MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Non-Coding Repeats of Halobacterium sp. NRC-1 chromosome

Total Repeats: 211

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_002607	CGCCC	2	10	9952	9961	0 %	0 %	20 %	80 %	Non-Coding
2	NC_002607	CGCCC	2	10	20024	20033	0 %	0 %	20 %	80 %	Non-Coding
3	NC_002607	CACCG	2	10	24825	24834	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
4	NC_002607	TCGCG	2	10	34039	34048	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
5	NC_002607	CCCAC	2	10	34317	34326	20 %	0 %	0 %	80 %	Non-Coding
6	NC_002607	TGGGT	2	10	36092	36101	0 %	40 %	60 %	0 %	Non-Coding
7	NC_002607	TCTGT	2	10	45722	45731	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
8	NC_002607	CGGCG	2	10	45988	45997	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
9	NC_002607	CTCGA	2	10	46126	46135	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
10	NC_002607	CTACG	2	10	52488	52497	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
11	NC_002607	CGACG	2	10	87309	87318	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
12	NC_002607	TCGCT	2	10	95131	95140	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
13	NC_002607	CGCTT	2	10	96776	96785	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
14	NC_002607	TCGAG	2	10	100261	100270	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
15	NC_002607	AACAG	2	10	100664	100673	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
16	NC_002607	GCGCC	2	10	110478	110487	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
17	NC_002607	CTTAG	2	10	115319	115328	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
18	NC_002607	GCAGC	2	10	117841	117850	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
19	NC_002607	TCGCT	2	10	119429	119438	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
20	NC_002607	CAGCC	2	10	128456	128465	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
21	NC_002607	GCGCC	2	10	142213	142222	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
22	NC_002607	CACAC	2	10	148683	148692	40 %	0 %	0 %	60 %	Non-Coding
23	NC_002607	CACGT	2	10	154649	154658	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
24	NC_002607	GTCGT	2	10	167555	167564	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
25	NC_002607	CCGGC	2	10	171458	171467	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
26	NC_002607	GCCAG	2	10	174148	174157	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
27	NC_002607	GACGC	2	10	174273	174282	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
28	NC_002607	GAAGA	2	10	176987	176996	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
29	NC_002607	GCGCC	2	10	186841	186850	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
30	NC_002607	CGGCG	2	10	189768	189777	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
31	NC_002607	TAGCC	2	10	191119	191128	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
32	NC_002607	TGGCG	2	10	196010	196019	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
33	NC_002607	GTGTG	2	10	210597	210606	0 %	40 %	60 %	0 %	Non-Coding
34	NC_002607	TGAAG	2	10	210993	211002	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
35	NC_002607	GCGGA	2	10	213046	213055	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
36	NC_002607	CTCGT	2	10	226461	226470	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
37	NC_002607	CGTTC	2	10	226784	226793	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
38	NC_002607	TTATA	2	10	233010	233019	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
39	NC_002607	GGCGC	2	10	246892	246901	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
40	NC_002607	TGCCG	2	10	257822	257831	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
41	NC_002607	TCGCT	2	10	274814	274823	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
42	NC_002607	GGCCG	2	10	309366	309375	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
43	NC_002607	ACTGC	2	10	315108	315117	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
44	NC_002607	GAACG	2	10	318167	318176	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
45	NC_002607	CCAGC	2	10	321748	321757	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
46	NC_002607	GCTGC	2	10	355033	355042	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
47	NC_002607	GACTC	2	10	364170	364179	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
48	NC_002607	GAACA	2	10	364244	364253	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
49	NC_002607	CCGCC	2	10	395919	395928	0 %	0 %	20 %	80 %	Non-Coding
50	NC_002607	CTGCT	2	10	400408	400417	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
51	NC_002607	GAACG	2	10	400762	400771	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
52	NC_002607	ACGCA	2	10	405827	405836	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
53	NC_002607	CGTGG	2	10	411186	411195	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
54	NC_002607	GCCCC	2	10	421082	421091	0 %	0 %	20 %	80 %	Non-Coding
55	NC_002607	GGCGT	2	10	428320	428329	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
56	NC_002607	ATCCC	2	10	430210	430219	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
57	NC_002607	ACGGA	2	10	431633	431642	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
58	NC_002607	GCGAC	2	10	436423	436432	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
59	NC_002607	GACCG	2	10	439711	439720	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
60	NC_002607	GACCG	2	10	455774	455783	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
61	NC_002607	GCCAC	2	10	459805	459814	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
62	NC_002607	TAGAT	2	10	465536	465545	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
63	NC_002607	AACTC	2	10	466740	466749	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
64	NC_002607	CGGCG	2	10	512936	512945	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
65	NC_002607	ACGAC	2	10	527787	527796	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
66	NC_002607	CCAGC	2	10	528576	528585	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
67	NC_002607	CGACG	2	10	580436	580445	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
68	NC_002607	CGCGG	2	10	588502	588511	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
69	NC_002607	TCGCT	2	10	602905	602914	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
70	NC_002607	CGCTG	2	10	626343	626352	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
71	NC_002607	GTCCG	2	10	635276	635285	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
72	NC_002607	AATCA	2	10	636696	636705	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
73	NC_002607	TGGCG	2	10	651355	651364	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
74	NC_002607	CGCGA	2	10	685455	685464	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
75	NC_002607	GCAGC	2	10	748676	748685	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
76	NC_002607	GCCCG	2	10	748842	748851	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
77	NC_002607	TTCGT	2	10	748958	748967	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
78	NC_002607	GCCCG	2	10	755584	755593	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
79	NC_002607	GGTGC	2	10	755990	755999	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
80	NC_002607	CATAC	2	10	756486	756495	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
81	NC_002607	TGCTC	2	10	757209	757218	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
82	NC_002607	GAAGA	2	10	759561	759570	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
83	NC_002607	GAAGA	2	10	771616	771625	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
84	NC_002607	TTCTC	2	10	772230	772239	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
85	NC_002607	GACTC	2	10	772795	772804	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
86	NC_002607	TGTAC	2	10	773223	773232	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
87	NC_002607	GATCA	2	10	807911	807920	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
88	NC_002607	GTCGC	2	10	811134	811143	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
89	NC_002607	CGAAG	2	10	847214	847223	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
90	NC_002607	CGAAC	2	10	847270	847279	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
91	NC_002607	CGGCG	2	10	850540	850549	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
92	NC_002607	GGGCT	2	10	853084	853093	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
93	NC_002607	TAGCC	2	10	860178	860187	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
94	NC_002607	ACACC	2	10	882917	882926	40 %	0 %	0 %	60 %	Non-Coding
95	NC_002607	GCGTC	2	10	892609	892618	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
96	NC_002607	GGCTG	2	10	896174	896183	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
97	NC_002607	GACGG	2	10	896922	896931	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
98	NC_002607	GCGCC	2	10	906617	906626	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
99	NC_002607	GTGCG	2	10	906644	906653	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
100	NC_002607	ACGCC	2	10	906746	906755	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
101	NC_002607	GCCCA	2	10	907662	907671	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
102	NC_002607	CCCCA	2	10	920038	920047	20 %	0 %	0 %	80 %	Non-Coding
103	NC_002607	TGCGG	2	10	920454	920463	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
104	NC_002607	CACCC	3	15	921956	921970	20 %	0 %	0 %	80 %	Non-Coding
105	NC_002607	TGTCT	2	10	954638	954647	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
106	NC_002607	GTACG	2	10	958689	958698	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
107	NC_002607	CGGCG	2	10	958720	958729	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
108	NC_002607	CGGCG	2	10	960976	960985	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
109	NC_002607	CGGCG	2	10	971125	971134	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
110	NC_002607	CGGCG	2	10	1005810	1005819	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
111	NC_002607	AGGGA	2	10	1028400	1028409	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
112	NC_002607	GGCGC	2	10	1029390	1029399	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
113	NC_002607	TGGCT	2	10	1036293	1036302	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
114	NC_002607	CCCCA	2	10	1045608	1045617	20 %	0 %	0 %	80 %	Non-Coding
115	NC_002607	CGCTT	2	10	1060252	1060261	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
116	NC_002607	GGCTC	2	10	1067057	1067066	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
117	NC_002607	ACCGA	2	10	1071771	1071780	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
118	NC_002607	GGCGT	2	10	1082542	1082551	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
119	NC_002607	GGCGA	2	10	1090265	1090274	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
120	NC_002607	GGCGT	2	10	1103729	1103738	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
121	NC_002607	CCGGA	2	10	1110204	1110213	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
122	NC_002607	ACGGC	2	10	1121940	1121949	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
123	NC_002607	CGACT	2	10	1129303	1129312	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
124	NC_002607	GACAG	2	10	1129462	1129471	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
125	NC_002607	CGACC	2	10	1141308	1141317	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
126	NC_002607	AAATT	2	10	1143747	1143756	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
127	NC_002607	TCTGT	2	10	1186514	1186523	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
128	NC_002607	CGGCG	2	10	1186780	1186789	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
129	NC_002607	CTCGA	2	10	1186918	1186927	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
130	NC_002607	GAACG	2	10	1200982	1200991	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
131	NC_002607	CCCCG	2	10	1209421	1209430	0 %	0 %	20 %	80 %	Non-Coding
132	NC_002607	GGCTG	2	10	1212580	1212589	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
133	NC_002607	ATGGG	2	10	1214877	1214886	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
134	NC_002607	AGCCG	2	10	1218733	1218742	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
135	NC_002607	GGCCG	2	10	1224445	1224454	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
136	NC_002607	GAAGA	2	10	1230390	1230399	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
137	NC_002607	CGGGC	2	10	1247342	1247351	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
138	NC_002607	GTTGC	2	10	1251146	1251155	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
139	NC_002607	CACTA	2	10	1257913	1257922	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
140	NC_002607	CAGTT	2	10	1279346	1279355	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
141	NC_002607	GCCGC	2	10	1296805	1296814	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
142	NC_002607	ACGCC	2	10	1316983	1316992	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
143	NC_002607	TTGGG	2	10	1329656	1329665	0 %	40 %	60 %	0 %	Non-Coding
144	NC_002607	TGTGG	2	10	1358640	1358649	0 %	40 %	60 %	0 %	Non-Coding
145	NC_002607	TGAAC	2	10	1390665	1390674	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
146	NC_002607	GTGTC	2	10	1396927	1396936	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
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178	NC_002607	CGTCG	2	10	1662918	1662927	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
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182	NC_002607	TGCGG	2	10	1723921	1723930	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
183	NC_002607	CCGGC	2	10	1727868	1727877	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
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192	NC_002607	CGTCC	2	10	1867428	1867437	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
193	NC_002607	CCCAA	2	10	1874572	1874581	40 %	0 %	0 %	60 %	Non-Coding
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203	NC_002607	CGCCC	2	10	1922172	1922181	0 %	0 %	20 %	80 %	Non-Coding
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205	NC_002607	TCCCA	2	10	1926809	1926818	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
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207	NC_002607	CGGCG	2	10	1980642	1980651	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
208	NC_002607	CGACA	2	10	2002388	2002397	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
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210	NC_002607	CGGCG	2	10	2004524	2004533	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
211	NC_002607	CTCGA	2	10	2004662	2004671	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.