MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Repeats of Agrobacterium fabrum str. C58 plasmid At

Total Repeats: 187

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_003064	CTCGGC	2	12	6733	6744	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	16119238
2	NC_003064	AATGAG	2	12	8892	8903	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
3	NC_003064	GGGAAG	2	12	22270	22281	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	16119253
4	NC_003064	GAACAG	2	12	23398	23409	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	16119253
5	NC_003064	TTTGGA	2	12	30156	30167	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	17938618
6	NC_003064	CCCCAA	2	12	32582	32593	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
7	NC_003064	CTTTTT	2	12	35387	35398	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	17938623
8	NC_003064	CGATGT	2	12	45233	45244	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	159186470
9	NC_003064	CTCGAT	2	12	45820	45831	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16119272
10	NC_003064	GGCTGT	2	12	47732	47743	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	16119275
11	NC_003064	ATTTGG	2	12	53808	53819	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	159186474
12	NC_003064	ATTCGA	2	12	55620	55631	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	159186475
13	NC_003064	CCGATA	2	12	57114	57125	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	16119286
14	NC_003064	ACCGCC	2	12	60020	60031	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	16119289
15	NC_003064	TTGCCG	2	12	64388	64399	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	16119294
16	NC_003064	CATGAC	2	12	66501	66512	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	16119296
17	NC_003064	GATGAA	2	12	66552	66563	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	16119296
18	NC_003064	ACGCTG	2	12	66699	66710	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16119296
19	NC_003064	CAGCGC	2	12	67452	67463	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	16119296
20	NC_003064	ATGCCG	2	12	68162	68173	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16119297
21	NC_003064	CCGTAT	2	12	72251	72262	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	159186481
22	NC_003064	ATGCAG	2	12	76076	76087	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	16119305
23	NC_003064	TCGCTT	2	12	82190	82201	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	16119311
24	NC_003064	GCCAGC	2	12	85158	85169	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	159186484
25	NC_003064	ACACCA	2	12	87121	87132	50 %	0 %	0 %	50 %	159186486
26	NC_003064	CCGAAA	2	12	88569	88580	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	159186487
27	NC_003064	GAAGGC	2	12	89250	89261	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	159186487
28	NC_003064	GACGTG	2	12	89817	89828	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	159186487
29	NC_003064	GCCAGA	2	12	95193	95204	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	16119320
30	NC_003064	GCGCTT	2	12	98580	98591	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	159186489
31	NC_003064	CAAGCT	2	12	99710	99721	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	159186489
32	NC_003064	GCTGTG	2	12	102095	102106	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	16119326
33	NC_003064	TGGTCG	2	12	105947	105958	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	16119329
34	NC_003064	CGCAGC	2	12	107266	107277	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	16119329
35	NC_003064	TGGTGC	2	12	107499	107510	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	16119329
36	NC_003064	ATCGAG	2	12	112288	112299	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
37	NC_003064	ATCTCC	2	12	115828	115839	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	16119339
38	NC_003064	GTGACG	2	12	118770	118781	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	159186494
39	NC_003064	AAGTTA	2	12	123926	123937	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
40	NC_003064	CCGGAC	2	12	127952	127963	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	159186497
41	NC_003064	TTGCTT	2	12	134465	134476	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	159186500
42	NC_003064	TGCGCT	2	12	145840	145851	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	159186504
43	NC_003064	TGAATA	2	12	146290	146301	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	159186505
44	NC_003064	CGAGGT	2	12	148165	148176	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	16119367
45	NC_003064	GGCGTT	2	12	148847	148858	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	16119368
46	NC_003064	CGTCTT	2	12	158954	158965	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	159186515
47	NC_003064	CGGCAA	2	12	159113	159124	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	159186515
48	NC_003064	GTCATC	2	12	161365	161376	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16119387
49	NC_003064	TCATGG	2	12	161933	161944	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	159186517
50	NC_003064	CGAGCG	2	12	174211	174222	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	16119401
51	NC_003064	TACGCG	2	12	175044	175055	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16119402
52	NC_003064	ATGCCG	2	12	181632	181643	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16119407
53	NC_003064	CGTCCA	2	12	183890	183901	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	159186525
54	NC_003064	TCTCGC	2	12	190515	190526	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	16119417
55	NC_003064	ACGGGG	2	12	191957	191968	16.67 %	0 %	66.67 %	16.67 %	16119418
56	NC_003064	CGTGGG	2	12	193558	193569	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	16119420
57	NC_003064	CTCGCT	2	12	197454	197465	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	159186534
58	NC_003064	GCCAAG	2	12	197611	197622	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	159186534
59	NC_003064	AGGCTC	2	12	204218	204229	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
60	NC_003064	CTTCGA	2	12	211383	211394	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16119438
61	NC_003064	ATCTAC	2	12	213395	213406	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
62	NC_003064	GCGCTG	2	12	217250	217261	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	16119443
63	NC_003064	GGCTCG	2	12	218444	218455	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	16119446
64	NC_003064	GCGTGG	2	12	221856	221867	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	16119451
65	NC_003064	CTTGCG	2	12	224448	224459	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	16119453
66	NC_003064	TCGAAC	2	12	235069	235080	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	159186545
67	NC_003064	GCCGAT	2	12	238994	239005	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16119469
68	NC_003064	GAGCCG	2	12	240310	240321	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	159186547
69	NC_003064	GCGCGG	2	12	242589	242600	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	16119473
70	NC_003064	GGCACC	2	12	250520	250531	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	159186553
71	NC_003064	GCCAGC	2	12	255142	255153	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	16119484
72	NC_003064	GGTGAA	2	12	261098	261109	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	16119489
73	NC_003064	GAAGGC	2	12	261957	261968	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	159186559
74	NC_003064	GAATGC	2	12	264172	264183	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	16119492
75	NC_003064	CTATGA	2	12	265353	265364	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	159186560
76	NC_003064	CATAGC	2	12	267173	267184	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	16119496
77	NC_003064	ATGTTG	2	12	267418	267429	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	16119496
78	NC_003064	CGCAGC	2	12	268194	268205	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	16119496
79	NC_003064	AGGGCG	2	12	269022	269033	16.67 %	0 %	66.67 %	16.67 %	159186561
80	NC_003064	CGTAAC	2	12	269401	269412	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	159186561
81	NC_003064	GCCGGT	2	12	270489	270500	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
82	NC_003064	ACCGAG	2	12	275206	275217	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	16119505
83	NC_003064	TTGTCC	2	12	278030	278041	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
84	NC_003064	AGGTTG	2	12	278783	278794	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	159186567
85	NC_003064	CCATGG	2	12	281987	281998	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	159186569
86	NC_003064	CATGGA	2	12	283703	283714	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	16119514
87	NC_003064	GGCCGC	2	12	295635	295646	0 %	0 %	50 %	50 %	16119529
88	NC_003064	ATGCAG	2	12	296916	296927	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	159186575
89	NC_003064	GGCTGC	2	12	300834	300845	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	159186579
90	NC_003064	GCTCTT	2	12	300925	300936	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	159186579
91	NC_003064	CGGCAC	2	12	304727	304738	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	159186580
92	NC_003064	CTATCG	2	12	307516	307527	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16119539
93	NC_003064	AACTGG	2	12	310463	310474	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	159186581
94	NC_003064	CACATG	2	12	312478	312489	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
95	NC_003064	GATACT	2	12	314406	314417	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	16119549
96	NC_003064	TTGCCG	2	12	314524	314535	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	16119549
97	NC_003064	TGATCG	2	12	315331	315342	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16119550
98	NC_003064	GCAGCC	2	12	316336	316347	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	159186583
99	NC_003064	CGTCAT	2	12	321093	321104	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	159186585
100	NC_003064	GTCATC	2	12	330832	330843	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	17938924
101	NC_003064	GCACGG	2	12	334124	334135	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	16119569
102	NC_003064	GCCTCC	2	12	335970	335981	0 %	16.67 %	16.67 %	66.67 %	159186593
103	NC_003064	CTGATC	2	12	337580	337591	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	159186594
104	NC_003064	ATGGCC	2	12	338488	338499	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	159186595
105	NC_003064	TTTCCG	2	12	347796	347807	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	16119581
106	NC_003064	TAGGCG	2	12	348194	348205	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	16119581
107	NC_003064	TAAGCG	2	12	348780	348791	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	16119581
108	NC_003064	GCCGAG	2	12	349048	349059	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	16119581
109	NC_003064	GTCTGG	2	12	349739	349750	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	16119581
110	NC_003064	GCCTTG	2	12	353365	353376	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	16119586
111	NC_003064	GCCGCA	2	12	354303	354314	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	16119588
112	NC_003064	GCGGAC	2	12	355940	355951	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	16119590
113	NC_003064	TCACAT	2	12	356198	356209	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	16119590
114	NC_003064	AGCCTC	2	12	357576	357587	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	16119591
115	NC_003064	CGGATC	2	12	361475	361486	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
116	NC_003064	CGCTGG	2	12	368310	368321	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	16119603
117	NC_003064	CCAGGT	2	12	368540	368551	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16119603
118	NC_003064	GCCGGA	2	12	369322	369333	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	16119605
119	NC_003064	GACAAA	2	12	383282	383293	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
120	NC_003064	TATCGC	2	12	389260	389271	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16119622
121	NC_003064	TTGCCC	2	12	391436	391447	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	159186608
122	NC_003064	ATCGAT	2	12	393674	393685	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	16119626
123	NC_003064	CGACAC	2	12	393691	393702	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	16119626
124	NC_003064	CCAGAA	2	12	396230	396241	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	159186610
125	NC_003064	GCGAGC	2	12	396517	396528	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	159186610
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127	NC_003064	GCCGGT	2	12	397113	397124	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	16119630
128	NC_003064	TCGACA	2	12	397319	397330	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	16119630
129	NC_003064	TTGCGC	2	12	401240	401251	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	16119633
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131	NC_003064	TAGTTA	2	12	404923	404934	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
132	NC_003064	GGAGGC	2	12	406064	406075	16.67 %	0 %	66.67 %	16.67 %	159186613
133	NC_003064	GATCAC	2	12	406148	406159	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	159186613
134	NC_003064	CCATGA	2	12	408263	408274	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	16119639
135	NC_003064	TTCGGC	2	12	408356	408367	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	16119640
136	NC_003064	GATTTC	2	12	409221	409232	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	16119641
137	NC_003064	CGAGAT	2	12	409751	409762	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	16119641
138	NC_003064	ATTTCG	2	12	410609	410620	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	16119642
139	NC_003064	GCATCC	2	12	413144	413155	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	159186615
140	NC_003064	CAGCGC	2	12	418167	418178	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	16119651
141	NC_003064	CTGGAG	2	12	419391	419402	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	16119652
142	NC_003064	GCGACG	2	12	421554	421565	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	16119655
143	NC_003064	GAGGCG	2	12	421641	421652	16.67 %	0 %	66.67 %	16.67 %	16119655
144	NC_003064	CGATCA	2	12	426508	426519	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	159186620
145	NC_003064	TCGCCA	2	12	429170	429181	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	16119663
146	NC_003064	TACAGA	2	12	431801	431812	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	159186621
147	NC_003064	ATAGCG	2	12	432337	432348	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	159186622
148	NC_003064	TTGCCG	2	12	446232	446243	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	16119681
149	NC_003064	CGGCGT	2	12	450214	450225	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	16119685
150	NC_003064	TGGTCG	2	12	453133	453144	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	159186634
151	NC_003064	CTATGC	2	12	454425	454436	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	159186635
152	NC_003064	CAGCGC	2	12	455043	455054	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	16119690
153	NC_003064	CTGACG	2	12	457237	457248	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	159186636
154	NC_003064	GTCCAC	2	12	459762	459773	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	159186637
155	NC_003064	GACGGC	2	12	460583	460594	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	159186637
156	NC_003064	CGTGCT	2	12	460936	460947	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	159186637
157	NC_003064	CGGTTG	2	12	462023	462034	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	16119697
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159	NC_003064	GACCGC	2	12	468777	468788	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	16119705
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161	NC_003064	ATGCTC	2	12	470040	470051	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16119706
162	NC_003064	CCAAAC	2	12	470091	470102	50 %	0 %	0 %	50 %	159186640
163	NC_003064	GCAACG	2	12	480500	480511	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	159186643
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166	NC_003064	CCACAA	2	12	490394	490405	50 %	0 %	0 %	50 %	16119728
167	NC_003064	GACATG	2	12	490860	490871	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	16119728
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182	NC_003064	CGCTGG	2	12	531817	531828	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
183	NC_003064	ATCCTC	2	12	532875	532886	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	16119768
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187	NC_003064	ACTGAT	2	12	542127	542138	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	159186670

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.