MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Coding Repeats of Agrobacterium fabrum str. C58 plasmid Ti

Total Repeats: 111

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_003065	ATCGA	2	10	874	883	40 %	20 %	20 %	20 %	41223314
2	NC_003065	AGAGA	2	10	6742	6751	60 %	0 %	40 %	0 %	16119816
3	NC_003065	AAGCC	2	10	12311	12320	40 %	0 %	20 %	40 %	16119820
4	NC_003065	CTTGT	2	10	12440	12449	0 %	60 %	20 %	20 %	16119820
5	NC_003065	TTCCA	2	10	14730	14739	20 %	40 %	0 %	40 %	16119822
6	NC_003065	CCGCA	2	10	15624	15633	20 %	0 %	20 %	60 %	16119822
7	NC_003065	GCGAT	2	10	17248	17257	20 %	20 %	40 %	20 %	16119823
8	NC_003065	TCCGC	2	10	21694	21703	0 %	20 %	20 %	60 %	16119826
9	NC_003065	CGAAC	2	10	21812	21821	40 %	0 %	20 %	40 %	16119826
10	NC_003065	AGCGC	2	10	25108	25117	20 %	0 %	40 %	40 %	159161954
11	NC_003065	GACCG	2	10	26438	26447	20 %	0 %	40 %	40 %	41223317
12	NC_003065	GTGAC	2	10	27373	27382	20 %	20 %	40 %	20 %	41223318
13	NC_003065	CAGCC	2	10	28048	28057	20 %	0 %	20 %	60 %	41223318
14	NC_003065	ACCGC	2	10	33817	33826	20 %	0 %	20 %	60 %	16119835
15	NC_003065	CAGCG	2	10	34980	34989	20 %	0 %	40 %	40 %	16119835
16	NC_003065	ATCCC	2	10	38978	38987	20 %	20 %	0 %	60 %	41223319
17	NC_003065	CTTGG	2	10	39139	39148	0 %	40 %	40 %	20 %	41223319
18	NC_003065	CTGAA	2	10	40558	40567	40 %	20 %	20 %	20 %	159161955
19	NC_003065	TTCGC	2	10	42351	42360	0 %	40 %	20 %	40 %	16119843
20	NC_003065	CTCTT	2	10	42533	42542	0 %	60 %	0 %	40 %	16119843
21	NC_003065	CTTCG	2	10	44098	44107	0 %	40 %	20 %	40 %	41223323
22	NC_003065	CGAAA	2	10	44616	44625	60 %	0 %	20 %	20 %	16119846
23	NC_003065	CATTC	2	10	44852	44861	20 %	40 %	0 %	40 %	16119846
24	NC_003065	TCGCG	2	10	46190	46199	0 %	20 %	40 %	40 %	16119848
25	NC_003065	GGCGA	2	10	47288	47297	20 %	0 %	60 %	20 %	16119850
26	NC_003065	CCGGC	2	10	49437	49446	0 %	0 %	40 %	60 %	16119850
27	NC_003065	TCGGT	2	10	50306	50315	0 %	40 %	40 %	20 %	159161957
28	NC_003065	CGATC	2	10	50706	50715	20 %	20 %	20 %	40 %	159161957
29	NC_003065	CTCGA	2	10	52535	52544	20 %	20 %	20 %	40 %	159161958
30	NC_003065	AAACG	2	10	52766	52775	60 %	0 %	20 %	20 %	159161958
31	NC_003065	TTGTC	2	10	53593	53602	0 %	60 %	20 %	20 %	16119856
32	NC_003065	AAGGG	2	10	55283	55292	40 %	0 %	60 %	0 %	16119857
33	NC_003065	CGCGC	2	10	57011	57020	0 %	0 %	40 %	60 %	159161959
34	NC_003065	TTTGA	2	10	58557	58566	20 %	60 %	20 %	0 %	16119859
35	NC_003065	CGCGG	2	10	62588	62597	0 %	0 %	60 %	40 %	16119861
36	NC_003065	CCGGT	2	10	63281	63290	0 %	20 %	40 %	40 %	16119862
37	NC_003065	GTGGC	2	10	63481	63490	0 %	20 %	60 %	20 %	16119862
38	NC_003065	CCGGG	2	10	64175	64184	0 %	0 %	60 %	40 %	16119863
39	NC_003065	CCTTG	2	10	64987	64996	0 %	40 %	20 %	40 %	16119864
40	NC_003065	GCGCC	2	10	73186	73195	0 %	0 %	40 %	60 %	16119875
41	NC_003065	CCATC	2	10	76283	76292	20 %	20 %	0 %	60 %	16119877
42	NC_003065	GTCGC	2	10	78354	78363	0 %	20 %	40 %	40 %	16119880
43	NC_003065	GTGCC	2	10	80460	80469	0 %	20 %	40 %	40 %	41223328
44	NC_003065	AGCGG	2	10	84062	84071	20 %	0 %	60 %	20 %	16119884
45	NC_003065	TCGTG	2	10	84472	84481	0 %	40 %	40 %	20 %	16119885
46	NC_003065	AGACG	2	10	87207	87216	40 %	0 %	40 %	20 %	16119887
47	NC_003065	AGGGC	2	10	90152	90161	20 %	0 %	60 %	20 %	159161964
48	NC_003065	TGCGG	2	10	91115	91124	0 %	20 %	60 %	20 %	159161965
49	NC_003065	TCATC	2	10	93285	93294	20 %	40 %	0 %	40 %	159161966
50	NC_003065	TGTGA	2	10	94079	94088	20 %	40 %	40 %	0 %	16119892
51	NC_003065	TGTGC	2	10	94552	94561	0 %	40 %	40 %	20 %	16119893
52	NC_003065	ATTGC	2	10	97945	97954	20 %	40 %	20 %	20 %	159161969
53	NC_003065	TGACC	2	10	99903	99912	20 %	20 %	20 %	40 %	16119897
54	NC_003065	ACCGG	2	10	100053	100062	20 %	0 %	40 %	40 %	16119897
55	NC_003065	GCGCC	2	10	100168	100177	0 %	0 %	40 %	60 %	16119897
56	NC_003065	TCGTC	2	10	101931	101940	0 %	40 %	20 %	40 %	16119898
57	NC_003065	GACGG	2	10	104978	104987	20 %	0 %	60 %	20 %	159161971
58	NC_003065	CCGAT	2	10	111135	111144	20 %	20 %	20 %	40 %	16119906
59	NC_003065	AGGGG	2	10	112454	112463	20 %	0 %	80 %	0 %	16119907
60	NC_003065	GACCG	2	10	114381	114390	20 %	0 %	40 %	40 %	16119907
61	NC_003065	GCGCC	2	10	117585	117594	0 %	0 %	40 %	60 %	159161972
62	NC_003065	CGAGC	2	10	118783	118792	20 %	0 %	40 %	40 %	16119912
63	NC_003065	CGGAC	2	10	121235	121244	20 %	0 %	40 %	40 %	16119916
64	NC_003065	ACCAC	2	10	122096	122105	40 %	0 %	0 %	60 %	16119916
65	NC_003065	CATCG	2	10	124860	124869	20 %	20 %	20 %	40 %	16119916
66	NC_003065	TCCAC	2	10	128594	128603	20 %	20 %	0 %	60 %	41223336
67	NC_003065	GTCCA	2	10	132364	132373	20 %	20 %	20 %	40 %	16119926
68	NC_003065	TGTCG	2	10	132519	132528	0 %	40 %	40 %	20 %	16119926
69	NC_003065	GCCTG	2	10	132932	132941	0 %	20 %	40 %	40 %	16119926
70	NC_003065	CGCGA	2	10	136923	136932	20 %	0 %	40 %	40 %	41223340
71	NC_003065	GTGAC	2	10	137463	137472	20 %	20 %	40 %	20 %	41223340
72	NC_003065	TCCGA	2	10	137682	137691	20 %	20 %	20 %	40 %	16119932
73	NC_003065	CGATC	2	10	140007	140016	20 %	20 %	20 %	40 %	16119938
74	NC_003065	TGGTC	2	10	141527	141536	0 %	40 %	40 %	20 %	16119942
75	NC_003065	AGCAG	2	10	142577	142586	40 %	0 %	40 %	20 %	16119942
76	NC_003065	CAGGG	2	10	145465	145474	20 %	0 %	60 %	20 %	159161979
77	NC_003065	GCGCT	2	10	146303	146312	0 %	20 %	40 %	40 %	159161979
78	NC_003065	AGGGC	2	10	147656	147665	20 %	0 %	60 %	20 %	16119946
79	NC_003065	TATCG	2	10	149340	149349	20 %	40 %	20 %	20 %	16119948
80	NC_003065	GGAAT	2	10	150168	150177	40 %	20 %	40 %	0 %	16119949
81	NC_003065	TGAAC	2	10	150472	150481	40 %	20 %	20 %	20 %	16119949
82	NC_003065	TCGCG	2	10	151252	151261	0 %	20 %	40 %	40 %	159161981
83	NC_003065	GAGGC	2	10	156798	156807	20 %	0 %	60 %	20 %	159161982
84	NC_003065	TCAAC	2	10	157471	157480	40 %	20 %	0 %	40 %	159161984
85	NC_003065	GAGGG	2	10	157867	157876	20 %	0 %	80 %	0 %	159161984
86	NC_003065	ATCCT	2	10	160337	160346	20 %	40 %	0 %	40 %	159161985
87	NC_003065	CGTTG	2	10	161437	161446	0 %	40 %	40 %	20 %	16119959
88	NC_003065	GCTTC	2	10	168767	168776	0 %	40 %	20 %	40 %	16119967
89	NC_003065	GAACC	2	10	169816	169825	40 %	0 %	20 %	40 %	16119968
90	NC_003065	ACCCA	2	10	170829	170838	40 %	0 %	0 %	60 %	159161990
91	NC_003065	CGAGC	2	10	173371	173380	20 %	0 %	40 %	40 %	16119971
92	NC_003065	CAGCA	2	10	177500	177509	40 %	0 %	20 %	40 %	16119976
93	NC_003065	GGCTT	2	10	177834	177843	0 %	40 %	40 %	20 %	16119976
94	NC_003065	AGATG	2	10	179975	179984	40 %	20 %	40 %	0 %	41223351
95	NC_003065	TTGCA	2	10	182491	182500	20 %	40 %	20 %	20 %	16119781
96	NC_003065	ATGAC	2	10	183247	183256	40 %	20 %	20 %	20 %	16119781
97	NC_003065	GAGCA	2	10	186655	186664	40 %	0 %	40 %	20 %	16119786
98	NC_003065	TCGCT	2	10	189314	189323	0 %	40 %	20 %	40 %	41223308
99	NC_003065	TCAGC	2	10	189505	189514	20 %	20 %	20 %	40 %	159161998
100	NC_003065	CCATG	2	10	191880	191889	20 %	20 %	20 %	40 %	16119792
101	NC_003065	GCTGG	2	10	192944	192953	0 %	20 %	60 %	20 %	41223310
102	NC_003065	GACCG	2	10	192999	193008	20 %	0 %	40 %	40 %	41223310
103	NC_003065	AGGGG	2	10	198771	198780	20 %	0 %	80 %	0 %	159162000
104	NC_003065	GGATT	2	10	199844	199853	20 %	40 %	40 %	0 %	159162000
105	NC_003065	TCGAT	2	10	201697	201706	20 %	40 %	20 %	20 %	41223312
106	NC_003065	TAATC	2	10	202160	202169	40 %	40 %	0 %	20 %	16119801
107	NC_003065	AGTCA	2	10	206491	206500	40 %	20 %	20 %	20 %	16119805
108	NC_003065	GACAA	2	10	206626	206635	60 %	0 %	20 %	20 %	16119805
109	NC_003065	CGCAG	2	10	207788	207797	20 %	0 %	40 %	40 %	16119805
110	NC_003065	GATCG	2	10	213193	213202	20 %	20 %	40 %	20 %	16119811
111	NC_003065	CATCG	2	10	213696	213705	20 %	20 %	20 %	40 %	16119812

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.