MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Non-Coding Repeats of Halobacterium sp. NRC-1 chromosome

Total Repeats: 103

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_002607	CAACGC	2	12	13371	13382	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
2	NC_002607	GGGATG	2	12	23146	23157	16.67 %	16.67 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
3	NC_002607	CAGAGC	2	12	25323	25334	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
4	NC_002607	ACCAAT	2	12	25683	25694	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
5	NC_002607	TAACTA	2	12	45457	45468	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
6	NC_002607	GCTGTC	2	12	45779	45790	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
7	NC_002607	TCGGCG	2	12	69851	69862	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
8	NC_002607	AATCGA	2	12	95071	95082	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
9	NC_002607	CGGACG	2	12	95633	95644	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
10	NC_002607	GCTGTC	2	12	95935	95946	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
11	NC_002607	GACAGC	2	12	100606	100617	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
12	NC_002607	ACCCGT	2	12	103428	103439	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
13	NC_002607	CAGCCA	2	12	141144	141155	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
14	NC_002607	GGGGGT	2	12	148753	148764	0 %	16.67 %	83.33 %	0 %	Non-Coding
15	NC_002607	CACTCC	2	12	167657	167668	16.67 %	16.67 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
16	NC_002607	GCGGTC	2	12	174410	174421	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
17	NC_002607	CCGTCG	2	12	192700	192711	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
18	NC_002607	CAGTCG	2	12	192734	192745	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
19	NC_002607	CGCAGT	2	12	223437	223448	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
20	NC_002607	CACCGT	2	12	223503	223514	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
21	NC_002607	ACGCCG	2	12	226351	226362	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
22	NC_002607	GCGACG	2	12	231132	231143	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
23	NC_002607	CCCGCG	2	12	274624	274635	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
24	NC_002607	GGGTCG	2	12	289275	289286	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
25	NC_002607	AACACC	2	12	400649	400660	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
26	NC_002607	CGAACC	2	12	401108	401119	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
27	NC_002607	CGGCGA	2	12	436402	436413	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
28	NC_002607	ACGGCG	2	12	441136	441147	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
29	NC_002607	CACCGA	2	12	441215	441226	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
30	NC_002607	CGCCGA	2	12	441290	441301	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
31	NC_002607	GTCGAC	2	12	444147	444158	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
32	NC_002607	TTCGAC	2	12	455825	455836	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
33	NC_002607	GGTGCG	2	12	476952	476963	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
34	NC_002607	TGTCCG	2	12	479771	479782	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
35	NC_002607	CGCTGT	2	12	494288	494299	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
36	NC_002607	GAGCGC	2	12	526533	526544	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
37	NC_002607	CCCGGT	2	12	551240	551251	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
38	NC_002607	GTCGGC	2	12	588172	588183	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
39	NC_002607	CGTCGC	2	12	588585	588596	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
40	NC_002607	CGGCCA	2	12	588645	588656	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
41	NC_002607	CGCCAC	2	12	597746	597757	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	Non-Coding
42	NC_002607	GTGAAA	2	12	672007	672018	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
43	NC_002607	GATCGG	2	12	687756	687767	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
44	NC_002607	GACGAG	2	12	732410	732421	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
45	NC_002607	GACGAG	2	12	733012	733023	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
46	NC_002607	CGGTCT	2	12	737601	737612	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
47	NC_002607	CTACCT	2	12	748895	748906	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	Non-Coding
48	NC_002607	ACAGCA	2	12	752985	752996	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
49	NC_002607	CGAAGC	2	12	753029	753040	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
50	NC_002607	TCGGCG	2	12	755925	755936	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
51	NC_002607	GACGAT	2	12	840197	840208	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
52	NC_002607	GACACC	2	12	906756	906767	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
53	NC_002607	GACCAC	2	12	914427	914438	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
54	NC_002607	ACTCCT	2	12	916139	916150	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	Non-Coding
55	NC_002607	GGGGTG	2	12	921899	921910	0 %	16.67 %	83.33 %	0 %	Non-Coding
56	NC_002607	ACACGA	2	12	937336	937347	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
57	NC_002607	GCGACG	2	12	961026	961037	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
58	NC_002607	CGTCCG	2	12	961137	961148	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
59	NC_002607	GCCGTC	2	12	983120	983131	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
60	NC_002607	TATAAC	2	12	1006790	1006801	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
61	NC_002607	CGGCGC	2	12	1023024	1023035	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
62	NC_002607	CCGCAC	2	12	1036312	1036323	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	Non-Coding
63	NC_002607	TTTCAC	2	12	1042508	1042519	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
64	NC_002607	CGCGGC	2	12	1043698	1043709	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
65	NC_002607	CCCGCA	2	12	1048135	1048146	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	Non-Coding
66	NC_002607	GCTCGC	2	12	1063626	1063637	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
67	NC_002607	TACCGC	2	12	1090286	1090297	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
68	NC_002607	CTCGTA	2	12	1106435	1106446	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
69	NC_002607	GGTGCG	2	12	1113754	1113765	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
70	NC_002607	GCTGTC	2	12	1186571	1186582	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
71	NC_002607	GACGAA	2	12	1209443	1209454	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
72	NC_002607	CAACTG	2	12	1242500	1242511	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
73	NC_002607	GCTGGT	2	12	1273687	1273698	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
74	NC_002607	GGCGCT	2	12	1352662	1352673	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
75	NC_002607	TCACTA	2	12	1356489	1356500	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
76	NC_002607	CGCCGT	2	12	1424501	1424512	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
77	NC_002607	ACTGTT	2	12	1470936	1470947	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
78	NC_002607	CGTCGC	2	12	1474773	1474784	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
79	NC_002607	GCCACA	2	12	1499145	1499156	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
80	NC_002607	GGCGTC	2	12	1509136	1509147	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
81	NC_002607	CGACAC	2	12	1509178	1509189	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
82	NC_002607	CGTCGG	2	12	1538789	1538800	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
83	NC_002607	AGTGAA	2	12	1544132	1544143	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
84	NC_002607	CGCGCC	2	12	1571269	1571280	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
85	NC_002607	ATTTTA	2	12	1577771	1577782	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
86	NC_002607	AGTCGC	2	12	1596346	1596357	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
87	NC_002607	CGCTGG	2	12	1596796	1596807	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
88	NC_002607	GTCGGC	2	12	1611438	1611449	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
89	NC_002607	CGCCAG	2	12	1662097	1662108	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
90	NC_002607	GTCGCC	2	12	1683723	1683734	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
91	NC_002607	TGGCTG	2	12	1712880	1712891	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
92	NC_002607	CGGCCC	2	12	1806685	1806696	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
93	NC_002607	AACTAG	2	12	1806727	1806738	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
94	NC_002607	CCCCAC	2	12	1827612	1827623	16.67 %	0 %	0 %	83.33 %	Non-Coding
95	NC_002607	CGCCGA	2	12	1885913	1885924	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
96	NC_002607	GCCCCG	2	12	1917988	1917999	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
97	NC_002607	ACAGCC	2	12	1926609	1926620	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
98	NC_002607	CGCGAC	2	12	1963773	1963784	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
99	NC_002607	GACCAC	2	12	1969445	1969456	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
100	NC_002607	AGCATA	2	12	1969506	1969517	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
101	NC_002607	CCGCGT	2	12	1987337	1987348	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
102	NC_002607	GCTGTC	2	12	2004315	2004326	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
103	NC_002607	GTCTCG	2	12	2005612	2005623	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.