MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Coding Repeats of Clostridium perfringens str. 13 plasmid pCP13

Total Repeats: 35

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_003042	AGCAAG	2	12	1644	1655	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	15081480
2	NC_003042	AGAATT	2	12	2494	2505	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	15081481
3	NC_003042	TGAAAA	2	12	2587	2598	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	15081481
4	NC_003042	ACTAAA	2	12	4642	4653	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	15081486
5	NC_003042	TGTGCA	2	12	8098	8109	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	15081489
6	NC_003042	ACTTAA	2	12	11870	11881	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	15081495
7	NC_003042	AGAATA	2	12	14386	14397	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	15081497
8	NC_003042	GTAATT	2	12	15039	15050	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	15081498
9	NC_003042	TTTTAA	2	12	19477	19488	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	15081506
10	NC_003042	TAATTA	2	12	21300	21311	50 %	50 %	0 %	0 %	15081509
11	NC_003042	ACATGG	2	12	21471	21482	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	15081509
12	NC_003042	ATTAAA	2	12	22611	22622	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	15081510
13	NC_003042	TCTTTA	2	12	26550	26561	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	15081516
14	NC_003042	AATTAT	2	12	28402	28413	50 %	50 %	0 %	0 %	15081519
15	NC_003042	TTCTTT	2	12	29203	29214	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	15081520
16	NC_003042	TTTCTG	2	12	30282	30293	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	15081523
17	NC_003042	TCTTCA	2	12	33826	33837	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	15081526
18	NC_003042	ATTATA	2	12	34977	34988	50 %	50 %	0 %	0 %	15081526
19	NC_003042	CTTTTT	2	12	37781	37792	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	15081528
20	NC_003042	TTACTT	2	12	38759	38770	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	15081530
21	NC_003042	GCATTT	2	12	39035	39046	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	15081530
22	NC_003042	TCATTA	2	12	39086	39097	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	15081530
23	NC_003042	GCAAAA	2	12	39557	39568	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	15081530
24	NC_003042	TAAAAT	2	12	39879	39890	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	15081530
25	NC_003042	CATTTA	2	12	40652	40663	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	15081531
26	NC_003042	TTTTTA	2	12	40784	40795	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	15081531
27	NC_003042	TATCAT	2	12	41099	41110	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	15081531
28	NC_003042	TTAATG	2	12	42959	42970	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	15081531
29	NC_003042	CTTCTA	2	12	46562	46573	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	15081537
30	NC_003042	CATTAA	2	12	47561	47572	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	15081537
31	NC_003042	TCATTT	2	12	47692	47703	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	15081537
32	NC_003042	TTTATT	2	12	48778	48789	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	15081537
33	NC_003042	ATTGTT	2	12	50539	50550	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	15081539
34	NC_003042	ATTGCT	2	12	50965	50976	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	15081539
35	NC_003042	GCAACT	2	12	50980	50991	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	15081539

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.