MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Non-Coding Repeats of Rickettsia conorii str. Malish 7

Total Repeats: 110

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_003103	AGAACA	2	12	15178	15189	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
2	NC_003103	AGAAAA	2	12	23328	23339	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
3	NC_003103	CAAATA	2	12	24119	24130	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
4	NC_003103	TAAAGT	2	12	24282	24293	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
5	NC_003103	TTTAGG	2	12	25676	25687	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
6	NC_003103	AAGAAA	2	12	36078	36089	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
7	NC_003103	ATCTTT	2	12	38476	38487	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
8	NC_003103	GCGGGA	2	12	52604	52615	16.67 %	0 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
9	NC_003103	ATAAAA	2	12	65756	65767	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
10	NC_003103	TATTAA	2	12	84198	84209	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
11	NC_003103	TTTTAA	2	12	90131	90142	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
12	NC_003103	TAAAAA	2	12	92863	92874	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
13	NC_003103	CTCAAT	2	12	119553	119564	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
14	NC_003103	TATTTT	2	12	127775	127786	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
15	NC_003103	TTTTAA	2	12	167497	167508	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
16	NC_003103	AATTTA	2	12	171252	171263	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
17	NC_003103	TATTTA	2	12	207976	207987	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
18	NC_003103	AAATTA	2	12	215519	215530	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
19	NC_003103	AAATTA	2	12	218244	218255	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
20	NC_003103	TATTTT	2	12	251966	251977	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
21	NC_003103	TAATTA	2	12	252891	252902	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
22	NC_003103	AAATAA	2	12	260397	260408	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
23	NC_003103	AAAATG	2	12	260463	260474	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
24	NC_003103	ATTGCA	2	12	273081	273092	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
25	NC_003103	ATTAAA	2	12	279478	279489	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
26	NC_003103	TAAAAT	2	12	281566	281577	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
27	NC_003103	CCTGAA	2	12	283193	283204	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
28	NC_003103	TATTGT	2	12	291986	291997	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
29	NC_003103	CAGAAA	2	12	329329	329340	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
30	NC_003103	AATATT	2	12	340738	340749	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
31	NC_003103	GCTATA	2	12	364351	364362	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
32	NC_003103	ATTTAT	2	12	368971	368982	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
33	NC_003103	ATAAAA	2	12	370745	370756	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
34	NC_003103	CAGTTT	2	12	371829	371840	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
35	NC_003103	TTTTAC	2	12	372894	372905	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
36	NC_003103	ATATAA	2	12	375713	375724	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
37	NC_003103	TATTGT	2	12	385228	385239	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
38	NC_003103	TAAAAT	2	12	386896	386907	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
39	NC_003103	AAATTA	2	12	386919	386930	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
40	NC_003103	AAGCAA	2	12	420485	420496	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
41	NC_003103	AATTCT	2	12	445120	445131	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
42	NC_003103	TGTAGG	2	12	464453	464464	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	Non-Coding
43	NC_003103	TTGGCG	2	12	492467	492478	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
44	NC_003103	AAATTT	2	12	492515	492526	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
45	NC_003103	GATAAT	2	12	519844	519855	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
46	NC_003103	TTAATT	2	12	521871	521882	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
47	NC_003103	TTTCAT	2	12	527068	527079	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
48	NC_003103	TAGTTT	2	12	546812	546823	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
49	NC_003103	TATTAA	2	12	550255	550266	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
50	NC_003103	ATTTTA	2	12	551045	551056	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
51	NC_003103	CTATAT	2	12	560647	560658	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
52	NC_003103	CATATT	2	12	561174	561185	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
53	NC_003103	TGCTTG	2	12	561300	561311	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
54	NC_003103	TATCAA	2	12	561601	561612	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
55	NC_003103	CAAAAA	2	12	567207	567218	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
56	NC_003103	AATATA	2	12	581174	581185	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
57	NC_003103	GCTTGT	2	12	595189	595200	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
58	NC_003103	ACAAAA	2	12	603577	603588	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
59	NC_003103	ATCTTT	2	12	623914	623925	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
60	NC_003103	TGAAAA	2	12	662284	662295	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
61	NC_003103	TTGAAG	2	12	718560	718571	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
62	NC_003103	GTTCAG	2	12	720256	720267	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
63	NC_003103	GTTTTA	2	12	733110	733121	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
64	NC_003103	ATATTT	2	12	749020	749031	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
65	NC_003103	CTACTC	2	12	759419	759430	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	Non-Coding
66	NC_003103	TATTTT	2	12	764914	764925	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
67	NC_003103	ATCGTC	2	12	797705	797716	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
68	NC_003103	TATTTT	2	12	839412	839423	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
69	NC_003103	TTAATA	2	12	846318	846329	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
70	NC_003103	ATTTAA	2	12	855406	855417	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
71	NC_003103	TATTAA	2	12	857068	857079	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
72	NC_003103	GATATA	2	12	864516	864527	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
73	NC_003103	TCTGAC	2	12	874666	874677	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
74	NC_003103	AACATC	2	12	874924	874935	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
75	NC_003103	AATATT	2	12	889519	889530	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
76	NC_003103	TTCAAA	2	12	912169	912180	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
77	NC_003103	TAGCAC	2	12	919247	919258	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
78	NC_003103	TTTATC	2	12	941377	941388	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
79	NC_003103	CCGATA	2	12	942231	942242	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
80	NC_003103	ACAAAA	2	12	946761	946772	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
81	NC_003103	TAATTT	2	12	959337	959348	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
82	NC_003103	TTTAAA	2	12	975193	975204	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
83	NC_003103	ATTAGG	2	12	981406	981417	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
84	NC_003103	AATTAT	2	12	984262	984273	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
85	NC_003103	CATTGT	2	12	986018	986029	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
86	NC_003103	CATATT	2	12	991155	991166	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
87	NC_003103	AATTTA	2	12	1005551	1005562	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
88	NC_003103	GTTTTT	2	12	1023375	1023386	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
89	NC_003103	TTAATA	2	12	1024930	1024941	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
90	NC_003103	CAAGAA	2	12	1025032	1025043	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
91	NC_003103	AACAAT	2	12	1028331	1028342	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
92	NC_003103	CTTTAT	2	12	1028594	1028605	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
93	NC_003103	AAAAAT	2	12	1037001	1037012	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
94	NC_003103	TTAAAT	2	12	1037147	1037158	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
95	NC_003103	TTAGTT	2	12	1039007	1039018	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
96	NC_003103	TAGTGA	2	12	1039805	1039816	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
97	NC_003103	TTCTAA	2	12	1045644	1045655	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
98	NC_003103	TTTTTG	2	12	1053271	1053282	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
99	NC_003103	CTTTTA	2	12	1069152	1069163	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
100	NC_003103	AGCTTA	2	12	1081128	1081139	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
101	NC_003103	AACACC	2	12	1099330	1099341	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
102	NC_003103	TCTAGT	2	12	1103381	1103392	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
103	NC_003103	GTTCTT	2	12	1155981	1155992	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
104	NC_003103	GCCTGT	2	12	1161386	1161397	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
105	NC_003103	TATAAA	2	12	1184649	1184660	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
106	NC_003103	CCTAAT	2	12	1208753	1208764	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
107	NC_003103	TCATTG	2	12	1210195	1210206	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
108	NC_003103	TTTATC	2	12	1244773	1244784	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
109	NC_003103	ATAAAA	2	12	1253410	1253421	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
110	NC_003103	AAAAGA	2	12	1260681	1260692	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.