6	4383	4388	0 %	50 %	0 %	50 %	16082698
10	NC_003131	TA	3	6	4483	4488	50 %	50 %	0 %	0 %	16082698
11	NC_003131	TA	3	6	4490	4495	50 %	50 %	0 %	0 %	16082698
12	NC_003131	AT	3	6	4846	4851	50 %	50 %	0 %	0 %	40548796
13	NC_003131	AT	3	6	5010	5015	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
14	NC_003131	GT	3	6	5241	5246	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
15	NC_003131	AC	3	6	5327	5332	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
16	NC_003131	TC	3	6	6354	6359	0 %	50 %	0 %	50 %	16082702
17	NC_003131	GA	4	8	6581	6588	50 %	0 %	50 %	0 %	16082702
18	NC_003131	AT	3	6	8401	8406	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
19	NC_003131	AT	3	6	8599	8604	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
20	NC_003131	AC	3	6	9438	9443	50 %	0 %	0 %	50 %	16082705
21	NC_003131	AT	3	6	9553	9558	50 %	50 %	0 %	0 %	16082705
22	NC_003131	CA	3	6	9565	9570	50 %	0 %	0 %	50 %	16082705
23	NC_003131	TG	3	6	10462	10467	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
24	NC_003131	AG	3	6	11701	11706	50 %	0 %	50 %	0 %	16082708
25	NC_003131	AT	3	6	12299	12304	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
26	NC_003131	AT	3	6	12554	12559	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
27	NC_003131	GA	3	6	12915	12920	50 %	0 %	50 %	0 %	16082709
28	NC_003131	TC	3	6	13359	13364	0 %	50 %	0 %	50 %	16082709
29	NC_003131	TA	3	6	14064	14069	50 %	50 %	0 %	0 %	16082711
30	NC_003131	TA	4	8	14280	14287	50 %	50 %	0 %	0 %	16082711
31	NC_003131	AT	3	6	15469	15474	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
32	NC_003131	AT	3	6	15567	15572	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
33	NC_003131	CT	3	6	16453	16458	0 %	50 %	0 %	50 %	16082715
34	NC_003131	CT	3	6	17282	17287	0 %	50 %	0 %	50 %	16082715
35	NC_003131	TA	3	6	17637	17642	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
36	NC_003131	TA	3	6	17645	17650	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
37	NC_003131	TA	3	6	19214	19219	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
38	NC_003131	CT	3	6	19636	19641	0 %	50 %	0 %	50 %	16082716
39	NC_003131	CA	3	6	21731	21736	50 %	0 %	0 %	50 %	16082718
40	NC_003131	AG	3	6	21798	21803	50 %	0 %	50 %	0 %	16082718
41	NC_003131	CA	3	6	23102	23107	50 %	0 %	0 %	50 %	16082720
42	NC_003131	GA	3	6	23384	23389	50 %	0 %	50 %	0 %	16082721
43	NC_003131	AT	3	6	23985	23990	50 %	50 %	0 %	0 %	16082722
44	NC_003131	AT	3	6	24041	24046	50 %	50 %	0 %	0 %	16082722
45	NC_003131	GA	3	6	24321	24326	50 %	0 %	50 %	0 %	16082722
46	NC_003131	AT	3	6	25164	25169	50 %	50 %	0 %	0 %	16082722
47	NC_003131	CG	3	6	25267	25272	0 %	0 %	50 %	50 %	16082722
48	NC_003131	AG	3	6	25355	25360	50 %	0 %	50 %	0 %	16082722
49	NC_003131	GC	3	6	26043	26048	0 %	0 %	50 %	50 %	16082723
50	NC_003131	CT	3	6	29111	29116	0 %	50 %	0 %	50 %	16082728
51	NC_003131	AG	3	6	30340	30345	50 %	0 %	50 %	0 %	16082730
52	NC_003131	CG	3	6	30900	30905	0 %	0 %	50 %	50 %	16082730
53	NC_003131	GC	3	6	30985	30990	0 %	0 %	50 %	50 %	16082730
54	NC_003131	CA	3	6	32083	32088	50 %	0 %	0 %	50 %	16082731
55	NC_003131	CT	3	6	33594	33599	0 %	50 %	0 %	50 %	16082734
56	NC_003131	GC	3	6	34001	34006	0 %	0 %	50 %	50 %	16082735
57	NC_003131	AT	3	6	34579	34584	50 %	50 %	0 %	0 %	16082735
58	NC_003131	AT	3	6	35197	35202	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
59	NC_003131	AT	3	6	35219	35224	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
60	NC_003131	TG	3	6	35567	35572	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
61	NC_003131	CA	3	6	35711	35716	50 %	0 %	0 %	50 %	16082736
62	NC_003131	CT	3	6	35863	35868	0 %	50 %	0 %	50 %	16082736
63	NC_003131	AT	3	6	36072	36077	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
64	NC_003131	TA	3	6	36188	36193	50 %	50 %	0 %	0 %	16082737
65	NC_003131	TC	3	6	36573	36578	0 %	50 %	0 %	50 %	16082737
66	NC_003131	TA	4	8	37307	37314	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
67	NC_003131	GT	3	6	39539	39544	0 %	50 %	50 %	0 %	16082740
68	NC_003131	CG	3	6	39803	39808	0 %	0 %	50 %	50 %	16082741
69	NC_003131	AG	3	6	40958	40963	50 %	0 %	50 %	0 %	16082742
70	NC_003131	AC	3	6	42330	42335	50 %	0 %	0 %	50 %	16082746
71	NC_003131	AG	3	6	43634	43639	50 %	0 %	50 %	0 %	16082748
72	NC_003131	TC	3	6	43861	43866	0 %	50 %	0 %	50 %	16082749
73	NC_003131	GC	3	6	43891	43896	0 %	0 %	50 %	50 %	16082749
74	NC_003131	AT	3	6	44474	44479	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
75	NC_003131	TA	3	6	45039	45044	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
76	NC_003131	GA	3	6	45216	45221	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
77	NC_003131	AT	3	6	45558	45563	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
78	NC_003131	CT	3	6	45793	45798	0 %	50 %	0 %	50 %	16082751
79	NC_003131	GC	4	8	47945	47952	0 %	0 %	50 %	50 %	16082755
80	NC_003131	GT	3	6	48023	48028	0 %	50 %	50 %	0 %	16082755
81	NC_003131	CT	3	6	48379	48384	0 %	50 %	0 %	50 %	16082755
82	NC_003131	CT	3	6	48470	48475	0 %	50 %	0 %	50 %	16082755
83	NC_003131	AT	3	6	48690	48695	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
84	NC_003131	TC	4	8	50515	50522	0 %	50 %	0 %	50 %	16082759
85	NC_003131	AT	3	6	50960	50965	50 %	50 %	0 %	0 %	16082759
86	NC_003131	TA	4	8	51356	51363	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
87	NC_003131	AT	3	6	51442	51447	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
88	NC_003131	TC	3	6	51537	51542	0 %	50 %	0 %	50 %	16082760
89	NC_003131	GC	3	6	51978	51983	0 %	0 %	50 %	50 %	16082760
90	NC_003131	GT	3	6	52010	52015	0 %	50 %	50 %	0 %	16082760
91	NC_003131	GT	3	6	52996	53001	0 %	50 %	50 %	0 %	16082760
92	NC_003131	GT	3	6	53419	53424	0 %	50 %	50 %	0 %	16082760
93	NC_003131	AG	3	6	53494	53499	50 %	0 %	50 %	0 %	16082760
94	NC_003131	GC	3	6	53931	53936	0 %	0 %	50 %	50 %	16082761
95	NC_003131	CA	3	6	54038	54043	50 %	0 %	0 %	50 %	16082761
96	NC_003131	CA	3	6	54126	54131	50 %	0 %	0 %	50 %	16082761
97	NC_003131	AT	3	6	54188	54193	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
98	NC_003131	GT	3	6	54459	54464	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
99	NC_003131	GC	3	6	55770	55775	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
100	NC_003131	GC	3	6	56480	56485	0 %	0 %	50 %	50 %	16082764
101	NC_003131	CG	3	6	56985	56990	0 %	0 %	50 %	50 %	16082764
102	NC_003131	TG	3	6	57129	57134	0 %	50 %	50 %	0 %	16082764
103	NC_003131	TC	3	6	57494	57499	0 %	50 %	0 %	50 %	16082766
104	NC_003131	GT	3	6	58201	58206	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
105	NC_003131	GT	3	6	58358	58363	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
106	NC_003131	AT	3	6	58596	58601	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
107	NC_003131	CA	3	6	58608	58613	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
108	NC_003131	CG	3	6	59839	59844	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
109	NC_003131	GA	3	6	60393	60398	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
110	NC_003131	TC	3	6	61218	61223	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
111	NC_003131	AT	3	6	61933	61938	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
112	NC_003131	AT	3	6	62055	62060	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
113	NC_003131	TA	3	6	62343	62348	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
114	NC_003131	TG	3	6	62702	62707	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
115	NC_003131	TC	3	6	63180	63185	0 %	50 %	0 %	50 %	16082773
116	NC_003131	AC	3	6	65236	65241	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
117	NC_003131	TG	3	6	65257	65262	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
118	NC_003131	CG	3	6	65347	65352	0 %	0 %	50 %	50 %	16082774
119	NC_003131	GT	3	6	65589	65594	0 %	50 %	50 %	0 %	16082774
120	NC_003131	GA	3	6	65716	65721	50 %	0 %	50 %	0 %	16082774
121	NC_003131	TA	3	6	66120	66125	50 %	50 %	0 %	0 %	40548798
122	NC_003131	AC	3	6	66489	66494	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
123	NC_003131	GA	3	6	67404	67409	50 %	0 %	50 %	0 %	16082777
124	NC_003131	TC	3	6	68649	68654	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
125	NC_003131	GT	3	6	70063	70068	0 %	50 %	50 %	0 %	16082780

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.