MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Repeats of Coxiella burnetii RSA 493 chromosome

Total Repeats: 1742

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_002971	TTTCT	2	10	53	62	0 %	80 %	0 %	20 %	215918857
2	NC_002971	TGGAT	2	10	291	300	20 %	40 %	40 %	0 %	29653365
3	NC_002971	AAATT	2	10	1642	1651	60 %	40 %	0 %	0 %	29653366
4	NC_002971	AGCGA	2	10	8057	8066	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
5	NC_002971	TCGCT	2	10	8107	8116	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
6	NC_002971	AAAAC	2	10	9625	9634	80 %	0 %	0 %	20 %	29653373
7	NC_002971	CTCGG	2	10	9806	9815	0 %	20 %	40 %	40 %	29653373
8	NC_002971	TAATT	2	10	10618	10627	40 %	60 %	0 %	0 %	29653373
9	NC_002971	TTTTC	2	10	11905	11914	0 %	80 %	0 %	20 %	29653375
10	NC_002971	ATGAC	2	10	12745	12754	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
11	NC_002971	TAACA	2	10	14505	14514	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
12	NC_002971	TGCGC	2	10	17472	17481	0 %	20 %	40 %	40 %	29653383
13	NC_002971	AAACA	2	10	18775	18784	80 %	0 %	0 %	20 %	29653385
14	NC_002971	TGCTC	2	10	19033	19042	0 %	40 %	20 %	40 %	29653385
15	NC_002971	AATCA	2	10	19759	19768	60 %	20 %	0 %	20 %	29653385
16	NC_002971	CAGAA	2	10	20645	20654	60 %	0 %	20 %	20 %	29653385
17	NC_002971	ATAAA	2	10	20940	20949	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
18	NC_002971	GCACA	2	10	22888	22897	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
19	NC_002971	GAGTG	2	10	24161	24170	20 %	20 %	60 %	0 %	29653391
20	NC_002971	ATTTT	2	10	25040	25049	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
21	NC_002971	AAGAT	2	10	25375	25384	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
22	NC_002971	GCAGG	2	10	28555	28564	20 %	0 %	60 %	20 %	29653394
23	NC_002971	TAAGC	2	10	29345	29354	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
24	NC_002971	CCATT	2	10	30217	30226	20 %	40 %	0 %	40 %	29653396
25	NC_002971	GCAAA	2	10	30381	30390	60 %	0 %	20 %	20 %	29653396
26	NC_002971	AAATT	2	10	30651	30660	60 %	40 %	0 %	0 %	29653397
27	NC_002971	TATTT	2	10	33263	33272	20 %	80 %	0 %	0 %	161511219
28	NC_002971	AATAA	2	10	33699	33708	80 %	20 %	0 %	0 %	29653401
29	NC_002971	CCATC	2	10	36226	36235	20 %	20 %	0 %	60 %	29653402
30	NC_002971	AAGCG	2	10	37993	38002	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
31	NC_002971	GCTTC	2	10	38034	38043	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
32	NC_002971	TTTTC	2	10	38252	38261	0 %	80 %	0 %	20 %	29653404
33	NC_002971	AAATT	2	10	40081	40090	60 %	40 %	0 %	0 %	29653404
34	NC_002971	TTGGG	2	10	42485	42494	0 %	40 %	60 %	0 %	215918872
35	NC_002971	TAAGG	2	10	43472	43481	40 %	20 %	40 %	0 %	29653408
36	NC_002971	ATATT	2	10	44160	44169	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
37	NC_002971	TGGAT	2	10	46758	46767	20 %	40 %	40 %	0 %	29653410
38	NC_002971	TCAAC	2	10	48456	48465	40 %	20 %	0 %	40 %	29653411
39	NC_002971	GCGTT	2	10	51288	51297	0 %	40 %	40 %	20 %	29653416
40	NC_002971	CAATT	2	10	53403	53412	40 %	40 %	0 %	20 %	29653417
41	NC_002971	GCGCA	2	10	53810	53819	20 %	0 %	40 %	40 %	29653418
42	NC_002971	GTTAT	2	10	56361	56370	20 %	60 %	20 %	0 %	29653423
43	NC_002971	AGAAA	2	10	57136	57145	80 %	0 %	20 %	0 %	29653423
44	NC_002971	CCAAA	2	10	59778	59787	60 %	0 %	0 %	40 %	215918876
45	NC_002971	AGTGC	2	10	61978	61987	20 %	20 %	40 %	20 %	29653427
46	NC_002971	TTATA	2	10	62430	62439	40 %	60 %	0 %	0 %	29653428
47	NC_002971	ACGCA	2	10	62866	62875	40 %	0 %	20 %	40 %	29653429
48	NC_002971	GAAGC	2	10	63195	63204	40 %	0 %	40 %	20 %	215918878
49	NC_002971	TCGCT	2	10	63236	63245	0 %	40 %	20 %	40 %	215918878
50	NC_002971	CAGAA	2	10	63967	63976	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
51	NC_002971	AAAGG	2	10	64013	64022	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
52	NC_002971	TCGCT	2	10	66865	66874	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
53	NC_002971	ATGAT	2	10	68935	68944	40 %	40 %	20 %	0 %	29653435
54	NC_002971	ATTTA	2	10	69906	69915	40 %	60 %	0 %	0 %	29653436
55	NC_002971	TTAAA	2	10	70470	70479	60 %	40 %	0 %	0 %	215918880
56	NC_002971	TTAAA	2	10	71455	71464	60 %	40 %	0 %	0 %	215918880
57	NC_002971	ATTAA	2	10	71465	71474	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
58	NC_002971	GGTGC	2	10	71657	71666	0 %	20 %	60 %	20 %	29653438
59	NC_002971	AACAA	2	10	72592	72601	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
60	NC_002971	GTTTT	2	10	73878	73887	0 %	80 %	20 %	0 %	29653442
61	NC_002971	TGAAA	2	10	74319	74328	60 %	20 %	20 %	0 %	29653442
62	NC_002971	GCGCC	2	10	78616	78625	0 %	0 %	40 %	60 %	29653447
63	NC_002971	TCGTT	2	10	78952	78961	0 %	60 %	20 %	20 %	215918882
64	NC_002971	TGGAG	2	10	79713	79722	20 %	20 %	60 %	0 %	215918882
65	NC_002971	CTTGT	2	10	81449	81458	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
66	NC_002971	ATTTA	2	10	82948	82957	40 %	60 %	0 %	0 %	215918884
67	NC_002971	TTAAT	2	10	84379	84388	40 %	60 %	0 %	0 %	215918885
68	NC_002971	TTATT	2	10	87082	87091	20 %	80 %	0 %	0 %	29653454
69	NC_002971	TTATT	2	10	88288	88297	20 %	80 %	0 %	0 %	29653454
70	NC_002971	TGATT	2	10	88436	88445	20 %	60 %	20 %	0 %	29653454
71	NC_002971	TTCCT	2	10	88996	89005	0 %	60 %	0 %	40 %	29653455
72	NC_002971	GATTG	2	10	91048	91057	20 %	40 %	40 %	0 %	215918887
73	NC_002971	ACAAT	2	10	93072	93081	60 %	20 %	0 %	20 %	215918888
74	NC_002971	CATGC	2	10	93354	93363	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
75	NC_002971	AGCGA	2	10	93490	93499	40 %	0 %	40 %	20 %	215918889
76	NC_002971	TCCCT	2	10	93603	93612	0 %	40 %	0 %	60 %	215918889
77	NC_002971	CAATT	2	10	94340	94349	40 %	40 %	0 %	20 %	29653460
78	NC_002971	GCCGC	2	10	96089	96098	0 %	0 %	40 %	60 %	29653461
79	NC_002971	ATTTT	2	10	99229	99238	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
80	NC_002971	CGCTT	2	10	100002	100011	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
81	NC_002971	CCTTT	2	10	100339	100348	0 %	60 %	0 %	40 %	29653465
82	NC_002971	ACGCG	2	10	101234	101243	20 %	0 %	40 %	40 %	215918892
83	NC_002971	GCATT	2	10	102450	102459	20 %	40 %	20 %	20 %	29653467
84	NC_002971	TATCG	2	10	102763	102772	20 %	40 %	20 %	20 %	215918893
85	NC_002971	TCACC	2	10	103504	103513	20 %	20 %	0 %	60 %	29653469
86	NC_002971	TGAAT	2	10	103814	103823	40 %	40 %	20 %	0 %	29653469
87	NC_002971	TAGGC	2	10	106603	106612	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
88	NC_002971	AAGCG	2	10	106830	106839	40 %	0 %	40 %	20 %	215918895
89	NC_002971	CGATG	2	10	108463	108472	20 %	20 %	40 %	20 %	29653475
90	NC_002971	GGTTG	2	10	108953	108962	0 %	40 %	60 %	0 %	215918896
91	NC_002971	TCGCT	2	10	111607	111616	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
92	NC_002971	TGTGG	2	10	111854	111863	0 %	40 %	60 %	0 %	29653480
93	NC_002971	TGGAT	2	10	115509	115518	20 %	40 %	40 %	0 %	29653483
94	NC_002971	CAACA	2	10	117585	117594	60 %	0 %	0 %	40 %	Non-Coding
95	NC_002971	CAAGG	2	10	119083	119092	40 %	0 %	40 %	20 %	29653489
96	NC_002971	ACGTT	2	10	119127	119136	20 %	40 %	20 %	20 %	29653489
97	NC_002971	AAGTG	2	10	119774	119783	40 %	20 %	40 %	0 %	29653490
98	NC_002971	TCGGG	2	10	120043	120052	0 %	20 %	60 %	20 %	29653490
99	NC_002971	ATTAA	2	10	120999	121008	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
100	NC_002971	GGCTG	2	10	122832	122841	0 %	20 %	60 %	20 %	29653493
101	NC_002971	ATTTT	2	10	125355	125364	20 %	80 %	0 %	0 %	29653495
102	NC_002971	GAAAA	2	10	125502	125511	80 %	0 %	20 %	0 %	29653496
103	NC_002971	GTTTT	2	10	126465	126474	0 %	80 %	20 %	0 %	29653497
104	NC_002971	TTTGG	2	10	134923	134932	0 %	60 %	40 %	0 %	215918902
105	NC_002971	CAACC	2	10	135407	135416	40 %	0 %	0 %	60 %	215918902
106	NC_002971	AGCGA	2	10	136217	136226	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
107	NC_002971	CGTAA	2	10	136744	136753	40 %	20 %	20 %	20 %	215918903
108	NC_002971	AATCC	2	10	138547	138556	40 %	20 %	0 %	40 %	29653510
109	NC_002971	TAAAT	2	10	139243	139252	60 %	40 %	0 %	0 %	29653511
110	NC_002971	TTTGG	2	10	139253	139262	0 %	60 %	40 %	0 %	29653511
111	NC_002971	ATGAT	2	10	139779	139788	40 %	40 %	20 %	0 %	29653512
112	NC_002971	TAAAA	2	10	141365	141374	80 %	20 %	0 %	0 %	29653513
113	NC_002971	CGTAA	2	10	142810	142819	40 %	20 %	20 %	20 %	215918904
114	NC_002971	AATTT	2	10	143015	143024	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
115	NC_002971	CAAAT	2	10	143489	143498	60 %	20 %	0 %	20 %	29653516
116	NC_002971	CTTTC	2	10	144019	144028	0 %	60 %	0 %	40 %	215918905
117	NC_002971	AGCGT	2	10	144334	144343	20 %	20 %	40 %	20 %	215918905
118	NC_002971	TCACT	2	10	144648	144657	20 %	40 %	0 %	40 %	215918905
119	NC_002971	TTCAC	2	10	145827	145836	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
120	NC_002971	ACATT	2	10	147716	147725	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
121	NC_002971	GCCAC	2	10	149612	149621	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
122	NC_002971	AATCA	2	10	150428	150437	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
123	NC_002971	ATCGC	2	10	151348	151357	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
124	NC_002971	ATTTT	2	10	151543	151552	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
125	NC_002971	TACAA	2	10	152416	152425	60 %	20 %	0 %	20 %	29653520
126	NC_002971	AATTG	2	10	154212	154221	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
127	NC_002971	ATCAT	2	10	154418	154427	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
128	NC_002971	TTTAT	2	10	154448	154457	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
129	NC_002971	ATTTT	2	10	155412	155421	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
130	NC_002971	TTTGT	2	10	155983	155992	0 %	80 %	20 %	0 %	29653527
131	NC_002971	CGGTG	2	10	156438	156447	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
132	NC_002971	TAAAT	2	10	159143	159152	60 %	40 %	0 %	0 %	215918906
133	NC_002971	AAATT	2	10	159369	159378	60 %	40 %	0 %	0 %	215918906
134	NC_002971	TTAAT	2	10	159732	159741	40 %	60 %	0 %	0 %	215918906
135	NC_002971	CAAGC	2	10	161304	161313	40 %	0 %	20 %	40 %	29653533
136	NC_002971	TTTGA	2	10	163273	163282	20 %	60 %	20 %	0 %	215918907
137	NC_002971	GTAAA	2	10	163513	163522	60 %	20 %	20 %	0 %	215918907
138	NC_002971	TTTGT	2	10	163601	163610	0 %	80 %	20 %	0 %	215918907
139	NC_002971	AATTA	2	10	163805	163814	60 %	40 %	0 %	0 %	29653535
140	NC_002971	ATTTA	2	10	164276	164285	40 %	60 %	0 %	0 %	29653535
141	NC_002971	TCGTG	2	10	166643	166652	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
142	NC_002971	GTAAA	2	10	167503	167512	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
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149	NC_002971	ATTTA	2	10	175120	175129	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
150	NC_002971	GTAAT	2	10	175230	175239	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
151	NC_002971	TAAAC	2	10	176556	176565	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
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156	NC_002971	ATTTT	2	10	184568	184577	20 %	80 %	0 %	0 %	29653551
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162	NC_002971	GTTTT	2	10	188881	188890	0 %	80 %	20 %	0 %	215918911
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166	NC_002971	ATTTA	2	10	198754	198763	40 %	60 %	0 %	0 %	215918914
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259	NC_002971	GCCAG	2	10	324747	324756	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
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262	NC_002971	GCGAT	2	10	328508	328517	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
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272	NC_002971	TTCGA	2	10	335486	335495	20 %	40 %	20 %	20 %	29653720
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