MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tri-nucleotide Coding Repeats of Bordetella pertussis Tohama I chromosome

Total Repeats: 63896

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_002929	TCG	2	6	29	34	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	33591276
2	NC_002929	TGG	2	6	36	41	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	33591276
3	NC_002929	TGC	2	6	98	103	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	33591276
4	NC_002929	GCG	2	6	200	205	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	33591276
5	NC_002929	CGA	2	6	222	227	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	33591276
6	NC_002929	CAG	2	6	364	369	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	33591276
7	NC_002929	GGT	2	6	402	407	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	33591276
8	NC_002929	GTG	2	6	451	456	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	33591276
9	NC_002929	TCC	2	6	531	536	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	33591276
10	NC_002929	GCC	2	6	584	589	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	33591276
11	NC_002929	CGC	3	9	602	610	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	33591276
12	NC_002929	AGC	2	6	650	655	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	33591276
13	NC_002929	ATC	2	6	763	768	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	33591276
14	NC_002929	CCA	2	6	941	946	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	33591276
15	NC_002929	TTC	2	6	1099	1104	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	33591276
16	NC_002929	GGC	3	9	1140	1148	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	33591276
17	NC_002929	CTG	2	6	1156	1161	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	33591276
18	NC_002929	GCC	2	6	1174	1179	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	33591276
19	NC_002929	GCC	2	6	1358	1363	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	33591276
20	NC_002929	TGG	2	6	1373	1378	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	33591276
21	NC_002929	ACG	2	6	1379	1384	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	33591276
22	NC_002929	GCC	2	6	1483	1488	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	33591276
23	NC_002929	CTG	2	6	1495	1500	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	33591276
24	NC_002929	CGA	2	6	1587	1592	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	33591276
25	NC_002929	AGC	3	9	1721	1729	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	33591276
26	NC_002929	ACG	2	6	1751	1756	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	33591276
27	NC_002929	CGG	2	6	1940	1945	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	33591277
28	NC_002929	CAG	3	9	2004	2012	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	33591277
29	NC_002929	GCT	2	6	2015	2020	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	33591277
30	NC_002929	GCA	2	6	2099	2104	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	33591277
31	NC_002929	CGC	2	6	2153	2158	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	33591277
32	NC_002929	CGG	3	9	2198	2206	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	33591277
33	NC_002929	GTG	2	6	2217	2222	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	33591277
34	NC_002929	CAT	2	6	2228	2233	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	33591277
35	NC_002929	GAA	2	6	2273	2278	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	33591277
36	NC_002929	GTG	2	6	2376	2381	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	33591277
37	NC_002929	GGT	2	6	2445	2450	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	33591277
38	NC_002929	TCG	2	6	2455	2460	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	33591277
39	NC_002929	TGG	2	6	2542	2547	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	33591277
40	NC_002929	GCG	2	6	2664	2669	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	33591278
41	NC_002929	ACC	3	9	2678	2686	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	33591278
42	NC_002929	AGC	2	6	2721	2726	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	33591278
43	NC_002929	TGC	2	6	2730	2735	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	33591278
44	NC_002929	CCA	2	6	2763	2768	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	33591278
45	NC_002929	CGG	2	6	2866	2871	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	33591278
46	NC_002929	ACG	2	6	2874	2879	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	33591278
47	NC_002929	GCC	2	6	2957	2962	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	33591278
48	NC_002929	GCT	2	6	3022	3027	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	33591278
49	NC_002929	TCA	2	6	3060	3065	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	33591278
50	NC_002929	CAA	2	6	3145	3150	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	33591278
51	NC_002929	TTG	2	6	3170	3175	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	33591278
52	NC_002929	GCA	3	9	3205	3213	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	33591278
53	NC_002929	CAC	2	6	3256	3261	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	33591278
54	NC_002929	GGT	2	6	3262	3267	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	33591278
55	NC_002929	GTG	2	6	3317	3322	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	33591278
56	NC_002929	GCC	2	6	3434	3439	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	33591279
57	NC_002929	GGC	2	6	3484	3489	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	33591279
58	NC_002929	CCA	2	6	3498	3503	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	33591279
59	NC_002929	TCG	2	6	3729	3734	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	33591279
60	NC_002929	GGC	2	6	3757	3762	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	33591279
61	NC_002929	CGT	2	6	3766	3771	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	33591279
62	NC_002929	GGC	2	6	3856	3861	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	33591279
63	NC_002929	GCT	2	6	3880	3885	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	33591279
64	NC_002929	GCG	2	6	3900	3905	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	33591279
65	NC_002929	GGC	2	6	3925	3930	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	33591279
66	NC_002929	CGC	2	6	3972	3977	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	33591279
67	NC_002929	GCG	2	6	3979	3984	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	33591279
68	NC_002929	GCG	2	6	3996	4001	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	33591279
69	NC_002929	CGG	2	6	4002	4007	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	33591279
70	NC_002929	GCC	2	6	4085	4090	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	33591279
71	NC_002929	AAG	2	6	4224	4229	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	33591280
72	NC_002929	ACA	2	6	4288	4293	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	33591280
73	NC_002929	CCG	2	6	4326	4331	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	33591280
74	NC_002929	CAT	2	6	4436	4441	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	33591280
75	NC_002929	ATC	2	6	4494	4499	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	33591280
76	NC_002929	AAG	2	6	4543	4548	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	33591280
77	NC_002929	CGA	2	6	4574	4579	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	33591280
78	NC_002929	CGC	2	6	4583	4588	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	33591280
79	NC_002929	CGC	2	6	4656	4661	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	33591280
80	NC_002929	CGA	2	6	4667	4672	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	33591280
81	NC_002929	GCC	2	6	4695	4700	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	33591280
82	NC_002929	CCA	2	6	4726	4731	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	33591280
83	NC_002929	CTG	2	6	4737	4742	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	33591280
84	NC_002929	TGC	2	6	4777	4782	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	33591280
85	NC_002929	GCC	2	6	4833	4838	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	33591280
86	NC_002929	CGC	2	6	4931	4936	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	33591280
87	NC_002929	AAG	2	6	4944	4949	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	33591280
88	NC_002929	ATC	2	6	4999	5004	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	33591280
89	NC_002929	GCT	2	6	5090	5095	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	33591280
90	NC_002929	ACG	2	6	6797	6802	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	33591281
91	NC_002929	CGG	2	6	6807	6812	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	33591281
92	NC_002929	ACG	2	6	6818	6823	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	33591281
93	NC_002929	CGG	2	6	6841	6846	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	33591281
94	NC_002929	GAA	2	6	6988	6993	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	33591281
95	NC_002929	TGC	2	6	7006	7011	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	33591281
96	NC_002929	TGG	2	6	7032	7037	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	33591281
97	NC_002929	CAT	2	6	7111	7116	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	33591281
98	NC_002929	TGA	2	6	7144	7149	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	33591281
99	NC_002929	GCT	2	6	7156	7161	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	33591281
100	NC_002929	TGG	2	6	7167	7172	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	33591281
101	NC_002929	CTG	2	6	7190	7195	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	33591281
102	NC_002929	GGT	2	6	7405	7410	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	33591281
103	NC_002929	GCG	2	6	7428	7433	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	33591281
104	NC_002929	GAC	2	6	7486	7491	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	33591281
105	NC_002929	GCT	2	6	7519	7524	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	33591281
106	NC_002929	TGC	2	6	7560	7565	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	33591281
107	NC_002929	TTC	2	6	7694	7699	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	33591281
108	NC_002929	ACG	2	6	7730	7735	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	33591281
109	NC_002929	CGG	2	6	7761	7766	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	33591281
110	NC_002929	TGC	2	6	7779	7784	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	33591281
111	NC_002929	GCT	2	6	7813	7818	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	33591281
112	NC_002929	GAA	2	6	7835	7840	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	33591281
113	NC_002929	CGT	2	6	7888	7893	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	33591281
114	NC_002929	ATC	2	6	7901	7906	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	33591281
115	NC_002929	TCG	2	6	8218	8223	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	33591282
116	NC_002929	TGG	2	6	8269	8274	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	33591282
117	NC_002929	CGG	2	6	8294	8299	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	33591282
118	NC_002929	GTC	2	6	8304	8309	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	33591282
119	NC_002929	GCG	2	6	8310	8315	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	33591282
120	NC_002929	GCC	2	6	8341	8346	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	33591282
121	NC_002929	TCG	2	6	8446	8451	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	33591282
122	NC_002929	TCT	2	6	8462	8467	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	33591282
123	NC_002929	GTC	2	6	8559	8564	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	33591283
124	NC_002929	GAA	2	6	8667	8672	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	33591283
125	NC_002929	GTC	2	6	8673	8678	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	33591283
126	NC_002929	CGC	2	6	8712	8717	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	33591283
127	NC_002929	CGA	2	6	8756	8761	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	33591283
128	NC_002929	GGT	2	6	8808	8813	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	33591283
129	NC_002929	GAA	2	6	8973	8978	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	33591283
130	NC_002929	GAA	2	6	9143	9148	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	33591284
131	NC_002929	TCG	2	6	9151	9156	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	33591284
132	NC_002929	CAT	2	6	9239	9244	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	33591284
133	NC_002929	GGT	2	6	9305	9310	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	33591284
134	NC_002929	TCA	2	6	9343	9348	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	33591284
135	NC_002929	TCA	2	6	9373	9378	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	33591284
136	NC_002929	GAA	2	6	9456	9461	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	33591284
137	NC_002929	AGC	2	6	9475	9480	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	33591284
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139	NC_002929	GCA	2	6	9538	9543	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	33591284
140	NC_002929	CGC	3	9	9592	9600	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	33591285
141	NC_002929	AAG	2	6	9728	9733	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	33591285
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146	NC_002929	TCG	2	6	9852	9857	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	33591285
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153	NC_002929	AAC	2	6	10130	10135	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	33591285
154	NC_002929	GCC	2	6	10139	10144	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	33591285
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158	NC_002929	GAA	2	6	10677	10682	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	33591286
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259	NC_002929	CGG	2	6	16541	16546	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	33591289
260	NC_002929	CCG	2	6	16580	16585	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	33591289
261	NC_002929	TCA	2	6	16588	16593	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	33591289
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263	NC_002929	TGC	2	6	16666	16671	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	33591289
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500	NC_002929	CGG	2	6	36188	36193	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	33591302

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