MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Coding Repeats of Agrobacterium fabrum str. C58 plasmid At

Total Repeats: 326

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_003064	TCGGA	2	10	1184	1193	20 %	20 %	40 %	20 %	16119233
2	NC_003064	GGTTT	2	10	4574	4583	0 %	60 %	40 %	0 %	159186455
3	NC_003064	CGAAG	2	10	5016	5025	40 %	0 %	40 %	20 %	159186455
4	NC_003064	GCCGC	2	10	5194	5203	0 %	0 %	40 %	60 %	159186455
5	NC_003064	ATCGT	2	10	6314	6323	20 %	40 %	20 %	20 %	159186456
6	NC_003064	CTCGG	2	10	10438	10447	0 %	20 %	40 %	40 %	159186671
7	NC_003064	CCCCT	2	10	10557	10566	0 %	20 %	0 %	80 %	159186671
8	NC_003064	GTCAG	2	10	13607	13616	20 %	20 %	40 %	20 %	159186461
9	NC_003064	AGGGG	2	10	14941	14950	20 %	0 %	80 %	0 %	16119246
10	NC_003064	GGGGA	2	10	15188	15197	20 %	0 %	80 %	0 %	159186462
11	NC_003064	GGGGA	2	10	15497	15506	20 %	0 %	80 %	0 %	159186462
12	NC_003064	CAGGG	2	10	15755	15764	20 %	0 %	60 %	20 %	159186462
13	NC_003064	AGGGG	2	10	16856	16865	20 %	0 %	80 %	0 %	16119248
14	NC_003064	CGGCC	2	10	16962	16971	0 %	0 %	40 %	60 %	16119248
15	NC_003064	CGTCA	2	10	17198	17207	20 %	20 %	20 %	40 %	16119248
16	NC_003064	CTTTG	2	10	18130	18139	0 %	60 %	20 %	20 %	17938606
17	NC_003064	GAAAG	2	10	18572	18581	60 %	0 %	40 %	0 %	159186463
18	NC_003064	TGGGG	2	10	23540	23549	0 %	20 %	80 %	0 %	16119253
19	NC_003064	GAACA	2	10	26036	26045	60 %	0 %	20 %	20 %	159186464
20	NC_003064	CCAAG	2	10	27267	27276	40 %	0 %	20 %	40 %	159186465
21	NC_003064	GAGGC	2	10	32132	32141	20 %	0 %	60 %	20 %	16119259
22	NC_003064	CAATG	2	10	33453	33462	40 %	20 %	20 %	20 %	16119260
23	NC_003064	ACGAC	2	10	35289	35298	40 %	0 %	20 %	40 %	17938623
24	NC_003064	GTGGA	2	10	37163	37172	20 %	20 %	60 %	0 %	17938626
25	NC_003064	ATTGG	2	10	39727	39736	20 %	40 %	40 %	0 %	16119266
26	NC_003064	GATTT	2	10	42253	42262	20 %	60 %	20 %	0 %	16119268
27	NC_003064	GGACA	2	10	42647	42656	40 %	0 %	40 %	20 %	159186468
28	NC_003064	TTGAG	2	10	44393	44402	20 %	40 %	40 %	0 %	159186470
29	NC_003064	TAAAG	2	10	45299	45308	60 %	20 %	20 %	0 %	159186470
30	NC_003064	CGCGG	2	10	47867	47876	0 %	0 %	60 %	40 %	16119275
31	NC_003064	GAGGG	2	10	49074	49083	20 %	0 %	80 %	0 %	159186471
32	NC_003064	ATCGC	2	10	51456	51465	20 %	20 %	20 %	40 %	159186472
33	NC_003064	CAGCT	2	10	52820	52829	20 %	20 %	20 %	40 %	159186474
34	NC_003064	AAGAC	2	10	52991	53000	60 %	0 %	20 %	20 %	159186474
35	NC_003064	GTCCA	2	10	54212	54221	20 %	20 %	20 %	40 %	159186474
36	NC_003064	TCACC	2	10	54243	54252	20 %	20 %	0 %	60 %	159186474
37	NC_003064	GCTTT	2	10	54405	54414	0 %	60 %	20 %	20 %	159186474
38	NC_003064	TTTCC	2	10	58382	58391	0 %	60 %	0 %	40 %	159186477
39	NC_003064	ATGGC	2	10	58648	58657	20 %	20 %	40 %	20 %	159186477
40	NC_003064	GGAAT	2	10	59712	59721	40 %	20 %	40 %	0 %	16119288
41	NC_003064	CGCTG	2	10	64875	64884	0 %	20 %	40 %	40 %	16119294
42	NC_003064	GCGAG	2	10	66361	66370	20 %	0 %	60 %	20 %	16119296
43	NC_003064	GGGTC	2	10	66881	66890	0 %	20 %	60 %	20 %	16119296
44	NC_003064	GTCCA	2	10	69666	69675	20 %	20 %	20 %	40 %	16119298
45	NC_003064	CGGAT	2	10	74737	74746	20 %	20 %	40 %	20 %	16119303
46	NC_003064	GCGAC	2	10	79392	79401	20 %	0 %	40 %	40 %	16119307
47	NC_003064	TCACA	2	10	81938	81947	40 %	20 %	0 %	40 %	16119311
48	NC_003064	TGCCG	2	10	82388	82397	0 %	20 %	40 %	40 %	16119311
49	NC_003064	CGGTG	2	10	82721	82730	0 %	20 %	60 %	20 %	16119311
50	NC_003064	CGGGC	2	10	83328	83337	0 %	0 %	60 %	40 %	16119312
51	NC_003064	CAGGG	2	10	85369	85378	20 %	0 %	60 %	20 %	159186484
52	NC_003064	CCGGC	2	10	85716	85725	0 %	0 %	40 %	60 %	159186484
53	NC_003064	ATCCT	2	10	85897	85906	20 %	40 %	0 %	40 %	159186485
54	NC_003064	GCCGT	2	10	86459	86468	0 %	20 %	40 %	40 %	159186485
55	NC_003064	CGCGT	2	10	92499	92508	0 %	20 %	40 %	40 %	16119319
56	NC_003064	TGAGT	2	10	92750	92759	20 %	40 %	40 %	0 %	16119319
57	NC_003064	AGGGC	2	10	92797	92806	20 %	0 %	60 %	20 %	16119319
58	NC_003064	AGACC	2	10	93739	93748	40 %	0 %	20 %	40 %	16119320
59	NC_003064	TGCAG	2	10	98912	98921	20 %	20 %	40 %	20 %	159186489
60	NC_003064	AACGA	2	10	99196	99205	60 %	0 %	20 %	20 %	159186489
61	NC_003064	TCGCT	2	10	100057	100066	0 %	40 %	20 %	40 %	17938681
62	NC_003064	GCCGA	2	10	104316	104325	20 %	0 %	40 %	40 %	16119328
63	NC_003064	GCCGG	2	10	105202	105211	0 %	0 %	60 %	40 %	16119329
64	NC_003064	ACGCC	2	10	105283	105292	20 %	0 %	20 %	60 %	16119329
65	NC_003064	CAGGG	2	10	105635	105644	20 %	0 %	60 %	20 %	16119329
66	NC_003064	CGGTC	2	10	109277	109286	0 %	20 %	40 %	40 %	159186490
67	NC_003064	GAAAA	2	10	109931	109940	80 %	0 %	20 %	0 %	16119332
68	NC_003064	TCGAA	2	10	114797	114806	40 %	20 %	20 %	20 %	16119337
69	NC_003064	AGGCA	2	10	116598	116607	40 %	0 %	40 %	20 %	159186494
70	NC_003064	ATGCA	2	10	117724	117733	40 %	20 %	20 %	20 %	159186494
71	NC_003064	CGGGG	2	10	119075	119084	0 %	0 %	80 %	20 %	159186494
72	NC_003064	GGATC	2	10	119487	119496	20 %	20 %	40 %	20 %	159186494
73	NC_003064	GAAAG	2	10	119973	119982	60 %	0 %	40 %	0 %	159186494
74	NC_003064	TAGGC	2	10	121812	121821	20 %	20 %	40 %	20 %	16119341
75	NC_003064	TCCGA	2	10	123598	123607	20 %	20 %	20 %	40 %	16119343
76	NC_003064	CAGTG	2	10	126035	126044	20 %	20 %	40 %	20 %	16119345
77	NC_003064	GCCAG	2	10	128678	128687	20 %	0 %	40 %	40 %	16119349
78	NC_003064	CGCAT	2	10	129345	129354	20 %	20 %	20 %	40 %	16119350
79	NC_003064	AGCAA	2	10	131960	131969	60 %	0 %	20 %	20 %	159186498
80	NC_003064	ACCCG	2	10	134318	134327	20 %	0 %	20 %	60 %	159186499
81	NC_003064	TCCGG	2	10	135284	135293	0 %	20 %	40 %	40 %	159186501
82	NC_003064	TTCGG	2	10	144421	144430	0 %	40 %	40 %	20 %	159186503
83	NC_003064	CCGTT	2	10	146016	146025	0 %	40 %	20 %	40 %	159186505
84	NC_003064	AATGA	2	10	147136	147145	60 %	20 %	20 %	0 %	16119366
85	NC_003064	GCAAG	2	10	148806	148815	40 %	0 %	40 %	20 %	16119368
86	NC_003064	ACAAG	2	10	150687	150696	60 %	0 %	20 %	20 %	159186507
87	NC_003064	TCGGA	2	10	152581	152590	20 %	20 %	40 %	20 %	159186510
88	NC_003064	GCCTT	2	10	152796	152805	0 %	40 %	20 %	40 %	159186510
89	NC_003064	TTGGC	2	10	153160	153169	0 %	40 %	40 %	20 %	16119376
90	NC_003064	CTCAG	2	10	153738	153747	20 %	20 %	20 %	40 %	159186511
91	NC_003064	GTGCA	2	10	156760	156769	20 %	20 %	40 %	20 %	159186514
92	NC_003064	ACCGT	2	10	158283	158292	20 %	20 %	20 %	40 %	17938744
93	NC_003064	CATCT	2	10	161664	161673	20 %	40 %	0 %	40 %	16119388
94	NC_003064	GGGGC	2	10	161764	161773	0 %	0 %	80 %	20 %	16119388
95	NC_003064	GTCGC	2	10	162461	162470	0 %	20 %	40 %	40 %	159186517
96	NC_003064	CGATG	2	10	162750	162759	20 %	20 %	40 %	20 %	159186517
97	NC_003064	CGCGG	2	10	163234	163243	0 %	0 %	60 %	40 %	159186517
98	NC_003064	CAGGG	2	10	164275	164284	20 %	0 %	60 %	20 %	16119390
99	NC_003064	GCTCA	2	10	164334	164343	20 %	20 %	20 %	40 %	16119390
100	NC_003064	CTCGA	2	10	165795	165804	20 %	20 %	20 %	40 %	159186518
101	NC_003064	AGGGA	2	10	167903	167912	40 %	0 %	60 %	0 %	159186519
102	NC_003064	GAAGG	2	10	168071	168080	40 %	0 %	60 %	0 %	16119395
103	NC_003064	AGCAA	2	10	170459	170468	60 %	0 %	20 %	20 %	16119397
104	NC_003064	GACAC	2	10	173827	173836	40 %	0 %	20 %	40 %	16119401
105	NC_003064	CCGTG	2	10	174157	174166	0 %	20 %	40 %	40 %	16119401
106	NC_003064	GGCGC	2	10	175767	175776	0 %	0 %	60 %	40 %	16119402
107	NC_003064	AGCGC	2	10	179146	179155	20 %	0 %	40 %	40 %	159186522
108	NC_003064	TTCGC	2	10	182727	182736	0 %	40 %	20 %	40 %	16119409
109	NC_003064	GCGAC	2	10	183401	183410	20 %	0 %	40 %	40 %	159186525
110	NC_003064	TGAAA	2	10	184093	184102	60 %	20 %	20 %	0 %	159186526
111	NC_003064	GGCGA	2	10	184236	184245	20 %	0 %	60 %	20 %	159186526
112	NC_003064	GTCGT	2	10	184800	184809	0 %	40 %	40 %	20 %	159186526
113	NC_003064	CGGCG	2	10	188580	188589	0 %	0 %	60 %	40 %	159186530
114	NC_003064	GGCTC	2	10	190801	190810	0 %	20 %	40 %	40 %	16119417
115	NC_003064	TCGAT	2	10	190864	190873	20 %	40 %	20 %	20 %	16119417
116	NC_003064	GGGAA	2	10	192680	192689	40 %	0 %	60 %	0 %	159186531
117	NC_003064	CGTTC	2	10	192966	192975	0 %	40 %	20 %	40 %	159186531
118	NC_003064	ATGCG	2	10	196261	196270	20 %	20 %	40 %	20 %	159186533
119	NC_003064	TCTGA	2	10	199180	199189	20 %	40 %	20 %	20 %	16119424
120	NC_003064	GTGAA	2	10	199504	199513	40 %	20 %	40 %	0 %	159186535
121	NC_003064	GCGCC	2	10	199521	199530	0 %	0 %	40 %	60 %	159186535
122	NC_003064	CGGCT	2	10	200760	200769	0 %	20 %	40 %	40 %	16119427
123	NC_003064	CCTGA	2	10	201683	201692	20 %	20 %	20 %	40 %	16119427
124	NC_003064	GCGCT	2	10	202439	202448	0 %	20 %	40 %	40 %	159186536
125	NC_003064	CTGAC	2	10	204898	204907	20 %	20 %	20 %	40 %	159186538
126	NC_003064	ATAGC	2	10	208959	208968	40 %	20 %	20 %	20 %	16119435
127	NC_003064	GATGG	2	10	210799	210808	20 %	20 %	60 %	0 %	16119438
128	NC_003064	GCTGC	2	10	211080	211089	0 %	20 %	40 %	40 %	16119438
129	NC_003064	TGCCT	2	10	211191	211200	0 %	40 %	20 %	40 %	16119438
130	NC_003064	GCGAG	2	10	211631	211640	20 %	0 %	60 %	20 %	16119439
131	NC_003064	TTCGC	2	10	212729	212738	0 %	40 %	20 %	40 %	16119440
132	NC_003064	CACCT	2	10	213678	213687	20 %	20 %	0 %	60 %	17938801
133	NC_003064	CGGCG	2	10	213778	213787	0 %	0 %	60 %	40 %	17938802
134	NC_003064	GAAGT	2	10	217339	217348	40 %	20 %	40 %	0 %	16119443
135	NC_003064	CGGTG	2	10	219492	219501	0 %	20 %	60 %	20 %	16119447
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149	NC_003064	CGAGA	2	10	245108	245117	40 %	0 %	40 %	20 %	16119476
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250	NC_003064	GCACC	2	10	426307	426316	20 %	0 %	20 %	60 %	159186620
251	NC_003064	GTCAG	2	10	426618	426627	20 %	20 %	40 %	20 %	159186620
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254	NC_003064	TAGCG	2	10	430807	430816	20 %	20 %	40 %	20 %	16119665
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324	NC_003064	CATCG	2	10	538230	538239	20 %	20 %	20 %	40 %	159186668
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.