MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Non-Coding Repeats of Coxiella burnetii RSA 493 chromosome

Total Repeats: 502

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_002971	AGCGA	2	10	8057	8066	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
2	NC_002971	TCGCT	2	10	8107	8116	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
3	NC_002971	ATGAC	2	10	12745	12754	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
4	NC_002971	TAACA	2	10	14505	14514	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
5	NC_002971	ATAAA	2	10	20940	20949	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
6	NC_002971	GCACA	2	10	22888	22897	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
7	NC_002971	ATTTT	2	10	25040	25049	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
8	NC_002971	AAGAT	2	10	25375	25384	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
9	NC_002971	TAAGC	2	10	29345	29354	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
10	NC_002971	AAGCG	2	10	37993	38002	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
11	NC_002971	GCTTC	2	10	38034	38043	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
12	NC_002971	ATATT	2	10	44160	44169	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
13	NC_002971	CAGAA	2	10	63967	63976	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
14	NC_002971	AAAGG	2	10	64013	64022	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
15	NC_002971	TCGCT	2	10	66865	66874	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
16	NC_002971	ATTAA	2	10	71465	71474	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
17	NC_002971	AACAA	2	10	72592	72601	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
18	NC_002971	CTTGT	2	10	81449	81458	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
19	NC_002971	CATGC	2	10	93354	93363	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
20	NC_002971	ATTTT	2	10	99229	99238	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
21	NC_002971	CGCTT	2	10	100002	100011	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
22	NC_002971	TAGGC	2	10	106603	106612	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
23	NC_002971	TCGCT	2	10	111607	111616	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
24	NC_002971	CAACA	2	10	117585	117594	60 %	0 %	0 %	40 %	Non-Coding
25	NC_002971	ATTAA	2	10	120999	121008	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
26	NC_002971	AGCGA	2	10	136217	136226	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
27	NC_002971	AATTT	2	10	143015	143024	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
28	NC_002971	TTCAC	2	10	145827	145836	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
29	NC_002971	ACATT	2	10	147716	147725	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
30	NC_002971	GCCAC	2	10	149612	149621	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
31	NC_002971	AATCA	2	10	150428	150437	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
32	NC_002971	ATCGC	2	10	151348	151357	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
33	NC_002971	ATTTT	2	10	151543	151552	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
34	NC_002971	AATTG	2	10	154212	154221	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
35	NC_002971	ATCAT	2	10	154418	154427	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
36	NC_002971	TTTAT	2	10	154448	154457	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
37	NC_002971	ATTTT	2	10	155412	155421	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
38	NC_002971	CGGTG	2	10	156438	156447	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
39	NC_002971	TCGTG	2	10	166643	166652	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
40	NC_002971	GTAAA	2	10	167503	167512	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
41	NC_002971	ATTCC	2	10	171993	172002	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
42	NC_002971	ATTTA	2	10	173938	173947	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
43	NC_002971	ATTTA	2	10	175120	175129	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
44	NC_002971	GTAAT	2	10	175230	175239	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
45	NC_002971	TAAAC	2	10	176556	176565	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
46	NC_002971	CAAAA	2	10	177111	177120	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
47	NC_002971	GAATA	2	10	177339	177348	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
48	NC_002971	CGCTC	2	10	177483	177492	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
49	NC_002971	TCGCT	2	10	187652	187661	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
50	NC_002971	TACCT	2	10	195905	195914	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
51	NC_002971	TTCTG	2	10	204260	204269	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
52	NC_002971	AGCGA	2	10	220086	220095	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
53	NC_002971	TCGCT	2	10	220137	220146	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
54	NC_002971	AAAGC	2	10	240542	240551	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
55	NC_002971	TGCTT	2	10	240720	240729	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
56	NC_002971	CGAAA	2	10	248252	248261	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
57	NC_002971	GTTAT	2	10	277789	277798	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
58	NC_002971	TGCGC	2	10	279245	279254	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
59	NC_002971	TAAAT	2	10	279316	279325	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
60	NC_002971	TATTT	2	10	285920	285929	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
61	NC_002971	ATTTT	2	10	294609	294618	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
62	NC_002971	TCCCT	2	10	295078	295087	0 %	40 %	0 %	60 %	Non-Coding
63	NC_002971	AATGG	2	10	301678	301687	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
64	NC_002971	AATCC	2	10	311792	311801	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
65	NC_002971	ATAGA	2	10	312361	312370	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
66	NC_002971	CCCAA	2	10	312504	312513	40 %	0 %	0 %	60 %	Non-Coding
67	NC_002971	CCTTC	2	10	320341	320350	0 %	40 %	0 %	60 %	Non-Coding
68	NC_002971	AAATA	2	10	320406	320415	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
69	NC_002971	CGAGC	2	10	322874	322883	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
70	NC_002971	GTGGA	2	10	323125	323134	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
71	NC_002971	TACAG	2	10	323486	323495	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
72	NC_002971	TGCAT	2	10	323716	323725	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
73	NC_002971	ATTCA	2	10	324538	324547	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
74	NC_002971	GCCAG	2	10	324747	324756	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
75	NC_002971	GTTAA	2	10	325634	325643	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
76	NC_002971	GCGAT	2	10	328508	328517	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
77	NC_002971	CTCCC	2	10	335267	335276	0 %	20 %	0 %	80 %	Non-Coding
78	NC_002971	GCATT	2	10	338220	338229	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
79	NC_002971	CTTTA	2	10	338737	338746	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
80	NC_002971	AGGGG	2	10	339383	339392	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
81	NC_002971	TGAAA	2	10	339552	339561	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
82	NC_002971	ATTGA	2	10	341663	341672	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
83	NC_002971	ATAGG	2	10	342679	342688	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
84	NC_002971	GATTT	2	10	344899	344908	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
85	NC_002971	AGCGA	2	10	346376	346385	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
86	NC_002971	ATCCT	2	10	353243	353252	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
87	NC_002971	AAATT	2	10	356228	356237	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
88	NC_002971	TTCTT	2	10	356542	356551	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
89	NC_002971	CGATA	2	10	365525	365534	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
90	NC_002971	ATTTA	2	10	369719	369728	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
91	NC_002971	ATCTT	2	10	369860	369869	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
92	NC_002971	TGGGT	2	10	370262	370271	0 %	40 %	60 %	0 %	Non-Coding
93	NC_002971	GGGTG	2	10	374868	374877	0 %	20 %	80 %	0 %	Non-Coding
94	NC_002971	TCGCT	2	10	382472	382481	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
95	NC_002971	AGCGA	2	10	389917	389926	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
96	NC_002971	TCGCT	2	10	389967	389976	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
97	NC_002971	AGCGA	2	10	393760	393769	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
98	NC_002971	TCGCT	2	10	393810	393819	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
99	NC_002971	AAAAG	2	10	394876	394885	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
100	NC_002971	AGCGA	2	10	406288	406297	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
101	NC_002971	AGCAC	2	10	409131	409140	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
102	NC_002971	AAACA	2	10	413920	413929	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
103	NC_002971	GAAGC	2	10	435080	435089	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
104	NC_002971	GCTTC	2	10	435124	435133	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
105	NC_002971	AGCGA	2	10	442186	442195	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
106	NC_002971	TCGCT	2	10	442232	442241	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
107	NC_002971	TAAAA	2	10	446202	446211	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
108	NC_002971	TTTTC	2	10	452855	452864	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
109	NC_002971	AATTC	2	10	453111	453120	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
110	NC_002971	TTTTC	2	10	453294	453303	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
111	NC_002971	AGCAA	2	10	456115	456124	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
112	NC_002971	TATAA	2	10	457823	457832	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
113	NC_002971	GAACT	2	10	458493	458502	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
114	NC_002971	TCGCT	2	10	465563	465572	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
115	NC_002971	AATTA	2	10	467110	467119	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
116	NC_002971	AAACT	2	10	474800	474809	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
117	NC_002971	AGCGA	2	10	503466	503475	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
118	NC_002971	TCGCT	2	10	503516	503525	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
119	NC_002971	AATTA	2	10	510640	510649	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
120	NC_002971	ATAAC	2	10	532863	532872	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
121	NC_002971	GAAGC	2	10	532890	532899	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
122	NC_002971	GAAGC	2	10	547241	547250	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
123	NC_002971	CGCTT	2	10	556622	556631	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
124	NC_002971	GAAGC	2	10	572809	572818	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
125	NC_002971	CGCTT	2	10	594242	594251	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
126	NC_002971	AGTTA	2	10	604981	604990	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
127	NC_002971	CCACC	2	10	612210	612219	20 %	0 %	0 %	80 %	Non-Coding
128	NC_002971	TTAAA	2	10	656911	656920	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
129	NC_002971	TTTTC	2	10	657099	657108	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
130	NC_002971	TTGAA	2	10	658437	658446	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
131	NC_002971	ACATT	2	10	658551	658560	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
132	NC_002971	ATTCT	2	10	663586	663595	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
133	NC_002971	GCCTC	2	10	664039	664048	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
134	NC_002971	GAAAA	2	10	664596	664605	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
135	NC_002971	TCGCT	2	10	666264	666273	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
136	NC_002971	GCGCA	2	10	669664	669673	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
137	NC_002971	CGAAT	2	10	671198	671207	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
138	NC_002971	AAACT	2	10	676951	676960	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
139	NC_002971	AGCGA	2	10	702014	702023	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
140	NC_002971	TCGCT	2	10	702063	702072	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
141	NC_002971	AAGAA	2	10	702519	702528	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
142	NC_002971	TATTT	2	10	703656	703665	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
143	NC_002971	ATTTA	2	10	705308	705317	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
144	NC_002971	TCTAT	2	10	708284	708293	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
145	NC_002971	GAAGC	2	10	709237	709246	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
146	NC_002971	GATTA	2	10	709260	709269	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
147	NC_002971	GTTGG	2	10	737264	737273	0 %	40 %	60 %	0 %	Non-Coding
148	NC_002971	GTGTC	2	10	738899	738908	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
149	NC_002971	AAACG	2	10	740599	740608	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
150	NC_002971	TAAAA	2	10	744295	744304	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
151	NC_002971	TATCA	2	10	748206	748215	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
152	NC_002971	TATAC	2	10	754416	754425	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
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156	NC_002971	ATTAA	2	10	765276	765285	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
157	NC_002971	GAAGC	2	10	766976	766985	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
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162	NC_002971	CTATT	2	10	810269	810278	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
163	NC_002971	AGCGA	2	10	816649	816658	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
164	NC_002971	CAAAA	2	10	817162	817171	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
165	NC_002971	CAAAA	2	10	817657	817666	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
166	NC_002971	GCGTG	2	10	818073	818082	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
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169	NC_002971	ATTTT	2	10	821224	821233	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
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172	NC_002971	CATTG	2	10	832945	832954	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
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175	NC_002971	ATGTC	2	10	835070	835079	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
176	NC_002971	AAAAT	2	10	850238	850247	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
177	NC_002971	CTTTT	2	10	850648	850657	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
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182	NC_002971	TAAAT	2	10	885675	885684	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
183	NC_002971	AATTT	2	10	885737	885746	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
184	NC_002971	TTTTC	2	10	888806	888815	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
185	NC_002971	TCATC	2	10	898557	898566	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
186	NC_002971	TCCCT	2	10	898592	898601	0 %	40 %	0 %	60 %	Non-Coding
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192	NC_002971	GCCTT	2	10	910974	910983	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
193	NC_002971	TAGTA	2	10	913589	913598	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
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196	NC_002971	AAATA	2	10	939993	940002	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
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270	NC_002971	AGCGA	2	10	1197627	1197636	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
271	NC_002971	CGCTC	2	10	1197678	1197687	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
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275	NC_002971	GCTCA	2	10	1206238	1206247	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
276	NC_002971	AGCGA	2	10	1210383	1210392	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
277	NC_002971	TCGCT	2	10	1210431	1210440	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
278	NC_002971	GAAGC	2	10	1215758	1215767	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
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284	NC_002971	TTTGG	2	10	1236051	1236060	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
285	NC_002971	TCATT	2	10	1240919	1240928	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
286	NC_002971	GAAAT	2	10	1242086	1242095	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
287	NC_002971	GAATG	2	10	1242586	1242595	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
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