MICAS: Microsatellite Analysis Server

Tetra-nucleotide Non-Coding Repeats of Bordetella bronchiseptica RB50 chromosome

Total Repeats: 1654

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_002927	TATG	2	8	7965	7972	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
2	NC_002927	ACTG	2	8	20010	20017	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
3	NC_002927	GGCC	2	8	27301	27308	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
4	NC_002927	AGCC	2	8	28789	28796	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
5	NC_002927	ATCG	2	8	28893	28900	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
6	NC_002927	AACG	2	8	28974	28981	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
7	NC_002927	CTAC	2	8	30123	30130	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
8	NC_002927	GGCC	2	8	40048	40055	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
9	NC_002927	TTGG	2	8	42113	42120	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
10	NC_002927	CAGG	2	8	42192	42199	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
11	NC_002927	CAGG	2	8	42209	42216	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
12	NC_002927	TCGT	2	8	42329	42336	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
13	NC_002927	GGTT	2	8	57136	57143	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
14	NC_002927	GGCA	2	8	57287	57294	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
15	NC_002927	CGGC	2	8	72830	72837	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
16	NC_002927	ACCG	2	8	74197	74204	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
17	NC_002927	CGGG	2	8	74279	74286	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
18	NC_002927	CAGG	2	8	74844	74851	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
19	NC_002927	AGCC	2	8	77803	77810	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
20	NC_002927	GCAC	2	8	81573	81580	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
21	NC_002927	GTAG	2	8	84289	84296	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
22	NC_002927	GGCC	2	8	86388	86395	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
23	NC_002927	TACT	2	8	86416	86423	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
24	NC_002927	GGCA	2	8	91568	91575	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
25	NC_002927	GGCG	2	8	92450	92457	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
26	NC_002927	CCGG	2	8	94685	94692	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
27	NC_002927	AATC	2	8	96871	96878	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
28	NC_002927	GGGC	2	8	96954	96961	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
29	NC_002927	CGGG	2	8	97625	97632	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
30	NC_002927	ACGG	2	8	98592	98599	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
31	NC_002927	CGGC	2	8	98627	98634	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
32	NC_002927	GCCG	2	8	98639	98646	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
33	NC_002927	GCGT	2	8	100608	100615	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
34	NC_002927	CCCT	2	8	100723	100730	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
35	NC_002927	GGCG	2	8	101789	101796	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
36	NC_002927	GGCG	2	8	101807	101814	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
37	NC_002927	CCAA	2	8	108831	108838	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
38	NC_002927	GATC	2	8	108965	108972	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
39	NC_002927	GTAT	2	8	123247	123254	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
40	NC_002927	TGCC	2	8	143098	143105	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
41	NC_002927	GTCC	2	8	148264	148271	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
42	NC_002927	GCTT	2	8	149651	149658	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
43	NC_002927	ACCG	2	8	150772	150779	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
44	NC_002927	GACG	2	8	156972	156979	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
45	NC_002927	GCGT	2	8	160133	160140	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
46	NC_002927	CGGC	2	8	179250	179257	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
47	NC_002927	GGCG	2	8	179259	179266	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
48	NC_002927	CGGC	2	8	183921	183928	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
49	NC_002927	GCCG	2	8	183931	183938	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
50	NC_002927	GGCG	2	8	185253	185260	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
51	NC_002927	GGTC	2	8	186612	186619	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
52	NC_002927	TTCC	2	8	187174	187181	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
53	NC_002927	CTGG	2	8	187832	187839	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
54	NC_002927	ATTG	2	8	189923	189930	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
55	NC_002927	CGGC	2	8	192707	192714	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
56	NC_002927	TATT	3	12	210317	210328	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
57	NC_002927	CGGC	2	8	210463	210470	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
58	NC_002927	GGTT	2	8	215729	215736	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
59	NC_002927	CCGA	2	8	217527	217534	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
60	NC_002927	CTTC	2	8	220069	220076	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
61	NC_002927	CGGG	2	8	231566	231573	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
62	NC_002927	CGGC	2	8	243803	243810	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
63	NC_002927	GAAA	2	8	249137	249144	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
64	NC_002927	CGGA	2	8	249183	249190	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
65	NC_002927	CATA	2	8	251175	251182	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
66	NC_002927	GGGC	2	8	257444	257451	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
67	NC_002927	GCGG	2	8	262004	262011	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
68	NC_002927	GCCG	2	8	263614	263621	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
69	NC_002927	AGTA	2	8	282058	282065	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
70	NC_002927	GGCC	2	8	282140	282147	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
71	NC_002927	TACT	2	8	282313	282320	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
72	NC_002927	CGGC	2	8	282445	282452	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
73	NC_002927	TGAA	2	8	299328	299335	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
74	NC_002927	GGGC	2	8	300145	300152	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
75	NC_002927	GCGG	2	8	307104	307111	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
76	NC_002927	GGAT	2	8	309131	309138	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
77	NC_002927	GCCG	2	8	309986	309993	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
78	NC_002927	CGGC	3	12	309998	310009	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
79	NC_002927	CAGG	2	8	313848	313855	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
80	NC_002927	GTTG	2	8	315322	315329	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
81	NC_002927	GGCG	2	8	317727	317734	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
82	NC_002927	TGCG	2	8	320075	320082	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
83	NC_002927	ATAC	2	8	326497	326504	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
84	NC_002927	TTAT	2	8	331228	331235	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
85	NC_002927	AGAA	2	8	331266	331273	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
86	NC_002927	CGGC	2	8	342597	342604	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
87	NC_002927	CTCG	2	8	351957	351964	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
88	NC_002927	TGGG	2	8	354975	354982	0 %	25 %	75 %	0 %	Non-Coding
89	NC_002927	TTGC	2	8	354983	354990	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
90	NC_002927	GCCC	2	8	361424	361431	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
91	NC_002927	GAGG	2	8	363166	363173	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
92	NC_002927	GCGG	2	8	363277	363284	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
93	NC_002927	GCCC	2	8	363300	363307	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
94	NC_002927	CGGC	2	8	364323	364330	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
95	NC_002927	GGCG	2	8	365326	365333	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
96	NC_002927	GTAC	2	8	370734	370741	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
97	NC_002927	AGGC	2	8	370760	370767	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
98	NC_002927	GAAC	2	8	370811	370818	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
99	NC_002927	TGCG	2	8	370868	370875	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
100	NC_002927	TTGA	2	8	373860	373867	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
101	NC_002927	GCCC	2	8	379124	379131	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
102	NC_002927	CGCC	2	8	383713	383720	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
103	NC_002927	GCCG	2	8	384832	384839	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
104	NC_002927	CGCC	2	8	386940	386947	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
105	NC_002927	CATT	2	8	387856	387863	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
106	NC_002927	GCTT	2	8	392627	392634	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
107	NC_002927	GGAA	2	8	394825	394832	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
108	NC_002927	CCGC	2	8	395613	395620	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
109	NC_002927	CCGC	2	8	400028	400035	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
110	NC_002927	AATT	2	8	400148	400155	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
111	NC_002927	TGTT	2	8	400190	400197	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
112	NC_002927	GCGG	2	8	400229	400236	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
113	NC_002927	GGCA	2	8	412278	412285	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
114	NC_002927	CTCC	2	8	415705	415712	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
115	NC_002927	GCCG	2	8	420362	420369	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
116	NC_002927	GCCG	2	8	420880	420887	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
117	NC_002927	CCGG	2	8	425368	425375	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
118	NC_002927	ATTT	2	8	429573	429580	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
119	NC_002927	GCGG	2	8	429677	429684	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
120	NC_002927	GGCG	2	8	429811	429818	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
121	NC_002927	CGGG	2	8	432622	432629	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
122	NC_002927	ACGG	2	8	432893	432900	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
123	NC_002927	CGAT	2	8	437580	437587	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
124	NC_002927	GGGC	2	8	442940	442947	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
125	NC_002927	GGTA	2	8	444914	444921	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
126	NC_002927	CGGC	2	8	449205	449212	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
127	NC_002927	GCCG	2	8	456511	456518	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
128	NC_002927	GACG	2	8	456548	456555	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
129	NC_002927	TGGC	2	8	456621	456628	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
130	NC_002927	TGTT	2	8	456638	456645	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
131	NC_002927	ACGC	2	8	459940	459947	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
132	NC_002927	GGCG	2	8	461709	461716	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
133	NC_002927	CTAT	2	8	462670	462677	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
134	NC_002927	GTGG	2	8	463663	463670	0 %	25 %	75 %	0 %	Non-Coding
135	NC_002927	GGCG	2	8	464142	464149	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
136	NC_002927	GGAT	2	8	465310	465317	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
137	NC_002927	ACGC	2	8	473970	473977	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
138	NC_002927	GCCG	2	8	481719	481726	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
139	NC_002927	TGCG	2	8	482572	482579	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
140	NC_002927	TCAC	2	8	486851	486858	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
141	NC_002927	CCGG	2	8	491698	491705	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
142	NC_002927	GGGC	2	8	493538	493545	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
143	NC_002927	ACAA	2	8	495567	495574	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
144	NC_002927	CCAT	2	8	501149	501156	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
145	NC_002927	CCGC	2	8	501177	501184	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
146	NC_002927	ATGG	2	8	502399	502406	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
147	NC_002927	CAGG	2	8	502796	502803	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
148	NC_002927	TGCT	2	8	503062	503069	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
149	NC_002927	TGCA	2	8	503355	503362	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
150	NC_002927	GCCG	2	8	503486	503493	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
151	NC_002927	GCCG	2	8	503610	503617	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
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443	NC_002927	GGCG	2	8	1461316	1461323	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
444	NC_002927	GCCG	2	8	1465697	1465704	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
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450	NC_002927	CCGG	2	8	1471630	1471637	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
451	NC_002927	CGCC	2	8	1474818	1474825	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
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465	NC_002927	CAGG	2	8	1512234	1512241	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
466	NC_002927	CGGC	2	8	1524064	1524071	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
467	NC_002927	GCCG	2	8	1524087	1524094	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
468	NC_002927	GGAT	2	8	1525903	1525910	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
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470	NC_002927	GCCG	2	8	1526121	1526128	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
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475	NC_002927	CGGC	2	8	1554324	1554331	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
476	NC_002927	TCGG	2	8	1558244	1558251	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
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481	NC_002927	CAGA	2	8	1560544	1560551	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
482	NC_002927	GACC	2	8	1565919	1565926	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
483	NC_002927	CACG	2	8	1566046	1566053	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
484	NC_002927	CAGT	2	8	1567645	1567652	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
485	NC_002927	GCGA	2	8	1571227	1571234	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
486	NC_002927	GGCC	2	8	1574031	1574038	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
487	NC_002927	GGCG	2	8	1574209	1574216	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
488	NC_002927	GCCA	2	8	1574252	1574259	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
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