MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Repeats of Bordetella bronchiseptica RB50 chromosome

Total Repeats: 5462

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_002927	GGCAA	2	10	1501	1510	40 %	0 %	40 %	20 %	33598994
2	NC_002927	CTGGC	2	10	2643	2652	0 %	20 %	40 %	40 %	33598996
3	NC_002927	GGGAG	2	10	3397	3406	20 %	0 %	80 %	0 %	33598997
4	NC_002927	TTCGC	2	10	5641	5650	0 %	40 %	20 %	40 %	33598999
5	NC_002927	GGCCG	2	10	5659	5668	0 %	0 %	60 %	40 %	33598999
6	NC_002927	GCTGG	2	10	8501	8510	0 %	20 %	60 %	20 %	33599001
7	NC_002927	TCGCC	2	10	9900	9909	0 %	20 %	20 %	60 %	33599004
8	NC_002927	TACCG	2	10	10043	10052	20 %	20 %	20 %	40 %	33599004
9	NC_002927	GACCA	2	10	13210	13219	40 %	0 %	20 %	40 %	33599007
10	NC_002927	TGCCT	2	10	13733	13742	0 %	40 %	20 %	40 %	33599007
11	NC_002927	CTGGG	2	10	15052	15061	0 %	20 %	60 %	20 %	33599007
12	NC_002927	TCGCC	2	10	15829	15838	0 %	20 %	20 %	60 %	33599008
13	NC_002927	AAGGC	2	10	17086	17095	40 %	0 %	40 %	20 %	33599008
14	NC_002927	CGGCC	2	10	19391	19400	0 %	0 %	40 %	60 %	33599008
15	NC_002927	CTGGC	2	10	19837	19846	0 %	20 %	40 %	40 %	33599008
16	NC_002927	GCGCC	2	10	20803	20812	0 %	0 %	40 %	60 %	33599010
17	NC_002927	GCGCC	2	10	21604	21613	0 %	0 %	40 %	60 %	33599010
18	NC_002927	CGGCC	2	10	22088	22097	0 %	0 %	40 %	60 %	33599011
19	NC_002927	GGCGC	2	10	22946	22955	0 %	0 %	60 %	40 %	33599011
20	NC_002927	GCGTC	2	10	23033	23042	0 %	20 %	40 %	40 %	33599011
21	NC_002927	GCAGC	2	10	23429	23438	20 %	0 %	40 %	40 %	33599011
22	NC_002927	CGGCG	2	10	24769	24778	0 %	0 %	60 %	40 %	33599012
23	NC_002927	GGGCT	2	10	25384	25393	0 %	20 %	60 %	20 %	33599012
24	NC_002927	GGCGC	2	10	26923	26932	0 %	0 %	60 %	40 %	33599014
25	NC_002927	GTCAG	2	10	28315	28324	20 %	20 %	40 %	20 %	33599016
26	NC_002927	AGCGC	2	10	31048	31057	20 %	0 %	40 %	40 %	33599019
27	NC_002927	CAAGT	2	10	34372	34381	40 %	20 %	20 %	20 %	161609283
28	NC_002927	CGCTG	2	10	35928	35937	0 %	20 %	40 %	40 %	33599025
29	NC_002927	CGCGC	2	10	36153	36162	0 %	0 %	40 %	60 %	33599025
30	NC_002927	CCGCG	2	10	37975	37984	0 %	0 %	40 %	60 %	33599028
31	NC_002927	GCGTG	2	10	38948	38957	0 %	20 %	60 %	20 %	33599031
32	NC_002927	TATCG	2	10	39831	39840	20 %	40 %	20 %	20 %	33599032
33	NC_002927	AAACG	2	10	42147	42156	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
34	NC_002927	GTTCC	2	10	43095	43104	0 %	40 %	20 %	40 %	33599035
35	NC_002927	GGCGG	2	10	49783	49792	0 %	0 %	80 %	20 %	Non-Coding
36	NC_002927	CCGGC	2	10	51524	51533	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
37	NC_002927	AGGTC	2	10	51656	51665	20 %	20 %	40 %	20 %	33599052
38	NC_002927	GACGT	2	10	51688	51697	20 %	20 %	40 %	20 %	33599052
39	NC_002927	GCCGC	2	10	52524	52533	0 %	0 %	40 %	60 %	33599054
40	NC_002927	CTGGC	2	10	53307	53316	0 %	20 %	40 %	40 %	33599054
41	NC_002927	GCCGC	2	10	53525	53534	0 %	0 %	40 %	60 %	33599054
42	NC_002927	GCTGG	2	10	53770	53779	0 %	20 %	60 %	20 %	33599054
43	NC_002927	GCCGA	2	10	55839	55848	20 %	0 %	40 %	40 %	33599056
44	NC_002927	CTGGC	2	10	60477	60486	0 %	20 %	40 %	40 %	33599060
45	NC_002927	GCCGC	2	10	61605	61614	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
46	NC_002927	GCGCG	2	10	62586	62595	0 %	0 %	60 %	40 %	33599061
47	NC_002927	AGCGC	2	10	62814	62823	20 %	0 %	40 %	40 %	33599061
48	NC_002927	GCCGG	2	10	63522	63531	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
49	NC_002927	CCCGG	2	10	63543	63552	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
50	NC_002927	CCACG	2	10	64034	64043	20 %	0 %	20 %	60 %	33599063
51	NC_002927	GCCAG	2	10	65858	65867	20 %	0 %	40 %	40 %	33599063
52	NC_002927	CGACG	2	10	66849	66858	20 %	0 %	40 %	40 %	33599065
53	NC_002927	AGGCC	2	10	67764	67773	20 %	0 %	40 %	40 %	33599065
54	NC_002927	GGACG	2	10	67838	67847	20 %	0 %	60 %	20 %	33599066
55	NC_002927	GCGCC	3	15	68568	68582	0 %	0 %	40 %	60 %	33599066
56	NC_002927	GCACG	2	10	70426	70435	20 %	0 %	40 %	40 %	33599068
57	NC_002927	TGCGC	2	10	71337	71346	0 %	20 %	40 %	40 %	33599068
58	NC_002927	GCGCC	2	10	72926	72935	0 %	0 %	40 %	60 %	33599069
59	NC_002927	CGCTG	2	10	74062	74071	0 %	20 %	40 %	40 %	33599069
60	NC_002927	GGCAT	2	10	74302	74311	20 %	20 %	40 %	20 %	33599070
61	NC_002927	GGCAT	2	10	77293	77302	20 %	20 %	40 %	20 %	33599072
62	NC_002927	CCGGC	2	10	77564	77573	0 %	0 %	40 %	60 %	33599072
63	NC_002927	GGGCC	2	10	77759	77768	0 %	0 %	60 %	40 %	33599072
64	NC_002927	CGGGC	2	10	81491	81500	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
65	NC_002927	GCGCG	2	10	81515	81524	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
66	NC_002927	TGACC	2	10	82792	82801	20 %	20 %	20 %	40 %	33599077
67	NC_002927	GCCGG	2	10	83198	83207	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
68	NC_002927	AATGA	2	10	83224	83233	60 %	20 %	20 %	0 %	33599078
69	NC_002927	CCAGG	2	10	84503	84512	20 %	0 %	40 %	40 %	33599079
70	NC_002927	ACCGC	2	10	84764	84773	20 %	0 %	20 %	60 %	33599079
71	NC_002927	GCGTG	2	10	84815	84824	0 %	20 %	60 %	20 %	33599079
72	NC_002927	CTGGT	2	10	86886	86895	0 %	40 %	40 %	20 %	33599081
73	NC_002927	CTGGG	2	10	87225	87234	0 %	20 %	60 %	20 %	33599081
74	NC_002927	CCGCG	2	10	89031	89040	0 %	0 %	40 %	60 %	33599083
75	NC_002927	GACTG	2	10	90481	90490	20 %	20 %	40 %	20 %	33599085
76	NC_002927	GCGCG	2	10	90587	90596	0 %	0 %	60 %	40 %	33599085
77	NC_002927	GGCGT	2	10	90618	90627	0 %	20 %	60 %	20 %	33599085
78	NC_002927	GCGCG	2	10	91982	91991	0 %	0 %	60 %	40 %	33599087
79	NC_002927	GCGCG	2	10	94499	94508	0 %	0 %	60 %	40 %	33599088
80	NC_002927	CGGCA	2	10	96202	96211	20 %	0 %	40 %	40 %	33599090
81	NC_002927	CAGGT	2	10	96278	96287	20 %	20 %	40 %	20 %	33599090
82	NC_002927	AGCGC	2	10	96291	96300	20 %	0 %	40 %	40 %	33599090
83	NC_002927	GCCAG	2	10	97770	97779	20 %	0 %	40 %	40 %	33599092
84	NC_002927	CCCAG	2	10	97815	97824	20 %	0 %	20 %	60 %	33599092
85	NC_002927	GCGCG	2	10	99096	99105	0 %	0 %	60 %	40 %	33599093
86	NC_002927	GCGTA	2	10	99220	99229	20 %	20 %	40 %	20 %	33599093
87	NC_002927	GCCGC	2	10	101180	101189	0 %	0 %	40 %	60 %	33599095
88	NC_002927	CTGGG	2	10	102168	102177	0 %	20 %	60 %	20 %	33599096
89	NC_002927	CGATG	2	10	103650	103659	20 %	20 %	40 %	20 %	33599098
90	NC_002927	TGGCG	2	10	104552	104561	0 %	20 %	60 %	20 %	33599098
91	NC_002927	GCCGC	2	10	105710	105719	0 %	0 %	40 %	60 %	33599099
92	NC_002927	GCATC	2	10	105740	105749	20 %	20 %	20 %	40 %	33599099
93	NC_002927	GACCA	2	10	106480	106489	40 %	0 %	20 %	40 %	33599100
94	NC_002927	GCTGG	2	10	107253	107262	0 %	20 %	60 %	20 %	33599100
95	NC_002927	GCCCG	2	10	109150	109159	0 %	0 %	40 %	60 %	33599102
96	NC_002927	GCCTG	2	10	109767	109776	0 %	20 %	40 %	40 %	33599102
97	NC_002927	GCCCG	2	10	111843	111852	0 %	0 %	40 %	60 %	33599102
98	NC_002927	CAGCG	2	10	112586	112595	20 %	0 %	40 %	40 %	33599103
99	NC_002927	CAGGG	2	10	115045	115054	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
100	NC_002927	GGCCT	2	10	117269	117278	0 %	20 %	40 %	40 %	33599107
101	NC_002927	CGCGC	2	10	118682	118691	0 %	0 %	40 %	60 %	33599108
102	NC_002927	CGCGC	2	10	119440	119449	0 %	0 %	40 %	60 %	33599109
103	NC_002927	GCGTG	2	10	119779	119788	0 %	20 %	60 %	20 %	33599109
104	NC_002927	GCCGC	2	10	122007	122016	0 %	0 %	40 %	60 %	33599111
105	NC_002927	GTCGA	2	10	122397	122406	20 %	20 %	40 %	20 %	33599111
106	NC_002927	GTTCC	2	10	125957	125966	0 %	40 %	20 %	40 %	33599115
107	NC_002927	CAGCG	2	10	126179	126188	20 %	0 %	40 %	40 %	33599115
108	NC_002927	CGTGA	2	10	128955	128964	20 %	20 %	40 %	20 %	33599117
109	NC_002927	GGGGC	2	10	131083	131092	0 %	0 %	80 %	20 %	33599119
110	NC_002927	ACTGG	2	10	131967	131976	20 %	20 %	40 %	20 %	33599120
111	NC_002927	GAAAT	2	10	133906	133915	60 %	20 %	20 %	0 %	33599122
112	NC_002927	TCTGG	2	10	137801	137810	0 %	40 %	40 %	20 %	33599126
113	NC_002927	CGTCG	2	10	138627	138636	0 %	20 %	40 %	40 %	33599126
114	NC_002927	GGCGC	2	10	138818	138827	0 %	0 %	60 %	40 %	33599126
115	NC_002927	ATACG	2	10	139174	139183	40 %	20 %	20 %	20 %	33599126
116	NC_002927	TACGG	2	10	139523	139532	20 %	20 %	40 %	20 %	33599126
117	NC_002927	GCATC	2	10	140284	140293	20 %	20 %	20 %	40 %	33599126
118	NC_002927	CGGAC	2	10	142424	142433	20 %	0 %	40 %	40 %	33599127
119	NC_002927	TTCGA	2	10	144598	144607	20 %	40 %	20 %	20 %	33599128
120	NC_002927	CGGCC	2	10	148078	148087	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
121	NC_002927	GATTT	2	10	150417	150426	20 %	60 %	20 %	0 %	33599133
122	NC_002927	CAGCT	2	10	150450	150459	20 %	20 %	20 %	40 %	33599133
123	NC_002927	GCCGC	2	10	153111	153120	0 %	0 %	40 %	60 %	33599135
124	NC_002927	CCCGG	2	10	154510	154519	0 %	0 %	40 %	60 %	33599136
125	NC_002927	GGACG	2	10	157045	157054	20 %	0 %	60 %	20 %	33599138
126	NC_002927	GCGCG	2	10	159856	159865	0 %	0 %	60 %	40 %	33599140
127	NC_002927	AGGCG	2	10	159937	159946	20 %	0 %	60 %	20 %	33599140
128	NC_002927	CGATG	2	10	160994	161003	20 %	20 %	40 %	20 %	33599142
129	NC_002927	GGGCA	2	10	162128	162137	20 %	0 %	60 %	20 %	33599142
130	NC_002927	CTTCG	2	10	165346	165355	0 %	40 %	20 %	40 %	33599145
131	NC_002927	CAGCG	2	10	166649	166658	20 %	0 %	40 %	40 %	33599147
132	NC_002927	GGCCG	2	10	167969	167978	0 %	0 %	60 %	40 %	33599148
133	NC_002927	CGGCG	2	10	168770	168779	0 %	0 %	60 %	40 %	33599149
134	NC_002927	GGCCT	2	10	169344	169353	0 %	20 %	40 %	40 %	33599149
135	NC_002927	GAGAG	2	10	170406	170415	40 %	0 %	60 %	0 %	33599150
136	NC_002927	CAGCG	2	10	172575	172584	20 %	0 %	40 %	40 %	33599153
137	NC_002927	CGGGC	2	10	175585	175594	0 %	0 %	60 %	40 %	33599156
138	NC_002927	GCCGC	2	10	175694	175703	0 %	0 %	40 %	60 %	33599157
139	NC_002927	GCCGC	2	10	178311	178320	0 %	0 %	40 %	60 %	33599160
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