MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Non-Coding Repeats of Thermoplasma acidophilum DSM 1728 chromosome

Total Repeats: 66

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_002578	TCATAA	2	12	6553	6564	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
2	NC_002578	CCCCTC	2	12	10671	10682	0 %	16.67 %	0 %	83.33 %	Non-Coding
3	NC_002578	CTTTAT	2	12	40682	40693	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
4	NC_002578	TGAGAT	2	12	48454	48465	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
5	NC_002578	ACGATC	2	12	84658	84669	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
6	NC_002578	ATCATT	2	12	92165	92176	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
7	NC_002578	TTTAAA	2	12	222027	222038	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
8	NC_002578	TCTATC	2	12	227891	227902	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
9	NC_002578	TTGCCA	2	12	282691	282702	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
10	NC_002578	ATATTT	2	12	317554	317565	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
11	NC_002578	ATACAC	2	12	390488	390499	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
12	NC_002578	TAATTA	2	12	392555	392566	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
13	NC_002578	TATCTA	2	12	402959	402970	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
14	NC_002578	CTATTA	2	12	406014	406025	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
15	NC_002578	ATTTGT	2	12	422211	422222	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
16	NC_002578	TTATCG	2	12	443648	443659	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
17	NC_002578	TTTATT	2	12	443688	443699	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
18	NC_002578	GATAAA	2	12	453704	453715	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
19	NC_002578	TTTACG	2	12	454416	454427	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
20	NC_002578	ATTATC	2	12	540438	540449	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
21	NC_002578	TAGAAA	2	12	562885	562896	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
22	NC_002578	TTGGTT	2	12	563168	563179	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
23	NC_002578	TCTATA	2	12	606960	606971	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
24	NC_002578	TGGTTA	2	12	661614	661625	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
25	NC_002578	GCAGAG	2	12	704245	704256	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
26	NC_002578	TATTTA	2	12	706166	706177	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
27	NC_002578	ATAATG	2	12	733258	733269	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
28	NC_002578	TAGAAT	2	12	742310	742321	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
29	NC_002578	TTTATA	2	12	757806	757817	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
30	NC_002578	CATAAA	2	12	758263	758274	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
31	NC_002578	GACAAT	2	12	761019	761030	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
32	NC_002578	GATAAA	2	12	762088	762099	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
33	NC_002578	TTAGTC	2	12	763945	763956	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
34	NC_002578	ATGATC	2	12	780442	780453	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
35	NC_002578	AAGTAT	2	12	788099	788110	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
36	NC_002578	GGATAG	2	12	803405	803416	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	Non-Coding
37	NC_002578	ATATTT	2	12	830845	830856	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
38	NC_002578	ACGGAC	2	12	847927	847938	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
39	NC_002578	GAGAAA	2	12	884283	884294	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
40	NC_002578	ATGAAT	2	12	892424	892435	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
41	NC_002578	ATCGTT	2	12	939892	939903	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
42	NC_002578	TTAAAT	2	12	1008089	1008100	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
43	NC_002578	TTAGGG	2	12	1051505	1051516	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	Non-Coding
44	NC_002578	TCCCGG	2	12	1054884	1054895	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
45	NC_002578	TATTTG	2	12	1072735	1072746	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
46	NC_002578	TCTACC	2	12	1097429	1097440	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	Non-Coding
47	NC_002578	TGAATA	2	12	1162373	1162384	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
48	NC_002578	ATAACC	2	12	1165852	1165863	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
49	NC_002578	CCATGA	2	12	1197357	1197368	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
50	NC_002578	AATATT	2	12	1218461	1218472	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
51	NC_002578	ACTAAA	2	12	1242549	1242560	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
52	NC_002578	GGTTAT	2	12	1283790	1283801	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
53	NC_002578	TCAAAT	2	12	1379176	1379187	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
54	NC_002578	AATGCC	2	12	1384572	1384583	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
55	NC_002578	AAAATT	2	12	1384742	1384753	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
56	NC_002578	TTTAAA	2	12	1420446	1420457	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
57	NC_002578	ACCCTC	2	12	1449295	1449306	16.67 %	16.67 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
58	NC_002578	ATTTTT	2	12	1449505	1449516	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
59	NC_002578	ACAGGT	2	12	1460799	1460810	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
60	NC_002578	ATAAAT	2	12	1490688	1490699	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
61	NC_002578	CCATTG	2	12	1509882	1509893	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
62	NC_002578	TTACGT	2	12	1524747	1524758	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
63	NC_002578	GCTTTT	2	12	1529929	1529940	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
64	NC_002578	ATCAGG	2	12	1539308	1539319	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
65	NC_002578	CAAGCA	2	12	1539327	1539338	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
66	NC_002578	GATACC	2	12	1551932	1551943	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.