MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tetra-nucleotide Repeats of Clostridium perfringens str. 13 plasmid pCP13

Total Repeats: 201

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_003042	ATTT	2	8	142	149	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
2	NC_003042	ATCT	2	8	252	259	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
3	NC_003042	CATT	2	8	685	692	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
4	NC_003042	TCAA	2	8	1059	1066	50 %	25 %	0 %	25 %	15081480
5	NC_003042	GAAA	2	8	1219	1226	75 %	0 %	25 %	0 %	15081480
6	NC_003042	ATAG	2	8	1862	1869	50 %	25 %	25 %	0 %	15081481
7	NC_003042	TAAG	2	8	2025	2032	50 %	25 %	25 %	0 %	15081481
8	NC_003042	ATAA	2	8	2297	2304	75 %	25 %	0 %	0 %	15081481
9	NC_003042	AATT	2	8	2886	2893	50 %	50 %	0 %	0 %	15081481
10	NC_003042	AATA	2	8	3173	3180	75 %	25 %	0 %	0 %	15081482
11	NC_003042	AAGA	3	12	3452	3463	75 %	0 %	25 %	0 %	15081482
12	NC_003042	ATTA	2	8	3619	3626	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
13	NC_003042	ATTT	2	8	3852	3859	25 %	75 %	0 %	0 %	15081484
14	NC_003042	AACA	2	8	4186	4193	75 %	0 %	0 %	25 %	15081485
15	NC_003042	CTTA	2	8	4242	4249	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
16	NC_003042	ATTA	2	8	4268	4275	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
17	NC_003042	ATGG	2	8	4337	4344	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
18	NC_003042	TTTA	2	8	4932	4939	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
19	NC_003042	TATT	2	8	5591	5598	25 %	75 %	0 %	0 %	15081487
20	NC_003042	TTTA	2	8	5772	5779	25 %	75 %	0 %	0 %	15081487
21	NC_003042	AACT	2	8	5873	5880	50 %	25 %	0 %	25 %	15081488
22	NC_003042	AATC	2	8	6002	6009	50 %	25 %	0 %	25 %	15081488
23	NC_003042	ATTA	2	8	6149	6156	50 %	50 %	0 %	0 %	15081488
24	NC_003042	TAAA	2	8	6197	6204	75 %	25 %	0 %	0 %	15081488
25	NC_003042	ATTA	2	8	6602	6609	50 %	50 %	0 %	0 %	15081488
26	NC_003042	CTTT	2	8	6786	6793	0 %	75 %	0 %	25 %	15081488
27	NC_003042	TAGA	2	8	7033	7040	50 %	25 %	25 %	0 %	15081488
28	NC_003042	TTAC	2	8	7047	7054	25 %	50 %	0 %	25 %	15081488
29	NC_003042	TCTT	2	8	7232	7239	0 %	75 %	0 %	25 %	15081488
30	NC_003042	TAAA	2	8	7480	7487	75 %	25 %	0 %	0 %	15081488
31	NC_003042	ACTT	2	8	7510	7517	25 %	50 %	0 %	25 %	15081488
32	NC_003042	ACCT	2	8	8154	8161	25 %	25 %	0 %	50 %	15081489
33	NC_003042	ATTT	2	8	8339	8346	25 %	75 %	0 %	0 %	15081489
34	NC_003042	AACA	2	8	8620	8627	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
35	NC_003042	CTTA	2	8	8675	8682	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
36	NC_003042	TATT	2	8	8753	8760	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
37	NC_003042	ATGG	2	8	8770	8777	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
38	NC_003042	GAAG	2	8	8781	8788	50 %	0 %	50 %	0 %	15081490
39	NC_003042	CTTT	2	8	9002	9009	0 %	75 %	0 %	25 %	15081490
40	NC_003042	TGAA	2	8	9224	9231	50 %	25 %	25 %	0 %	15081491
41	NC_003042	ATTC	2	8	9988	9995	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
42	NC_003042	ATAA	2	8	10225	10232	75 %	25 %	0 %	0 %	15081493
43	NC_003042	GAAT	2	8	10405	10412	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
44	NC_003042	TTAC	2	8	10499	10506	25 %	50 %	0 %	25 %	15081494
45	NC_003042	CAAT	2	8	10529	10536	50 %	25 %	0 %	25 %	15081494
46	NC_003042	CAAC	2	8	11096	11103	50 %	0 %	0 %	50 %	15081494
47	NC_003042	AGGA	2	8	11480	11487	50 %	0 %	50 %	0 %	15081495
48	NC_003042	TAGA	2	8	11552	11559	50 %	25 %	25 %	0 %	15081495
49	NC_003042	AAAC	2	8	11824	11831	75 %	0 %	0 %	25 %	15081495
50	NC_003042	ATTA	2	8	11935	11942	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
51	NC_003042	TAAT	2	8	11976	11983	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
52	NC_003042	ATTA	2	8	12072	12079	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
53	NC_003042	AAAT	2	8	12115	12122	75 %	25 %	0 %	0 %	15081496
54	NC_003042	TTTA	2	8	12307	12314	25 %	75 %	0 %	0 %	15081496
55	NC_003042	AAGA	2	8	12596	12603	75 %	0 %	25 %	0 %	15081496
56	NC_003042	GATA	2	8	13051	13058	50 %	25 %	25 %	0 %	15081496
57	NC_003042	GAAT	2	8	13083	13090	50 %	25 %	25 %	0 %	15081496
58	NC_003042	ATTT	2	8	13238	13245	25 %	75 %	0 %	0 %	15081496
59	NC_003042	CAAT	2	8	14137	14144	50 %	25 %	0 %	25 %	15081497
60	NC_003042	ACAT	2	8	14520	14527	50 %	25 %	0 %	25 %	15081498
61	NC_003042	ATTT	2	8	14640	14647	25 %	75 %	0 %	0 %	15081498
62	NC_003042	AATA	2	8	14659	14666	75 %	25 %	0 %	0 %	15081498
63	NC_003042	AATA	2	8	14677	14684	75 %	25 %	0 %	0 %	15081498
64	NC_003042	CTTT	2	8	14967	14974	0 %	75 %	0 %	25 %	15081498
65	NC_003042	TTAA	2	8	15110	15117	50 %	50 %	0 %	0 %	15081498
66	NC_003042	TTAA	2	8	15145	15152	50 %	50 %	0 %	0 %	15081499
67	NC_003042	CTTT	2	8	15225	15232	0 %	75 %	0 %	25 %	15081499
68	NC_003042	CATA	2	8	15377	15384	50 %	25 %	0 %	25 %	15081499
69	NC_003042	CATT	2	8	15870	15877	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
70	NC_003042	AAAG	2	8	16169	16176	75 %	0 %	25 %	0 %	15081500
71	NC_003042	GAAT	2	8	16294	16301	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
72	NC_003042	AAGA	2	8	16356	16363	75 %	0 %	25 %	0 %	15081501
73	NC_003042	AAAT	2	8	16814	16821	75 %	25 %	0 %	0 %	15081502
74	NC_003042	GATA	2	8	16828	16835	50 %	25 %	25 %	0 %	15081502
75	NC_003042	TAGA	2	8	16884	16891	50 %	25 %	25 %	0 %	15081502
76	NC_003042	TTAT	2	8	16998	17005	25 %	75 %	0 %	0 %	15081502
77	NC_003042	TAAA	2	8	17079	17086	75 %	25 %	0 %	0 %	15081502
78	NC_003042	TTTA	2	8	17121	17128	25 %	75 %	0 %	0 %	15081502
79	NC_003042	TAAA	2	8	17243	17250	75 %	25 %	0 %	0 %	15081503
80	NC_003042	AATA	2	8	17392	17399	75 %	25 %	0 %	0 %	15081503
81	NC_003042	TAAA	2	8	18476	18483	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
82	NC_003042	TAGA	2	8	18834	18841	50 %	25 %	25 %	0 %	15081506
83	NC_003042	AAAG	2	8	19019	19026	75 %	0 %	25 %	0 %	15081506
84	NC_003042	TAAT	2	8	19077	19084	50 %	50 %	0 %	0 %	15081506
85	NC_003042	AAAG	2	8	19469	19476	75 %	0 %	25 %	0 %	15081506
86	NC_003042	TGGT	2	8	19769	19776	0 %	50 %	50 %	0 %	15081507
87	NC_003042	AATT	2	8	20162	20169	50 %	50 %	0 %	0 %	15081508
88	NC_003042	AAAT	2	8	20330	20337	75 %	25 %	0 %	0 %	15081508
89	NC_003042	AAAT	2	8	20391	20398	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
90	NC_003042	CTTT	2	8	20405	20412	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
91	NC_003042	AAAC	2	8	20512	20519	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
92	NC_003042	AATG	2	8	20542	20549	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
93	NC_003042	AAAT	2	8	20686	20693	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
94	NC_003042	TAAA	2	8	21808	21815	75 %	25 %	0 %	0 %	15081510
95	NC_003042	AAAT	2	8	21946	21953	75 %	25 %	0 %	0 %	15081510
96	NC_003042	GAAT	2	8	22355	22362	50 %	25 %	25 %	0 %	15081510
97	NC_003042	GTTT	2	8	22676	22683	0 %	75 %	25 %	0 %	15081511
98	NC_003042	TAAA	2	8	23277	23284	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
99	NC_003042	TTCT	2	8	23359	23366	0 %	75 %	0 %	25 %	15081512
100	NC_003042	AATA	2	8	23367	23374	75 %	25 %	0 %	0 %	15081512
101	NC_003042	TAGA	2	8	23389	23396	50 %	25 %	25 %	0 %	15081512
102	NC_003042	ATAG	2	8	23457	23464	50 %	25 %	25 %	0 %	15081512
103	NC_003042	AAAC	2	8	23741	23748	75 %	0 %	0 %	25 %	15081513
104	NC_003042	ATTA	2	8	23756	23763	50 %	50 %	0 %	0 %	15081513
105	NC_003042	CATC	2	8	24179	24186	25 %	25 %	0 %	50 %	15081514
106	NC_003042	TTGT	2	8	24455	24462	0 %	75 %	25 %	0 %	15081514
107	NC_003042	AATT	2	8	24531	24538	50 %	50 %	0 %	0 %	15081514
108	NC_003042	TCTT	2	8	24932	24939	0 %	75 %	0 %	25 %	15081515
109	NC_003042	TTTA	2	8	25015	25022	25 %	75 %	0 %	0 %	15081515
110	NC_003042	TTCA	2	8	25225	25232	25 %	50 %	0 %	25 %	15081515
111	NC_003042	ATTT	2	8	25650	25657	25 %	75 %	0 %	0 %	15081515
112	NC_003042	ATTT	2	8	26405	26412	25 %	75 %	0 %	0 %	15081516
113	NC_003042	TTTC	2	8	26464	26471	0 %	75 %	0 %	25 %	15081516
114	NC_003042	TAAA	2	8	27001	27008	75 %	25 %	0 %	0 %	15081516
115	NC_003042	TTAC	2	8	27072	27079	25 %	50 %	0 %	25 %	15081516
116	NC_003042	AAAG	2	8	27279	27286	75 %	0 %	25 %	0 %	15081516
117	NC_003042	TATT	2	8	28108	28115	25 %	75 %	0 %	0 %	15081519
118	NC_003042	GAAG	2	8	28434	28441	50 %	0 %	50 %	0 %	15081519
119	NC_003042	ATTT	2	8	28538	28545	25 %	75 %	0 %	0 %	15081519
120	NC_003042	ATTT	2	8	28643	28650	25 %	75 %	0 %	0 %	15081519
121	NC_003042	TAAA	2	8	28948	28955	75 %	25 %	0 %	0 %	15081519
122	NC_003042	TCTA	2	8	29036	29043	25 %	50 %	0 %	25 %	15081519
123	NC_003042	TTTA	2	8	29096	29103	25 %	75 %	0 %	0 %	15081519
124	NC_003042	ACCA	2	8	29108	29115	50 %	0 %	0 %	50 %	15081519
125	NC_003042	CATT	2	8	29256	29263	25 %	50 %	0 %	25 %	15081520
126	NC_003042	ACTC	2	8	29719	29726	25 %	25 %	0 %	50 %	15081521
127	NC_003042	TAAA	2	8	29859	29866	75 %	25 %	0 %	0 %	15081522
128	NC_003042	TACT	2	8	29946	29953	25 %	50 %	0 %	25 %	15081522
129	NC_003042	TTTA	2	8	30126	30133	25 %	75 %	0 %	0 %	15081523
130	NC_003042	TTTA	2	8	30223	30230	25 %	75 %	0 %	0 %	15081523
131	NC_003042	TTTA	2	8	30535	30542	25 %	75 %	0 %	0 %	15081523
132	NC_003042	TTTA	2	8	30796	30803	25 %	75 %	0 %	0 %	15081523
133	NC_003042	TAAA	2	8	30834	30841	75 %	25 %	0 %	0 %	15081523
134	NC_003042	AAAT	2	8	31112	31119	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
135	NC_003042	CATA	2	8	31508	31515	50 %	25 %	0 %	25 %	15081524
136	NC_003042	AAGA	2	8	32261	32268	75 %	0 %	25 %	0 %	15081524
137	NC_003042	TTTC	2	8	32319	32326	0 %	75 %	0 %	25 %	15081524
138	NC_003042	TTTA	2	8	32600	32607	25 %	75 %	0 %	0 %	15081525
139	NC_003042	ATTT	2	8	33228	33235	25 %	75 %	0 %	0 %	15081526
140	NC_003042	TTAA	2	8	33445	33452	50 %	50 %	0 %	0 %	15081526
141	NC_003042	CTTT	2	8	33560	33567	0 %	75 %	0 %	25 %	15081526
142	NC_003042	ATAA	2	8	34604	34611	75 %	25 %	0 %	0 %	15081526
143	NC_003042	TACT	2	8	35028	35035	25 %	50 %	0 %	25 %	15081527
144	NC_003042	TCTT	2	8	35109	35116	0 %	75 %	0 %	25 %	15081527
145	NC_003042	CTTT	2	8	35137	35144	0 %	75 %	0 %	25 %	15081527
146	NC_003042	CTAT	2	8	35409	35416	25 %	50 %	0 %	25 %	15081527
147	NC_003042	TAGA	2	8	35536	35543	50 %	25 %	25 %	0 %	15081527
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199	NC_003042	ATTT	2	8	53464	53471	25 %	75 %	0 %	0 %	15081542
200	NC_003042	TAAT	2	8	53538	53545	50 %	50 %	0 %	0 %	15081542
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.