MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Coding Repeats of Halobacterium sp. NRC-1 plasmid pNRC200

Total Repeats: 169

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_002608	GTGGG	2	10	1008	1017	0 %	20 %	80 %	0 %	16119981
2	NC_002608	CCGTC	2	10	2408	2417	0 %	20 %	20 %	60 %	16119983
3	NC_002608	TATAA	2	10	5338	5347	60 %	40 %	0 %	0 %	16119986
4	NC_002608	ATTGT	2	10	8392	8401	20 %	60 %	20 %	0 %	16119988
5	NC_002608	CGTAT	2	10	10748	10757	20 %	40 %	20 %	20 %	16119989
6	NC_002608	TCTCG	2	10	10878	10887	0 %	40 %	20 %	40 %	16119989
7	NC_002608	AGTTG	2	10	15222	15231	20 %	40 %	40 %	0 %	16119991
8	NC_002608	GAATC	2	10	18915	18924	40 %	20 %	20 %	20 %	16119998
9	NC_002608	GCGTT	2	10	20524	20533	0 %	40 %	40 %	20 %	16120001
10	NC_002608	TCGAG	2	10	24161	24170	20 %	20 %	40 %	20 %	16120005
11	NC_002608	GAACG	2	10	25245	25254	40 %	0 %	40 %	20 %	16120006
12	NC_002608	GACGG	2	10	25302	25311	20 %	0 %	60 %	20 %	16120006
13	NC_002608	GAACG	2	10	25533	25542	40 %	0 %	40 %	20 %	16120007
14	NC_002608	CTCCC	2	10	25666	25675	0 %	20 %	0 %	80 %	16120007
15	NC_002608	CGATC	2	10	25941	25950	20 %	20 %	20 %	40 %	16120007
16	NC_002608	AATCG	2	10	25963	25972	40 %	20 %	20 %	20 %	16120007
17	NC_002608	TGCCC	2	10	26865	26874	0 %	20 %	20 %	60 %	16120008
18	NC_002608	CCCGG	2	10	27112	27121	0 %	0 %	40 %	60 %	16120008
19	NC_002608	ATCGG	2	10	27632	27641	20 %	20 %	40 %	20 %	16120008
20	NC_002608	TGCGC	2	10	28776	28785	0 %	20 %	40 %	40 %	16120008
21	NC_002608	CAACT	2	10	30973	30982	40 %	20 %	0 %	40 %	16120011
22	NC_002608	CGACG	2	10	34875	34884	20 %	0 %	40 %	40 %	16120013
23	NC_002608	CTGAA	2	10	36240	36249	40 %	20 %	20 %	20 %	16120014
24	NC_002608	TCGTC	2	10	37742	37751	0 %	40 %	20 %	40 %	16120015
25	NC_002608	ACGTC	2	10	46033	46042	20 %	20 %	20 %	40 %	16120027
26	NC_002608	CGCTA	2	10	47144	47153	20 %	20 %	20 %	40 %	16120028
27	NC_002608	GTTCG	2	10	49250	49259	0 %	40 %	40 %	20 %	16120031
28	NC_002608	GAACG	2	10	50990	50999	40 %	0 %	40 %	20 %	16120032
29	NC_002608	TCGTC	2	10	65245	65254	0 %	40 %	20 %	40 %	16120049
30	NC_002608	CGCGA	2	10	67733	67742	20 %	0 %	40 %	40 %	16120052
31	NC_002608	CGTCA	2	10	68413	68422	20 %	20 %	20 %	40 %	16120053
32	NC_002608	CTGTG	2	10	68491	68500	0 %	40 %	40 %	20 %	16120053
33	NC_002608	GAACT	2	10	70880	70889	40 %	20 %	20 %	20 %	16120055
34	NC_002608	GTTCG	2	10	72567	72576	0 %	40 %	40 %	20 %	16120057
35	NC_002608	CTCCG	2	10	72957	72966	0 %	20 %	20 %	60 %	16120057
36	NC_002608	AGTTC	2	10	74975	74984	20 %	40 %	20 %	20 %	16120059
37	NC_002608	GGACG	2	10	77440	77449	20 %	0 %	60 %	20 %	16120062
38	NC_002608	TCCCA	2	10	83672	83681	20 %	20 %	0 %	60 %	16120068
39	NC_002608	CCCGA	2	10	84131	84140	20 %	0 %	20 %	60 %	16120068
40	NC_002608	ATCGT	2	10	85665	85674	20 %	40 %	20 %	20 %	16120070
41	NC_002608	CCGTC	2	10	87386	87395	0 %	20 %	20 %	60 %	16120073
42	NC_002608	TGCAT	2	10	89953	89962	20 %	40 %	20 %	20 %	16120075
43	NC_002608	CAGTC	2	10	94219	94228	20 %	20 %	20 %	40 %	16120081
44	NC_002608	CCACT	2	10	94884	94893	20 %	20 %	0 %	60 %	16120081
45	NC_002608	TGACG	2	10	95659	95668	20 %	20 %	40 %	20 %	16120082
46	NC_002608	ACACC	2	10	97992	98001	40 %	0 %	0 %	60 %	16120084
47	NC_002608	TCCGC	2	10	98324	98333	0 %	20 %	20 %	60 %	16120084
48	NC_002608	CGGAG	2	10	100557	100566	20 %	0 %	60 %	20 %	16120084
49	NC_002608	CAGAA	2	10	107560	107569	60 %	0 %	20 %	20 %	16120088
50	NC_002608	CAATA	2	10	107999	108008	60 %	20 %	0 %	20 %	16120088
51	NC_002608	GGGCG	2	10	109093	109102	0 %	0 %	80 %	20 %	16120089
52	NC_002608	TGGAG	2	10	112028	112037	20 %	20 %	60 %	0 %	16120090
53	NC_002608	AGTTC	2	10	113117	113126	20 %	40 %	20 %	20 %	16120091
54	NC_002608	CGATC	2	10	114336	114345	20 %	20 %	20 %	40 %	16120093
55	NC_002608	GTCGG	2	10	115124	115133	0 %	20 %	60 %	20 %	16120093
56	NC_002608	GCGCC	2	10	117267	117276	0 %	0 %	40 %	60 %	16120093
57	NC_002608	TCCGT	2	10	118104	118113	0 %	40 %	20 %	40 %	16120094
58	NC_002608	TCTCG	2	10	118714	118723	0 %	40 %	20 %	40 %	16120094
59	NC_002608	TGGCG	2	10	118753	118762	0 %	20 %	60 %	20 %	16120094
60	NC_002608	CGGAC	2	10	118837	118846	20 %	0 %	40 %	40 %	16120094
61	NC_002608	TGCTC	2	10	119239	119248	0 %	40 %	20 %	40 %	16120094
62	NC_002608	AGGGA	2	10	121285	121294	40 %	0 %	60 %	0 %	16120095
63	NC_002608	AGTTC	2	10	122050	122059	20 %	40 %	20 %	20 %	16120096
64	NC_002608	CTGTA	2	10	127494	127503	20 %	40 %	20 %	20 %	16120099
65	NC_002608	TCCAA	2	10	127667	127676	40 %	20 %	0 %	40 %	16120099
66	NC_002608	TCTGT	2	10	130928	130937	0 %	60 %	20 %	20 %	16120102
67	NC_002608	AGGTG	2	10	131899	131908	20 %	20 %	60 %	0 %	16120102
68	NC_002608	GACGT	2	10	144492	144501	20 %	20 %	40 %	20 %	16120118
69	NC_002608	AATTC	2	10	146008	146017	40 %	40 %	0 %	20 %	16120118
70	NC_002608	CGCTG	2	10	146246	146255	0 %	20 %	40 %	40 %	16120118
71	NC_002608	CACAG	2	10	149030	149039	40 %	0 %	20 %	40 %	16120120
72	NC_002608	GATCG	2	10	150694	150703	20 %	20 %	40 %	20 %	16120121
73	NC_002608	ACGAA	2	10	152041	152050	60 %	0 %	20 %	20 %	16120123
74	NC_002608	TGGTC	2	10	153397	153406	0 %	40 %	40 %	20 %	16120124
75	NC_002608	ATCGC	2	10	156688	156697	20 %	20 %	20 %	40 %	16120127
76	NC_002608	TCGAA	2	10	159607	159616	40 %	20 %	20 %	20 %	16120131
77	NC_002608	GATGG	2	10	159725	159734	20 %	20 %	60 %	0 %	16120131
78	NC_002608	GCTTT	2	10	163914	163923	0 %	60 %	20 %	20 %	16120139
79	NC_002608	TCGAG	2	10	165104	165113	20 %	20 %	40 %	20 %	16120141
80	NC_002608	GTGGC	2	10	166933	166942	0 %	20 %	60 %	20 %	16120143
81	NC_002608	CTCCG	2	10	167415	167424	0 %	20 %	20 %	60 %	16120143
82	NC_002608	GCCAC	2	10	168919	168928	20 %	0 %	20 %	60 %	16120146
83	NC_002608	TCCAG	2	10	169536	169545	20 %	20 %	20 %	40 %	16120147
84	NC_002608	TGACG	2	10	169758	169767	20 %	20 %	40 %	20 %	16120147
85	NC_002608	TTGGG	2	10	172778	172787	0 %	40 %	60 %	0 %	16120150
86	NC_002608	GACCG	2	10	173638	173647	20 %	0 %	40 %	40 %	16120150
87	NC_002608	CGGTG	2	10	173690	173699	0 %	20 %	60 %	20 %	16120151
88	NC_002608	CCCAG	2	10	173864	173873	20 %	0 %	20 %	60 %	16120151
89	NC_002608	GCGTC	2	10	174004	174013	0 %	20 %	40 %	40 %	16120151
90	NC_002608	ACGAC	2	10	174154	174163	40 %	0 %	20 %	40 %	16120151
91	NC_002608	CGTTT	2	10	176013	176022	0 %	60 %	20 %	20 %	16120152
92	NC_002608	ACCCA	2	10	177656	177665	40 %	0 %	0 %	60 %	16120154
93	NC_002608	ACGGC	2	10	178869	178878	20 %	0 %	40 %	40 %	16120154
94	NC_002608	CCGAC	2	10	181815	181824	20 %	0 %	20 %	60 %	16120157
95	NC_002608	GCGAC	2	10	183789	183798	20 %	0 %	40 %	40 %	16120159
96	NC_002608	TGGGG	2	10	185325	185334	0 %	20 %	80 %	0 %	16120161
97	NC_002608	TCCGG	2	10	185793	185802	0 %	20 %	40 %	40 %	16120162
98	NC_002608	GGCCA	2	10	192852	192861	20 %	0 %	40 %	40 %	16120173
99	NC_002608	AGCGA	2	10	194001	194010	40 %	0 %	40 %	20 %	16120174
100	NC_002608	GAGCG	2	10	194301	194310	20 %	0 %	60 %	20 %	16120175
101	NC_002608	CGGCG	2	10	194403	194412	0 %	0 %	60 %	40 %	16120175
102	NC_002608	GCTTC	2	10	195316	195325	0 %	40 %	20 %	40 %	16120177
103	NC_002608	GGGTC	2	10	196427	196436	0 %	20 %	60 %	20 %	16120177
104	NC_002608	CGCGG	2	10	197152	197161	0 %	0 %	60 %	40 %	16120179
105	NC_002608	CGGTG	2	10	197904	197913	0 %	20 %	60 %	20 %	16120181
106	NC_002608	CGCGT	2	10	198246	198255	0 %	20 %	40 %	40 %	16120181
107	NC_002608	ACCCA	2	10	201269	201278	40 %	0 %	0 %	60 %	16120184
108	NC_002608	GCCGG	2	10	201785	201794	0 %	0 %	60 %	40 %	16120184
109	NC_002608	TGGCG	2	10	202060	202069	0 %	20 %	60 %	20 %	16120184
110	NC_002608	GTCGC	2	10	205811	205820	0 %	20 %	40 %	40 %	16120188
111	NC_002608	TTTCT	2	10	205846	205855	0 %	80 %	0 %	20 %	16120188
112	NC_002608	GGCGA	2	10	208165	208174	20 %	0 %	60 %	20 %	16120189
113	NC_002608	GTGGC	2	10	208277	208286	0 %	20 %	60 %	20 %	16120189
114	NC_002608	ATTCG	2	10	214652	214661	20 %	40 %	20 %	20 %	16120196
115	NC_002608	TTCGC	2	10	216357	216366	0 %	40 %	20 %	40 %	16120197
116	NC_002608	GCCGG	2	10	221738	221747	0 %	0 %	60 %	40 %	16120204
117	NC_002608	CTGTT	2	10	224033	224042	0 %	60 %	20 %	20 %	16120207
118	NC_002608	CCTCG	2	10	224595	224604	0 %	20 %	20 %	60 %	16120207
119	NC_002608	GGCGT	2	10	225509	225518	0 %	20 %	60 %	20 %	16120208
120	NC_002608	CCCAG	2	10	226335	226344	20 %	0 %	20 %	60 %	16120208
121	NC_002608	CGGGA	2	10	229326	229335	20 %	0 %	60 %	20 %	16120210
122	NC_002608	CCGCG	2	10	232771	232780	0 %	0 %	40 %	60 %	16120213
123	NC_002608	TCGGC	2	10	233109	233118	0 %	20 %	40 %	40 %	16120213
124	NC_002608	CATCG	2	10	233296	233305	20 %	20 %	20 %	40 %	16120213
125	NC_002608	GGTTG	2	10	233307	233316	0 %	40 %	60 %	0 %	16120213
126	NC_002608	CGTGG	2	10	237006	237015	0 %	20 %	60 %	20 %	16120216
127	NC_002608	CCGAG	2	10	238992	239001	20 %	0 %	40 %	40 %	16120218
128	NC_002608	CGAGC	2	10	239537	239546	20 %	0 %	40 %	40 %	16120219
129	NC_002608	CGTCG	2	10	240604	240613	0 %	20 %	40 %	40 %	16120220
130	NC_002608	GACGC	2	10	241214	241223	20 %	0 %	40 %	40 %	16120221
131	NC_002608	AGTGT	2	10	243861	243870	20 %	40 %	40 %	0 %	16120222
132	NC_002608	GAGCA	2	10	247816	247825	40 %	0 %	40 %	20 %	16120225
133	NC_002608	ACCTC	2	10	248480	248489	20 %	20 %	0 %	60 %	16120226
134	NC_002608	ACGGA	2	10	250163	250172	40 %	0 %	40 %	20 %	16120227
135	NC_002608	CAGTT	2	10	255959	255968	20 %	40 %	20 %	20 %	16120231
136	NC_002608	CCACG	2	10	255985	255994	20 %	0 %	20 %	60 %	16120231
137	NC_002608	TCAAA	2	10	257589	257598	60 %	20 %	0 %	20 %	16120233
138	NC_002608	CGTCT	2	10	278104	278113	0 %	40 %	20 %	40 %	16120248
139	NC_002608	TCCGC	2	10	279209	279218	0 %	20 %	20 %	60 %	16120250
140	NC_002608	ATGAG	2	10	281803	281812	40 %	20 %	40 %	0 %	16120251
141	NC_002608	GTTTC	2	10	282753	282762	0 %	60 %	20 %	20 %	16120252
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143	NC_002608	CACTC	2	10	289356	289365	20 %	20 %	0 %	60 %	16120259
144	NC_002608	CCAGG	2	10	291013	291022	20 %	0 %	40 %	40 %	16120259
145	NC_002608	AGTCC	2	10	291399	291408	20 %	20 %	20 %	40 %	16120260
146	NC_002608	GATGC	2	10	292560	292569	20 %	20 %	40 %	20 %	16120260
147	NC_002608	CTCGA	2	10	294867	294876	20 %	20 %	20 %	40 %	16120263
148	NC_002608	ATCGT	2	10	294971	294980	20 %	40 %	20 %	20 %	16120263
149	NC_002608	ACTCC	2	10	298015	298024	20 %	20 %	0 %	60 %	16120267
150	NC_002608	CCACG	2	10	298516	298525	20 %	0 %	20 %	60 %	16120267
151	NC_002608	TGAAC	2	10	299292	299301	40 %	20 %	20 %	20 %	16120268
152	NC_002608	GACTC	2	10	305495	305504	20 %	20 %	20 %	40 %	16120275
153	NC_002608	AGTTC	2	10	309059	309068	20 %	40 %	20 %	20 %	16120281
154	NC_002608	ACTGA	2	10	309420	309429	40 %	20 %	20 %	20 %	16120282
155	NC_002608	CGTGA	2	10	312049	312058	20 %	20 %	40 %	20 %	16120285
156	NC_002608	TCGCC	2	10	316370	316379	0 %	20 %	20 %	60 %	16120291
157	NC_002608	ACCGG	2	10	316667	316676	20 %	0 %	40 %	40 %	16120291
158	NC_002608	CCCAG	2	10	317885	317894	20 %	0 %	20 %	60 %	16120293
159	NC_002608	GATTC	2	10	318249	318258	20 %	40 %	20 %	20 %	16120293
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161	NC_002608	GCTCG	2	10	322154	322163	0 %	20 %	40 %	40 %	16120300
162	NC_002608	CGGGC	2	10	326841	326850	0 %	0 %	60 %	40 %	16120305
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164	NC_002608	ACTGC	2	10	331410	331419	20 %	20 %	20 %	40 %	16120312
165	NC_002608	CAATA	2	10	332029	332038	60 %	20 %	0 %	20 %	16120313
166	NC_002608	TAGCG	2	10	350315	350324	20 %	20 %	40 %	20 %	16120334
167	NC_002608	GACGT	2	10	351426	351435	20 %	20 %	40 %	20 %	16120335
168	NC_002608	TTCAG	2	10	361219	361228	20 %	40 %	20 %	20 %	16120348
169	NC_002608	CGTCG	2	10	362584	362593	0 %	20 %	40 %	40 %	16120349

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.