MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Coding Repeats of Mesorhizobium loti MAFF303099 plasmid pMLa

Total Repeats: 170

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_002679	GAAAA	2	10	3052	3061	80 %	0 %	20 %	0 %	13488180
2	NC_002679	CAAGA	2	10	6567	6576	60 %	0 %	20 %	20 %	13488179
3	NC_002679	TTGGT	2	10	9927	9936	0 %	60 %	40 %	0 %	13488053
4	NC_002679	AGCCC	2	10	10691	10700	20 %	0 %	20 %	60 %	13488054
5	NC_002679	GGAAA	2	10	11843	11852	60 %	0 %	40 %	0 %	13488054
6	NC_002679	CCACA	2	10	12925	12934	40 %	0 %	0 %	60 %	13488181
7	NC_002679	GATCA	2	10	13576	13585	40 %	20 %	20 %	20 %	13488182
8	NC_002679	TCCGA	2	10	13634	13643	20 %	20 %	20 %	40 %	13488182
9	NC_002679	GGATT	2	10	14834	14843	20 %	40 %	40 %	0 %	13488183
10	NC_002679	CGCTC	2	10	15768	15777	0 %	20 %	20 %	60 %	13488184
11	NC_002679	TGGCC	2	10	16391	16400	0 %	20 %	40 %	40 %	13488184
12	NC_002679	TGTGC	2	10	21261	21270	0 %	40 %	40 %	20 %	13488188
13	NC_002679	ATCGG	2	10	21417	21426	20 %	20 %	40 %	20 %	13488188
14	NC_002679	CTTCG	2	10	21621	21630	0 %	40 %	20 %	40 %	13488188
15	NC_002679	GTCGG	2	10	23558	23567	0 %	20 %	60 %	20 %	13488189
16	NC_002679	AACGA	2	10	24382	24391	60 %	0 %	20 %	20 %	13488189
17	NC_002679	CGCGC	2	10	25119	25128	0 %	0 %	40 %	60 %	13488189
18	NC_002679	TCGGC	2	10	26094	26103	0 %	20 %	40 %	40 %	13488190
19	NC_002679	CGGCG	2	10	28826	28835	0 %	0 %	60 %	40 %	13488057
20	NC_002679	CGCGA	2	10	30381	30390	20 %	0 %	40 %	40 %	13488191
21	NC_002679	GACCC	2	10	33265	33274	20 %	0 %	20 %	60 %	13488193
22	NC_002679	TCGTC	2	10	34564	34573	0 %	40 %	20 %	40 %	13488194
23	NC_002679	ATCGG	2	10	36588	36597	20 %	20 %	40 %	20 %	13488196
24	NC_002679	CATGA	2	10	38403	38412	40 %	20 %	20 %	20 %	13488198
25	NC_002679	TGAGC	2	10	38598	38607	20 %	20 %	40 %	20 %	13488199
26	NC_002679	GCAGG	2	10	39171	39180	20 %	0 %	60 %	20 %	13488199
27	NC_002679	GAGAG	2	10	41387	41396	40 %	0 %	60 %	0 %	13488201
28	NC_002679	CTGAC	2	10	42253	42262	20 %	20 %	20 %	40 %	13488344
29	NC_002679	CATGG	2	10	44786	44795	20 %	20 %	40 %	20 %	13488058
30	NC_002679	TGAAG	2	10	45645	45654	40 %	20 %	40 %	0 %	13488202
31	NC_002679	CCTTC	2	10	49671	49680	0 %	40 %	0 %	60 %	13488204
32	NC_002679	CGATC	2	10	50151	50160	20 %	20 %	20 %	40 %	13488204
33	NC_002679	TGGCA	2	10	51158	51167	20 %	20 %	40 %	20 %	13488204
34	NC_002679	GCCGT	2	10	51542	51551	0 %	20 %	40 %	40 %	13488204
35	NC_002679	GCATG	2	10	51615	51624	20 %	20 %	40 %	20 %	13488204
36	NC_002679	ACGAG	2	10	63899	63908	40 %	0 %	40 %	20 %	13488061
37	NC_002679	TCGGA	2	10	66061	66070	20 %	20 %	40 %	20 %	13488348
38	NC_002679	TGTGG	2	10	68691	68700	0 %	40 %	60 %	0 %	13488328
39	NC_002679	CGGCA	2	10	69363	69372	20 %	0 %	40 %	40 %	13488212
40	NC_002679	CAGGG	2	10	71394	71403	20 %	0 %	60 %	20 %	13488062
41	NC_002679	GCGCG	2	10	77063	77072	0 %	0 %	60 %	40 %	13488066
42	NC_002679	GCGCT	2	10	79061	79070	0 %	20 %	40 %	40 %	13488068
43	NC_002679	CCCGT	2	10	82151	82160	0 %	20 %	20 %	60 %	13488071
44	NC_002679	CCAAG	2	10	82364	82373	40 %	0 %	20 %	40 %	13488071
45	NC_002679	TATTT	2	10	84007	84016	20 %	80 %	0 %	0 %	13488073
46	NC_002679	GCCTT	2	10	84676	84685	0 %	40 %	20 %	40 %	13488073
47	NC_002679	CGATC	2	10	85579	85588	20 %	20 %	20 %	40 %	13488214
48	NC_002679	GCAAG	2	10	85810	85819	40 %	0 %	40 %	20 %	13488214
49	NC_002679	TCGCC	2	10	85843	85852	0 %	20 %	20 %	60 %	13488214
50	NC_002679	GGTTG	2	10	88724	88733	0 %	40 %	60 %	0 %	13488215
51	NC_002679	CTGGC	2	10	88888	88897	0 %	20 %	40 %	40 %	13488215
52	NC_002679	GTTTC	2	10	97977	97986	0 %	60 %	20 %	20 %	13488220
53	NC_002679	CATGC	2	10	105999	106008	20 %	20 %	20 %	40 %	13488224
54	NC_002679	GCGCG	2	10	109176	109185	0 %	0 %	60 %	40 %	13488077
55	NC_002679	CACCC	2	10	110807	110816	20 %	0 %	0 %	80 %	13488078
56	NC_002679	AGGTC	2	10	112016	112025	20 %	20 %	40 %	20 %	13488079
57	NC_002679	CAAGC	2	10	114007	114016	40 %	0 %	20 %	40 %	13488081
58	NC_002679	GCCGG	2	10	115262	115271	0 %	0 %	60 %	40 %	13488082
59	NC_002679	CGGCA	2	10	115565	115574	20 %	0 %	40 %	40 %	13488083
60	NC_002679	GGATT	2	10	115902	115911	20 %	40 %	40 %	0 %	13488083
61	NC_002679	GATTG	2	10	115942	115951	20 %	40 %	40 %	0 %	13488083
62	NC_002679	CGGCC	2	10	118451	118460	0 %	0 %	40 %	60 %	13488084
63	NC_002679	GCAAG	2	10	120664	120673	40 %	0 %	40 %	20 %	13488085
64	NC_002679	TCGGG	2	10	123656	123665	0 %	20 %	60 %	20 %	13488087
65	NC_002679	CCGCA	2	10	124209	124218	20 %	0 %	20 %	60 %	13488088
66	NC_002679	TTATC	2	10	126737	126746	20 %	60 %	0 %	20 %	13488091
67	NC_002679	GTGCA	2	10	128520	128529	20 %	20 %	40 %	20 %	13488092
68	NC_002679	CGGCA	2	10	132223	132232	20 %	0 %	40 %	40 %	13488096
69	NC_002679	GCCTT	2	10	133135	133144	0 %	40 %	20 %	40 %	13488097
70	NC_002679	CGCGG	2	10	134456	134465	0 %	0 %	60 %	40 %	13488098
71	NC_002679	CGCGA	2	10	136910	136919	20 %	0 %	40 %	40 %	13488225
72	NC_002679	GAGCC	2	10	146009	146018	20 %	0 %	40 %	40 %	13488105
73	NC_002679	GTGAG	2	10	146439	146448	20 %	20 %	60 %	0 %	13488106
74	NC_002679	AGGGG	2	10	148752	148761	20 %	0 %	80 %	0 %	13488108
75	NC_002679	CGCCC	2	10	151722	151731	0 %	0 %	20 %	80 %	13488109
76	NC_002679	CAGGA	2	10	152756	152765	40 %	0 %	40 %	20 %	13488109
77	NC_002679	GATCA	2	10	154419	154428	40 %	20 %	20 %	20 %	13488110
78	NC_002679	GGCCG	2	10	154810	154819	0 %	0 %	60 %	40 %	13488110
79	NC_002679	GTTCG	2	10	156830	156839	0 %	40 %	40 %	20 %	13488111
80	NC_002679	TCGCA	2	10	156892	156901	20 %	20 %	20 %	40 %	13488111
81	NC_002679	CGAAC	2	10	157780	157789	40 %	0 %	20 %	40 %	13488229
82	NC_002679	CGGAA	2	10	159255	159264	40 %	0 %	40 %	20 %	13488230
83	NC_002679	GTGGC	2	10	159598	159607	0 %	20 %	60 %	20 %	13488230
84	NC_002679	GGAAG	2	10	160875	160884	40 %	0 %	60 %	0 %	13488112
85	NC_002679	TGCGT	2	10	162310	162319	0 %	40 %	40 %	20 %	13488113
86	NC_002679	GTTCT	2	10	167085	167094	0 %	60 %	20 %	20 %	13488231
87	NC_002679	CGGCT	2	10	173329	173338	0 %	20 %	40 %	40 %	13488234
88	NC_002679	CTGAA	2	10	174846	174855	40 %	20 %	20 %	20 %	13488235
89	NC_002679	GCGTT	2	10	174941	174950	0 %	40 %	40 %	20 %	13488235
90	NC_002679	GAGCT	2	10	181856	181865	20 %	20 %	40 %	20 %	13488237
91	NC_002679	ACGCC	2	10	184847	184856	20 %	0 %	20 %	60 %	13488121
92	NC_002679	CCTCG	2	10	191627	191636	0 %	20 %	20 %	60 %	13488241
93	NC_002679	GGGCG	2	10	198974	198983	0 %	0 %	80 %	20 %	13488245
94	NC_002679	AGCGC	2	10	201822	201831	20 %	0 %	40 %	40 %	13488246
95	NC_002679	CGAAG	2	10	202713	202722	40 %	0 %	40 %	20 %	13488246
96	NC_002679	GCGTG	2	10	204685	204694	0 %	20 %	60 %	20 %	13488248
97	NC_002679	GAGAT	2	10	210814	210823	40 %	20 %	40 %	0 %	13488127
98	NC_002679	ATGCA	2	10	211149	211158	40 %	20 %	20 %	20 %	13488127
99	NC_002679	TCCTG	2	10	214760	214769	0 %	40 %	20 %	40 %	13488249
100	NC_002679	TCCAC	2	10	218079	218088	20 %	20 %	0 %	60 %	13488251
101	NC_002679	CATGG	2	10	218454	218463	20 %	20 %	40 %	20 %	13488251
102	NC_002679	CCGTG	2	10	219292	219301	0 %	20 %	40 %	40 %	13488252
103	NC_002679	GCGGA	2	10	219913	219922	20 %	0 %	60 %	20 %	13488131
104	NC_002679	CGCCA	2	10	220174	220183	20 %	0 %	20 %	60 %	13488131
105	NC_002679	GGAGC	2	10	220449	220458	20 %	0 %	60 %	20 %	13488131
106	NC_002679	CGCAA	2	10	223191	223200	40 %	0 %	20 %	40 %	13488132
107	NC_002679	TTCCC	2	10	223864	223873	0 %	40 %	0 %	60 %	13488133
108	NC_002679	CAAGG	2	10	225728	225737	40 %	0 %	40 %	20 %	13488257
109	NC_002679	GTTCT	2	10	229283	229292	0 %	60 %	20 %	20 %	13488260
110	NC_002679	TCGGC	2	10	229377	229386	0 %	20 %	40 %	40 %	13488260
111	NC_002679	TCGAG	2	10	230035	230044	20 %	20 %	40 %	20 %	13488262
112	NC_002679	GCCGC	2	10	234753	234762	0 %	0 %	40 %	60 %	13488265
113	NC_002679	AACCG	2	10	236248	236257	40 %	0 %	20 %	40 %	13488267
114	NC_002679	CACAC	2	10	236809	236818	40 %	0 %	0 %	60 %	13488268
115	NC_002679	AGCGG	2	10	237223	237232	20 %	0 %	60 %	20 %	13488268
116	NC_002679	TCGGC	2	10	237584	237593	0 %	20 %	40 %	40 %	13488268
117	NC_002679	CCGCG	2	10	238108	238117	0 %	0 %	40 %	60 %	13488269
118	NC_002679	AAGGC	2	10	241087	241096	40 %	0 %	40 %	20 %	13488270
119	NC_002679	TCTTT	2	10	243128	243137	0 %	80 %	0 %	20 %	13488273
120	NC_002679	CAGTA	2	10	244005	244014	40 %	20 %	20 %	20 %	13488274
121	NC_002679	GGCGA	2	10	247538	247547	20 %	0 %	60 %	20 %	13488276
122	NC_002679	GCCCC	2	10	248255	248264	0 %	0 %	20 %	80 %	13488276
123	NC_002679	GGCGG	2	10	249918	249927	0 %	0 %	80 %	20 %	13488278
124	NC_002679	CTGGC	2	10	254357	254366	0 %	20 %	40 %	40 %	13488283
125	NC_002679	CACGC	2	10	258488	258497	20 %	0 %	20 %	60 %	13488288
126	NC_002679	GGAGG	2	10	258880	258889	20 %	0 %	80 %	0 %	13488288
127	NC_002679	TCGCG	2	10	259785	259794	0 %	20 %	40 %	40 %	13488134
128	NC_002679	CAAGG	2	10	261627	261636	40 %	0 %	40 %	20 %	13488290
129	NC_002679	GAGCA	2	10	262192	262201	40 %	0 %	40 %	20 %	13488290
130	NC_002679	GGCCA	2	10	269060	269069	20 %	0 %	40 %	40 %	13488294
131	NC_002679	CGCTG	2	10	272117	272126	0 %	20 %	40 %	40 %	13488297
132	NC_002679	GACCG	2	10	274227	274236	20 %	0 %	40 %	40 %	13488139
133	NC_002679	TGCCA	2	10	274949	274958	20 %	20 %	20 %	40 %	13488340
134	NC_002679	GCAGG	2	10	275315	275324	20 %	0 %	60 %	20 %	13488362
135	NC_002679	CACGC	2	10	278180	278189	20 %	0 %	20 %	60 %	13488143
136	NC_002679	GCGCA	2	10	282418	282427	20 %	0 %	40 %	40 %	13488298
137	NC_002679	GCCCG	2	10	283043	283052	0 %	0 %	40 %	60 %	13488146
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165	NC_002679	CAGCC	2	10	338135	338144	20 %	0 %	20 %	60 %	13488315
166	NC_002679	GGCGC	2	10	340851	340860	0 %	0 %	60 %	40 %	13488317
167	NC_002679	GAGAG	2	10	342400	342409	40 %	0 %	60 %	0 %	13488173
168	NC_002679	AATGG	2	10	346756	346765	40 %	20 %	40 %	0 %	13488177
169	NC_002679	GACGC	2	10	348900	348909	20 %	0 %	40 %	40 %	13488178
170	NC_002679	GATGA	2	10	349372	349381	40 %	20 %	40 %	0 %	161621456

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.