MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Repeats of Halobacterium sp. NRC-1 chromosome

Total Repeats: 1340

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_002607	GCGGT	2	10	351	360	0 %	20 %	60 %	20 %	15789341
2	NC_002607	GCAGC	2	10	649	658	20 %	0 %	40 %	40 %	15789341
3	NC_002607	TGGCG	2	10	2146	2155	0 %	20 %	60 %	20 %	15789343
4	NC_002607	TCGGC	2	10	5327	5336	0 %	20 %	40 %	40 %	15789344
5	NC_002607	CGTCC	2	10	7263	7272	0 %	20 %	20 %	60 %	15789345
6	NC_002607	CGAAC	2	10	7597	7606	40 %	0 %	20 %	40 %	15789346
7	NC_002607	CCGTT	2	10	9143	9152	0 %	40 %	20 %	40 %	15789347
8	NC_002607	CCGTC	2	10	9497	9506	0 %	20 %	20 %	60 %	15789347
9	NC_002607	CGCCC	2	10	9952	9961	0 %	0 %	20 %	80 %	Non-Coding
10	NC_002607	CCCAT	2	10	19161	19170	20 %	20 %	0 %	60 %	15789359
11	NC_002607	ACCAC	2	10	19197	19206	40 %	0 %	0 %	60 %	15789359
12	NC_002607	CGCCC	2	10	20024	20033	0 %	0 %	20 %	80 %	Non-Coding
13	NC_002607	TGGGG	2	10	22213	22222	0 %	20 %	80 %	0 %	15789363
14	NC_002607	CGAAT	2	10	22225	22234	40 %	20 %	20 %	20 %	15789363
15	NC_002607	ACCCC	2	10	24445	24454	20 %	0 %	0 %	80 %	15789365
16	NC_002607	CACCG	2	10	24825	24834	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
17	NC_002607	TTCGG	2	10	27360	27369	0 %	40 %	40 %	20 %	15789367
18	NC_002607	CGGCG	2	10	31085	31094	0 %	0 %	60 %	40 %	15789371
19	NC_002607	TCAGT	2	10	33448	33457	20 %	40 %	20 %	20 %	15789375
20	NC_002607	TCGCG	2	10	34039	34048	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
21	NC_002607	CCCAC	2	10	34317	34326	20 %	0 %	0 %	80 %	Non-Coding
22	NC_002607	TGACT	2	10	35702	35711	20 %	40 %	20 %	20 %	15789377
23	NC_002607	TGGGT	2	10	36092	36101	0 %	40 %	60 %	0 %	Non-Coding
24	NC_002607	ACCAA	2	10	36525	36534	60 %	0 %	0 %	40 %	15789378
25	NC_002607	GGTCG	2	10	37941	37950	0 %	20 %	60 %	20 %	15789379
26	NC_002607	CTAGT	2	10	42409	42418	20 %	40 %	20 %	20 %	15789383
27	NC_002607	CATAT	2	10	43253	43262	40 %	40 %	0 %	20 %	15789384
28	NC_002607	ACTCT	2	10	43379	43388	20 %	40 %	0 %	40 %	15789384
29	NC_002607	TCTGT	2	10	45722	45731	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
30	NC_002607	CGGCG	2	10	45988	45997	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
31	NC_002607	CTCGA	2	10	46126	46135	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
32	NC_002607	CTACG	2	10	52488	52497	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
33	NC_002607	CACAA	2	10	53350	53359	60 %	0 %	0 %	40 %	15789391
34	NC_002607	CAGCG	2	10	61386	61395	20 %	0 %	40 %	40 %	15789396
35	NC_002607	GAGCG	2	10	63343	63352	20 %	0 %	60 %	20 %	15789398
36	NC_002607	GTCGA	2	10	64280	64289	20 %	20 %	40 %	20 %	15789399
37	NC_002607	CGATG	2	10	64969	64978	20 %	20 %	40 %	20 %	15789400
38	NC_002607	GTCGA	2	10	67075	67084	20 %	20 %	40 %	20 %	15789405
39	NC_002607	ACGCG	2	10	70220	70229	20 %	0 %	40 %	40 %	15789409
40	NC_002607	GCCGG	2	10	73974	73983	0 %	0 %	60 %	40 %	15789414
41	NC_002607	GCCGG	2	10	75236	75245	0 %	0 %	60 %	40 %	16554458
42	NC_002607	CCGAC	2	10	76104	76113	20 %	0 %	20 %	60 %	16554458
43	NC_002607	CGCCA	2	10	79004	79013	20 %	0 %	20 %	60 %	15789418
44	NC_002607	GCCGC	2	10	81045	81054	0 %	0 %	40 %	60 %	15789420
45	NC_002607	ACGCC	2	10	81702	81711	20 %	0 %	20 %	60 %	15789421
46	NC_002607	ACTGT	2	10	84816	84825	20 %	40 %	20 %	20 %	15789425
47	NC_002607	CACCG	2	10	86869	86878	20 %	0 %	20 %	60 %	15789428
48	NC_002607	CGACG	2	10	87309	87318	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
49	NC_002607	GACGC	2	10	89172	89181	20 %	0 %	40 %	40 %	15789430
50	NC_002607	AGGCC	2	10	89642	89651	20 %	0 %	40 %	40 %	15789430
51	NC_002607	CTCTA	2	10	89655	89664	20 %	40 %	0 %	40 %	15789430
52	NC_002607	CGAAT	2	10	89876	89885	40 %	20 %	20 %	20 %	15789430
53	NC_002607	ATCGT	2	10	90415	90424	20 %	40 %	20 %	20 %	15789430
54	NC_002607	GGGCT	2	10	90723	90732	0 %	20 %	60 %	20 %	15789431
55	NC_002607	ATGGA	2	10	92103	92112	40 %	20 %	40 %	0 %	15789431
56	NC_002607	TCGCT	2	10	95131	95140	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
57	NC_002607	CGCTT	2	10	96776	96785	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
58	NC_002607	TCGAG	2	10	100261	100270	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
59	NC_002607	AACAG	2	10	100664	100673	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
60	NC_002607	TATCC	2	10	100895	100904	20 %	40 %	0 %	40 %	15789436
61	NC_002607	CTCCC	2	10	101209	101218	0 %	20 %	0 %	80 %	15789436
62	NC_002607	ACCTC	2	10	102231	102240	20 %	20 %	0 %	60 %	15789437
63	NC_002607	GCATC	2	10	103013	103022	20 %	20 %	20 %	40 %	15789439
64	NC_002607	ATCAC	2	10	106160	106169	40 %	20 %	0 %	40 %	15789443
65	NC_002607	CCCCG	2	10	107874	107883	0 %	0 %	20 %	80 %	15789446
66	NC_002607	GGGCA	2	10	109126	109135	20 %	0 %	60 %	20 %	15789447
67	NC_002607	GTCGC	2	10	109896	109905	0 %	20 %	40 %	40 %	15789449
68	NC_002607	GCGCC	2	10	110478	110487	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
69	NC_002607	GTCGA	2	10	110838	110847	20 %	20 %	40 %	20 %	15789450
70	NC_002607	AGCGC	2	10	114218	114227	20 %	0 %	40 %	40 %	15789453
71	NC_002607	CTTAG	2	10	115319	115328	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
72	NC_002607	AGTGG	2	10	116633	116642	20 %	20 %	60 %	0 %	15789455
73	NC_002607	GGACC	2	10	117361	117370	20 %	0 %	40 %	40 %	15789457
74	NC_002607	GCAGC	2	10	117841	117850	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
75	NC_002607	TCGCT	2	10	119429	119438	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
76	NC_002607	TGCGG	2	10	121354	121363	0 %	20 %	60 %	20 %	15789464
77	NC_002607	CGCGC	3	15	126375	126389	0 %	0 %	40 %	60 %	15789469
78	NC_002607	ACGTG	2	10	127237	127246	20 %	20 %	40 %	20 %	15789469
79	NC_002607	CGTGA	2	10	127695	127704	20 %	20 %	40 %	20 %	15789470
80	NC_002607	CAGCC	2	10	128456	128465	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
81	NC_002607	CGTCG	2	10	132661	132670	0 %	20 %	40 %	40 %	15789473
82	NC_002607	ACGCA	2	10	133079	133088	40 %	0 %	20 %	40 %	15789474
83	NC_002607	ATCGA	2	10	135218	135227	40 %	20 %	20 %	20 %	15789474
84	NC_002607	GCCGC	2	10	137868	137877	0 %	0 %	40 %	60 %	15789476
85	NC_002607	GGCGT	2	10	141596	141605	0 %	20 %	60 %	20 %	15789478
86	NC_002607	GCGCC	2	10	142213	142222	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
87	NC_002607	CCGCG	2	10	144395	144404	0 %	0 %	40 %	60 %	16554459
88	NC_002607	TCACG	2	10	145947	145956	20 %	20 %	20 %	40 %	15789484
89	NC_002607	GTCGT	2	10	146630	146639	0 %	40 %	40 %	20 %	15789484
90	NC_002607	GCCGT	2	10	147569	147578	0 %	20 %	40 %	40 %	15789484
91	NC_002607	CGCTG	2	10	147591	147600	0 %	20 %	40 %	40 %	15789484
92	NC_002607	CACAC	2	10	148683	148692	40 %	0 %	0 %	60 %	Non-Coding
93	NC_002607	CGGCG	2	10	150019	150028	0 %	0 %	60 %	40 %	15789485
94	NC_002607	GCCGC	2	10	151274	151283	0 %	0 %	40 %	60 %	15789486
95	NC_002607	CGGCG	2	10	151934	151943	0 %	0 %	60 %	40 %	15789487
96	NC_002607	GCCGT	2	10	153626	153635	0 %	20 %	40 %	40 %	15789489
97	NC_002607	CGTCT	2	10	153736	153745	0 %	40 %	20 %	40 %	15789489
98	NC_002607	CACCG	2	10	153857	153866	20 %	0 %	20 %	60 %	15789489
99	NC_002607	TTCCG	2	10	154297	154306	0 %	40 %	20 %	40 %	15789489
100	NC_002607	CACGT	2	10	154649	154658	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
101	NC_002607	TGGCG	2	10	155053	155062	0 %	20 %	60 %	20 %	15789490
102	NC_002607	TCGCG	2	10	161470	161479	0 %	20 %	40 %	40 %	15789497
103	NC_002607	TCGCC	2	10	163021	163030	0 %	20 %	20 %	60 %	15789498
104	NC_002607	TGGGT	2	10	165670	165679	0 %	40 %	60 %	0 %	15789500
105	NC_002607	GTCGT	2	10	167555	167564	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
106	NC_002607	GTCGC	2	10	171043	171052	0 %	20 %	40 %	40 %	15789507
107	NC_002607	TGTCG	2	10	171143	171152	0 %	40 %	40 %	20 %	15789507
108	NC_002607	CCGGC	2	10	171458	171467	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
109	NC_002607	ACGCG	2	10	172445	172454	20 %	0 %	40 %	40 %	15789508
110	NC_002607	GCGCG	2	10	173128	173137	0 %	0 %	60 %	40 %	15789509
111	NC_002607	GCCAG	2	10	174148	174157	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
112	NC_002607	GACGC	2	10	174273	174282	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
113	NC_002607	GAAGA	2	10	176987	176996	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
114	NC_002607	AGTTC	2	10	177256	177265	20 %	40 %	20 %	20 %	15789514
115	NC_002607	TCGTC	2	10	179252	179261	0 %	40 %	20 %	40 %	15789516
116	NC_002607	GCTAT	2	10	181223	181232	20 %	40 %	20 %	20 %	15789518
117	NC_002607	CTGCC	2	10	185337	185346	0 %	20 %	20 %	60 %	15789521
118	NC_002607	GCGTC	2	10	186415	186424	0 %	20 %	40 %	40 %	15789521
119	NC_002607	GCGCC	2	10	186841	186850	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
120	NC_002607	CCCCA	2	10	188845	188854	20 %	0 %	0 %	80 %	15789524
121	NC_002607	GGCGT	2	10	188873	188882	0 %	20 %	60 %	20 %	15789524
122	NC_002607	TGGAC	2	10	188928	188937	20 %	20 %	40 %	20 %	15789524
123	NC_002607	GGCGT	2	10	189128	189137	0 %	20 %	60 %	20 %	15789524
124	NC_002607	CGGCG	2	10	189768	189777	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
125	NC_002607	CCGGG	2	10	190712	190721	0 %	0 %	60 %	40 %	15789525
126	NC_002607	TAGCC	2	10	191119	191128	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
127	NC_002607	CGACG	2	10	191319	191328	20 %	0 %	40 %	40 %	15789526
128	NC_002607	ACGAC	2	10	191548	191557	40 %	0 %	20 %	40 %	15789526
129	NC_002607	ACGTC	2	10	193892	193901	20 %	20 %	20 %	40 %	15789529
130	NC_002607	GCAGC	2	10	194064	194073	20 %	0 %	40 %	40 %	15789529
131	NC_002607	TGGCG	2	10	196010	196019	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
132	NC_002607	ACCAC	2	10	199040	199049	40 %	0 %	0 %	60 %	16554460
133	NC_002607	GTGGG	2	10	200611	200620	0 %	20 %	80 %	0 %	15789538
134	NC_002607	GTGGG	2	10	200701	200710	0 %	20 %	80 %	0 %	15789538
135	NC_002607	CCACG	2	10	201369	201378	20 %	0 %	20 %	60 %	15789539
136	NC_002607	CGGGT	2	10	202153	202162	0 %	20 %	60 %	20 %	15789540
137	NC_002607	GGCGT	2	10	202750	202759	0 %	20 %	60 %	20 %	15789541
138	NC_002607	CGTTC	2	10	207233	207242	0 %	40 %	20 %	40 %	15789544
139	NC_002607	AGAAC	2	10	208529	208538	60 %	0 %	20 %	20 %	15789546
140	NC_002607	CGACG	2	10	210183	210192	20 %	0 %	40 %	40 %	15789548
141	NC_002607	GTGTG	2	10	210597	210606	0 %	40 %	60 %	0 %	Non-Coding
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143	NC_002607	TGAAG	2	10	210993	211002	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
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261	NC_002607	GCGGT	2	10	416406	416415	0 %	20 %	60 %	20 %	15789758
262	NC_002607	GCCCC	2	10	421082	421091	0 %	0 %	20 %	80 %	Non-Coding
263	NC_002607	AGTCG	2	10	422027	422036	20 %	20 %	40 %	20 %	15789764
264	NC_002607	CCCAC	2	10	425542	425551	20 %	0 %	0 %	80 %	15789769
265	NC_002607	GGCGT	2	10	428320	428329	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
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269	NC_002607	CCGGT	2	10	432458	432467	0 %	20 %	40 %	40 %	15789774
270	NC_002607	GTCGG	2	10	434434	434443	0 %	20 %	60 %	20 %	161349984
271	NC_002607	GCGAC	2	10	436423	436432	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
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498	NC_002607	AGTTC	2	10	771885	771894	20 %	40 %	20 %	20 %	15790119
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500	NC_002607	GACTC	2	10	772795	772804	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding

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