MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Repeats of Chlamydia muridarum Nigg

Total Repeats: 765

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_002620	GCATC	2	10	551	560	20 %	20 %	20 %	40 %	15834626
2	NC_002620	TATGG	2	10	1693	1702	20 %	40 %	40 %	0 %	15834627
3	NC_002620	GAAGA	2	10	1787	1796	60 %	0 %	40 %	0 %	15834627
4	NC_002620	TGCTT	2	10	3652	3661	0 %	60 %	20 %	20 %	15834629
5	NC_002620	ATTCT	2	10	5636	5645	20 %	60 %	0 %	20 %	15834630
6	NC_002620	GAAGA	2	10	7871	7880	60 %	0 %	40 %	0 %	532164369
7	NC_002620	ATTGA	2	10	7881	7890	40 %	40 %	20 %	0 %	532164369
8	NC_002620	GGATG	2	10	8536	8545	20 %	20 %	60 %	0 %	532164369
9	NC_002620	GGGCT	2	10	9951	9960	0 %	20 %	60 %	20 %	532164369
10	NC_002620	TTCAT	2	10	10524	10533	20 %	60 %	0 %	20 %	532164369
11	NC_002620	GGCTA	2	10	10541	10550	20 %	20 %	40 %	20 %	532164369
12	NC_002620	TGGTT	2	10	11403	11412	0 %	60 %	40 %	0 %	15834633
13	NC_002620	TTCTC	2	10	11939	11948	0 %	60 %	0 %	40 %	15834633
14	NC_002620	AGAGC	2	10	11978	11987	40 %	0 %	40 %	20 %	15834633
15	NC_002620	GTCTT	2	10	12440	12449	0 %	60 %	20 %	20 %	15834633
16	NC_002620	CCAAA	2	10	16089	16098	60 %	0 %	0 %	40 %	15834635
17	NC_002620	GCTAG	2	10	20067	20076	20 %	20 %	40 %	20 %	15834638
18	NC_002620	TCCAA	2	10	20267	20276	40 %	20 %	0 %	40 %	15834638
19	NC_002620	TTTTA	2	10	21311	21320	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
20	NC_002620	AAAAG	2	10	23453	23462	80 %	0 %	20 %	0 %	15834642
21	NC_002620	GGGGT	2	10	25043	25052	0 %	20 %	80 %	0 %	15834643
22	NC_002620	TTTAC	2	10	26888	26897	20 %	60 %	0 %	20 %	15834645
23	NC_002620	GCTTT	2	10	28448	28457	0 %	60 %	20 %	20 %	15834645
24	NC_002620	GTTGC	2	10	28658	28667	0 %	40 %	40 %	20 %	15834646
25	NC_002620	ATGTC	2	10	29809	29818	20 %	40 %	20 %	20 %	15834646
26	NC_002620	TTTTC	2	10	33313	33322	0 %	80 %	0 %	20 %	15834653
27	NC_002620	CGATC	2	10	33333	33342	20 %	20 %	20 %	40 %	15834653
28	NC_002620	GTTTT	2	10	34491	34500	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
29	NC_002620	ATTAG	2	10	34519	34528	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
30	NC_002620	TATTT	2	10	34535	34544	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
31	NC_002620	TTTGT	2	10	38837	38846	0 %	80 %	20 %	0 %	15834658
32	NC_002620	TGCCT	2	10	42435	42444	0 %	40 %	20 %	40 %	15834660
33	NC_002620	AATTA	2	10	44139	44148	60 %	40 %	0 %	0 %	15834663
34	NC_002620	TGATT	2	10	44534	44543	20 %	60 %	20 %	0 %	15834664
35	NC_002620	ATGGA	2	10	44996	45005	40 %	20 %	40 %	0 %	15834665
36	NC_002620	GTGAT	2	10	46395	46404	20 %	40 %	40 %	0 %	15834666
37	NC_002620	AACGA	2	10	46531	46540	60 %	0 %	20 %	20 %	15834666
38	NC_002620	TCATC	2	10	49124	49133	20 %	40 %	0 %	40 %	15834669
39	NC_002620	TTCTT	2	10	58151	58160	0 %	80 %	0 %	20 %	15834676
40	NC_002620	AAAAG	2	10	63261	63270	80 %	0 %	20 %	0 %	15834679
41	NC_002620	TTTGG	2	10	63884	63893	0 %	60 %	40 %	0 %	15834680
42	NC_002620	TTTAG	2	10	64041	64050	20 %	60 %	20 %	0 %	15834680
43	NC_002620	TCCTT	2	10	64851	64860	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
44	NC_002620	TTTGT	2	10	64960	64969	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
45	NC_002620	AGTTT	2	10	66180	66189	20 %	60 %	20 %	0 %	15834681
46	NC_002620	TTTTA	2	10	67759	67768	20 %	80 %	0 %	0 %	15834683
47	NC_002620	GGGAT	2	10	69081	69090	20 %	20 %	60 %	0 %	15834684
48	NC_002620	GTTTT	2	10	77088	77097	0 %	80 %	20 %	0 %	15834691
49	NC_002620	GATGG	2	10	78390	78399	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
50	NC_002620	AGGGA	2	10	82628	82637	40 %	0 %	60 %	0 %	15834697
51	NC_002620	GTTGT	2	10	82674	82683	0 %	60 %	40 %	0 %	15834697
52	NC_002620	TTTCT	2	10	84300	84309	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
53	NC_002620	AAGAA	2	10	85060	85069	80 %	0 %	20 %	0 %	15834699
54	NC_002620	AACAA	2	10	85461	85470	80 %	0 %	0 %	20 %	15834699
55	NC_002620	GTTTT	2	10	87884	87893	0 %	80 %	20 %	0 %	15834700
56	NC_002620	TATTT	2	10	87995	88004	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
57	NC_002620	TGAGC	2	10	93330	93339	20 %	20 %	40 %	20 %	15834705
58	NC_002620	CTTTG	2	10	94406	94415	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
59	NC_002620	TATTT	2	10	94874	94883	20 %	80 %	0 %	0 %	15834706
60	NC_002620	TAGAA	2	10	100980	100989	60 %	20 %	20 %	0 %	15834708
61	NC_002620	AAACG	2	10	101008	101017	60 %	0 %	20 %	20 %	15834708
62	NC_002620	TAAAA	2	10	104623	104632	80 %	20 %	0 %	0 %	15834710
63	NC_002620	TTGGC	2	10	105017	105026	0 %	40 %	40 %	20 %	15834711
64	NC_002620	AGGAC	2	10	105049	105058	40 %	0 %	40 %	20 %	15834711
65	NC_002620	AGGAA	2	10	110781	110790	60 %	0 %	40 %	0 %	15834717
66	NC_002620	TAAAA	2	10	111741	111750	80 %	20 %	0 %	0 %	15834718
67	NC_002620	TCTTT	2	10	111943	111952	0 %	80 %	0 %	20 %	15834718
68	NC_002620	TTTGT	2	10	112326	112335	0 %	80 %	20 %	0 %	15834718
69	NC_002620	TAGAG	2	10	114141	114150	40 %	20 %	40 %	0 %	15834720
70	NC_002620	TGATA	2	10	114460	114469	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
71	NC_002620	CTTTT	2	10	115813	115822	0 %	80 %	0 %	20 %	15834722
72	NC_002620	GGAAA	2	10	116087	116096	60 %	0 %	40 %	0 %	15834723
73	NC_002620	AAATA	2	10	117469	117478	80 %	20 %	0 %	0 %	15834724
74	NC_002620	TGAGA	2	10	117573	117582	40 %	20 %	40 %	0 %	15834724
75	NC_002620	GAAGA	2	10	117906	117915	60 %	0 %	40 %	0 %	15834725
76	NC_002620	GAGAA	2	10	119667	119676	60 %	0 %	40 %	0 %	15834725
77	NC_002620	CTAGA	2	10	119710	119719	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
78	NC_002620	GCGCA	2	10	120548	120557	20 %	0 %	40 %	40 %	15834727
79	NC_002620	GCTGA	2	10	127164	127173	20 %	20 %	40 %	20 %	15834732
80	NC_002620	TTCTT	2	10	127374	127383	0 %	80 %	0 %	20 %	15834733
81	NC_002620	ATGGT	2	10	128148	128157	20 %	40 %	40 %	0 %	15834733
82	NC_002620	AAAAG	2	10	138830	138839	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
83	NC_002620	AAGTA	2	10	139308	139317	60 %	20 %	20 %	0 %	15834741
84	NC_002620	ACCAT	2	10	139572	139581	40 %	20 %	0 %	40 %	15834741
85	NC_002620	ATTTT	2	10	140688	140697	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
86	NC_002620	GAGAA	2	10	142448	142457	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
87	NC_002620	TACTT	2	10	142690	142699	20 %	60 %	0 %	20 %	15834743
88	NC_002620	GAAGA	2	10	144444	144453	60 %	0 %	40 %	0 %	15834744
89	NC_002620	ATGAT	2	10	144675	144684	40 %	40 %	20 %	0 %	15834744
90	NC_002620	TTCCA	2	10	146324	146333	20 %	40 %	0 %	40 %	15834745
91	NC_002620	GTTTT	2	10	147407	147416	0 %	80 %	20 %	0 %	15834746
92	NC_002620	AATTC	2	10	149681	149690	40 %	40 %	0 %	20 %	15834748
93	NC_002620	TGGGA	2	10	150406	150415	20 %	20 %	60 %	0 %	15834748
94	NC_002620	AATTC	2	10	151991	152000	40 %	40 %	0 %	20 %	15834748
95	NC_002620	AGAGG	2	10	154600	154609	40 %	0 %	60 %	0 %	15834749
96	NC_002620	AAAAG	2	10	160787	160796	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
97	NC_002620	TCAAA	2	10	161743	161752	60 %	20 %	0 %	20 %	15834751
98	NC_002620	TTTTC	2	10	164822	164831	0 %	80 %	0 %	20 %	15834754
99	NC_002620	ATGCG	2	10	165441	165450	20 %	20 %	40 %	20 %	15834755
100	NC_002620	CTTGT	2	10	166347	166356	0 %	60 %	20 %	20 %	15834756
101	NC_002620	GTAGA	2	10	166925	166934	40 %	20 %	40 %	0 %	15834756
102	NC_002620	CTTTC	2	10	167322	167331	0 %	60 %	0 %	40 %	15834756
103	NC_002620	GAAGA	2	10	168512	168521	60 %	0 %	40 %	0 %	15834757
104	NC_002620	AAGAA	2	10	169278	169287	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
105	NC_002620	TTGGG	2	10	171006	171015	0 %	40 %	60 %	0 %	15834759
106	NC_002620	GTGTG	2	10	171240	171249	0 %	40 %	60 %	0 %	15834759
107	NC_002620	CAAAT	2	10	173643	173652	60 %	20 %	0 %	20 %	15834762
108	NC_002620	TCTAT	2	10	175896	175905	20 %	60 %	0 %	20 %	15834763
109	NC_002620	TGGAT	2	10	178745	178754	20 %	40 %	40 %	0 %	15834766
110	NC_002620	ACCAA	2	10	180038	180047	60 %	0 %	0 %	40 %	15834768
111	NC_002620	AAGAA	2	10	181807	181816	80 %	0 %	20 %	0 %	15834769
112	NC_002620	TACAG	2	10	182577	182586	40 %	20 %	20 %	20 %	15834769
113	NC_002620	TATTT	2	10	183229	183238	20 %	80 %	0 %	0 %	15834770
114	NC_002620	CTATT	2	10	183961	183970	20 %	60 %	0 %	20 %	15834771
115	NC_002620	TATTG	2	10	183995	184004	20 %	60 %	20 %	0 %	15834771
116	NC_002620	TTGGC	2	10	184083	184092	0 %	40 %	40 %	20 %	15834771
117	NC_002620	TTGCT	2	10	185648	185657	0 %	60 %	20 %	20 %	15834773
118	NC_002620	GGGTT	2	10	186685	186694	0 %	40 %	60 %	0 %	15834774
119	NC_002620	CTCTT	2	10	188525	188534	0 %	60 %	0 %	40 %	15834776
120	NC_002620	ACTTC	2	10	190138	190147	20 %	40 %	0 %	40 %	15834777
121	NC_002620	ACTGG	2	10	190390	190399	20 %	20 %	40 %	20 %	15834777
122	NC_002620	ATCAA	2	10	193936	193945	60 %	20 %	0 %	20 %	15834779
123	NC_002620	GGTAT	2	10	194300	194309	20 %	40 %	40 %	0 %	15834780
124	NC_002620	TTGCT	2	10	196889	196898	0 %	60 %	20 %	20 %	15834783
125	NC_002620	CACAT	2	10	196934	196943	40 %	20 %	0 %	40 %	15834783
126	NC_002620	ATCTC	2	10	197368	197377	20 %	40 %	0 %	40 %	15834784
127	NC_002620	CTCAC	2	10	199816	199825	20 %	20 %	0 %	60 %	15834786
128	NC_002620	TGTGC	2	10	203695	203704	0 %	40 %	40 %	20 %	15834793
129	NC_002620	TTCAT	2	10	204570	204579	20 %	60 %	0 %	20 %	15834793
130	NC_002620	AAGAG	2	10	204861	204870	60 %	0 %	40 %	0 %	15834793
131	NC_002620	AGCAT	2	10	207870	207879	40 %	20 %	20 %	20 %	15834795
132	NC_002620	GGATG	2	10	212153	212162	20 %	20 %	60 %	0 %	15834798
133	NC_002620	TATGT	2	10	214492	214501	20 %	60 %	20 %	0 %	15834800
134	NC_002620	GTAAG	2	10	215715	215724	40 %	20 %	40 %	0 %	15834801
135	NC_002620	ATTTT	2	10	216195	216204	20 %	80 %	0 %	0 %	15834801
136	NC_002620	GAAAA	2	10	216685	216694	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
137	NC_002620	TTTAA	2	10	217851	217860	40 %	60 %	0 %	0 %	15834803
138	NC_002620	AAACA	2	10	220354	220363	80 %	0 %	0 %	20 %	15834808
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141	NC_002620	GAGAA	2	10	224675	224684	60 %	0 %	40 %	0 %	15834810
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258	NC_002620	TTGAT	2	10	375742	375751	20 %	60 %	20 %	0 %	15834938
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