MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Coding Repeats of Halobacterium sp. NRC-1 plasmid pNRC200

Total Repeats: 153

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_002608	GTCACG	2	12	733	744	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16119980
2	NC_002608	GAATTA	2	12	8352	8363	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	16119988
3	NC_002608	ATTACC	2	12	9471	9482	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	16119989
4	NC_002608	GAAGTC	2	12	15040	15051	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	16119991
5	NC_002608	CGACGT	2	12	18828	18839	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16119998
6	NC_002608	GAGATC	2	12	24705	24716	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	16120005
7	NC_002608	CGACTA	2	12	25764	25775	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	16120007
8	NC_002608	ATCCCC	2	12	27919	27930	16.67 %	16.67 %	0 %	66.67 %	16120008
9	NC_002608	AGTCGT	2	12	29016	29027	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16120008
10	NC_002608	TTCGAC	2	12	31150	31161	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16120011
11	NC_002608	ATTTCA	2	12	33642	33653	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	16120012
12	NC_002608	ACGGCT	2	12	37297	37308	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16120015
13	NC_002608	TCGGCC	2	12	44831	44842	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	16120025
14	NC_002608	GTCGAA	2	12	46245	46256	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	16120027
15	NC_002608	TCCACT	2	12	47095	47106	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	16120028
16	NC_002608	TTCGGG	2	12	47629	47640	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	16120029
17	NC_002608	CAGCCA	2	12	47988	47999	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	16120029
18	NC_002608	CGCGGG	2	12	52075	52086	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	16120033
19	NC_002608	TGCGCC	2	12	52417	52428	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	16120033
20	NC_002608	CGGGTT	2	12	52857	52868	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	16120035
21	NC_002608	TCGGCG	2	12	53354	53365	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	16120035
22	NC_002608	GCCATC	2	12	53416	53427	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	16120035
23	NC_002608	CGTCGC	2	12	53628	53639	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	16120035
24	NC_002608	TCGACG	2	12	54703	54714	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16120037
25	NC_002608	TCGCGT	2	12	56480	56491	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	16120040
26	NC_002608	GTTGAC	2	12	58911	58922	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16120043
27	NC_002608	GAAGTC	2	12	59349	59360	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	16120043
28	NC_002608	GCGTCG	2	12	60877	60888	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	16120045
29	NC_002608	GAACTC	2	12	63843	63854	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	16120048
30	NC_002608	GACGTC	2	12	65625	65636	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16120050
31	NC_002608	GGCGCG	2	12	80469	80480	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	16120065
32	NC_002608	GTCGAT	2	12	83723	83734	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16120068
33	NC_002608	CGTAGT	2	12	90571	90582	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16120076
34	NC_002608	TCGCAT	2	12	92728	92739	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16120079
35	NC_002608	CCGTGA	2	12	92776	92787	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16120079
36	NC_002608	GATATC	2	12	103377	103388	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	16120086
37	NC_002608	TCGAAG	2	12	103711	103722	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	16120087
38	NC_002608	GGACGA	2	12	104603	104614	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	16120087
39	NC_002608	AAGAGA	2	12	107214	107225	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	16120088
40	NC_002608	CGAGAA	2	12	110634	110645	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	16120089
41	NC_002608	GCGTGA	2	12	111876	111887	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	16120089
42	NC_002608	GGACGA	2	12	116721	116732	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	16120093
43	NC_002608	CCTCGA	2	12	117096	117107	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	16120093
44	NC_002608	ACGTCG	2	12	117731	117742	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16120093
45	NC_002608	CGTCCA	2	12	121110	121121	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	16120095
46	NC_002608	CCGAAC	2	12	121162	121173	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	16120095
47	NC_002608	GTTGAC	2	12	122668	122679	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16120097
48	NC_002608	GAAGTC	2	12	123106	123117	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	16120097
49	NC_002608	ATCAGG	2	12	126184	126195	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	16120099
50	NC_002608	GACTAC	2	12	131420	131431	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	16120102
51	NC_002608	GGCGCG	2	12	137731	137742	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	16120109
52	NC_002608	TGATCG	2	12	141306	141317	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16120113
53	NC_002608	GTTCGC	2	12	148631	148642	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	16120120
54	NC_002608	CGGTGG	2	12	151302	151313	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	16120121
55	NC_002608	TTCATC	2	12	151327	151338	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	16120121
56	NC_002608	TGATCG	2	12	160324	160335	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16120132
57	NC_002608	ACCAGC	2	12	162971	162982	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	16120138
58	NC_002608	GATCGG	2	12	163192	163203	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	16120138
59	NC_002608	AGTTCG	2	12	164822	164833	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16120141
60	NC_002608	CGATCT	2	12	165902	165913	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16120141
61	NC_002608	GAAGCG	2	12	166589	166600	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	16120142
62	NC_002608	GAGTCG	2	12	169060	169071	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	16120146
63	NC_002608	CGCTCG	2	12	170928	170939	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	16120149
64	NC_002608	CGCTCG	2	12	173312	173323	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	16120150
65	NC_002608	TTCTAC	2	12	176470	176481	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	16120153
66	NC_002608	GTCGGG	2	12	176707	176718	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	16120153
67	NC_002608	GCCGAC	2	12	177935	177946	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	16120154
68	NC_002608	AACCGG	2	12	179375	179386	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	16120154
69	NC_002608	CGACGG	2	12	180791	180802	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	16120156
70	NC_002608	TCACCG	2	12	182633	182644	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	16120157
71	NC_002608	CAGCCT	2	12	185235	185246	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	16120161
72	NC_002608	CCCAAC	2	12	185813	185824	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	16120162
73	NC_002608	CCGAGA	2	12	193782	193793	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	16120174
74	NC_002608	TCACCG	2	12	195629	195640	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	16120177
75	NC_002608	TCCAGG	2	12	198850	198861	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16120182
76	NC_002608	GTCGTT	2	12	198951	198962	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	16120182
77	NC_002608	TGTCGT	2	12	204157	204168	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	16120187
78	NC_002608	GCGTCG	2	12	204666	204677	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	16120187
79	NC_002608	GCCGTG	2	12	204713	204724	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	16120187
80	NC_002608	CCGACT	2	12	205720	205731	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	16120188
81	NC_002608	GACCGC	2	12	208494	208505	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	16120190
82	NC_002608	CGATGA	2	12	212558	212569	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	16120193
83	NC_002608	CGCGCT	2	12	215838	215849	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	16120197
84	NC_002608	GCCGTA	2	12	218056	218067	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16120199
85	NC_002608	CTCGAT	2	12	219045	219056	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16120200
86	NC_002608	CGCGTT	2	12	224220	224231	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	16120207
87	NC_002608	ACGTCG	2	12	225542	225553	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16120208
88	NC_002608	TGTCGC	2	12	225771	225782	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	16120208
89	NC_002608	CGACGC	2	12	225790	225801	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	16120208
90	NC_002608	CGAGGT	2	12	227028	227039	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	16120208
91	NC_002608	GCTGGC	2	12	230587	230598	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	16120211
92	NC_002608	ACGTCA	2	12	231123	231134	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	16120211
93	NC_002608	GGTCGC	2	12	231238	231249	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	16120211
94	NC_002608	GCTCGG	2	12	234485	234496	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	16120214
95	NC_002608	CGCGGT	2	12	234512	234523	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	16120214
96	NC_002608	TCGCCA	2	12	235988	235999	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	16120215
97	NC_002608	CGTCGC	2	12	237355	237366	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	16120217
98	NC_002608	GAGCGT	2	12	238069	238080	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	16120218
99	NC_002608	CGCGGC	2	12	241069	241080	0 %	0 %	50 %	50 %	16120221
100	NC_002608	ACGCGA	2	12	242395	242406	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	16120221
101	NC_002608	CGGCCT	2	12	242767	242778	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	16120221
102	NC_002608	GCCGTC	2	12	246248	246259	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	16120224
103	NC_002608	GGAGTG	2	12	247947	247958	16.67 %	16.67 %	66.67 %	0 %	16120225
104	NC_002608	TGCCGT	2	12	248117	248128	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	16120225
105	NC_002608	GTAGCG	2	12	265473	265484	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	16120237
106	NC_002608	ACTCAG	2	12	275393	275404	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	16120245
107	NC_002608	GAACCA	2	12	275582	275593	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	16120245
108	NC_002608	GGCGCG	2	12	277400	277411	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	16120247
109	NC_002608	TCCTTG	2	12	279597	279608	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	16120250
110	NC_002608	TGGACG	2	12	284358	284369	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	16120254
111	NC_002608	CGACCT	2	12	289215	289226	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	16120259
112	NC_002608	TCGCCC	2	12	291071	291082	0 %	16.67 %	16.67 %	66.67 %	16120259
113	NC_002608	CCTCAT	2	12	293436	293447	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	16120261
114	NC_002608	TGATCG	2	12	294138	294149	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16120262
115	NC_002608	TCGACG	2	12	297393	297404	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16120266
116	NC_002608	GCCGTC	2	12	300375	300386	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	16120271
117	NC_002608	GGCGTT	2	12	302079	302090	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	16120273
118	NC_002608	CGAGCG	2	12	303092	303103	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	16120273
119	NC_002608	ACGGTG	2	12	305069	305080	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	16120275
120	NC_002608	GTAGCG	2	12	309848	309859	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	16120283
121	NC_002608	TTCGAC	2	12	310354	310365	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16120283
122	NC_002608	GCGTCG	2	12	313327	313338	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	16120287
123	NC_002608	CGGGCG	2	12	315502	315513	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	16120290
124	NC_002608	CGACTG	2	12	318286	318297	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16120293
125	NC_002608	TGCCGG	2	12	320444	320455	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	16120297
126	NC_002608	GATATC	2	12	321170	321181	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	16120298
127	NC_002608	GCGTCG	2	12	322741	322752	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	16120301
128	NC_002608	TCGTAC	2	12	322831	322842	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16120301
129	NC_002608	AGCCGT	2	12	323844	323855	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16120302
130	NC_002608	GCTGTA	2	12	326555	326566	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16120305
131	NC_002608	GTTGAC	2	12	328413	328424	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16120308
132	NC_002608	CGCAAT	2	12	330138	330149	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	16120311
133	NC_002608	GAGTTC	2	12	333614	333625	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16120314
134	NC_002608	CGACGC	2	12	336580	336591	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	16120317
135	NC_002608	GTAGCG	2	12	337599	337610	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	16120319
136	NC_002608	TCGACT	2	12	338106	338117	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16120319
137	NC_002608	GTCAAC	2	12	338546	338557	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	16120319
138	NC_002608	TCGCGC	2	12	340466	340477	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	16120322
139	NC_002608	ACGCGA	2	12	340977	340988	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	16120322
140	NC_002608	CGATGG	2	12	344040	344051	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	16120327
141	NC_002608	AACCCG	2	12	344600	344611	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	16120327
142	NC_002608	GCGCAG	2	12	345041	345052	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	16120329
143	NC_002608	CGCCCG	2	12	345380	345391	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	16120329
144	NC_002608	GGCGTG	2	12	346893	346904	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	16120330
145	NC_002608	TGGCTG	2	12	349469	349480	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	16120333
146	NC_002608	CCCGAA	2	12	349828	349839	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	16120333
147	NC_002608	TGCCGA	2	12	350039	350050	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16120334
148	NC_002608	AGTGGA	2	12	350362	350373	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	16120334
149	NC_002608	CTTCGA	2	12	351211	351222	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16120335
150	NC_002608	GGCCGA	2	12	352626	352637	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	16120337
151	NC_002608	CCGACG	2	12	354757	354768	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	16120339
152	NC_002608	AGCCGT	2	12	360160	360171	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16120347
153	NC_002608	TGAAAT	2	12	363815	363826	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	16120350

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.