MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Repeats of Clostridium perfringens str. 13 plasmid pCP13

Total Repeats: 42

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_003042	TAGCTT	2	12	63	74	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
2	NC_003042	AGCAAG	2	12	1644	1655	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	15081480
3	NC_003042	AGAATT	2	12	2494	2505	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	15081481
4	NC_003042	TGAAAA	2	12	2587	2598	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	15081481
5	NC_003042	ACTAAA	2	12	4642	4653	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	15081486
6	NC_003042	TGTGCA	2	12	8098	8109	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	15081489
7	NC_003042	ACTAAA	2	12	9088	9099	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
8	NC_003042	ACTTAA	2	12	11870	11881	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	15081495
9	NC_003042	AGAATA	2	12	14386	14397	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	15081497
10	NC_003042	GTAATT	2	12	15039	15050	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	15081498
11	NC_003042	TTTTAA	2	12	19477	19488	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	15081506
12	NC_003042	TTAAAA	2	12	19945	19956	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
13	NC_003042	AAAATT	2	12	20642	20653	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
14	NC_003042	TAATTA	2	12	21300	21311	50 %	50 %	0 %	0 %	15081509
15	NC_003042	ACATGG	2	12	21471	21482	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	15081509
16	NC_003042	ATTAAA	2	12	22611	22622	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	15081510
17	NC_003042	TCTTTA	2	12	26550	26561	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	15081516
18	NC_003042	AATTAT	2	12	28402	28413	50 %	50 %	0 %	0 %	15081519
19	NC_003042	TTCTTT	2	12	29203	29214	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	15081520
20	NC_003042	TTTCTG	2	12	30282	30293	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	15081523
21	NC_003042	TTAAAT	2	12	31139	31150	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
22	NC_003042	TCTTCA	2	12	33826	33837	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	15081526
23	NC_003042	ATTATA	2	12	34977	34988	50 %	50 %	0 %	0 %	15081526
24	NC_003042	CTTTTT	2	12	37781	37792	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	15081528
25	NC_003042	TTACTT	2	12	38759	38770	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	15081530
26	NC_003042	GCATTT	2	12	39035	39046	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	15081530
27	NC_003042	TCATTA	2	12	39086	39097	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	15081530
28	NC_003042	GCAAAA	2	12	39557	39568	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	15081530
29	NC_003042	TAAAAT	2	12	39879	39890	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	15081530
30	NC_003042	CATTTA	2	12	40652	40663	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	15081531
31	NC_003042	TTTTTA	2	12	40784	40795	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	15081531
32	NC_003042	TATCAT	2	12	41099	41110	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	15081531
33	NC_003042	TTAATG	2	12	42959	42970	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	15081531
34	NC_003042	CTTCTA	2	12	46562	46573	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	15081537
35	NC_003042	CATTAA	2	12	47561	47572	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	15081537
36	NC_003042	TCATTT	2	12	47692	47703	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	15081537
37	NC_003042	TTTATT	2	12	48778	48789	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	15081537
38	NC_003042	ATTGTT	2	12	50539	50550	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	15081539
39	NC_003042	ATTGCT	2	12	50965	50976	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	15081539
40	NC_003042	GCAACT	2	12	50980	50991	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	15081539
41	NC_003042	TTTATT	2	12	51792	51803	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
42	NC_003042	TAATTA	2	12	53062	53073	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.