MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Non-Coding Repeats of Mesorhizobium loti MAFF303099 chromosome

Total Repeats: 271

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_002678	TTCGCT	2	12	29065	29076	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
2	NC_002678	GCTGGC	2	12	69303	69314	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
3	NC_002678	CATTGC	2	12	93656	93667	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
4	NC_002678	GCGCCG	2	12	105615	105626	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
5	NC_002678	GGCTGG	2	12	120289	120300	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
6	NC_002678	GCGATT	2	12	122854	122865	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
7	NC_002678	GGGATA	2	12	142457	142468	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	Non-Coding
8	NC_002678	GCTTCC	2	12	204746	204757	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
9	NC_002678	GCAAGG	2	12	221168	221179	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
10	NC_002678	GGCCGA	2	12	252946	252957	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
11	NC_002678	CAATCA	2	12	267093	267104	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
12	NC_002678	GGACGC	2	12	289776	289787	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
13	NC_002678	TGTAGG	2	12	303380	303391	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	Non-Coding
14	NC_002678	ATCAAC	2	12	312801	312812	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
15	NC_002678	TCACCA	2	12	315908	315919	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	Non-Coding
16	NC_002678	TTGGCT	2	12	364009	364020	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
17	NC_002678	TTCGGC	2	12	366126	366137	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
18	NC_002678	TTTTTG	2	12	369645	369656	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
19	NC_002678	AGGCCA	2	12	378751	378762	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
20	NC_002678	TGGACC	2	12	441283	441294	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
21	NC_002678	CTTGGG	2	12	457380	457391	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
22	NC_002678	CGCGGC	2	12	491603	491614	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
23	NC_002678	TTTGCC	2	12	496834	496845	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
24	NC_002678	CGGCAA	2	12	545309	545320	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
25	NC_002678	CGTTTT	2	12	563095	563106	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
26	NC_002678	GTCCAA	2	12	569267	569278	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
27	NC_002678	AGGCCG	2	12	573917	573928	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
28	NC_002678	GAACTC	2	12	623220	623231	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
29	NC_002678	CGGCAT	2	12	647916	647927	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
30	NC_002678	ACCATA	2	12	668141	668152	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
31	NC_002678	GCCCCG	2	12	691159	691170	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
32	NC_002678	TGGCCT	2	12	742997	743008	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
33	NC_002678	TAGCAC	2	12	759390	759401	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
34	NC_002678	GCGCCT	2	12	776594	776605	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
35	NC_002678	TCAAGC	2	12	829561	829572	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
36	NC_002678	CGGTGA	2	12	861418	861429	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
37	NC_002678	CCGTCA	2	12	866244	866255	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
38	NC_002678	CGAAGG	2	12	880850	880861	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
39	NC_002678	CTCGGC	2	12	880888	880899	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
40	NC_002678	ATAGCG	2	12	886643	886654	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
41	NC_002678	TTCAGT	2	12	922263	922274	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
42	NC_002678	GTACAT	2	12	923635	923646	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
43	NC_002678	GATCGG	2	12	933429	933440	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
44	NC_002678	GGTTCC	2	12	946048	946059	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
45	NC_002678	ACGAAG	2	12	1087184	1087195	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
46	NC_002678	GAAAAA	2	12	1120076	1120087	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
47	NC_002678	CTGTGG	2	12	1122900	1122911	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
48	NC_002678	AGATGC	2	12	1176202	1176213	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
49	NC_002678	TCACCT	2	12	1197568	1197579	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	Non-Coding
50	NC_002678	GAAACA	2	12	1201161	1201172	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
51	NC_002678	CGCAGC	2	12	1304915	1304926	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
52	NC_002678	GCAGCG	2	12	1319022	1319033	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
53	NC_002678	CCGGCG	2	12	1341359	1341370	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
54	NC_002678	GGTTGG	2	12	1378467	1378478	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
55	NC_002678	ATGGCG	2	12	1394345	1394356	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
56	NC_002678	CCCATG	2	12	1420069	1420080	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
57	NC_002678	GCCTCG	2	12	1462035	1462046	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
58	NC_002678	GCCGGC	2	12	1479518	1479529	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
59	NC_002678	GCGGTG	2	12	1514220	1514231	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
60	NC_002678	ATTTGA	2	12	1534873	1534884	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
61	NC_002678	CACCCT	2	12	1544886	1544897	16.67 %	16.67 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
62	NC_002678	AACTGA	2	12	1553563	1553574	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
63	NC_002678	TCCGAG	2	12	1561952	1561963	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
64	NC_002678	GCCGGG	2	12	1572215	1572226	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
65	NC_002678	TTGCCC	2	12	1581521	1581532	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
66	NC_002678	CAGCCG	2	12	1591008	1591019	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
67	NC_002678	TATCGC	2	12	1611159	1611170	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
68	NC_002678	GTGCCG	2	12	1622799	1622810	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
69	NC_002678	GTTGGG	2	12	1626425	1626436	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
70	NC_002678	CGCCGG	2	12	1684440	1684451	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
71	NC_002678	ATGGCC	2	12	1730993	1731004	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
72	NC_002678	CGCAGG	2	12	1774889	1774900	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
73	NC_002678	TCGGTC	2	12	1792418	1792429	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
74	NC_002678	CACTCT	2	12	1812534	1812545	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	Non-Coding
75	NC_002678	TGCGGA	2	12	1837659	1837670	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
76	NC_002678	CCTCGA	2	12	1845945	1845956	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
77	NC_002678	GGTGTT	2	12	1927614	1927625	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
78	NC_002678	AAATTG	2	12	1950697	1950708	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
79	NC_002678	CCCTGC	2	12	1953701	1953712	0 %	16.67 %	16.67 %	66.67 %	Non-Coding
80	NC_002678	TCAGTT	2	12	1989121	1989132	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
81	NC_002678	GCGGGT	2	12	2002366	2002377	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
82	NC_002678	AACTGA	2	12	2005023	2005034	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
83	NC_002678	CCATGA	2	12	2005273	2005284	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
84	NC_002678	GGGGTG	2	12	2034871	2034882	0 %	16.67 %	83.33 %	0 %	Non-Coding
85	NC_002678	ACAAAA	2	12	2066708	2066719	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
86	NC_002678	ATTCCG	2	12	2114502	2114513	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
87	NC_002678	TCGCCG	2	12	2185341	2185352	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
88	NC_002678	CAATCA	2	12	2199670	2199681	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
89	NC_002678	GTCTTG	2	12	2227295	2227306	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
90	NC_002678	CTTGAC	2	12	2249764	2249775	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
91	NC_002678	CTGCCG	2	12	2268067	2268078	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
92	NC_002678	GCCCAC	2	12	2276677	2276688	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	Non-Coding
93	NC_002678	GTGACC	2	12	2277697	2277708	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
94	NC_002678	GTGGAT	2	12	2278110	2278121	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	Non-Coding
95	NC_002678	CGCGCC	2	12	2311150	2311161	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
96	NC_002678	GAGTCG	2	12	2426389	2426400	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
97	NC_002678	CGTACG	2	12	2493672	2493683	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
98	NC_002678	TGGCTA	2	12	2503931	2503942	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
99	NC_002678	GGCGTT	2	12	2553737	2553748	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
100	NC_002678	GCAAAC	2	12	2561226	2561237	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
101	NC_002678	CTAGCC	2	12	2635420	2635431	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
102	NC_002678	TGTTGC	2	12	2675710	2675721	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
103	NC_002678	TCAAGA	2	12	2696618	2696629	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
104	NC_002678	CGCTCC	2	12	2700194	2700205	0 %	16.67 %	16.67 %	66.67 %	Non-Coding
105	NC_002678	GGCATC	2	12	2703421	2703432	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
106	NC_002678	GCGCGA	2	12	2716329	2716340	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
107	NC_002678	GATGCC	2	12	2728471	2728482	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
108	NC_002678	CAAACG	2	12	2745484	2745495	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
109	NC_002678	CCCGGA	2	12	2746899	2746910	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
110	NC_002678	CAAACG	2	12	2752972	2752983	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
111	NC_002678	CCCGGA	2	12	2754412	2754423	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
112	NC_002678	GCCAAG	2	12	2760061	2760072	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
113	NC_002678	TCGGGA	2	12	2855036	2855047	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
114	NC_002678	CCCGCG	2	12	2882338	2882349	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
115	NC_002678	ATGACA	2	12	2931163	2931174	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
116	NC_002678	GCGCCT	2	12	2972672	2972683	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
117	NC_002678	GTGGCC	2	12	2999754	2999765	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
118	NC_002678	CGCTAA	2	12	3016282	3016293	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
119	NC_002678	TCAATT	2	12	3068720	3068731	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
120	NC_002678	GAACAC	2	12	3080095	3080106	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
121	NC_002678	GGCCGG	2	12	3149128	3149139	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
122	NC_002678	CGCGTT	2	12	3211775	3211786	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
123	NC_002678	CGTCGC	2	12	3212719	3212730	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
124	NC_002678	CCAGCC	2	12	3213872	3213883	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	Non-Coding
125	NC_002678	TTCCAT	2	12	3215954	3215965	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
126	NC_002678	CCGCCT	6	36	3216166	3216201	0 %	16.67 %	16.67 %	66.67 %	Non-Coding
127	NC_002678	ACTCAC	2	12	3229993	3230004	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	Non-Coding
128	NC_002678	TGGCCG	2	12	3238875	3238886	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
129	NC_002678	GCCTCG	2	12	3274187	3274198	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
130	NC_002678	CACGGC	2	12	3279064	3279075	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
131	NC_002678	GCCCCT	2	12	3304259	3304270	0 %	16.67 %	16.67 %	66.67 %	Non-Coding
132	NC_002678	ACGAAG	2	12	3310733	3310744	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
133	NC_002678	ATAAGA	2	12	3321675	3321686	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
134	NC_002678	AGCCGC	2	12	3381992	3382003	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
135	NC_002678	CCGAGG	2	12	3438732	3438743	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
136	NC_002678	CGCCCG	2	12	3439107	3439118	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
137	NC_002678	CGATTC	2	12	3475644	3475655	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
138	NC_002678	GGAAAA	2	12	3476940	3476951	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
139	NC_002678	GTTCTG	2	12	3479502	3479513	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
140	NC_002678	GTCCGC	2	12	3535088	3535099	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
141	NC_002678	GGGGTG	2	12	3553623	3553634	0 %	16.67 %	83.33 %	0 %	Non-Coding
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145	NC_002678	GGAGCG	2	12	3617090	3617101	16.67 %	0 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
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148	NC_002678	CGCGCC	2	12	3747003	3747014	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
149	NC_002678	TGCCGA	2	12	3750302	3750313	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
150	NC_002678	CCCTTC	2	12	3803342	3803353	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
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153	NC_002678	CGCCGG	2	12	3898093	3898104	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
154	NC_002678	TGACTA	2	12	3898264	3898275	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
155	NC_002678	CGTTTC	2	12	3925190	3925201	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
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158	NC_002678	GGGGTG	2	12	3947998	3948009	0 %	16.67 %	83.33 %	0 %	Non-Coding
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237	NC_002678	CGTTTT	2	12	6141956	6141967	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
238	NC_002678	GCCGCG	2	12	6170884	6170895	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
239	NC_002678	TGTTCG	2	12	6182458	6182469	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
240	NC_002678	TCGGCG	2	12	6184376	6184387	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
241	NC_002678	CAAGCG	2	12	6196186	6196197	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
242	NC_002678	GGTTGA	2	12	6200493	6200504	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	Non-Coding
243	NC_002678	CCTCGA	2	12	6201087	6201098	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
244	NC_002678	GTTCTA	2	12	6245761	6245772	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
245	NC_002678	ACGGCA	2	12	6253773	6253784	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
246	NC_002678	TCGATT	2	12	6306525	6306536	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
247	NC_002678	AGTGCG	2	12	6333612	6333623	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
248	NC_002678	CAGCGG	2	12	6368920	6368931	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
249	NC_002678	GTCCCA	2	12	6375985	6375996	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
250	NC_002678	CATTTT	2	12	6399130	6399141	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
251	NC_002678	TCGTTG	2	12	6469870	6469881	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
252	NC_002678	GGCAAG	2	12	6491931	6491942	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
253	NC_002678	CCAGCT	2	12	6530919	6530930	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
254	NC_002678	TCGCGC	2	12	6546590	6546601	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
255	NC_002678	GCGCCA	2	12	6575088	6575099	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
256	NC_002678	GACGTG	2	12	6589808	6589819	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
257	NC_002678	GGTTTC	2	12	6590798	6590809	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
258	NC_002678	TCATTC	2	12	6611006	6611017	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
259	NC_002678	CTGAAC	2	12	6620068	6620079	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
260	NC_002678	GTCTAC	2	12	6620220	6620231	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
261	NC_002678	AGCTTA	2	12	6667336	6667347	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
262	NC_002678	CGCTTA	2	12	6670934	6670945	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
263	NC_002678	GTTGGC	2	12	6701924	6701935	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
264	NC_002678	GGCGAC	2	12	6732345	6732356	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
265	NC_002678	CTTCTC	2	12	6841424	6841435	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
266	NC_002678	AGCGAT	2	12	6859306	6859317	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
267	NC_002678	GGTCGG	2	12	6879657	6879668	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
268	NC_002678	GTGCGC	2	12	6889068	6889079	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
269	NC_002678	CGGTGC	2	12	6935071	6935082	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
270	NC_002678	GAGAAG	2	12	6935234	6935245	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
271	NC_002678	AATGCC	2	12	6979721	6979732	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.