MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Non-Coding Repeats of Agrobacterium fabrum str. C58 plasmid At

Total Repeats: 54

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_003064	GCCCT	2	10	3949	3958	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
2	NC_003064	CCGGA	2	10	7903	7912	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
3	NC_003064	GGCGA	2	10	10266	10275	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
4	NC_003064	CCCTC	2	10	11871	11880	0 %	20 %	0 %	80 %	Non-Coding
5	NC_003064	ATGAA	2	10	12808	12817	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
6	NC_003064	GGGGA	2	10	14258	14267	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
7	NC_003064	GGCTT	2	10	38164	38173	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
8	NC_003064	TAAGA	2	10	62743	62752	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
9	NC_003064	CACTT	2	10	69882	69891	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
10	NC_003064	CAGGG	2	10	70006	70015	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
11	NC_003064	TCTTG	2	10	77090	77099	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
12	NC_003064	GGTTC	2	10	80022	80031	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
13	NC_003064	CGATG	2	10	80680	80689	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
14	NC_003064	GCCGC	2	10	107921	107930	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
15	NC_003064	TGCGT	2	10	120867	120876	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
16	NC_003064	GCGCT	2	10	127399	127408	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
17	NC_003064	CCGAG	2	10	146787	146796	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
18	NC_003064	CTCAA	2	10	152441	152450	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
19	NC_003064	CGCGT	2	10	177970	177979	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
20	NC_003064	ACCGC	2	10	182914	182923	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
21	NC_003064	GAAAC	2	10	186344	186353	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
22	NC_003064	AGATC	2	10	187772	187781	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
23	NC_003064	CGACG	2	10	188342	188351	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
24	NC_003064	CGGAT	2	10	199354	199363	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
25	NC_003064	GGGAT	2	10	227435	227444	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
26	NC_003064	ATAAA	2	10	257769	257778	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
27	NC_003064	AATGA	2	10	270566	270575	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
28	NC_003064	CCTTT	2	10	295366	295375	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
29	NC_003064	GACAA	2	10	302594	302603	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
30	NC_003064	CGCGA	2	10	328177	328186	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
31	NC_003064	AAAAT	2	10	330399	330408	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
32	NC_003064	AGCGT	2	10	346941	346950	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
33	NC_003064	CGAAT	2	10	350742	350751	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
34	NC_003064	ACCTT	2	10	351630	351639	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
35	NC_003064	TGCGC	2	10	351920	351929	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
36	NC_003064	TCCTC	2	10	353501	353510	0 %	40 %	0 %	60 %	Non-Coding
37	NC_003064	GACGA	2	10	361446	361455	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
38	NC_003064	CGGCA	2	10	390690	390699	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
39	NC_003064	TTTGC	2	10	391727	391736	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
40	NC_003064	GCCTT	2	10	411520	411529	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
41	NC_003064	GAAGC	2	10	412131	412140	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
42	NC_003064	TGCGA	2	10	415889	415898	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
43	NC_003064	CTTGG	2	10	425699	425708	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
44	NC_003064	TCACT	2	10	441423	441432	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
45	NC_003064	TTCAT	2	10	449312	449321	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
46	NC_003064	TAGGG	2	10	464088	464097	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
47	NC_003064	GCATT	2	10	474672	474681	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
48	NC_003064	AACTG	2	10	476851	476860	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
49	NC_003064	CCCCG	2	10	476872	476881	0 %	0 %	20 %	80 %	Non-Coding
50	NC_003064	TATAA	2	10	479011	479020	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
51	NC_003064	AGTCA	2	10	492253	492262	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
52	NC_003064	CAGTC	2	10	492313	492322	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
53	NC_003064	AGGCC	2	10	498423	498432	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
54	NC_003064	CCGCA	2	10	522585	522594	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.