MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Non-Coding Repeats of Rickettsia conorii str. Malish 7

Total Repeats: 260

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_003103	AATTA	2	10	9393	9402	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
2	NC_003103	CGCTC	2	10	9745	9754	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
3	NC_003103	TTTAA	2	10	17273	17282	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
4	NC_003103	TATAA	2	10	23204	23213	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
5	NC_003103	AAATA	2	10	25271	25280	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
6	NC_003103	TGCTA	2	10	29632	29641	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
7	NC_003103	AAGTG	2	10	32172	32181	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
8	NC_003103	ATTTT	2	10	32184	32193	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
9	NC_003103	TTAGT	2	10	36476	36485	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
10	NC_003103	CTTTT	2	10	38518	38527	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
11	NC_003103	TTATT	2	10	38924	38933	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
12	NC_003103	TTTTA	2	10	39028	39037	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
13	NC_003103	TAAGT	2	10	42290	42299	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
14	NC_003103	TTTAA	2	10	47030	47039	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
15	NC_003103	ATTAT	2	10	55720	55729	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
16	NC_003103	TAAAT	2	10	67026	67035	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
17	NC_003103	GATTA	2	10	71397	71406	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
18	NC_003103	ATACA	2	10	81204	81213	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
19	NC_003103	TATAA	2	10	94560	94569	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
20	NC_003103	TTGTA	2	10	94700	94709	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
21	NC_003103	AATTA	2	10	96008	96017	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
22	NC_003103	TAATA	2	10	104736	104745	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
23	NC_003103	ATTTT	2	10	104983	104992	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
24	NC_003103	TTAAA	2	10	124783	124792	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
25	NC_003103	TATTT	2	10	127097	127106	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
26	NC_003103	TGGTT	2	10	130013	130022	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
27	NC_003103	AAAGA	2	10	152152	152161	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
28	NC_003103	TAATT	2	10	152201	152210	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
29	NC_003103	AAATC	2	10	178754	178763	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
30	NC_003103	TTTAA	2	10	178822	178831	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
31	NC_003103	GAGAG	2	10	179039	179048	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
32	NC_003103	CGCTC	2	10	187745	187754	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
33	NC_003103	AAGAG	2	10	191991	192000	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
34	NC_003103	AATTA	2	10	207833	207842	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
35	NC_003103	TAAAT	2	10	207850	207859	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
36	NC_003103	TAAAA	2	10	207885	207894	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
37	NC_003103	AGACA	2	10	207947	207956	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
38	NC_003103	ATTAT	2	10	208905	208914	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
39	NC_003103	ATTTA	2	10	211392	211401	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
40	NC_003103	AAATT	2	10	212944	212953	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
41	NC_003103	TTTCT	2	10	212959	212968	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
42	NC_003103	GTCAA	2	10	215425	215434	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
43	NC_003103	TAATA	2	10	221924	221933	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
44	NC_003103	ATTTA	2	10	223500	223509	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
45	NC_003103	TAAAT	2	10	223569	223578	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
46	NC_003103	TATAT	2	10	224939	224948	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
47	NC_003103	AAACT	2	10	229251	229260	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
48	NC_003103	TCGCT	2	10	242723	242732	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
49	NC_003103	GACAA	2	10	252025	252034	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
50	NC_003103	CTACA	2	10	253876	253885	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
51	NC_003103	AAGGA	2	10	261239	261248	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
52	NC_003103	CGAAG	2	10	283799	283808	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
53	NC_003103	ATCCC	2	10	284863	284872	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
54	NC_003103	TGCAA	2	10	284948	284957	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
55	NC_003103	TAATA	2	10	288490	288499	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
56	NC_003103	ATTTA	2	10	291481	291490	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
57	NC_003103	AGTTT	2	10	298220	298229	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
58	NC_003103	GATAT	2	10	302021	302030	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
59	NC_003103	TATGA	2	10	302473	302482	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
60	NC_003103	AAAGA	2	10	305221	305230	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
61	NC_003103	ATTTT	2	10	306821	306830	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
62	NC_003103	TAAAA	2	10	306869	306878	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
63	NC_003103	TAAAC	2	10	306991	307000	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
64	NC_003103	GATTT	2	10	320582	320591	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
65	NC_003103	AAAAT	2	10	320609	320618	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
66	NC_003103	ATCTA	2	10	321882	321891	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
67	NC_003103	TTTAT	2	10	326859	326868	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
68	NC_003103	TTTAT	2	10	334241	334250	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
69	NC_003103	TAATA	2	10	344724	344733	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
70	NC_003103	TAAAA	2	10	344955	344964	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
71	NC_003103	TTTAA	2	10	350337	350346	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
72	NC_003103	ATAAA	2	10	355080	355089	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
73	NC_003103	CAACA	2	10	361518	361527	60 %	0 %	0 %	40 %	Non-Coding
74	NC_003103	TTAAT	2	10	368791	368800	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
75	NC_003103	ACAAA	2	10	368845	368854	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
76	NC_003103	ATAAA	2	10	373067	373076	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
77	NC_003103	ATTTA	2	10	386823	386832	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
78	NC_003103	AATTT	2	10	395654	395663	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
79	NC_003103	TAATT	2	10	410223	410232	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
80	NC_003103	TTATG	2	10	414399	414408	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
81	NC_003103	ATATA	2	10	415618	415627	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
82	NC_003103	ATTAA	2	10	418819	418828	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
83	NC_003103	GAAAC	2	10	420685	420694	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
84	NC_003103	AATAA	2	10	422130	422139	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
85	NC_003103	CGCTC	2	10	429839	429848	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
86	NC_003103	TAAAA	2	10	433766	433775	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
87	NC_003103	CGCTC	2	10	437627	437636	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
88	NC_003103	CGCTC	2	10	438073	438082	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
89	NC_003103	TAATT	2	10	446101	446110	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
90	NC_003103	TGATA	2	10	447095	447104	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
91	NC_003103	GAATA	2	10	462050	462059	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
92	NC_003103	ATATA	2	10	463198	463207	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
93	NC_003103	CATAA	2	10	467070	467079	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
94	NC_003103	TATAT	2	10	468110	468119	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
95	NC_003103	ATCTT	2	10	476462	476471	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
96	NC_003103	GAAAT	2	10	476842	476851	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
97	NC_003103	ATATT	2	10	477585	477594	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
98	NC_003103	TTTTA	2	10	477737	477746	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
99	NC_003103	TTAAT	2	10	486472	486481	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
100	NC_003103	TAATT	2	10	492302	492311	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
101	NC_003103	CTTTA	2	10	492399	492408	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
102	NC_003103	TCTTT	2	10	495589	495598	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
103	NC_003103	TCGCT	2	10	497449	497458	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
104	NC_003103	TCGCT	2	10	499207	499216	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
105	NC_003103	TAAAA	2	10	499231	499240	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
106	NC_003103	ATTAA	2	10	504527	504536	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
107	NC_003103	GATTA	2	10	515291	515300	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
108	NC_003103	ATTTA	2	10	530657	530666	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
109	NC_003103	ATTTT	2	10	532088	532097	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
110	NC_003103	ATTAA	2	10	534867	534876	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
111	NC_003103	TATGT	2	10	539503	539512	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
112	NC_003103	TTTAT	2	10	550229	550238	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
113	NC_003103	CGTAG	2	10	550962	550971	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
114	NC_003103	GCTCC	2	10	551393	551402	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
115	NC_003103	TGATA	2	10	556491	556500	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
116	NC_003103	AGACA	2	10	556814	556823	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
117	NC_003103	GAGAA	2	10	557044	557053	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
118	NC_003103	ATTTA	2	10	562098	562107	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
119	NC_003103	TTTAA	2	10	580985	580994	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
120	NC_003103	TTTTA	2	10	585643	585652	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
121	NC_003103	ACATA	2	10	592276	592285	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
122	NC_003103	TTATT	2	10	595306	595315	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
123	NC_003103	AATAA	2	10	597308	597317	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
124	NC_003103	AATAA	2	10	602362	602371	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
125	NC_003103	TTAAT	2	10	603520	603529	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
126	NC_003103	TATAT	2	10	612950	612959	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
127	NC_003103	AGTAA	2	10	615380	615389	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
128	NC_003103	CAGTT	2	10	617676	617685	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
129	NC_003103	CAATT	2	10	618612	618621	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
130	NC_003103	TTTGT	2	10	622686	622695	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
131	NC_003103	CCTAT	2	10	623523	623532	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
132	NC_003103	GTCAA	2	10	627357	627366	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
133	NC_003103	ATTAA	2	10	634345	634354	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
134	NC_003103	TAATT	2	10	635579	635588	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
135	NC_003103	TTAAT	2	10	637750	637759	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
136	NC_003103	AAAAT	2	10	653182	653191	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
137	NC_003103	ATAAG	2	10	663143	663152	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
138	NC_003103	ATTTA	2	10	666622	666631	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
139	NC_003103	GAGAA	2	10	674814	674823	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
140	NC_003103	TAACT	2	10	675222	675231	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
141	NC_003103	TAATT	2	10	680187	680196	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
142	NC_003103	AAGAG	2	10	680560	680569	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
143	NC_003103	ACGGT	2	10	681970	681979	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
144	NC_003103	TTTTA	2	10	683095	683104	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
145	NC_003103	ATATC	2	10	685076	685085	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
146	NC_003103	AAACT	2	10	689344	689353	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
147	NC_003103	TTAAA	2	10	689389	689398	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
148	NC_003103	ATGTA	2	10	691159	691168	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
149	NC_003103	ATTAT	2	10	705017	705026	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
150	NC_003103	AAATG	2	10	710116	710125	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
151	NC_003103	TGACT	2	10	712573	712582	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
152	NC_003103	AATAA	2	10	715345	715354	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
153	NC_003103	GGTAA	2	10	717920	717929	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
154	NC_003103	TACCC	2	10	720148	720157	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
155	NC_003103	TATAA	2	10	721878	721887	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
156	NC_003103	TTATT	2	10	730104	730113	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
157	NC_003103	AATTA	2	10	740034	740043	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
158	NC_003103	GAATT	2	10	742867	742876	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
159	NC_003103	ATCTT	2	10	747949	747958	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
160	NC_003103	TATAA	2	10	748922	748931	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
161	NC_003103	GTATA	2	10	760286	760295	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
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166	NC_003103	ATGCT	2	10	781254	781263	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
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169	NC_003103	GTTAT	2	10	783539	783548	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
170	NC_003103	TAATT	2	10	783565	783574	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
171	NC_003103	TTACT	2	10	785836	785845	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
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176	NC_003103	ATTAT	2	10	817986	817995	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
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182	NC_003103	AGCGA	2	10	843049	843058	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
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184	NC_003103	ACGGT	2	10	847004	847013	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
185	NC_003103	AATTT	2	10	850551	850560	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
186	NC_003103	ATGTA	2	10	854270	854279	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
187	NC_003103	AACCA	2	10	855557	855566	60 %	0 %	0 %	40 %	Non-Coding
188	NC_003103	TTTAT	2	10	857041	857050	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
189	NC_003103	TTTTA	2	10	865254	865263	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
190	NC_003103	AGTAC	2	10	872427	872436	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
191	NC_003103	TTTAG	2	10	874772	874781	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
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196	NC_003103	TAATA	3	15	900743	900757	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
197	NC_003103	TATAT	2	10	905733	905742	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
198	NC_003103	TATTT	2	10	909662	909671	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
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201	NC_003103	ATTTT	2	10	939672	939681	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
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258	NC_003103	ATTTA	2	10	1260488	1260497	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
259	NC_003103	ATTTA	2	10	1261519	1261528	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
260	NC_003103	ATTTT	2	10	1264540	1264549	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.