MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Repeats of Chlamydia muridarum Nigg

Total Repeats: 342

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_002620	TGGGAG	2	12	2775	2786	16.67 %	16.67 %	66.67 %	0 %	15834628
2	NC_002620	AGGAAA	2	12	8834	8845	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	532164369
3	NC_002620	GTAGGG	2	12	14803	14814	16.67 %	16.67 %	66.67 %	0 %	15834634
4	NC_002620	GTGCTT	2	12	15589	15600	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	15834634
5	NC_002620	TTGGTT	2	12	17145	17156	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	15834636
6	NC_002620	TTTCTC	2	12	18463	18474	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	15834637
7	NC_002620	GATGAG	2	12	18690	18701	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	15834637
8	NC_002620	TTAATA	2	12	28163	28174	50 %	50 %	0 %	0 %	15834645
9	NC_002620	AATGCC	2	12	30473	30484	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	15834648
10	NC_002620	GGGAAG	2	12	38545	38556	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	15834658
11	NC_002620	AGAGGA	2	12	42144	42155	50 %	0 %	50 %	0 %	15834660
12	NC_002620	CATTAA	2	12	43951	43962	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	15834663
13	NC_002620	GGAGAA	2	12	44697	44708	50 %	0 %	50 %	0 %	15834664
14	NC_002620	GATCAG	2	12	47267	47278	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	15834667
15	NC_002620	AACAGT	2	12	55710	55721	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	15834673
16	NC_002620	TTCTCT	2	12	56792	56803	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	15834675
17	NC_002620	AGGAAG	2	12	57502	57513	50 %	0 %	50 %	0 %	15834676
18	NC_002620	CTGTGT	2	12	59252	59263	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	15834677
19	NC_002620	AGATGC	2	12	64433	64444	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	15834680
20	NC_002620	TTGTCT	2	12	66566	66577	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	15834682
21	NC_002620	CTAAAG	2	12	71324	71335	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	15834686
22	NC_002620	ATCCTT	2	12	73878	73889	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	15834689
23	NC_002620	GACAGT	2	12	76227	76238	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	15834691
24	NC_002620	TAGAAA	2	12	81516	81527	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	15834695
25	NC_002620	TTTTCT	2	12	84254	84265	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
26	NC_002620	GCTGGA	2	12	86273	86284	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	15834699
27	NC_002620	ATGGAT	2	12	87077	87088	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	15834699
28	NC_002620	ATTTTT	2	12	88025	88036	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
29	NC_002620	GGAGTT	2	12	91995	92006	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	15834703
30	NC_002620	ATTCAT	2	12	97501	97512	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	15834706
31	NC_002620	ATTTTT	2	12	101069	101080	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
32	NC_002620	TTTTTG	2	12	106017	106028	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	15834712
33	NC_002620	CTTCTG	2	12	113511	113522	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	15834719
34	NC_002620	TTTTTA	2	12	114478	114489	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
35	NC_002620	AACCGC	2	12	116735	116746	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	15834724
36	NC_002620	GCTTGT	2	12	118304	118315	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	15834725
37	NC_002620	GTTTAG	2	12	118914	118925	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	15834725
38	NC_002620	CTATGC	2	12	129074	129085	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	15834734
39	NC_002620	GAGAAA	2	12	132999	133010	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	15834737
40	NC_002620	TAAGGA	2	12	135381	135392	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
41	NC_002620	AAGCGA	2	12	136307	136318	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
42	NC_002620	CTTTTT	2	12	140842	140853	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	15834742
43	NC_002620	AAGGAG	2	12	143870	143881	50 %	0 %	50 %	0 %	15834744
44	NC_002620	TTTTAT	2	12	146653	146664	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	15834745
45	NC_002620	AAAGAA	2	12	147173	147184	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	15834746
46	NC_002620	CTTGTA	2	12	148742	148753	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	15834747
47	NC_002620	GTGTTG	2	12	149367	149378	0 %	50 %	50 %	0 %	15834748
48	NC_002620	TTATCT	2	12	154693	154704	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	15834749
49	NC_002620	TAAGGA	2	12	157339	157350	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
50	NC_002620	AAGCGA	2	12	158265	158276	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
51	NC_002620	TCTGTT	2	12	165012	165023	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	15834755
52	NC_002620	TTGTAT	2	12	166899	166910	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	15834756
53	NC_002620	TTTTCT	2	12	168614	168625	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	15834757
54	NC_002620	TAGCTT	2	12	168762	168773	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	15834757
55	NC_002620	ATTGGT	2	12	174534	174545	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	15834763
56	NC_002620	CCAACG	2	12	176861	176872	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	15834763
57	NC_002620	GTATGC	2	12	181620	181631	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	15834769
58	NC_002620	CGGGAT	2	12	184163	184174	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	15834771
59	NC_002620	GGATGT	2	12	184657	184668	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	15834771
60	NC_002620	ACTAAG	2	12	188465	188476	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
61	NC_002620	GTTGAT	2	12	196786	196797	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	15834783
62	NC_002620	GGAATA	2	12	197206	197217	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	15834783
63	NC_002620	GAGCAA	2	12	204031	204042	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	15834793
64	NC_002620	TTCCTA	2	12	210010	210021	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	15834796
65	NC_002620	AGGGAG	2	12	213005	213016	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	15834798
66	NC_002620	AGAGAA	2	12	214927	214938	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	15834801
67	NC_002620	TCTAAA	2	12	216321	216332	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
68	NC_002620	GCAAAA	2	12	235941	235952	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	15834821
69	NC_002620	ATAAAA	2	12	236019	236030	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	15834821
70	NC_002620	TTGCTC	2	12	239280	239291	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	15834823
71	NC_002620	TGGTTA	2	12	241122	241133	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	15834825
72	NC_002620	CTGAAG	2	12	243988	243999	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	15834828
73	NC_002620	TAGCGG	2	12	246893	246904	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	15834830
74	NC_002620	TGTTTT	2	12	249508	249519	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	15834831
75	NC_002620	CGAAAA	2	12	252176	252187	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	15834833
76	NC_002620	ATGGTT	2	12	253056	253067	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
77	NC_002620	TGGGAA	2	12	258830	258841	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	15834837
78	NC_002620	TGCTGG	2	12	263184	263195	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	15834844
79	NC_002620	ATCTTA	2	12	269316	269327	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	15834849
80	NC_002620	CAGGAA	2	12	270438	270449	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	15834849
81	NC_002620	TCTCTA	2	12	273232	273243	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	15834850
82	NC_002620	TCAGTA	2	12	274090	274101	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	15834851
83	NC_002620	AGAATA	2	12	275366	275377	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	15834854
84	NC_002620	GTTTTG	3	18	277359	277376	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	15834857
85	NC_002620	AGGAAA	2	12	278199	278210	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	15834859
86	NC_002620	CGCATG	2	12	278729	278740	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	15834859
87	NC_002620	TGAATG	2	12	283794	283805	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	15834864
88	NC_002620	TGATTG	2	12	292363	292374	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	15834870
89	NC_002620	GCTTTG	2	12	292791	292802	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	15834870
90	NC_002620	TTTTTC	2	12	295965	295976	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	15834873
91	NC_002620	GTGTTT	2	12	297153	297164	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
92	NC_002620	GATAAG	2	12	305104	305115	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	15834880
93	NC_002620	TAAAAA	2	12	305268	305279	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
94	NC_002620	GGAAAA	2	12	308937	308948	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	15834882
95	NC_002620	AGATAA	2	12	312461	312472	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	15834883
96	NC_002620	ATGGAG	2	12	312475	312486	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	15834883
97	NC_002620	GTTTGT	2	12	320197	320208	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	15834887
98	NC_002620	TAAAAT	2	12	321572	321583	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
99	NC_002620	ATTGGA	2	12	324081	324092	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	15834890
100	NC_002620	AAAAGA	2	12	329390	329401	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
101	NC_002620	GTTTTG	2	12	336460	336471	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	15834901
102	NC_002620	CATTCC	2	12	336621	336632	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	15834901
103	NC_002620	GCTTTC	2	12	336846	336857	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	15834901
104	NC_002620	AGAGGA	2	12	340311	340322	50 %	0 %	50 %	0 %	15834904
105	NC_002620	CTTTTT	2	12	343699	343710	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	15834908
106	NC_002620	AGCTTG	2	12	348423	348434	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	15834909
107	NC_002620	AAAAAG	2	12	349947	349958	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	15834911
108	NC_002620	CTTTGA	2	12	356298	356309	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	15834919
109	NC_002620	TTTGGT	2	12	360351	360362	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	15834922
110	NC_002620	AATCCT	2	12	361232	361243	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	15834923
111	NC_002620	GTATTT	2	12	368953	368964	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	15834932
112	NC_002620	ACTCCT	2	12	370166	370177	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	15834933
113	NC_002620	TAAGCT	2	12	370686	370697	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
114	NC_002620	TAACTA	2	12	372111	372122	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	15834935
115	NC_002620	TCAGGA	2	12	376780	376791	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	15834939
116	NC_002620	GCGTTA	2	12	377377	377388	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	15834940
117	NC_002620	TAATTT	2	12	378529	378540	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	15834940
118	NC_002620	TCCGCC	2	12	378851	378862	0 %	16.67 %	16.67 %	66.67 %	15834941
119	NC_002620	TTTTAA	2	12	378979	378990	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	15834941
120	NC_002620	AAAAAT	2	12	381940	381951	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
121	NC_002620	AGGGAC	2	12	384091	384102	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	15834944
122	NC_002620	TTCCTA	2	12	387627	387638	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	15834947
123	NC_002620	GAAAAA	2	12	394255	394266	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	15834952
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125	NC_002620	GATTAT	2	12	394507	394518	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	15834953
126	NC_002620	AACCCA	2	12	396583	396594	50 %	0 %	0 %	50 %	15834954
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189	NC_002620	TTAGGC	2	12	578556	578567	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	15835094
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230	NC_002620	AACCCC	2	12	750475	750486	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	15835241
231	NC_002620	GGTATT	2	12	751762	751773	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	15835242
232	NC_002620	CCCCAC	2	12	757133	757144	16.67 %	0 %	0 %	83.33 %	15835245
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234	NC_002620	GAATAA	2	12	757685	757696	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	15835246
235	NC_002620	CCTTTC	2	12	759170	759181	0 %	50 %	0 %	50 %	15835248
236	NC_002620	ATAAAA	2	12	762981	762992	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	15835250
237	NC_002620	TTTTAA	2	12	763009	763020	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
238	NC_002620	CTCTTT	2	12	763531	763542	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	15835251
239	NC_002620	TCTTGT	2	12	770932	770943	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	15835259
240	NC_002620	GCTGCG	2	12	771049	771060	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	15835259
241	NC_002620	CGACAC	2	12	772087	772098	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	15835260
242	NC_002620	ATCCCC	2	12	772261	772272	16.67 %	16.67 %	0 %	66.67 %	15835260
243	NC_002620	ATCCTC	2	12	772687	772698	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	15835260
244	NC_002620	TATCAA	2	12	780222	780233	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	15835267
245	NC_002620	GGAATA	2	12	780483	780494	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	15835268
246	NC_002620	AAGAGG	2	12	787230	787241	50 %	0 %	50 %	0 %	15835273
247	NC_002620	AACGGG	2	12	787963	787974	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	15835274
248	NC_002620	GAAAAA	2	12	790071	790082	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
249	NC_002620	GAAATC	2	12	794462	794473	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	15835281
250	NC_002620	TCTATG	2	12	798820	798831	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	15835284
251	NC_002620	TTCCTT	2	12	801645	801656	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	15835286
252	NC_002620	TTAATT	2	12	801707	801718	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
253	NC_002620	TATAAA	2	12	809386	809397	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	15835291
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267	NC_002620	CTTACT	2	12	850979	850990	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	15835327
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273	NC_002620	TGCTGT	2	12	865486	865497	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	15835342
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278	NC_002620	TTTCTT	2	12	888952	888963	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
279	NC_002620	ATTTCT	2	12	894424	894435	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	15835366
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285	NC_002620	CCGCAT	2	12	901827	901838	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	15835374
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288	NC_002620	TCCATC	2	12	908496	908507	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	15835379
289	NC_002620	AAAAAG	2	12	910219	910230	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
290	NC_002620	CAAAAA	2	12	913395	913406	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	15835385
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292	NC_002620	TTTTGC	2	12	925530	925541	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	15835396
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313	NC_002620	GTTATC	2	12	970592	970603	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
314	NC_002620	GCTGGA	2	12	975620	975631	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	15835455
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322	NC_002620	CTAAAC	2	12	1006371	1006382	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	15835483
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326	NC_002620	TTTAAA	2	12	1025645	1025656	50 %	50 %	0 %	0 %	15835495
327	NC_002620	TTCACT	2	12	1029660	1029671	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	15835498
328	NC_002620	CAAAAA	2	12	1029805	1029816	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
329	NC_002620	TACCGA	2	12	1031489	1031500	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	15835501
330	NC_002620	TTGTTT	2	12	1032632	1032643	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	15835502
331	NC_002620	TCTCCT	2	12	1035189	1035200	0 %	50 %	0 %	50 %	15835506
332	NC_002620	AGAAAA	2	12	1035418	1035429	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
333	NC_002620	AGCTGG	3	18	1040242	1040259	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	15835512
334	NC_002620	GCATCA	2	12	1042084	1042095	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	15835512
335	NC_002620	AAGCTT	2	12	1043479	1043490	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
336	NC_002620	TGACAA	2	12	1043493	1043504	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	15835514
337	NC_002620	TTAGCT	2	12	1043823	1043834	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	15835514
338	NC_002620	AGCCTG	2	12	1053083	1053094	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	15835523
339	NC_002620	AAGCAA	2	12	1055225	1055236	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	15835524
340	NC_002620	AAATGC	2	12	1057235	1057246	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	15835524
341	NC_002620	TCTTTC	2	12	1058344	1058355	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	15835525
342	NC_002620	TATTCG	2	12	1068049	1068060	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	15835529

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.