MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Repeats of Mesorhizobium loti MAFF303099 plasmid pMLa

Total Repeats: 234

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_002679	GAAAA	2	10	3052	3061	80 %	0 %	20 %	0 %	13488180
2	NC_002679	CAAGA	2	10	6567	6576	60 %	0 %	20 %	20 %	13488179
3	NC_002679	CCAAC	2	10	8814	8823	40 %	0 %	0 %	60 %	Non-Coding
4	NC_002679	CAGAT	2	10	9019	9028	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
5	NC_002679	TTGGT	2	10	9927	9936	0 %	60 %	40 %	0 %	13488053
6	NC_002679	AGCCC	2	10	10691	10700	20 %	0 %	20 %	60 %	13488054
7	NC_002679	GGAAA	2	10	11843	11852	60 %	0 %	40 %	0 %	13488054
8	NC_002679	CCACA	2	10	12925	12934	40 %	0 %	0 %	60 %	13488181
9	NC_002679	GATCA	2	10	13576	13585	40 %	20 %	20 %	20 %	13488182
10	NC_002679	TCCGA	2	10	13634	13643	20 %	20 %	20 %	40 %	13488182
11	NC_002679	GGATT	2	10	14834	14843	20 %	40 %	40 %	0 %	13488183
12	NC_002679	CGCTC	2	10	15768	15777	0 %	20 %	20 %	60 %	13488184
13	NC_002679	TGGCC	2	10	16391	16400	0 %	20 %	40 %	40 %	13488184
14	NC_002679	GCGTC	2	10	20088	20097	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
15	NC_002679	TTGCA	2	10	20621	20630	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
16	NC_002679	TGTGC	2	10	21261	21270	0 %	40 %	40 %	20 %	13488188
17	NC_002679	ATCGG	2	10	21417	21426	20 %	20 %	40 %	20 %	13488188
18	NC_002679	CTTCG	2	10	21621	21630	0 %	40 %	20 %	40 %	13488188
19	NC_002679	GTCGG	2	10	23558	23567	0 %	20 %	60 %	20 %	13488189
20	NC_002679	AACGA	2	10	24382	24391	60 %	0 %	20 %	20 %	13488189
21	NC_002679	CGCGC	2	10	25119	25128	0 %	0 %	40 %	60 %	13488189
22	NC_002679	TCGGC	2	10	26094	26103	0 %	20 %	40 %	40 %	13488190
23	NC_002679	CGGCG	2	10	28826	28835	0 %	0 %	60 %	40 %	13488057
24	NC_002679	CGCGA	2	10	30381	30390	20 %	0 %	40 %	40 %	13488191
25	NC_002679	GACCC	2	10	33265	33274	20 %	0 %	20 %	60 %	13488193
26	NC_002679	TCGTC	2	10	34564	34573	0 %	40 %	20 %	40 %	13488194
27	NC_002679	ATCGG	2	10	36588	36597	20 %	20 %	40 %	20 %	13488196
28	NC_002679	CATGA	2	10	38403	38412	40 %	20 %	20 %	20 %	13488198
29	NC_002679	TGAGC	2	10	38598	38607	20 %	20 %	40 %	20 %	13488199
30	NC_002679	GCAGG	2	10	39171	39180	20 %	0 %	60 %	20 %	13488199
31	NC_002679	CAACC	2	10	39321	39330	40 %	0 %	0 %	60 %	Non-Coding
32	NC_002679	ATCCT	2	10	39969	39978	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
33	NC_002679	CGTGA	2	10	40075	40084	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
34	NC_002679	TGAAC	2	10	40189	40198	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
35	NC_002679	GAGAG	2	10	41387	41396	40 %	0 %	60 %	0 %	13488201
36	NC_002679	CTGAC	2	10	42253	42262	20 %	20 %	20 %	40 %	13488344
37	NC_002679	CATGG	2	10	44786	44795	20 %	20 %	40 %	20 %	13488058
38	NC_002679	TGAAG	2	10	45645	45654	40 %	20 %	40 %	0 %	13488202
39	NC_002679	CCTTC	2	10	49671	49680	0 %	40 %	0 %	60 %	13488204
40	NC_002679	CGATC	2	10	50151	50160	20 %	20 %	20 %	40 %	13488204
41	NC_002679	TGGCA	2	10	51158	51167	20 %	20 %	40 %	20 %	13488204
42	NC_002679	GCCGT	2	10	51542	51551	0 %	20 %	40 %	40 %	13488204
43	NC_002679	GCATG	2	10	51615	51624	20 %	20 %	40 %	20 %	13488204
44	NC_002679	ACGCT	2	10	59734	59743	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
45	NC_002679	TTGGC	2	10	61152	61161	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
46	NC_002679	CCCGG	2	10	61253	61262	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
47	NC_002679	TTTTG	2	10	61599	61608	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
48	NC_002679	ACGAG	2	10	63899	63908	40 %	0 %	40 %	20 %	13488061
49	NC_002679	TGCAG	2	10	65200	65209	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
50	NC_002679	TCGGA	2	10	66061	66070	20 %	20 %	40 %	20 %	13488348
51	NC_002679	TGTGG	2	10	68691	68700	0 %	40 %	60 %	0 %	13488328
52	NC_002679	CGGCA	2	10	69363	69372	20 %	0 %	40 %	40 %	13488212
53	NC_002679	CAGGG	2	10	71394	71403	20 %	0 %	60 %	20 %	13488062
54	NC_002679	AGGGG	2	10	72022	72031	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
55	NC_002679	GTCGC	2	10	74497	74506	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
56	NC_002679	GCGCG	2	10	77063	77072	0 %	0 %	60 %	40 %	13488066
57	NC_002679	GCGCT	2	10	79061	79070	0 %	20 %	40 %	40 %	13488068
58	NC_002679	CCTGT	2	10	80220	80229	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
59	NC_002679	CCCGT	2	10	82151	82160	0 %	20 %	20 %	60 %	13488071
60	NC_002679	CCAAG	2	10	82364	82373	40 %	0 %	20 %	40 %	13488071
61	NC_002679	TATTT	2	10	84007	84016	20 %	80 %	0 %	0 %	13488073
62	NC_002679	GCCTT	2	10	84676	84685	0 %	40 %	20 %	40 %	13488073
63	NC_002679	CGATC	2	10	85579	85588	20 %	20 %	20 %	40 %	13488214
64	NC_002679	GCAAG	2	10	85810	85819	40 %	0 %	40 %	20 %	13488214
65	NC_002679	TCGCC	2	10	85843	85852	0 %	20 %	20 %	60 %	13488214
66	NC_002679	TTGGC	2	10	86044	86053	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
67	NC_002679	GACCA	2	10	88676	88685	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
68	NC_002679	GGTTG	2	10	88724	88733	0 %	40 %	60 %	0 %	13488215
69	NC_002679	CTGGC	2	10	88888	88897	0 %	20 %	40 %	40 %	13488215
70	NC_002679	GGCCG	2	10	89840	89849	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
71	NC_002679	CGACG	2	10	95624	95633	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
72	NC_002679	GTTTC	2	10	97977	97986	0 %	60 %	20 %	20 %	13488220
73	NC_002679	TCGGT	2	10	98589	98598	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
74	NC_002679	CATGC	2	10	105999	106008	20 %	20 %	20 %	40 %	13488224
75	NC_002679	TTCAT	2	10	107952	107961	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
76	NC_002679	GCGCG	2	10	109176	109185	0 %	0 %	60 %	40 %	13488077
77	NC_002679	CACCC	2	10	110807	110816	20 %	0 %	0 %	80 %	13488078
78	NC_002679	AGGTC	2	10	112016	112025	20 %	20 %	40 %	20 %	13488079
79	NC_002679	CAAGC	2	10	114007	114016	40 %	0 %	20 %	40 %	13488081
80	NC_002679	GCCGG	2	10	115262	115271	0 %	0 %	60 %	40 %	13488082
81	NC_002679	CGGCA	2	10	115565	115574	20 %	0 %	40 %	40 %	13488083
82	NC_002679	GGATT	2	10	115902	115911	20 %	40 %	40 %	0 %	13488083
83	NC_002679	GATTG	2	10	115942	115951	20 %	40 %	40 %	0 %	13488083
84	NC_002679	CGGCC	2	10	118451	118460	0 %	0 %	40 %	60 %	13488084
85	NC_002679	GCAAG	2	10	120664	120673	40 %	0 %	40 %	20 %	13488085
86	NC_002679	GCGCG	2	10	121658	121667	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
87	NC_002679	TCGGG	2	10	123656	123665	0 %	20 %	60 %	20 %	13488087
88	NC_002679	CCGCA	2	10	124209	124218	20 %	0 %	20 %	60 %	13488088
89	NC_002679	TTATC	2	10	126737	126746	20 %	60 %	0 %	20 %	13488091
90	NC_002679	GTGCA	2	10	128520	128529	20 %	20 %	40 %	20 %	13488092
91	NC_002679	CGGCA	2	10	132223	132232	20 %	0 %	40 %	40 %	13488096
92	NC_002679	GCCTT	2	10	133135	133144	0 %	40 %	20 %	40 %	13488097
93	NC_002679	CGCGG	2	10	134456	134465	0 %	0 %	60 %	40 %	13488098
94	NC_002679	CGCGA	2	10	136910	136919	20 %	0 %	40 %	40 %	13488225
95	NC_002679	GAGCC	2	10	146009	146018	20 %	0 %	40 %	40 %	13488105
96	NC_002679	GTGAG	2	10	146439	146448	20 %	20 %	60 %	0 %	13488106
97	NC_002679	AGGGG	2	10	148752	148761	20 %	0 %	80 %	0 %	13488108
98	NC_002679	CGCCC	2	10	151722	151731	0 %	0 %	20 %	80 %	13488109
99	NC_002679	CAGGA	2	10	152756	152765	40 %	0 %	40 %	20 %	13488109
100	NC_002679	GATCA	2	10	154419	154428	40 %	20 %	20 %	20 %	13488110
101	NC_002679	GGCCG	2	10	154810	154819	0 %	0 %	60 %	40 %	13488110
102	NC_002679	GTTCG	2	10	156830	156839	0 %	40 %	40 %	20 %	13488111
103	NC_002679	TCGCA	2	10	156892	156901	20 %	20 %	20 %	40 %	13488111
104	NC_002679	CGAAC	2	10	157780	157789	40 %	0 %	20 %	40 %	13488229
105	NC_002679	CGGAA	2	10	159255	159264	40 %	0 %	40 %	20 %	13488230
106	NC_002679	GTGGC	2	10	159598	159607	0 %	20 %	60 %	20 %	13488230
107	NC_002679	GGAAG	2	10	160875	160884	40 %	0 %	60 %	0 %	13488112
108	NC_002679	TGCGT	2	10	162310	162319	0 %	40 %	40 %	20 %	13488113
109	NC_002679	CAAAA	2	10	165924	165933	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
110	NC_002679	GTTCT	2	10	167085	167094	0 %	60 %	20 %	20 %	13488231
111	NC_002679	TGACG	2	10	168775	168784	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
112	NC_002679	GAGAG	2	10	168838	168847	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
113	NC_002679	CGGCT	2	10	169575	169584	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
114	NC_002679	GGCGA	2	10	169939	169948	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
115	NC_002679	CGGCT	2	10	173329	173338	0 %	20 %	40 %	40 %	13488234
116	NC_002679	CTGAA	2	10	174846	174855	40 %	20 %	20 %	20 %	13488235
117	NC_002679	GCGTT	2	10	174941	174950	0 %	40 %	40 %	20 %	13488235
118	NC_002679	TCGGC	2	10	175720	175729	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
119	NC_002679	CCCCA	2	10	175763	175772	20 %	0 %	0 %	80 %	Non-Coding
120	NC_002679	TCGGC	2	10	176934	176943	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
121	NC_002679	TAAGA	2	10	177650	177659	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
122	NC_002679	CTGAA	2	10	178436	178445	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
123	NC_002679	TGCAT	2	10	178808	178817	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
124	NC_002679	ACCGC	2	10	179448	179457	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
125	NC_002679	GAGCT	2	10	181856	181865	20 %	20 %	40 %	20 %	13488237
126	NC_002679	ACGCC	2	10	184847	184856	20 %	0 %	20 %	60 %	13488121
127	NC_002679	GATAG	2	10	188422	188431	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
128	NC_002679	GGGCT	2	10	188516	188525	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
129	NC_002679	CCTCG	2	10	191627	191636	0 %	20 %	20 %	60 %	13488241
130	NC_002679	GGGCG	2	10	198974	198983	0 %	0 %	80 %	20 %	13488245
131	NC_002679	TTTTC	2	10	199796	199805	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
132	NC_002679	AGCGC	2	10	201822	201831	20 %	0 %	40 %	40 %	13488246
133	NC_002679	CGAAG	2	10	202713	202722	40 %	0 %	40 %	20 %	13488246
134	NC_002679	GCGTG	2	10	204685	204694	0 %	20 %	60 %	20 %	13488248
135	NC_002679	ACCGA	2	10	205692	205701	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
136	NC_002679	GAGAT	2	10	210814	210823	40 %	20 %	40 %	0 %	13488127
137	NC_002679	ATGCA	2	10	211149	211158	40 %	20 %	20 %	20 %	13488127
138	NC_002679	CGAAC	2	10	213056	213065	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
139	NC_002679	GCCAC	2	10	213067	213076	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
140	NC_002679	TCCTG	2	10	214760	214769	0 %	40 %	20 %	40 %	13488249
141	NC_002679	TCCAC	2	10	218079	218088	20 %	20 %	0 %	60 %	13488251
142	NC_002679	CATGG	2	10	218454	218463	20 %	20 %	40 %	20 %	13488251
143	NC_002679	CCGTG	2	10	219292	219301	0 %	20 %	40 %	40 %	13488252
144	NC_002679	GCGGA	2	10	219913	219922	20 %	0 %	60 %	20 %	13488131
145	NC_002679	CGCCA	2	10	220174	220183	20 %	0 %	20 %	60 %	13488131
146	NC_002679	GGAGC	2	10	220449	220458	20 %	0 %	60 %	20 %	13488131
147	NC_002679	CGCAA	2	10	223191	223200	40 %	0 %	20 %	40 %	13488132
148	NC_002679	ATAGA	2	10	223502	223511	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
149	NC_002679	TTCCC	2	10	223864	223873	0 %	40 %	0 %	60 %	13488133
150	NC_002679	CCATC	2	10	224674	224683	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
151	NC_002679	CAAGG	2	10	225728	225737	40 %	0 %	40 %	20 %	13488257
152	NC_002679	GTTCT	2	10	229283	229292	0 %	60 %	20 %	20 %	13488260
153	NC_002679	TCGGC	2	10	229377	229386	0 %	20 %	40 %	40 %	13488260
154	NC_002679	TCGAG	2	10	230035	230044	20 %	20 %	40 %	20 %	13488262
155	NC_002679	GCCGC	2	10	234753	234762	0 %	0 %	40 %	60 %	13488265
156	NC_002679	AACCG	2	10	236248	236257	40 %	0 %	20 %	40 %	13488267
157	NC_002679	CACAC	2	10	236809	236818	40 %	0 %	0 %	60 %	13488268
158	NC_002679	AGCGG	2	10	237223	237232	20 %	0 %	60 %	20 %	13488268
159	NC_002679	TCGGC	2	10	237584	237593	0 %	20 %	40 %	40 %	13488268
160	NC_002679	CCGCG	2	10	238108	238117	0 %	0 %	40 %	60 %	13488269
161	NC_002679	AAGGC	2	10	241087	241096	40 %	0 %	40 %	20 %	13488270
162	NC_002679	GGCCG	2	10	241363	241372	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
163	NC_002679	TCTTT	2	10	243128	243137	0 %	80 %	0 %	20 %	13488273
164	NC_002679	GGGAC	2	10	243777	243786	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
165	NC_002679	CAGTA	2	10	244005	244014	40 %	20 %	20 %	20 %	13488274
166	NC_002679	GGCGA	2	10	247538	247547	20 %	0 %	60 %	20 %	13488276
167	NC_002679	GCCCC	2	10	248255	248264	0 %	0 %	20 %	80 %	13488276
168	NC_002679	GGCGG	2	10	249918	249927	0 %	0 %	80 %	20 %	13488278
169	NC_002679	CTGGC	2	10	254357	254366	0 %	20 %	40 %	40 %	13488283
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171	NC_002679	GGAGG	2	10	258880	258889	20 %	0 %	80 %	0 %	13488288
172	NC_002679	TCGCG	2	10	259785	259794	0 %	20 %	40 %	40 %	13488134
173	NC_002679	CAAGG	2	10	261627	261636	40 %	0 %	40 %	20 %	13488290
174	NC_002679	GAGCA	2	10	262192	262201	40 %	0 %	40 %	20 %	13488290
175	NC_002679	AAGCG	2	10	265659	265668	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
176	NC_002679	GGCCA	2	10	269060	269069	20 %	0 %	40 %	40 %	13488294
177	NC_002679	ACGCA	2	10	269946	269955	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
178	NC_002679	CGCTG	2	10	272117	272126	0 %	20 %	40 %	40 %	13488297
179	NC_002679	GACCG	2	10	274227	274236	20 %	0 %	40 %	40 %	13488139
180	NC_002679	CTTTC	2	10	274609	274618	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
181	NC_002679	TGCCA	2	10	274949	274958	20 %	20 %	20 %	40 %	13488340
182	NC_002679	CGAGG	2	10	275105	275114	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
183	NC_002679	GCAGG	2	10	275315	275324	20 %	0 %	60 %	20 %	13488362
184	NC_002679	AAAAC	2	10	277148	277157	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
185	NC_002679	CACGC	2	10	278180	278189	20 %	0 %	20 %	60 %	13488143
186	NC_002679	TTTCC	2	10	279213	279222	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
187	NC_002679	CGCGG	2	10	279721	279730	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
188	NC_002679	GCGCA	2	10	282418	282427	20 %	0 %	40 %	40 %	13488298
189	NC_002679	GCCCG	2	10	283043	283052	0 %	0 %	40 %	60 %	13488146
190	NC_002679	CCTTG	2	10	289016	289025	0 %	40 %	20 %	40 %	13488149
191	NC_002679	TTGAG	2	10	292443	292452	20 %	40 %	40 %	0 %	13488152
192	NC_002679	TTCCT	2	10	292500	292509	0 %	60 %	0 %	40 %	13488152
193	NC_002679	TACGA	2	10	293288	293297	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
194	NC_002679	TTCGA	2	10	295773	295782	20 %	40 %	20 %	20 %	13488153
195	NC_002679	GGCCG	2	10	296906	296915	0 %	0 %	60 %	40 %	13488154
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197	NC_002679	CCTTT	2	10	299964	299973	0 %	60 %	0 %	40 %	13488157
198	NC_002679	CGAGG	2	10	300163	300172	20 %	0 %	60 %	20 %	13488157
199	NC_002679	GCTTT	2	10	303046	303055	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
200	NC_002679	TCATG	2	10	303163	303172	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
201	NC_002679	GCCCA	2	10	304684	304693	20 %	0 %	20 %	60 %	13488159
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205	NC_002679	TGCCC	2	10	313774	313783	0 %	20 %	20 %	60 %	13488164
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223	NC_002679	TCGGC	2	10	337766	337775	0 %	20 %	40 %	40 %	13488315
224	NC_002679	CAGCC	2	10	338135	338144	20 %	0 %	20 %	60 %	13488315
225	NC_002679	GGCGC	2	10	340851	340860	0 %	0 %	60 %	40 %	13488317
226	NC_002679	GATTG	2	10	341367	341376	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
227	NC_002679	CTGCG	2	10	341418	341427	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
228	NC_002679	GAGAG	2	10	342400	342409	40 %	0 %	60 %	0 %	13488173
229	NC_002679	AATGG	2	10	346756	346765	40 %	20 %	40 %	0 %	13488177
230	NC_002679	TCGCC	2	10	347311	347320	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
231	NC_002679	CGATC	2	10	348369	348378	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
232	NC_002679	GACGC	2	10	348900	348909	20 %	0 %	40 %	40 %	13488178
233	NC_002679	GATGA	2	10	349372	349381	40 %	20 %	40 %	0 %	161621456
234	NC_002679	AGACG	2	10	351597	351606	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.