MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Coding Repeats of Haemophilus ducreyi 35000HP chromosome

Total Repeats: 631

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_002940	TACAAG	2	12	1473	1484	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	33151283
2	NC_002940	TAGCTG	2	12	5225	5236	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	33151288
3	NC_002940	AAAACA	2	12	7168	7179	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	33151290
4	NC_002940	CTAAAC	2	12	26063	26074	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	33151301
5	NC_002940	CTAATC	2	12	28663	28674	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	33151304
6	NC_002940	GCACAA	2	12	29868	29879	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	33151304
7	NC_002940	TTAATT	2	12	31628	31639	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	33151307
8	NC_002940	ATTTAG	2	12	32928	32939	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	33151309
9	NC_002940	TTATGC	2	12	34405	34416	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	33151310
10	NC_002940	TAATCG	2	12	36469	36480	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33151312
11	NC_002940	TTTATT	2	12	39370	39381	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	33151315
12	NC_002940	TTCTGT	2	12	41000	41011	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	33151318
13	NC_002940	AATGAT	2	12	44849	44860	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	33151323
14	NC_002940	GCTCAG	2	12	48492	48503	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	33151327
15	NC_002940	AAAAAG	2	12	54275	54286	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	33151333
16	NC_002940	ATTGCA	2	12	58447	58458	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33151338
17	NC_002940	TTTTTC	2	12	59057	59068	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	33151338
18	NC_002940	TTGGCT	2	12	59520	59531	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	33151338
19	NC_002940	TTAGCG	2	12	61591	61602	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	33151341
20	NC_002940	GCTGCC	2	12	61766	61777	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	33151342
21	NC_002940	AAAGTG	2	12	64001	64012	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	33151342
22	NC_002940	GGTAAA	2	12	66615	66626	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	33151345
23	NC_002940	TTAATT	2	12	66698	66709	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	33151346
24	NC_002940	CCTGAT	2	12	68055	68066	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	33151347
25	NC_002940	CAGTTT	2	12	69748	69759	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	33151350
26	NC_002940	GCTGAT	2	12	71255	71266	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	33151352
27	NC_002940	GATAAG	2	12	73122	73133	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	33151354
28	NC_002940	TTGGGG	2	12	77879	77890	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	33151360
29	NC_002940	CAAAAT	2	12	82753	82764	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	33151374
30	NC_002940	TACCGA	2	12	83556	83567	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33151377
31	NC_002940	GCAAGC	2	12	84718	84729	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	33151381
32	NC_002940	ACGCGA	2	12	84742	84753	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	33151381
33	NC_002940	GCCTGC	2	12	86954	86965	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	33151383
34	NC_002940	GCAAAA	2	12	94268	94279	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	33151390
35	NC_002940	TCAAAA	2	12	94338	94349	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	33151390
36	NC_002940	GGCGCA	2	12	95584	95595	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	33151393
37	NC_002940	ACGGGC	2	12	98495	98506	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	33151398
38	NC_002940	ATATTT	2	12	98517	98528	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	33151398
39	NC_002940	TTTCCG	2	12	100608	100619	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	33151401
40	NC_002940	TACGGC	2	12	100985	100996	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	33151401
41	NC_002940	ACCGCG	2	12	105310	105321	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	33151407
42	NC_002940	ATATTG	2	12	107974	107985	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	33151412
43	NC_002940	CTAAAG	2	12	108701	108712	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	33151413
44	NC_002940	TTATAA	2	12	118014	118025	50 %	50 %	0 %	0 %	33151427
45	NC_002940	CGTTTT	2	12	119593	119604	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	33151429
46	NC_002940	ATTTCA	2	12	120634	120645	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	33151430
47	NC_002940	GAACAA	2	12	121480	121491	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	33151430
48	NC_002940	GTAAAG	2	12	121972	121983	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	33151432
49	NC_002940	GAAGTA	2	12	122112	122123	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	33151432
50	NC_002940	AAAATA	2	12	123156	123167	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	33151434
51	NC_002940	AAAGCA	2	12	123486	123497	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	33151434
52	NC_002940	TCCTAA	2	12	124607	124618	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	33151437
53	NC_002940	TCAGTT	2	12	125969	125980	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	33151437
54	NC_002940	AAAGAT	2	12	127434	127445	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	33151437
55	NC_002940	TTTGAG	2	12	131175	131186	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	33151439
56	NC_002940	TTTTGC	2	12	136812	136823	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	33151443
57	NC_002940	TTTTGC	2	12	136899	136910	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	33151443
58	NC_002940	TTTTGC	2	12	136986	136997	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	33151443
59	NC_002940	GGTTGT	2	12	138232	138243	0 %	50 %	50 %	0 %	33151445
60	NC_002940	ATGGTT	2	12	141817	141828	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	33151446
61	NC_002940	TGGTTC	2	12	143744	143755	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	33151448
62	NC_002940	ACCATG	7	42	144533	144574	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33151449
63	NC_002940	ATCACC	2	12	146599	146610	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	33151451
64	NC_002940	TAAAAT	2	12	148599	148610	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	33151453
65	NC_002940	TTATCT	2	12	149913	149924	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	33151455
66	NC_002940	ATTGAT	2	12	154732	154743	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	33151461
67	NC_002940	TGGATT	2	12	156296	156307	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	33151463
68	NC_002940	ATCTTT	2	12	159237	159248	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	33151466
69	NC_002940	TGAGTA	2	12	159280	159291	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	33151466
70	NC_002940	TTTTAA	2	12	160235	160246	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	33151467
71	NC_002940	TTTCAA	2	12	160972	160983	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	33151468
72	NC_002940	CTTGTT	2	12	163189	163200	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	33151470
73	NC_002940	TAAAGC	2	12	164477	164488	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	33151471
74	NC_002940	TTTTTC	2	12	167851	167862	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	33151473
75	NC_002940	ATTTGA	2	12	169316	169327	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	33151475
76	NC_002940	CAACAG	2	12	170531	170542	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	33151476
77	NC_002940	ACGGGT	2	12	171811	171822	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	33151477
78	NC_002940	TGCTAA	2	12	171910	171921	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33151477
79	NC_002940	TTGAAT	2	12	173934	173945	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	33151478
80	NC_002940	ATTAAC	2	12	176726	176737	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	33151480
81	NC_002940	CTTTTG	2	12	177873	177884	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	33151481
82	NC_002940	GTTTTA	2	12	178817	178828	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	33151483
83	NC_002940	AGGTTT	2	12	181214	181225	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	33151485
84	NC_002940	TTATGG	2	12	181292	181303	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	33151485
85	NC_002940	ACAAGA	2	12	182283	182294	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	33151486
86	NC_002940	TGAGAT	2	12	184192	184203	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	33151487
87	NC_002940	TGATAG	2	12	188734	188745	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	33151491
88	NC_002940	AGTTTA	2	12	189921	189932	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	33151493
89	NC_002940	ATTTGT	2	12	193933	193944	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	33151497
90	NC_002940	GCTTTG	2	12	197004	197015	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	33151501
91	NC_002940	CCATTT	2	12	199370	199381	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	33151503
92	NC_002940	GCATTG	2	12	200104	200115	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	33151504
93	NC_002940	AATAAA	2	12	201814	201825	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	33151506
94	NC_002940	TTAAAT	2	12	204857	204868	50 %	50 %	0 %	0 %	33151508
95	NC_002940	CTTCGG	2	12	209520	209531	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	33151511
96	NC_002940	TGGTTA	2	12	214861	214872	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	33151516
97	NC_002940	TCCAAC	2	12	216178	216189	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	33151518
98	NC_002940	AAACCT	2	12	216538	216549	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	33151519
99	NC_002940	AGCAAC	2	12	220527	220538	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	33151522
100	NC_002940	AATTCT	2	12	222748	222759	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	33151526
101	NC_002940	ATGGTA	2	12	226602	226613	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	33151531
102	NC_002940	TTGGTA	2	12	226614	226625	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	33151531
103	NC_002940	TATTGG	2	12	230503	230514	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	33151536
104	NC_002940	ATGACA	2	12	231209	231220	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	33151536
105	NC_002940	TTTACC	2	12	246460	246471	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	33151548
106	NC_002940	ATTCTT	2	12	246734	246745	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	33151548
107	NC_002940	TTGATT	2	12	248826	248837	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	33151550
108	NC_002940	CCACGC	2	12	251715	251726	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	33151552
109	NC_002940	ACCATT	2	12	259981	259992	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	33151562
110	NC_002940	CTTCAT	2	12	266403	266414	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	33151574
111	NC_002940	TAAAGA	2	12	269199	269210	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	33151577
112	NC_002940	AAAGGT	2	12	272462	272473	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	33151581
113	NC_002940	TAAATC	2	12	277161	277172	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	33151585
114	NC_002940	AAGCCG	2	12	277585	277596	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	33151586
115	NC_002940	TTTATA	2	12	285462	285473	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	33151596
116	NC_002940	TAAGCG	2	12	289400	289411	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33151599
117	NC_002940	GATTTA	2	12	292241	292252	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	33151601
118	NC_002940	TAAATT	2	12	297970	297981	50 %	50 %	0 %	0 %	33151606
119	NC_002940	AAAGGC	2	12	301190	301201	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	33151608
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235	NC_002940	AGATTA	2	12	605333	605344	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	33151933
236	NC_002940	ATGAAT	2	12	605554	605565	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	33151933
237	NC_002940	TGGAAA	2	12	608266	608277	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	33151937
238	NC_002940	CTTCTA	2	12	614346	614357	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	33151944
239	NC_002940	TAAACG	2	12	615745	615756	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	33151944
240	NC_002940	CAATTT	2	12	625424	625435	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	33151950
241	NC_002940	CCTTGC	2	12	626377	626388	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	33151952
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251	NC_002940	GCTTCT	2	12	650931	650942	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	33151975
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266	NC_002940	GTATCA	2	12	689953	689964	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33152010
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321	NC_002940	GGCAAT	2	12	861501	861512	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33152205
322	NC_002940	CAAGTA	2	12	865212	865223	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	33152211
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332	NC_002940	GTTCTA	2	12	897122	897133	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	33152250
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334	NC_002940	AAATCA	2	12	909450	909461	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	33152261
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338	NC_002940	CGCTTG	2	12	918022	918033	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	33152266
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340	NC_002940	TGAAAA	2	12	930491	930502	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	33152270
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342	NC_002940	GAAAGT	2	12	931404	931415	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	33152270
343	NC_002940	AAATCA	2	12	933239	933250	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	33152270
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345	NC_002940	ACGGCT	2	12	941880	941891	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	33152273
346	NC_002940	CTAATC	2	12	943393	943404	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	33152274
347	NC_002940	ATTATG	2	12	946733	946744	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	33152277
348	NC_002940	TTATGA	2	12	950711	950722	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	33152282
349	NC_002940	AGTAGA	2	12	956432	956443	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	33152287
350	NC_002940	TTGGTG	2	12	956721	956732	0 %	50 %	50 %	0 %	33152287
351	NC_002940	ACTTGT	2	12	958982	958993	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	33152290
352	NC_002940	TTAAAT	2	12	959232	959243	50 %	50 %	0 %	0 %	33152290
353	NC_002940	ACGTTT	2	12	961002	961013	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	33152292
354	NC_002940	ATTTTA	2	12	961220	961231	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	33152292
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452	NC_002940	AATTAA	2	12	1224397	1224408	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	33152547
453	NC_002940	CATCTG	2	12	1231579	1231590	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	33152553
454	NC_002940	TACCTG	2	12	1232878	1232889	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	33152553
455	NC_002940	GGGCGT	2	12	1235342	1235353	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	33152556
456	NC_002940	TCTACT	2	12	1240398	1240409	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	33152558
457	NC_002940	TGATTT	2	12	1241196	1241207	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	33152558
458	NC_002940	CACTTT	2	12	1243030	1243041	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	33152558
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462	NC_002940	ATTTTA	2	12	1246882	1246893	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	33152558
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464	NC_002940	CAATAC	2	12	1255068	1255079	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	33152561
465	NC_002940	ATACTA	2	12	1257977	1257988	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	33152561
466	NC_002940	TTGCCT	2	12	1267380	1267391	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	33152576
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499	NC_002940	ATGCGT	2	12	1338429	1338440	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	33152656
500	NC_002940	ATACTA	2	12	1338656	1338667	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	33152656

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