MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Coding Repeats of Mycobacterium avium subsp. paratuberculosis K-10

Total Repeats: 3414

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
2501	NC_002944	CGCCGT	2	12	3594800	3594811	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	41409336
2502	NC_002944	GGCCGC	2	12	3595007	3595018	0 %	0 %	50 %	50 %	41409336
2503	NC_002944	CTCGGC	2	12	3597344	3597355	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	41409339
2504	NC_002944	GGGTCG	2	12	3600992	3601003	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	41409343
2505	NC_002944	GCCGCG	2	12	3601238	3601249	0 %	0 %	50 %	50 %	41409343
2506	NC_002944	CGGGCC	2	12	3602826	3602837	0 %	0 %	50 %	50 %	41409344
2507	NC_002944	GATGGC	2	12	3605510	3605521	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	41409347
2508	NC_002944	CTGCCG	2	12	3606689	3606700	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	41409348
2509	NC_002944	CGGCTG	2	12	3607779	3607790	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	41409349
2510	NC_002944	GCCGGC	2	12	3608652	3608663	0 %	0 %	50 %	50 %	41409350
2511	NC_002944	GCCGGT	2	12	3609707	3609718	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	41409350
2512	NC_002944	TCGCCG	2	12	3610387	3610398	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	41409350
2513	NC_002944	GCCCGG	2	12	3613402	3613413	0 %	0 %	50 %	50 %	41409352
2514	NC_002944	GCACCG	2	12	3613466	3613477	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	41409352
2515	NC_002944	CGGCGC	2	12	3614890	3614901	0 %	0 %	50 %	50 %	41409353
2516	NC_002944	ATCGAC	2	12	3615089	3615100	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	41409353
2517	NC_002944	GGCCAA	2	12	3619460	3619471	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	41409357
2518	NC_002944	GGTGGC	2	12	3619846	3619857	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	41409358
2519	NC_002944	TCGAGG	2	12	3620674	3620685	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	41409359
2520	NC_002944	CCGGCG	2	12	3621865	3621876	0 %	0 %	50 %	50 %	41409360
2521	NC_002944	TGCCGG	2	12	3622662	3622673	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	41409360
2522	NC_002944	GCCGTC	2	12	3623470	3623481	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	41409360
2523	NC_002944	GACATC	2	12	3628713	3628724	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	41409366
2524	NC_002944	ATGCTG	2	12	3629594	3629605	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	41409367
2525	NC_002944	GCGATC	2	12	3630552	3630563	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	41409368
2526	NC_002944	CGCTCG	2	12	3630957	3630968	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	41409368
2527	NC_002944	TGCCGT	2	12	3631968	3631979	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	41409369
2528	NC_002944	ACCGGC	2	12	3633362	3633373	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	41409371
2529	NC_002944	CGACGT	2	12	3633429	3633440	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	41409371
2530	NC_002944	CGCCAG	2	12	3633706	3633717	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	41409371
2531	NC_002944	GACGGT	2	12	3635241	3635252	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	41409373
2532	NC_002944	GTGCTG	2	12	3635298	3635309	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	41409373
2533	NC_002944	CAGGAA	2	12	3637278	3637289	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	41409375
2534	NC_002944	CACCGC	2	12	3638250	3638261	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	41409376
2535	NC_002944	GCCGCG	2	12	3638362	3638373	0 %	0 %	50 %	50 %	41409376
2536	NC_002944	CCGCCA	2	12	3640569	3640580	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	41409378
2537	NC_002944	GGCGAT	2	12	3640654	3640665	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	41409378
2538	NC_002944	CGCAGC	2	12	3640697	3640708	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	41409378
2539	NC_002944	CAGCGC	2	12	3640723	3640734	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	41409378
2540	NC_002944	CACCTT	2	12	3641292	3641303	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	41409379
2541	NC_002944	GCCACG	2	12	3641644	3641655	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	41409379
2542	NC_002944	GCCGGC	2	12	3641963	3641974	0 %	0 %	50 %	50 %	41409379
2543	NC_002944	CGACGC	2	12	3642144	3642155	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	41409379
2544	NC_002944	AGTCGA	2	12	3644019	3644030	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	41409381
2545	NC_002944	GCCGGT	2	12	3644268	3644279	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	41409382
2546	NC_002944	CACCCG	2	12	3645064	3645075	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	41409382
2547	NC_002944	GCAGCG	2	12	3645300	3645311	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	41409382
2548	NC_002944	CGTCGA	2	12	3647313	3647324	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	41409382
2549	NC_002944	GGCCCG	2	12	3647882	3647893	0 %	0 %	50 %	50 %	41409383
2550	NC_002944	GATGCG	2	12	3647921	3647932	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	41409383
2551	NC_002944	GTGGGC	2	12	3651683	3651694	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	41409386
2552	NC_002944	ACGGCG	2	12	3653531	3653542	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	41409387
2553	NC_002944	ATCACG	2	12	3654154	3654165	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	41409388
2554	NC_002944	ATCTGG	2	12	3654296	3654307	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	41409388
2555	NC_002944	GGTGTA	2	12	3656171	3656182	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	41409389
2556	NC_002944	CAGCCG	2	12	3657422	3657433	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	41409389
2557	NC_002944	TCGTTG	2	12	3657468	3657479	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	41409389
2558	NC_002944	GATCAG	2	12	3657695	3657706	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	41409389
2559	NC_002944	GCGCCG	2	12	3660028	3660039	0 %	0 %	50 %	50 %	41409391
2560	NC_002944	CCGACG	2	12	3660722	3660733	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	41409392
2561	NC_002944	GGTGCG	2	12	3661014	3661025	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	41409392
2562	NC_002944	GTCGAG	2	12	3662551	3662562	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	41409393
2563	NC_002944	GGCGAT	2	12	3663620	3663631	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	41409395
2564	NC_002944	TGCCGG	2	12	3665515	3665526	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	41409395
2565	NC_002944	CGACGG	2	12	3668537	3668548	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	41409398
2566	NC_002944	GCCACC	2	12	3669454	3669465	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	41409398
2567	NC_002944	GGGCGC	2	12	3669983	3669994	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	41409398
2568	NC_002944	GCCCGG	2	12	3670255	3670266	0 %	0 %	50 %	50 %	41409398
2569	NC_002944	CGCGTA	2	12	3674342	3674353	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	41409399
2570	NC_002944	CGGGCA	2	12	3675092	3675103	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	41409401
2571	NC_002944	GCCCAG	2	12	3681463	3681474	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	41409409
2572	NC_002944	CGCCGG	2	12	3681540	3681551	0 %	0 %	50 %	50 %	41409409
2573	NC_002944	CGCTGG	2	12	3682573	3682584	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	41409410
2574	NC_002944	CCTTCG	2	12	3682630	3682641	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	41409410
2575	NC_002944	CATCGA	2	12	3683423	3683434	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	41409410
2576	NC_002944	GCCGCG	2	12	3684799	3684810	0 %	0 %	50 %	50 %	41409411
2577	NC_002944	CAGCGT	2	12	3688801	3688812	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	41409416
2578	NC_002944	GCGGCA	2	12	3696535	3696546	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	41409425
2579	NC_002944	GCCCTG	2	12	3702033	3702044	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	41409430
2580	NC_002944	GACCGT	2	12	3703326	3703337	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	41409432
2581	NC_002944	GGCCCG	2	12	3703641	3703652	0 %	0 %	50 %	50 %	41409432
2582	NC_002944	CGTCGA	2	12	3703914	3703925	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	41409432
2583	NC_002944	GGCCGG	2	12	3703955	3703966	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	41409432
2584	NC_002944	GATGGC	2	12	3704436	3704447	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	41409432
2585	NC_002944	GACGTC	2	12	3704808	3704819	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	41409433
2586	NC_002944	GACCTG	2	12	3705105	3705116	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	41409433
2587	NC_002944	GGCAAG	2	12	3706181	3706192	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	41409435
2588	NC_002944	GCGATC	2	12	3707156	3707167	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	41409435
2589	NC_002944	ACTTCC	2	12	3710205	3710216	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	41409439
2590	NC_002944	CGCACC	2	12	3711907	3711918	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	41409441
2591	NC_002944	TCCCAC	2	12	3712549	3712560	16.67 %	16.67 %	0 %	66.67 %	41409441
2592	NC_002944	CGCCGA	2	12	3713760	3713771	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	41409442
2593	NC_002944	ACCGCC	2	12	3713801	3713812	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	41409442
2594	NC_002944	CCGATG	2	12	3713833	3713844	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	41409442
2595	NC_002944	CGGGTC	2	12	3718251	3718262	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	41409447
2596	NC_002944	AGCACC	2	12	3718560	3718571	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	41409447
2597	NC_002944	CGATCA	2	12	3719084	3719095	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	41409448
2598	NC_002944	GGTGCG	2	12	3719181	3719192	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	41409448
2599	NC_002944	GCCTCC	2	12	3720696	3720707	0 %	16.67 %	16.67 %	66.67 %	41409450
2600	NC_002944	GGCCGA	2	12	3721858	3721869	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	41409450
2601	NC_002944	GTCGCG	2	12	3722513	3722524	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	41409451
2602	NC_002944	GTAGCG	2	12	3728243	3728254	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	41409455
2603	NC_002944	GCCACC	2	12	3729859	3729870	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	41409456
2604	NC_002944	CGCAGC	2	12	3730492	3730503	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	41409456
2605	NC_002944	GGACGG	2	12	3731252	3731263	16.67 %	0 %	66.67 %	16.67 %	41409457
2606	NC_002944	CCAGGC	2	12	3731413	3731424	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	41409457
2607	NC_002944	CATCGC	2	12	3734123	3734134	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	41409459
2608	NC_002944	CGTCGA	2	12	3734475	3734486	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	41409460
2609	NC_002944	CGTTGA	2	12	3735201	3735212	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	41409460
2610	NC_002944	GTAGCC	2	12	3738504	3738515	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	41409463
2611	NC_002944	CGGTGA	2	12	3739784	3739795	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	41409463
2612	NC_002944	GCACCT	2	12	3740168	3740179	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	41409464
2613	NC_002944	GCTGGG	2	12	3740711	3740722	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	41409464
2614	NC_002944	GATGAC	2	12	3741002	3741013	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	41409464
2615	NC_002944	CGTCGG	2	12	3742071	3742082	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	41409465
2616	NC_002944	GGCTCG	2	12	3746559	3746570	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	41409470
2617	NC_002944	CGCCGA	2	12	3747685	3747696	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	41409472
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2619	NC_002944	GCCGGC	2	12	3748254	3748265	0 %	0 %	50 %	50 %	41409473
2620	NC_002944	CGGTGG	2	12	3748709	3748720	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	41409473
2621	NC_002944	GCCATC	2	12	3749338	3749349	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	41409473
2622	NC_002944	CGCCGG	2	12	3749490	3749501	0 %	0 %	50 %	50 %	41409474
2623	NC_002944	GCACGA	2	12	3750148	3750159	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	41409474
2624	NC_002944	CGTTCG	2	12	3750723	3750734	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	41409474
2625	NC_002944	GCTGGA	2	12	3750769	3750780	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	41409474
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2627	NC_002944	GTCACC	2	12	3753561	3753572	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	41409477
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2635	NC_002944	CGACGT	2	12	3759720	3759731	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	41409483
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2643	NC_002944	CCGGCG	2	12	3769869	3769880	0 %	0 %	50 %	50 %	41409491
2644	NC_002944	GTCGCT	2	12	3770024	3770035	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	41409491
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2685	NC_002944	CACCGG	2	12	3814988	3814999	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	41409533
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2687	NC_002944	GCCGGC	2	12	3819162	3819173	0 %	0 %	50 %	50 %	41409537
2688	NC_002944	CGGCAT	2	12	3822419	3822430	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	41409541
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2691	NC_002944	TCGGCG	2	12	3825922	3825933	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	41409544
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2693	NC_002944	TGCACG	2	12	3830505	3830516	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	41409548
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2699	NC_002944	CGGTGC	2	12	3834695	3834706	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	41409552
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2708	NC_002944	GGTCAA	2	12	3849339	3849350	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	41409563
2709	NC_002944	TTCCTG	2	12	3851228	3851239	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	41409564
2710	NC_002944	GTAGCG	2	12	3852589	3852600	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	41409565
2711	NC_002944	GTCGAC	2	12	3853808	3853819	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	41409566
2712	NC_002944	CGGCTT	3	18	3855980	3855997	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	41409570
2713	NC_002944	CCAGCA	2	12	3856960	3856971	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	41409570
2714	NC_002944	CAGCAC	2	12	3858827	3858838	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	41409571
2715	NC_002944	GTCGAC	2	12	3858998	3859009	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	41409571
2716	NC_002944	CCAGCT	2	12	3860937	3860948	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	41409574
2717	NC_002944	ATGTCG	2	12	3862463	3862474	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	41409574
2718	NC_002944	CCAGCA	2	12	3863394	3863405	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	41409574
2719	NC_002944	CGCCGA	2	12	3864444	3864455	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	41409575
2720	NC_002944	GCGACG	2	12	3865516	3865527	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	41409576
2721	NC_002944	CGGGGC	2	12	3865535	3865546	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	41409576
2722	NC_002944	GCCGCG	2	12	3866915	3866926	0 %	0 %	50 %	50 %	41409577
2723	NC_002944	ATCGCG	2	12	3870785	3870796	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	41409580
2724	NC_002944	GCGCTG	2	12	3872223	3872234	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	41409582
2725	NC_002944	CTGGCG	2	12	3872565	3872576	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	41409582
2726	NC_002944	TTCGGC	2	12	3874587	3874598	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	41409583
2727	NC_002944	GGCGCT	2	12	3875657	3875668	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	41409584
2728	NC_002944	CCTACG	2	12	3875698	3875709	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	41409584
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2824	NC_002944	CGGCGC	2	12	3999428	3999439	0 %	0 %	50 %	50 %	41409701
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2827	NC_002944	CCAGGG	2	12	4001709	4001720	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	41409703
2828	NC_002944	GGCAAG	2	12	4004349	4004360	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	41409705
2829	NC_002944	CGCCGG	2	12	4005340	4005351	0 %	0 %	50 %	50 %	41409705
2830	NC_002944	ACGCTG	2	12	4005746	4005757	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	41409706
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2832	NC_002944	ACCGGG	2	12	4006499	4006510	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	41409706
2833	NC_002944	CCGAAC	2	12	4006589	4006600	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	41409706
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2949	NC_002944	CCAGCG	2	12	4221559	4221570	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	41409876
2950	NC_002944	CGACCG	2	12	4222819	4222830	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	41409876
2951	NC_002944	CCATCG	2	12	4224961	4224972	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	41409878
2952	NC_002944	GGCAGT	2	12	4227304	4227315	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	41409878
2953	NC_002944	GCGCGA	2	12	4230368	4230379	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	41409880
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2963	NC_002944	TCCAGC	2	12	4240041	4240052	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	41409890
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2999	NC_002944	ACCGCG	2	12	4274102	4274113	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	41409921
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