MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Repeats of Agrobacterium fabrum str. C58 plasmid Ti

Total Repeats: 63

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_003065	TGAAAT	2	12	5495	5506	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
2	NC_003065	ATCTAC	2	12	6457	6468	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	16119816
3	NC_003065	TCAGCT	2	12	16375	16386	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16119823
4	NC_003065	TAGATA	2	12	20245	20256	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
5	NC_003065	GGCGCA	2	12	37844	37855	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	16119838
6	NC_003065	GCATGC	2	12	39772	39783	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	41223320
7	NC_003065	GCCGGA	2	12	39920	39931	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	41223320
8	NC_003065	CGACGG	2	12	44456	44467	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	16119846
9	NC_003065	TTGGCG	2	12	44997	45008	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	16119847
10	NC_003065	CCCTGC	2	12	46789	46800	0 %	16.67 %	16.67 %	66.67 %	16119849
11	NC_003065	GGCAAT	2	12	51336	51347	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	16119854
12	NC_003065	TCGATC	2	12	52699	52710	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	159161958
13	NC_003065	AGGATA	2	12	57219	57230	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	159161959
14	NC_003065	GCAGGA	2	12	61395	61406	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
15	NC_003065	AGCCGA	2	12	63503	63514	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	16119862
16	NC_003065	ACTGCC	2	12	70540	70551	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	16119873
17	NC_003065	AACACG	2	12	71609	71620	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
18	NC_003065	GACCTG	2	12	76555	76566	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
19	NC_003065	GCCTTG	2	12	87107	87118	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	16119887
20	NC_003065	TGACGA	2	12	91726	91737	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	159161965
21	NC_003065	CGTGCC	2	12	97036	97047	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	159161968
22	NC_003065	TTGCCC	2	12	105336	105347	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	159161971
23	NC_003065	CGTTCC	2	12	106392	106403	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	16119902
24	NC_003065	TCCCGA	2	12	107209	107220	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	16119903
25	NC_003065	GGATCC	2	12	108755	108766	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16119904
26	NC_003065	CGAGCG	2	12	112092	112103	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	16119907
27	NC_003065	CTCAAT	2	12	112807	112818	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	16119907
28	NC_003065	AGGGGA	2	12	119111	119122	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
29	NC_003065	CGCAAG	2	12	121498	121509	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	16119916
30	NC_003065	CCGATC	2	12	122939	122950	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	16119916
31	NC_003065	GACAAT	2	12	124225	124236	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	16119916
32	NC_003065	GTGACG	2	12	125299	125310	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	16119916
33	NC_003065	TTCGCC	2	12	125443	125454	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	16119916
34	NC_003065	CCTTCC	2	12	127662	127673	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
35	NC_003065	AACACG	2	12	128233	128244	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	41223336
36	NC_003065	GCTTTT	2	12	129840	129851	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	16119923
37	NC_003065	CAGCCG	2	12	132251	132262	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	41223337
38	NC_003065	CGGTTC	2	12	141302	141313	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	16119942
39	NC_003065	TCGATC	2	12	141485	141496	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16119942
40	NC_003065	TTCCGT	2	12	142173	142184	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	16119942
41	NC_003065	GGCGAC	2	12	142299	142310	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	16119942
42	NC_003065	CAATGC	2	12	145663	145674	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	159161979
43	NC_003065	AGACGA	2	12	145749	145760	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	159161979
44	NC_003065	GCCTCG	2	12	146442	146453	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	159161979
45	NC_003065	ATTTCT	2	12	147702	147713	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	16119946
46	NC_003065	TTCTGG	2	12	148346	148357	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	229007180
47	NC_003065	GGTCGA	2	12	153123	153134	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	16119952
48	NC_003065	CTTGGG	2	12	163472	163483	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	16119961
49	NC_003065	AATGAA	2	12	163663	163674	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	159161986
50	NC_003065	CGTGGA	2	12	164359	164370	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	159161986
51	NC_003065	GGTTCA	2	12	165586	165597	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16119964
52	NC_003065	CGGCTT	2	12	170346	170357	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	16119968
53	NC_003065	GTGCGG	2	12	175963	175974	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
54	NC_003065	TCCGCC	2	12	184527	184538	0 %	16.67 %	16.67 %	66.67 %	41223307
55	NC_003065	CTCTCG	2	12	184653	184664	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	16119783
56	NC_003065	GTCATC	2	12	185090	185101	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16119784
57	NC_003065	GCACGA	2	12	186567	186578	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	16119786
58	NC_003065	TCTCGC	2	12	188150	188161	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	16119787
59	NC_003065	CGTTCA	2	12	199307	199318	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	159162000
60	NC_003065	CCTGCT	2	12	199667	199678	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	159162000
61	NC_003065	CAAATC	2	12	207176	207187	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	16119805
62	NC_003065	TGGACC	2	12	212151	212162	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	159162003
63	NC_003065	CGAGGT	2	12	213330	213341	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	16119811

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.