MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Repeats of Mesorhizobium loti MAFF303099 plasmid pMLb

Total Repeats: 162

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_002682	AAGGC	2	10	2232	2241	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
2	NC_002682	GGCAA	2	10	3931	3940	40 %	0 %	40 %	20 %	13488376
3	NC_002682	GGAAA	2	10	4312	4321	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
4	NC_002682	TGATC	2	10	5797	5806	20 %	40 %	20 %	20 %	13488377
5	NC_002682	GACCC	2	10	9926	9935	20 %	0 %	20 %	60 %	13488381
6	NC_002682	GCCTC	2	10	12745	12754	0 %	20 %	20 %	60 %	13488383
7	NC_002682	CAGCA	2	10	12879	12888	40 %	0 %	20 %	40 %	13488383
8	NC_002682	GGCCG	2	10	13780	13789	0 %	0 %	60 %	40 %	13488385
9	NC_002682	GCGAG	2	10	17767	17776	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
10	NC_002682	GGACG	2	10	18820	18829	20 %	0 %	60 %	20 %	13488389
11	NC_002682	GGGCT	2	10	19080	19089	0 %	20 %	60 %	20 %	13488389
12	NC_002682	TCGGC	2	10	19356	19365	0 %	20 %	40 %	40 %	13488389
13	NC_002682	CGGTG	2	10	20410	20419	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
14	NC_002682	GAAGC	2	10	25579	25588	40 %	0 %	40 %	20 %	13488399
15	NC_002682	CGCGG	2	10	26839	26848	0 %	0 %	60 %	40 %	13488399
16	NC_002682	CCGAG	2	10	29127	29136	20 %	0 %	40 %	40 %	13488401
17	NC_002682	GCGAT	2	10	29917	29926	20 %	20 %	40 %	20 %	13488402
18	NC_002682	TTTCG	2	10	30811	30820	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
19	NC_002682	TGGAG	2	10	31731	31740	20 %	20 %	60 %	0 %	13488404
20	NC_002682	GTGTG	2	10	32388	32397	0 %	40 %	60 %	0 %	13488405
21	NC_002682	AAGCG	2	10	33012	33021	40 %	0 %	40 %	20 %	13488406
22	NC_002682	CAAGA	2	10	35341	35350	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
23	NC_002682	GTTGA	2	10	35877	35886	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
24	NC_002682	AACCC	2	10	35899	35908	40 %	0 %	0 %	60 %	Non-Coding
25	NC_002682	GCGAT	2	10	36920	36929	20 %	20 %	40 %	20 %	13488409
26	NC_002682	GTAGG	2	10	37599	37608	20 %	20 %	60 %	0 %	13488410
27	NC_002682	CAGCA	2	10	38567	38576	40 %	0 %	20 %	40 %	13488412
28	NC_002682	CTGTC	2	10	39186	39195	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
29	NC_002682	CCATG	2	10	39572	39581	20 %	20 %	20 %	40 %	13488414
30	NC_002682	AACCA	2	10	40356	40365	60 %	0 %	0 %	40 %	Non-Coding
31	NC_002682	TCATG	2	10	41650	41659	20 %	40 %	20 %	20 %	13488417
32	NC_002682	CGGCG	2	10	44284	44293	0 %	0 %	60 %	40 %	13488422
33	NC_002682	ACTTC	2	10	44501	44510	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
34	NC_002682	AGTTT	2	10	45047	45056	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
35	NC_002682	TAGGA	2	10	45088	45097	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
36	NC_002682	AGCGC	2	10	47329	47338	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
37	NC_002682	GCCGA	2	10	49742	49751	20 %	0 %	40 %	40 %	13488427
38	NC_002682	GAAGG	2	10	51253	51262	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
39	NC_002682	TCGCG	2	10	52364	52373	0 %	20 %	40 %	40 %	13488431
40	NC_002682	GGAAC	2	10	53526	53535	40 %	0 %	40 %	20 %	13488432
41	NC_002682	CCGTT	2	10	53573	53582	0 %	40 %	20 %	40 %	13488432
42	NC_002682	GACCG	2	10	55950	55959	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
43	NC_002682	CTTCA	2	10	56561	56570	20 %	40 %	0 %	40 %	13488436
44	NC_002682	TGCAA	2	10	57862	57871	40 %	20 %	20 %	20 %	13488438
45	NC_002682	CTCCA	2	10	62594	62603	20 %	20 %	0 %	60 %	13488443
46	NC_002682	GACCT	2	10	63550	63559	20 %	20 %	20 %	40 %	13488444
47	NC_002682	CACCG	2	10	63580	63589	20 %	0 %	20 %	60 %	13488444
48	NC_002682	TCGAT	2	10	67617	67626	20 %	40 %	20 %	20 %	13488447
49	NC_002682	GATCA	2	10	67627	67636	40 %	20 %	20 %	20 %	13488447
50	NC_002682	GCCTC	2	10	70133	70142	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
51	NC_002682	TGGCC	2	10	71705	71714	0 %	20 %	40 %	40 %	13488450
52	NC_002682	CGTGA	2	10	73071	73080	20 %	20 %	40 %	20 %	13488452
53	NC_002682	CCCTC	2	10	73643	73652	0 %	20 %	0 %	80 %	13488453
54	NC_002682	CTTGA	2	10	75647	75656	20 %	40 %	20 %	20 %	13488455
55	NC_002682	GGTCA	2	10	77234	77243	20 %	20 %	40 %	20 %	13488456
56	NC_002682	CGCAT	2	10	77388	77397	20 %	20 %	20 %	40 %	13488456
57	NC_002682	AGGAC	2	10	78417	78426	40 %	0 %	40 %	20 %	13488457
58	NC_002682	CGTAG	2	10	81996	82005	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
59	NC_002682	CGGCG	2	10	83100	83109	0 %	0 %	60 %	40 %	13488462
60	NC_002682	GAACG	2	10	85785	85794	40 %	0 %	40 %	20 %	13488465
61	NC_002682	AGCGA	2	10	87391	87400	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
62	NC_002682	GGCAG	2	10	87451	87460	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
63	NC_002682	CATGG	2	10	88284	88293	20 %	20 %	40 %	20 %	13488467
64	NC_002682	CGATC	2	10	88424	88433	20 %	20 %	20 %	40 %	13488467
65	NC_002682	GCCTC	2	10	88660	88669	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
66	NC_002682	CCGGA	2	10	89227	89236	20 %	0 %	40 %	40 %	13488468
67	NC_002682	CCGGC	2	10	91241	91250	0 %	0 %	40 %	60 %	13488470
68	NC_002682	CGCGT	2	10	93219	93228	0 %	20 %	40 %	40 %	13488470
69	NC_002682	GCTGC	2	10	93978	93987	0 %	20 %	40 %	40 %	13488471
70	NC_002682	GCCAA	2	10	95822	95831	40 %	0 %	20 %	40 %	13488473
71	NC_002682	TGGCT	2	10	96159	96168	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
72	NC_002682	TGTGA	2	10	98575	98584	20 %	40 %	40 %	0 %	13488475
73	NC_002682	GGACA	2	10	99123	99132	40 %	0 %	40 %	20 %	13488475
74	NC_002682	CATGC	2	10	99464	99473	20 %	20 %	20 %	40 %	13488476
75	NC_002682	TTGCC	2	10	100545	100554	0 %	40 %	20 %	40 %	13488477
76	NC_002682	CCTGA	2	10	101422	101431	20 %	20 %	20 %	40 %	13488477
77	NC_002682	CGACG	2	10	102011	102020	20 %	0 %	40 %	40 %	13488477
78	NC_002682	CCAGG	2	10	102456	102465	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
79	NC_002682	AAGTG	2	10	102481	102490	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
80	NC_002682	CGCTC	2	10	103998	104007	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
81	NC_002682	CCAGC	2	10	104054	104063	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
82	NC_002682	GTCGC	2	10	104347	104356	0 %	20 %	40 %	40 %	13488480
83	NC_002682	GCCGT	2	10	105300	105309	0 %	20 %	40 %	40 %	13488480
84	NC_002682	GGCTT	2	10	106519	106528	0 %	40 %	40 %	20 %	13488481
85	NC_002682	ACGAA	2	10	106771	106780	60 %	0 %	20 %	20 %	13488481
86	NC_002682	TTCCC	2	10	109147	109156	0 %	40 %	0 %	60 %	Non-Coding
87	NC_002682	CGAGG	2	10	109812	109821	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
88	NC_002682	GACCC	2	10	110860	110869	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
89	NC_002682	TCGGT	2	10	113208	113217	0 %	40 %	40 %	20 %	13488485
90	NC_002682	TGACC	2	10	114735	114744	20 %	20 %	20 %	40 %	13488487
91	NC_002682	CGGCG	2	10	117760	117769	0 %	0 %	60 %	40 %	13488491
92	NC_002682	CTGCC	2	10	120215	120224	0 %	20 %	20 %	60 %	13488493
93	NC_002682	CCCCT	2	10	121255	121264	0 %	20 %	0 %	80 %	Non-Coding
94	NC_002682	GCGCT	2	10	122011	122020	0 %	20 %	40 %	40 %	13488495
95	NC_002682	TGTGC	2	10	122460	122469	0 %	40 %	40 %	20 %	13488496
96	NC_002682	GCAGA	2	10	125450	125459	40 %	0 %	40 %	20 %	13488498
97	NC_002682	TGCGG	2	10	125606	125615	0 %	20 %	60 %	20 %	13488498
98	NC_002682	AACGG	2	10	126542	126551	40 %	0 %	40 %	20 %	13488499
99	NC_002682	CAGGT	2	10	126714	126723	20 %	20 %	40 %	20 %	13488499
100	NC_002682	GATGT	2	10	127158	127167	20 %	40 %	40 %	0 %	13488499
101	NC_002682	TCGCT	2	10	127375	127384	0 %	40 %	20 %	40 %	13488499
102	NC_002682	AACGG	2	10	129207	129216	40 %	0 %	40 %	20 %	13488501
103	NC_002682	GCCCC	2	10	130259	130268	0 %	0 %	20 %	80 %	13488502
104	NC_002682	GTCCC	2	10	130392	130401	0 %	20 %	20 %	60 %	13488502
105	NC_002682	CGGCC	2	10	132569	132578	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
106	NC_002682	ATGAC	2	10	135984	135993	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
107	NC_002682	GAGGT	2	10	137447	137456	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
108	NC_002682	CAGCG	2	10	139802	139811	20 %	0 %	40 %	40 %	13488515
109	NC_002682	GCGCG	2	10	140301	140310	0 %	0 %	60 %	40 %	13488516
110	NC_002682	GCCAA	2	10	140524	140533	40 %	0 %	20 %	40 %	13488516
111	NC_002682	TGGCA	2	10	141241	141250	20 %	20 %	40 %	20 %	13488516
112	NC_002682	CCTTG	2	10	141391	141400	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
113	NC_002682	TACGA	2	10	146464	146473	40 %	20 %	20 %	20 %	13488521
114	NC_002682	GCCAA	2	10	146756	146765	40 %	0 %	20 %	40 %	13488521
115	NC_002682	GAAAG	2	10	150532	150541	60 %	0 %	40 %	0 %	13488525
116	NC_002682	GGGCA	2	10	150586	150595	20 %	0 %	60 %	20 %	13488525
117	NC_002682	ATGCC	2	10	152822	152831	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
118	NC_002682	CAAGC	2	10	153130	153139	40 %	0 %	20 %	40 %	13488528
119	NC_002682	CGGCT	2	10	154896	154905	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
120	NC_002682	TACCT	2	10	154941	154950	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
121	NC_002682	CACGA	2	10	155217	155226	40 %	0 %	20 %	40 %	13488530
122	NC_002682	GCCAG	2	10	160055	160064	20 %	0 %	40 %	40 %	13488536
123	NC_002682	GTCGC	2	10	163238	163247	0 %	20 %	40 %	40 %	13488538
124	NC_002682	GTCGT	2	10	163385	163394	0 %	40 %	40 %	20 %	13488538
125	NC_002682	ACGCT	2	10	164293	164302	20 %	20 %	20 %	40 %	13488538
126	NC_002682	GTGGC	2	10	164633	164642	0 %	20 %	60 %	20 %	13488538
127	NC_002682	TGCGC	2	10	165780	165789	0 %	20 %	40 %	40 %	13488538
128	NC_002682	TGGTC	2	10	169395	169404	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
129	NC_002682	CGTGG	2	10	170332	170341	0 %	20 %	60 %	20 %	13488542
130	NC_002682	GCTCT	2	10	172149	172158	0 %	40 %	20 %	40 %	13488545
131	NC_002682	GTTCG	2	10	173455	173464	0 %	40 %	40 %	20 %	13488546
132	NC_002682	TTTGC	2	10	174490	174499	0 %	60 %	20 %	20 %	13488547
133	NC_002682	GACGC	2	10	174580	174589	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
134	NC_002682	GCGGA	2	10	174762	174771	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
135	NC_002682	GCCGC	2	10	177064	177073	0 %	0 %	40 %	60 %	13488550
136	NC_002682	AAGCG	2	10	178318	178327	40 %	0 %	40 %	20 %	13488551
137	NC_002682	GGCAT	2	10	178474	178483	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
138	NC_002682	GGGGA	2	10	186633	186642	20 %	0 %	80 %	0 %	13488557
139	NC_002682	TTCCG	2	10	187615	187624	0 %	40 %	20 %	40 %	13488558
140	NC_002682	GGGGA	2	10	189801	189810	20 %	0 %	80 %	0 %	13488560
141	NC_002682	GAAGG	2	10	190335	190344	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
142	NC_002682	CGCGC	2	10	192104	192113	0 %	0 %	40 %	60 %	13488563
143	NC_002682	CATGA	2	10	192893	192902	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
144	NC_002682	GCCGC	2	10	193340	193349	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
145	NC_002682	GAGCG	2	10	193524	193533	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
146	NC_002682	GTGTC	2	10	194235	194244	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
147	NC_002682	GGCCG	2	10	194453	194462	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
148	NC_002682	CCGCG	2	10	195399	195408	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
149	NC_002682	GCATC	2	10	197054	197063	20 %	20 %	20 %	40 %	13488568
150	NC_002682	GCCGC	2	10	197469	197478	0 %	0 %	40 %	60 %	13488569
151	NC_002682	TCCGA	2	10	198305	198314	20 %	20 %	20 %	40 %	13488570
152	NC_002682	GCATC	2	10	198564	198573	20 %	20 %	20 %	40 %	13488571
153	NC_002682	GGCAG	2	10	199548	199557	20 %	0 %	60 %	20 %	13488572
154	NC_002682	GGCCG	2	10	199950	199959	0 %	0 %	60 %	40 %	13488572
155	NC_002682	TGCTT	2	10	201699	201708	0 %	60 %	20 %	20 %	13488573
156	NC_002682	CCGGA	2	10	202047	202056	20 %	0 %	40 %	40 %	13488573
157	NC_002682	ATCGA	2	10	202106	202115	40 %	20 %	20 %	20 %	13488573
158	NC_002682	CGAGC	2	10	202943	202952	20 %	0 %	40 %	40 %	13488573
159	NC_002682	CAGGC	2	10	204614	204623	20 %	0 %	40 %	40 %	13488575
160	NC_002682	AAACG	2	10	204774	204783	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
161	NC_002682	CGGTG	2	10	204793	204802	0 %	20 %	60 %	20 %	13488576
162	NC_002682	TTTCC	2	10	207543	207552	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.