MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Non-Coding Repeats of Streptococcus pneumoniae TIGR4 chromosome

Total Repeats: 349

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_003028	TGAAA	2	10	3170	3179	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
2	NC_003028	TCGTG	2	10	16422	16431	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
3	NC_003028	GTTAA	2	10	17143	17152	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
4	NC_003028	GGGAG	2	10	17661	17670	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
5	NC_003028	AGGGA	2	10	19872	19881	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
6	NC_003028	CTTTT	2	10	24208	24217	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
7	NC_003028	AGAGG	2	10	42972	42981	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
8	NC_003028	TTTAT	2	10	63618	63627	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
9	NC_003028	ATTCA	2	10	69553	69562	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
10	NC_003028	TAATA	2	10	72075	72084	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
11	NC_003028	TGATA	2	10	80613	80622	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
12	NC_003028	TATCA	2	10	82319	82328	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
13	NC_003028	GAAAG	2	10	84178	84187	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
14	NC_003028	GCGGT	2	10	85374	85383	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
15	NC_003028	ATAAA	2	10	92801	92810	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
16	NC_003028	TAACC	2	10	92899	92908	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
17	NC_003028	GGCTT	2	10	109212	109221	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
18	NC_003028	ATTAA	2	10	120662	120671	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
19	NC_003028	ACATG	2	10	127570	127579	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
20	NC_003028	ATGTT	2	10	138831	138840	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
21	NC_003028	ACAAA	2	10	139345	139354	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
22	NC_003028	TGAAA	2	10	156256	156265	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
23	NC_003028	ATTTC	2	10	157782	157791	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
24	NC_003028	ATAAA	2	10	160176	160185	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
25	NC_003028	AAAAG	2	10	164852	164861	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
26	NC_003028	CCCTG	2	10	171668	171677	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
27	NC_003028	ATGAT	2	10	186853	186862	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
28	NC_003028	AAGGA	2	10	199096	199105	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
29	NC_003028	GTTCA	2	10	200730	200739	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
30	NC_003028	AAAAT	2	10	204537	204546	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
31	NC_003028	ATCGA	2	10	205285	205294	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
32	NC_003028	TTTTA	2	10	209909	209918	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
33	NC_003028	AAGAT	2	10	210955	210964	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
34	NC_003028	ATACC	2	10	211435	211444	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
35	NC_003028	GATAG	2	10	212332	212341	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
36	NC_003028	ATTCT	2	10	214574	214583	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
37	NC_003028	CTATC	2	10	215894	215903	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
38	NC_003028	AGATA	2	10	229379	229388	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
39	NC_003028	CTTTT	2	10	230821	230830	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
40	NC_003028	CTTAA	2	10	233201	233210	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
41	NC_003028	AAGCC	2	10	246846	246855	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
42	NC_003028	AATAG	2	10	248392	248401	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
43	NC_003028	TGATA	2	10	257569	257578	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
44	NC_003028	TTTAT	2	10	278615	278624	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
45	NC_003028	TAAAG	2	10	283587	283596	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
46	NC_003028	CTTTT	2	10	287269	287278	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
47	NC_003028	TAGAA	2	10	290836	290845	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
48	NC_003028	AAATA	2	10	304004	304013	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
49	NC_003028	TTTCT	2	10	304651	304660	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
50	NC_003028	TGCTT	2	10	317151	317160	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
51	NC_003028	CTAAG	2	10	318812	318821	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
52	NC_003028	TGTTC	2	10	319929	319938	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
53	NC_003028	AAGCT	2	10	336636	336645	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
54	NC_003028	AGGAA	2	10	336966	336975	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
55	NC_003028	TTTAC	2	10	338912	338921	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
56	NC_003028	ATAAA	2	10	353688	353697	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
57	NC_003028	TTTTC	2	10	367620	367629	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
58	NC_003028	TTTTA	2	10	382217	382226	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
59	NC_003028	TAAAA	2	10	394325	394334	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
60	NC_003028	AAAGA	2	10	407281	407290	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
61	NC_003028	AGCTT	2	10	407463	407472	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
62	NC_003028	GACTG	2	10	421214	421223	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
63	NC_003028	TGATT	2	10	423135	423144	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
64	NC_003028	CTGAC	2	10	428764	428773	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
65	NC_003028	TCCAG	2	10	428789	428798	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
66	NC_003028	ATATA	2	10	429886	429895	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
67	NC_003028	AAATA	2	10	432173	432182	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
68	NC_003028	AGAAA	2	10	432194	432203	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
69	NC_003028	TTGTC	2	10	437893	437902	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
70	NC_003028	ATACT	3	15	438117	438131	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
71	NC_003028	CTGGT	2	10	444630	444639	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
72	NC_003028	GAAAG	2	10	447424	447433	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
73	NC_003028	TTTGT	2	10	450075	450084	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
74	NC_003028	TTTAT	2	10	451979	451988	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
75	NC_003028	ATTTA	2	10	452093	452102	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
76	NC_003028	TAGGA	2	10	463801	463810	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
77	NC_003028	CAGGG	2	10	467161	467170	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
78	NC_003028	TGAAA	2	10	472495	472504	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
79	NC_003028	CTAAG	2	10	474451	474460	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
80	NC_003028	CTATT	2	10	476273	476282	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
81	NC_003028	AATAA	2	10	481569	481578	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
82	NC_003028	CTTTT	2	10	482837	482846	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
83	NC_003028	TAAAA	2	10	482850	482859	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
84	NC_003028	TGTTT	2	10	485722	485731	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
85	NC_003028	CTTTC	2	10	491785	491794	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
86	NC_003028	ATAAA	2	10	494165	494174	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
87	NC_003028	AGCGA	2	10	497302	497311	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
88	NC_003028	TTGCC	2	10	501238	501247	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
89	NC_003028	ATTCA	2	10	501840	501849	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
90	NC_003028	TACTG	2	10	502613	502622	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
91	NC_003028	ATATA	2	10	502630	502639	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
92	NC_003028	TTCTT	2	10	505194	505203	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
93	NC_003028	GATAA	2	10	507870	507879	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
94	NC_003028	GTTTG	2	10	510092	510101	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
95	NC_003028	AAAAG	2	10	510459	510468	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
96	NC_003028	ATTAT	2	10	512035	512044	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
97	NC_003028	ATAGT	2	10	512157	512166	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
98	NC_003028	ATTCT	2	10	512675	512684	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
99	NC_003028	AAAAG	2	10	513951	513960	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
100	NC_003028	GTATA	2	10	514020	514029	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
101	NC_003028	CAATA	2	10	516301	516310	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
102	NC_003028	TAAAA	2	10	516659	516668	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
103	NC_003028	TATAA	2	10	528059	528068	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
104	NC_003028	CTTTT	2	10	530875	530884	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
105	NC_003028	TTTTA	2	10	530956	530965	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
106	NC_003028	GGGTT	2	10	535278	535287	0 %	40 %	60 %	0 %	Non-Coding
107	NC_003028	ATTTT	2	10	539906	539915	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
108	NC_003028	ATAAA	2	10	542990	542999	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
109	NC_003028	TTTTA	2	10	543141	543150	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
110	NC_003028	AGGAA	2	10	549351	549360	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
111	NC_003028	ATAAA	2	10	557358	557367	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
112	NC_003028	TGTCT	2	10	557845	557854	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
113	NC_003028	ATATA	2	10	569323	569332	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
114	NC_003028	TAGTA	2	10	572553	572562	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
115	NC_003028	ATAAC	2	10	572619	572628	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
116	NC_003028	TAAAA	2	10	582388	582397	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
117	NC_003028	ATTAT	2	10	592549	592558	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
118	NC_003028	TTTAC	3	15	610417	610431	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
119	NC_003028	TTTCC	2	10	612181	612190	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
120	NC_003028	CTATC	2	10	612243	612252	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
121	NC_003028	ATATA	2	10	615421	615430	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
122	NC_003028	AAAAG	2	10	652527	652536	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
123	NC_003028	GAAAA	2	10	653566	653575	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
124	NC_003028	GTTAT	2	10	653605	653614	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
125	NC_003028	AGGTT	2	10	663484	663493	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
126	NC_003028	ATTGG	2	10	666101	666110	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
127	NC_003028	GATAA	2	10	667577	667586	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
128	NC_003028	CGTAG	2	10	673803	673812	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
129	NC_003028	CTAAG	2	10	680168	680177	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
130	NC_003028	TGATT	2	10	719040	719049	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
131	NC_003028	TTATT	2	10	725269	725278	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
132	NC_003028	ATAAA	2	10	732848	732857	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
133	NC_003028	AAAAG	2	10	736130	736139	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
134	NC_003028	GGAAA	2	10	741771	741780	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
135	NC_003028	TAAAA	2	10	751861	751870	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
136	NC_003028	GACTC	2	10	765179	765188	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
137	NC_003028	ATTTT	2	10	768646	768655	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
138	NC_003028	TCTGA	2	10	781140	781149	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
139	NC_003028	CTGAA	2	10	783338	783347	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
140	NC_003028	ATAAA	2	10	783508	783517	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
141	NC_003028	TTTGA	2	10	783536	783545	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
142	NC_003028	AAATA	2	10	792585	792594	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
143	NC_003028	TATTT	2	10	808070	808079	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
144	NC_003028	AAGCT	2	10	809474	809483	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
145	NC_003028	TTTTG	2	10	834605	834614	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
146	NC_003028	AAATT	2	10	834699	834708	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
147	NC_003028	TATAT	2	10	846916	846925	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
148	NC_003028	ATCTA	2	10	853459	853468	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
149	NC_003028	TATGA	2	10	855525	855534	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
150	NC_003028	AAATC	2	10	864434	864443	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
151	NC_003028	AGGTT	2	10	864513	864522	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
152	NC_003028	CATTT	2	10	864670	864679	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
153	NC_003028	AGAAC	2	10	869329	869338	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
154	NC_003028	ATATA	2	10	872261	872270	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
155	NC_003028	CTTTT	2	10	877663	877672	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
156	NC_003028	TAATA	2	10	878675	878684	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
157	NC_003028	TAAAA	2	10	892625	892634	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
158	NC_003028	CTTTT	2	10	900053	900062	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
159	NC_003028	CATCT	2	10	900422	900431	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
160	NC_003028	GAAGA	2	10	900896	900905	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
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162	NC_003028	TCTTT	2	10	909160	909169	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
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165	NC_003028	ATAGT	2	10	935849	935858	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
166	NC_003028	AGAGG	2	10	935878	935887	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
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170	NC_003028	TCCTT	2	10	950381	950390	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
171	NC_003028	TCATT	2	10	951025	951034	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
172	NC_003028	ATAAA	2	10	953810	953819	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
173	NC_003028	CAAGA	2	10	978658	978667	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
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176	NC_003028	TGGAA	2	10	986723	986732	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
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181	NC_003028	AAATT	2	10	1016310	1016319	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
182	NC_003028	AGTAA	2	10	1021386	1021395	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
183	NC_003028	AAGCT	2	10	1034119	1034128	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
184	NC_003028	TCTTT	2	10	1034301	1034310	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
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186	NC_003028	ATTTC	2	10	1053523	1053532	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
187	NC_003028	ATTTT	2	10	1073776	1073785	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
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191	NC_003028	TAAAA	2	10	1090293	1090302	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
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196	NC_003028	CTTAT	2	10	1099291	1099300	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
197	NC_003028	ATTTT	2	10	1115877	1115886	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
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284	NC_003028	AATTG	2	10	1745261	1745270	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
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289	NC_003028	CTCTT	2	10	1764489	1764498	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
290	NC_003028	TTTGA	2	10	1788679	1788688	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
291	NC_003028	AAAGA	2	10	1790837	1790846	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
292	NC_003028	TATAA	2	10	1808549	1808558	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
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303	NC_003028	CTTTT	2	10	1847970	1847979	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
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312	NC_003028	CTCCC	2	10	1911393	1911402	0 %	20 %	0 %	80 %	Non-Coding
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330	NC_003028	TTATA	2	10	1982336	1982345	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
331	NC_003028	CTGGA	2	10	1982700	1982709	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
332	NC_003028	TAGGA	2	10	1985041	1985050	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
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343	NC_003028	TATAT	2	10	2090417	2090426	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
344	NC_003028	CTAAG	2	10	2097196	2097205	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
345	NC_003028	AGCAT	2	10	2107809	2107818	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
346	NC_003028	AATGG	2	10	2114852	2114861	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
347	NC_003028	CTTTT	2	10	2120166	2120175	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
348	NC_003028	CTTCC	2	10	2124520	2124529	0 %	40 %	0 %	60 %	Non-Coding
349	NC_003028	TCTCA	2	10	2153419	2153428	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.