MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Repeats of Lactococcus lactis subsp. lactis Il1403 chromosome

Total Repeats: 1084

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_002662	TTGCTG	2	12	779	790	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	15671983
2	NC_002662	TTGAAG	2	12	1988	1999	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	15671984
3	NC_002662	AATTGA	2	12	6559	6570	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	15671986
4	NC_002662	TTAAAT	2	12	10847	10858	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
5	NC_002662	AAAGAT	2	12	11593	11604	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	15671988
6	NC_002662	AAAAAT	2	12	13707	13718	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	15671991
7	NC_002662	TTTTGC	2	12	15128	15139	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	15671991
8	NC_002662	GATTGA	2	12	15276	15287	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	15671992
9	NC_002662	TTGACA	2	12	19442	19453	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	15671995
10	NC_002662	GTTTTT	2	12	20957	20968	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	15671996
11	NC_002662	AAGAAA	2	12	21010	21021	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	15671996
12	NC_002662	AAAGAA	2	12	22709	22720	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	15672000
13	NC_002662	CAGATA	2	12	23751	23762	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	15672000
14	NC_002662	GAAATT	2	12	24883	24894	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	15672001
15	NC_002662	GTAAAA	2	12	26124	26135	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	15672003
16	NC_002662	CAGGTA	2	12	26590	26601	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	15672003
17	NC_002662	TGTCGG	2	12	26684	26695	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	15672003
18	NC_002662	TACATC	2	12	32242	32253	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	15672004
19	NC_002662	AGAAAA	2	12	32343	32354	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	15672004
20	NC_002662	TTTCTT	2	12	39124	39135	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	15672011
21	NC_002662	ATTTTT	2	12	43155	43166	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	15672020
22	NC_002662	AAAAGG	2	12	48959	48970	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	15672029
23	NC_002662	GGAAAG	2	12	49431	49442	50 %	0 %	50 %	0 %	15672029
24	NC_002662	GTTGAC	2	12	50294	50305	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	15672030
25	NC_002662	TTTATA	2	12	54452	54463	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	15672035
26	NC_002662	AAGTTC	2	12	54796	54807	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	15672036
27	NC_002662	CGGCTG	2	12	55233	55244	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	15672037
28	NC_002662	GATAAT	2	12	55595	55606	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	15672038
29	NC_002662	AAGGTA	2	12	55873	55884	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	15672038
30	NC_002662	ATCTTT	2	12	63086	63097	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	15672043
31	NC_002662	AACTTT	2	12	66926	66937	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	15672047
32	NC_002662	GAGCAA	2	12	67045	67056	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	15672047
33	NC_002662	GGTCAG	2	12	67593	67604	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	15672048
34	NC_002662	TTGCTT	2	12	69549	69560	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	15672050
35	NC_002662	TTTTTA	2	12	69861	69872	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	15672050
36	NC_002662	ACCATT	2	12	70112	70123	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	15672050
37	NC_002662	GGCTCA	2	12	70291	70302	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	15672050
38	NC_002662	TTTAGG	2	12	70564	70575	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	15672050
39	NC_002662	TAGTTT	2	12	70886	70897	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	15672051
40	NC_002662	TCGTAA	2	12	74615	74626	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	15672054
41	NC_002662	TCTTTG	2	12	76204	76215	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	15672055
42	NC_002662	AGGTTT	2	12	82752	82763	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	15672061
43	NC_002662	TCATTG	2	12	84629	84640	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	15672061
44	NC_002662	ATTTTT	2	12	89999	90010	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
45	NC_002662	TTTCAT	2	12	92706	92717	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	15672071
46	NC_002662	CTTTTG	2	12	97760	97771	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	15672077
47	NC_002662	AAAATT	2	12	98007	98018	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	15672077
48	NC_002662	ATCAAA	2	12	100010	100021	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	15672079
49	NC_002662	TGGACG	2	12	103117	103128	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	15672082
50	NC_002662	AAGCCG	2	12	108905	108916	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	15672088
51	NC_002662	AATTAG	2	12	112167	112178	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	15672092
52	NC_002662	TTTTGA	2	12	114410	114421	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	15672094
53	NC_002662	TATGGG	2	12	122205	122216	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	15672100
54	NC_002662	ATTAAT	2	12	122581	122592	50 %	50 %	0 %	0 %	15672101
55	NC_002662	TTTTCT	2	12	125392	125403	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	15672105
56	NC_002662	AGGAAA	2	12	127110	127121	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	30023975
57	NC_002662	TGAAAT	2	12	130297	130308	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	15672108
58	NC_002662	TTCATA	2	12	132821	132832	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	15672112
59	NC_002662	TGAAAT	2	12	133931	133942	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
60	NC_002662	TATAAA	2	12	137997	138008	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	15672119
61	NC_002662	TTTATA	2	12	140597	140608	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	15672122
62	NC_002662	AAGTTC	2	12	140941	140952	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	15672123
63	NC_002662	TCATAA	2	12	143090	143101	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	15672127
64	NC_002662	CATGAT	2	12	146887	146898	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
65	NC_002662	AATTAA	2	12	149043	149054	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	15672133
66	NC_002662	AAAGAA	2	12	149323	149334	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	15672133
67	NC_002662	AAAGTA	2	12	153712	153723	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	15672133
68	NC_002662	GTCAAG	2	12	153785	153796	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	15672133
69	NC_002662	ATAATT	2	12	159718	159729	50 %	50 %	0 %	0 %	15672138
70	NC_002662	ATATAA	2	12	160303	160314	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
71	NC_002662	AGTCGT	2	12	160547	160558	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	15672139
72	NC_002662	TGCCTT	2	12	161688	161699	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	15672141
73	NC_002662	TTGCTT	2	12	166239	166250	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	15672145
74	NC_002662	AATACA	2	12	167840	167851	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	30023976
75	NC_002662	ATTGAA	2	12	168053	168064	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	30023976
76	NC_002662	GCTTAT	2	12	168233	168244	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	30023976
77	NC_002662	AAAAAT	2	12	170174	170185	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	15672148
78	NC_002662	AGTTTG	2	12	175404	175415	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	15672154
79	NC_002662	ATAAAA	2	12	179513	179524	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
80	NC_002662	TAAAAA	2	12	179575	179586	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
81	NC_002662	TTCGGC	2	12	179715	179726	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	15672157
82	NC_002662	ATTGGG	2	12	180716	180727	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	15672157
83	NC_002662	AAATAG	2	12	183211	183222	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	15672159
84	NC_002662	TCGTAA	2	12	183965	183976	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	15672160
85	NC_002662	CTTTTT	2	12	187743	187754	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	15672164
86	NC_002662	GAAAAA	2	12	193032	193043	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	15672171
87	NC_002662	ATGTTG	2	12	193147	193158	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	15672171
88	NC_002662	AGAAGT	2	12	194247	194258	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	30023979
89	NC_002662	AACTTT	2	12	194322	194333	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	30023979
90	NC_002662	TTGGAA	2	12	196671	196682	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	15672175
91	NC_002662	GAAGGT	2	12	199668	199679	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	15672180
92	NC_002662	GAAAAC	2	12	200211	200222	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	15672180
93	NC_002662	CTGAAT	2	12	200744	200755	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	15672181
94	NC_002662	GCAAAA	2	12	201115	201126	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	15672181
95	NC_002662	AAAAGC	2	12	201156	201167	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	15672181
96	NC_002662	ATTGGA	2	12	205771	205782	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	15672186
97	NC_002662	TTAATT	2	12	207459	207470	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	15672188
98	NC_002662	TTAAAG	2	12	208570	208581	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	15672189
99	NC_002662	CAAAAA	2	12	209124	209135	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	15672189
100	NC_002662	AATGAA	2	12	209246	209257	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	15672189
101	NC_002662	TGGAGA	2	12	213009	213020	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	15672193
102	NC_002662	GCAAAA	2	12	215087	215098	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	15672195
103	NC_002662	TGCAGT	2	12	215299	215310	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	15672195
104	NC_002662	TGAAAA	2	12	222947	222958	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
105	NC_002662	GAGTTA	2	12	225862	225873	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	30023980
106	NC_002662	AAATAG	2	12	226029	226040	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
107	NC_002662	TGAAGA	2	12	227324	227335	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	15672208
108	NC_002662	CTGACC	2	12	231722	231733	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	15672214
109	NC_002662	GATGAC	2	12	231967	231978	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	15672214
110	NC_002662	ACGTAA	2	12	237357	237368	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	15672222
111	NC_002662	ACGTAA	2	12	237381	237392	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	15672222
112	NC_002662	AGTTCA	2	12	237963	237974	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	15672223
113	NC_002662	GTTATG	2	12	239491	239502	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	15672223
114	NC_002662	TACTCT	2	12	239511	239522	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	15672223
115	NC_002662	AAAGAA	2	12	241280	241291	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	15672225
116	NC_002662	TAAAAA	2	12	241464	241475	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	15672225
117	NC_002662	TAAAAA	2	12	242616	242627	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
118	NC_002662	TGGAAT	2	12	244698	244709	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	30023982
119	NC_002662	GCTGTC	2	12	247803	247814	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	15672233
120	NC_002662	AAAAGA	2	12	252646	252657	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
121	NC_002662	TAAATT	2	12	257527	257538	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
122	NC_002662	TGTTAT	2	12	257893	257904	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	15672241
123	NC_002662	GTTCGA	2	12	260078	260089	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	15672243
124	NC_002662	ATAAAA	2	12	260775	260786	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	15672243
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126	NC_002662	ATTCTA	2	12	265564	265575	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
127	NC_002662	GTTGAA	2	12	265939	265950	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	15672249
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222	NC_002662	TGACCT	2	12	488449	488460	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	15672473
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227	NC_002662	ATTGAC	2	12	495682	495693	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	15672478
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234	NC_002662	TAAAAT	2	12	510464	510475	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
235	NC_002662	TGATTA	2	12	515009	515020	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	15672508
236	NC_002662	ATAAAA	2	12	515089	515100	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	15672508
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238	NC_002662	CAAAAA	2	12	520048	520059	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	15672515
239	NC_002662	TTATGA	2	12	520838	520849	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	15672516
240	NC_002662	TTCAAG	2	12	524877	524888	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	15672521
241	NC_002662	ATGACA	2	12	526915	526926	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	15672522
242	NC_002662	GAAACA	2	12	527415	527426	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	15672523
243	NC_002662	ATTTAC	2	12	534618	534629	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	15672531
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245	NC_002662	TGGAAG	2	12	542251	542262	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	Non-Coding
246	NC_002662	AAGCAA	2	12	547279	547290	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	15672535
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347	NC_002662	AGCATT	2	12	743737	743748	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
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352	NC_002662	ATCTAA	2	12	748320	748331	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	15672722
353	NC_002662	TATTTC	2	12	752888	752899	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	15672726
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