MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Coding Repeats of Mesorhizobium loti MAFF303099 plasmid pMLa

Total Repeats: 111

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_002679	CCTTCT	2	12	10385	10396	0 %	50 %	0 %	50 %	13488053
2	NC_002679	TTTCTA	2	12	11008	11019	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	13488054
3	NC_002679	TCGCGT	2	12	12747	12758	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	13488181
4	NC_002679	GCTGGC	2	12	13338	13349	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	13488181
5	NC_002679	GCCGCG	2	12	18528	18539	0 %	0 %	50 %	50 %	13488186
6	NC_002679	ATCTCG	2	12	18720	18731	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	13488186
7	NC_002679	ATGGGC	2	12	19691	19702	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	13488187
8	NC_002679	GCGACG	2	12	26060	26071	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	13488190
9	NC_002679	GATGCG	2	12	30806	30817	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	13488191
10	NC_002679	GGGCCG	2	12	33019	33030	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	13488193
11	NC_002679	CTCGGA	2	12	48137	48148	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	13488203
12	NC_002679	CTGGCG	2	12	49087	49098	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	13488204
13	NC_002679	GCTATC	2	12	49133	49144	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	13488204
14	NC_002679	CGATGC	2	12	49188	49199	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	13488204
15	NC_002679	GATCGA	2	12	49461	49472	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	13488204
16	NC_002679	ACTCGC	2	12	50304	50315	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	13488204
17	NC_002679	GGCGAA	2	12	51507	51518	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	13488204
18	NC_002679	GACCAC	2	12	53810	53821	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	13488204
19	NC_002679	GATGGA	2	12	54258	54269	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	13488367
20	NC_002679	CCGCAG	2	12	55833	55844	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	13488060
21	NC_002679	TGAACA	2	12	64319	64330	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	13488061
22	NC_002679	TCCGGA	2	12	72932	72943	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	13488063
23	NC_002679	CCTTGA	2	12	73011	73022	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	13488063
24	NC_002679	GCCGGC	2	12	73111	73122	0 %	0 %	50 %	50 %	13488063
25	NC_002679	CGAGGT	2	12	75554	75565	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	13488065
26	NC_002679	AGCCTG	2	12	81238	81249	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	13488071
27	NC_002679	GCTGCA	2	12	83951	83962	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	13488073
28	NC_002679	GGCTTC	2	12	85691	85702	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	13488214
29	NC_002679	ACGGGT	2	12	95138	95149	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	13488218
30	NC_002679	GTCGCC	2	12	99301	99312	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	13488221
31	NC_002679	GCGCCT	2	12	103928	103939	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	13488223
32	NC_002679	CGAAGC	2	12	106144	106155	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	13488224
33	NC_002679	GAAGCC	2	12	107360	107371	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	13488224
34	NC_002679	TGATCC	2	12	109851	109862	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	13488077
35	NC_002679	ACGCGC	2	12	110193	110204	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	13488078
36	NC_002679	CCAGCA	2	12	112103	112114	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	13488079
37	NC_002679	ACGAGG	2	12	115321	115332	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	13488082
38	NC_002679	GGCACC	2	12	116501	116512	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	13488083
39	NC_002679	TCTTTG	2	12	126445	126456	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	13488090
40	NC_002679	CGGTGA	2	12	133232	133243	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	13488097
41	NC_002679	CAGAAC	2	12	134105	134116	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	13488098
42	NC_002679	ACGTGG	2	12	136834	136845	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	13488225
43	NC_002679	CTGCAT	2	12	144490	144501	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	13488104
44	NC_002679	CTGCCT	2	12	145185	145196	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	13488104
45	NC_002679	AACGCC	2	12	147011	147022	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	13488106
46	NC_002679	CCGGAA	2	12	147677	147688	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	13488107
47	NC_002679	GCTCCC	2	12	148933	148944	0 %	16.67 %	16.67 %	66.67 %	13488108
48	NC_002679	CTTGGA	2	12	152156	152167	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	13488109
49	NC_002679	GCCGTG	2	12	155008	155019	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	13488110
50	NC_002679	GGCCGG	2	12	159323	159334	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	13488230
51	NC_002679	TGTCGG	2	12	162025	162036	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	13488113
52	NC_002679	CCGAGC	2	12	163419	163430	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	13488115
53	NC_002679	GCATGG	2	12	172734	172745	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	13488234
54	NC_002679	GAGCGC	2	12	173837	173848	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	13488234
55	NC_002679	TCGGTT	2	12	181073	181084	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	13488369
56	NC_002679	GACCAT	2	12	183294	183305	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	13488120
57	NC_002679	CCGGCA	2	12	186011	186022	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	13488238
58	NC_002679	AGGGTG	2	12	186038	186049	16.67 %	16.67 %	66.67 %	0 %	13488238
59	NC_002679	TACCGC	2	12	186724	186735	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	13488238
60	NC_002679	ACGAAA	2	12	193010	193021	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	13488243
61	NC_002679	TCCCGA	2	12	194696	194707	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	13488122
62	NC_002679	GGTTTT	2	12	196665	196676	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	13488244
63	NC_002679	GGCGCT	2	12	208692	208703	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	161621457
64	NC_002679	CATCGC	2	12	210199	210210	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	161621457
65	NC_002679	GCCAGT	2	12	210427	210438	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	161621457
66	NC_002679	GAAGCC	2	12	216059	216070	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	13488250
67	NC_002679	GCGCTC	2	12	216797	216808	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	13488130
68	NC_002679	GTTGAA	2	12	223736	223747	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	13488133
69	NC_002679	GTTCGC	2	12	224768	224779	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	13488256
70	NC_002679	TTGTGT	2	12	225506	225517	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	13488257
71	NC_002679	CTCGGG	2	12	231104	231115	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	13488262
72	NC_002679	CCCCCG	2	12	232787	232798	0 %	0 %	16.67 %	83.33 %	13488263
73	NC_002679	GCCCGG	2	12	236229	236240	0 %	0 %	50 %	50 %	13488267
74	NC_002679	GGCGAG	2	12	237172	237183	16.67 %	0 %	66.67 %	16.67 %	13488268
75	NC_002679	TCTTTT	2	12	239572	239583	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	13488270
76	NC_002679	TGGTCC	2	12	240265	240276	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	13488270
77	NC_002679	GGCGCT	2	12	243576	243587	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	13488273
78	NC_002679	GGTTCC	2	12	246649	246660	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	13488275
79	NC_002679	CTTCGG	2	12	250460	250471	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	13488279
80	NC_002679	CATCGT	2	12	251069	251080	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	13488279
81	NC_002679	GCCGTC	2	12	251088	251099	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	13488279
82	NC_002679	CCGAAC	2	12	257020	257031	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	13488286
83	NC_002679	GCTGCG	2	12	261386	261397	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	13488290
84	NC_002679	GCCTAT	2	12	261613	261624	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	13488290
85	NC_002679	GCTGCC	2	12	266659	266670	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	13488292
86	NC_002679	CCGAAG	2	12	268557	268568	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	13488294
87	NC_002679	GAGCTG	2	12	268688	268699	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	13488294
88	NC_002679	GTTGAG	2	12	269780	269791	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	13488137
89	NC_002679	GACAGC	2	12	271253	271264	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	13488296
90	NC_002679	CTTGGT	2	12	274572	274583	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	13488139
91	NC_002679	TCAAGG	2	12	275284	275295	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	13488362
92	NC_002679	CGAGAA	2	12	276807	276818	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	13488142
93	NC_002679	GGTCCT	2	12	277261	277272	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	13488143
94	NC_002679	AGCGCC	2	12	278574	278585	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	13488143
95	NC_002679	CTTGCG	2	12	295507	295518	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	13488153
96	NC_002679	CTCGCC	2	12	296916	296927	0 %	16.67 %	16.67 %	66.67 %	13488154
97	NC_002679	CGAATC	2	12	300820	300831	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	13488366
98	NC_002679	GAAGTC	2	12	302282	302293	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	13488302
99	NC_002679	GCGACC	2	12	304045	304056	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	13488158
100	NC_002679	TGCCGC	2	12	305058	305069	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	13488159
101	NC_002679	GCCGCG	2	12	305146	305157	0 %	0 %	50 %	50 %	13488159
102	NC_002679	ACCGCA	2	12	307305	307316	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	13488305
103	NC_002679	TTCAAA	2	12	308079	308090	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	13488160
104	NC_002679	GGTGCT	2	12	317413	317424	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	13488307
105	NC_002679	GGTCAT	2	12	320037	320048	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	13488167
106	NC_002679	GCAACA	2	12	336549	336560	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	13488313
107	NC_002679	GATCGA	2	12	338621	338632	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	13488315
108	NC_002679	GATCGA	2	12	339622	339633	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	13488316
109	NC_002679	CGGCTT	2	12	341725	341736	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	13488173
110	NC_002679	GAGATT	2	12	342802	342813	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	13488173
111	NC_002679	GACATC	2	12	347107	347118	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	13488177

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.