MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Repeats of Thermoplasma acidophilum DSM 1728 chromosome

Total Repeats: 1080

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_002578	GTTCT	2	10	140	149	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
2	NC_002578	ATGCC	2	10	4134	4143	20 %	20 %	20 %	40 %	16081190
3	NC_002578	AGGGA	2	10	5528	5537	40 %	0 %	60 %	0 %	16081191
4	NC_002578	TGGGA	2	10	5746	5755	20 %	20 %	60 %	0 %	16081191
5	NC_002578	GCAAA	2	10	6860	6869	60 %	0 %	20 %	20 %	16082633
6	NC_002578	TTCCG	2	10	10962	10971	0 %	40 %	20 %	40 %	16081195
7	NC_002578	ACCTT	2	10	12619	12628	20 %	40 %	0 %	40 %	16081197
8	NC_002578	CGATC	2	10	14193	14202	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
9	NC_002578	TATCA	2	10	14813	14822	40 %	40 %	0 %	20 %	16081199
10	NC_002578	CTGTT	2	10	17478	17487	0 %	60 %	20 %	20 %	16081202
11	NC_002578	CCTTC	2	10	17840	17849	0 %	40 %	0 %	60 %	16081203
12	NC_002578	CAGAT	2	10	17883	17892	40 %	20 %	20 %	20 %	16081203
13	NC_002578	CTGTC	2	10	24090	24099	0 %	40 %	20 %	40 %	16081207
14	NC_002578	TAGAT	2	10	26089	26098	40 %	40 %	20 %	0 %	16081209
15	NC_002578	GAGAA	2	10	28545	28554	60 %	0 %	40 %	0 %	16081212
16	NC_002578	TCTAT	2	10	28627	28636	20 %	60 %	0 %	20 %	16081213
17	NC_002578	TCTAT	2	10	29185	29194	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
18	NC_002578	ATAAA	2	10	30331	30340	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
19	NC_002578	CCAGG	2	10	31912	31921	20 %	0 %	40 %	40 %	16082473
20	NC_002578	TGTCC	2	10	33584	33593	0 %	40 %	20 %	40 %	16082473
21	NC_002578	CCGTG	2	10	33881	33890	0 %	20 %	40 %	40 %	16082473
22	NC_002578	TGCAA	2	10	33993	34002	40 %	20 %	20 %	20 %	16082473
23	NC_002578	TGATA	2	10	34257	34266	40 %	40 %	20 %	0 %	16082473
24	NC_002578	ATGAT	2	10	37361	37370	40 %	40 %	20 %	0 %	16081220
25	NC_002578	TCAAG	2	10	37748	37757	40 %	20 %	20 %	20 %	16081220
26	NC_002578	CGGTA	2	10	38103	38112	20 %	20 %	40 %	20 %	16081220
27	NC_002578	TCTTT	2	10	39854	39863	0 %	80 %	0 %	20 %	16081222
28	NC_002578	TATCT	2	10	40074	40083	20 %	60 %	0 %	20 %	16082635
29	NC_002578	CAGAT	2	10	40646	40655	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
30	NC_002578	CTTGA	2	10	41047	41056	20 %	40 %	20 %	20 %	16082474
31	NC_002578	CTCTG	2	10	41320	41329	0 %	40 %	20 %	40 %	16082474
32	NC_002578	ACAGA	2	10	43609	43618	60 %	0 %	20 %	20 %	16082475
33	NC_002578	CCATT	2	10	44743	44752	20 %	40 %	0 %	40 %	16082475
34	NC_002578	ATGGA	2	10	46254	46263	40 %	20 %	40 %	0 %	16081224
35	NC_002578	CAGAA	2	10	50654	50663	60 %	0 %	20 %	20 %	16081230
36	NC_002578	GTCCT	2	10	51721	51730	0 %	40 %	20 %	40 %	16082476
37	NC_002578	ATCCG	2	10	51830	51839	20 %	20 %	20 %	40 %	16081232
38	NC_002578	TCTCC	2	10	51958	51967	0 %	40 %	0 %	60 %	16081232
39	NC_002578	GCAGG	2	10	52638	52647	20 %	0 %	60 %	20 %	16082477
40	NC_002578	GAGAA	2	10	59577	59586	60 %	0 %	40 %	0 %	16081237
41	NC_002578	TCCTT	2	10	60099	60108	0 %	60 %	0 %	40 %	16081238
42	NC_002578	TCATT	2	10	60407	60416	20 %	60 %	0 %	20 %	16081238
43	NC_002578	ATGCC	2	10	60506	60515	20 %	20 %	20 %	40 %	16081238
44	NC_002578	TCTCT	2	10	60665	60674	0 %	60 %	0 %	40 %	16081238
45	NC_002578	ATGTC	2	10	65963	65972	20 %	40 %	20 %	20 %	16081240
46	NC_002578	TGGAG	2	10	66720	66729	20 %	20 %	60 %	0 %	16081241
47	NC_002578	CTGAT	2	10	69881	69890	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
48	NC_002578	AAGAT	2	10	73001	73010	60 %	20 %	20 %	0 %	16081247
49	NC_002578	GGCGT	2	10	79076	79085	0 %	20 %	60 %	20 %	16081252
50	NC_002578	TTTTC	2	10	82134	82143	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
51	NC_002578	GATCG	2	10	86673	86682	20 %	20 %	40 %	20 %	16082481
52	NC_002578	GGATC	2	10	87244	87253	20 %	20 %	40 %	20 %	16082481
53	NC_002578	AAGAG	2	10	88515	88524	60 %	0 %	40 %	0 %	16081261
54	NC_002578	GTCAT	2	10	91078	91087	20 %	40 %	20 %	20 %	16081266
55	NC_002578	TTTCC	2	10	93295	93304	0 %	60 %	0 %	40 %	16082482
56	NC_002578	GAAGA	2	10	94847	94856	60 %	0 %	40 %	0 %	16081267
57	NC_002578	GATCT	2	10	99389	99398	20 %	40 %	20 %	20 %	16082484
58	NC_002578	ACTAT	2	10	99911	99920	40 %	40 %	0 %	20 %	16081272
59	NC_002578	CAGAT	2	10	100612	100621	40 %	20 %	20 %	20 %	16081273
60	NC_002578	TGATC	2	10	100944	100953	20 %	40 %	20 %	20 %	16081273
61	NC_002578	GATAA	2	10	101913	101922	60 %	20 %	20 %	0 %	16081275
62	NC_002578	TACGG	2	10	103462	103471	20 %	20 %	40 %	20 %	16081277
63	NC_002578	TTGCC	2	10	104406	104415	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
64	NC_002578	CTGGG	2	10	105224	105233	0 %	20 %	60 %	20 %	161760540
65	NC_002578	AGCGA	2	10	107357	107366	40 %	0 %	40 %	20 %	16081279
66	NC_002578	TTCTT	2	10	108642	108651	0 %	80 %	0 %	20 %	16081280
67	NC_002578	ATACG	2	10	108861	108870	40 %	20 %	20 %	20 %	16081280
68	NC_002578	GCCAG	2	10	108962	108971	20 %	0 %	40 %	40 %	16081280
69	NC_002578	AGCAT	2	10	109374	109383	40 %	20 %	20 %	20 %	16081281
70	NC_002578	TGCCG	2	10	109958	109967	0 %	20 %	40 %	40 %	16081282
71	NC_002578	ATTAA	2	10	117489	117498	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
72	NC_002578	TATGG	2	10	119902	119911	20 %	40 %	40 %	0 %	16081289
73	NC_002578	CAACG	2	10	122923	122932	40 %	0 %	20 %	40 %	16081292
74	NC_002578	AACAC	2	10	123713	123722	60 %	0 %	0 %	40 %	16081292
75	NC_002578	TATCA	2	10	124290	124299	40 %	40 %	0 %	20 %	16081292
76	NC_002578	GCAAT	2	10	125818	125827	40 %	20 %	20 %	20 %	16081292
77	NC_002578	ACACA	2	10	125902	125911	60 %	0 %	0 %	40 %	16081292
78	NC_002578	TTCAA	2	10	128196	128205	40 %	40 %	0 %	20 %	16081293
79	NC_002578	CTTTT	2	10	129931	129940	0 %	80 %	0 %	20 %	16082488
80	NC_002578	GGAGA	2	10	130158	130167	40 %	0 %	60 %	0 %	16082488
81	NC_002578	TATAT	2	10	131947	131956	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
82	NC_002578	TCCAT	2	10	132045	132054	20 %	40 %	0 %	40 %	16081297
83	NC_002578	TGAGG	2	10	135426	135435	20 %	20 %	60 %	0 %	16081300
84	NC_002578	GCAGC	2	10	139219	139228	20 %	0 %	40 %	40 %	16081304
85	NC_002578	TTCCT	2	10	139545	139554	0 %	60 %	0 %	40 %	16081304
86	NC_002578	ATATA	2	10	140779	140788	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
87	NC_002578	TCCAT	2	10	142103	142112	20 %	40 %	0 %	40 %	16081306
88	NC_002578	CAGGA	2	10	142324	142333	40 %	0 %	40 %	20 %	16081306
89	NC_002578	GCCAA	2	10	143347	143356	40 %	0 %	20 %	40 %	16081306
90	NC_002578	TGTAT	2	10	143487	143496	20 %	60 %	20 %	0 %	16081307
91	NC_002578	TCTTT	2	10	144321	144330	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
92	NC_002578	GTATG	2	10	147133	147142	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
93	NC_002578	GATTG	2	10	147168	147177	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
94	NC_002578	GAAAT	2	10	148015	148024	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
95	NC_002578	TTCTT	2	10	148531	148540	0 %	80 %	0 %	20 %	16081310
96	NC_002578	GGAAC	2	10	149077	149086	40 %	0 %	40 %	20 %	16081310
97	NC_002578	ATATT	2	10	149960	149969	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
98	NC_002578	TCTCC	2	10	151776	151785	0 %	40 %	0 %	60 %	16081312
99	NC_002578	CTTGG	2	10	152717	152726	0 %	40 %	40 %	20 %	16082489
100	NC_002578	GTACG	2	10	156623	156632	20 %	20 %	40 %	20 %	16081316
101	NC_002578	ATCTC	2	10	159041	159050	20 %	40 %	0 %	40 %	16081317
102	NC_002578	TGAGA	2	10	159784	159793	40 %	20 %	40 %	0 %	16081317
103	NC_002578	TCCTA	2	10	163418	163427	20 %	40 %	0 %	40 %	16081320
104	NC_002578	GATCT	2	10	164740	164749	20 %	40 %	20 %	20 %	16081321
105	NC_002578	GGTGC	2	10	166183	166192	0 %	20 %	60 %	20 %	16082491
106	NC_002578	TAAAA	2	10	168416	168425	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
107	NC_002578	TATGG	2	10	171293	171302	20 %	40 %	40 %	0 %	16081325
108	NC_002578	TATTC	2	10	171334	171343	20 %	60 %	0 %	20 %	16081325
109	NC_002578	AACAT	2	10	172236	172245	60 %	20 %	0 %	20 %	16081325
110	NC_002578	GCACT	2	10	174935	174944	20 %	20 %	20 %	40 %	16082492
111	NC_002578	TTATC	2	10	177182	177191	20 %	60 %	0 %	20 %	16081329
112	NC_002578	GTGCT	2	10	177337	177346	0 %	40 %	40 %	20 %	16081329
113	NC_002578	CAGAT	2	10	178143	178152	40 %	20 %	20 %	20 %	16081330
114	NC_002578	TAGCT	2	10	182809	182818	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
115	NC_002578	TACGG	2	10	185417	185426	20 %	20 %	40 %	20 %	16081336
116	NC_002578	TTCTT	2	10	185817	185826	0 %	80 %	0 %	20 %	16081337
117	NC_002578	ATATT	2	10	186284	186293	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
118	NC_002578	CTGCT	2	10	187388	187397	0 %	40 %	20 %	40 %	16081338
119	NC_002578	GAGAC	2	10	194913	194922	40 %	0 %	40 %	20 %	16082496
120	NC_002578	TTTCT	2	10	196730	196739	0 %	80 %	0 %	20 %	16081347
121	NC_002578	ATCAG	2	10	197122	197131	40 %	20 %	20 %	20 %	16081347
122	NC_002578	ACTTT	2	10	198312	198321	20 %	60 %	0 %	20 %	16081348
123	NC_002578	CAGGG	2	10	202606	202615	20 %	0 %	60 %	20 %	16081352
124	NC_002578	CCTCT	2	10	208113	208122	0 %	40 %	0 %	60 %	16081356
125	NC_002578	CTAAA	2	10	209025	209034	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
126	NC_002578	TTATA	2	10	211661	211670	40 %	60 %	0 %	0 %	16081360
127	NC_002578	CCTAT	2	10	217619	217628	20 %	40 %	0 %	40 %	16081364
128	NC_002578	TCCAG	2	10	217736	217745	20 %	20 %	20 %	40 %	16081364
129	NC_002578	GAAAT	2	10	217796	217805	60 %	20 %	20 %	0 %	16081364
130	NC_002578	GTGAG	2	10	218369	218378	20 %	20 %	60 %	0 %	16081365
131	NC_002578	TTAGA	2	10	225384	225393	40 %	40 %	20 %	0 %	16081370
132	NC_002578	TACCG	2	10	226277	226286	20 %	20 %	20 %	40 %	16081371
133	NC_002578	GATCC	2	10	226403	226412	20 %	20 %	20 %	40 %	16081371
134	NC_002578	GGAAG	2	10	226698	226707	40 %	0 %	60 %	0 %	16081371
135	NC_002578	GGGCA	2	10	228440	228449	20 %	0 %	60 %	20 %	16081372
136	NC_002578	GCCCT	2	10	229615	229624	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
137	NC_002578	GATCT	2	10	231353	231362	20 %	40 %	20 %	20 %	16081374
138	NC_002578	ACAGA	2	10	231518	231527	60 %	0 %	20 %	20 %	16081375
139	NC_002578	TCCCT	2	10	234058	234067	0 %	40 %	0 %	60 %	16081377
140	NC_002578	GAAAG	2	10	238166	238175	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
141	NC_002578	TGCTC	2	10	238441	238450	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
142	NC_002578	GGCCT	2	10	241023	241032	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
143	NC_002578	TTCTC	2	10	241529	241538	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
144	NC_002578	ATCTC	2	10	242471	242480	20 %	40 %	0 %	40 %	16081382
145	NC_002578	TGCCG	2	10	243375	243384	0 %	20 %	40 %	40 %	16081383
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149	NC_002578	AGATG	2	10	252410	252419	40 %	20 %	40 %	0 %	16081389
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151	NC_002578	TGACC	2	10	258137	258146	20 %	20 %	20 %	40 %	16081394
152	NC_002578	GATAC	2	10	259242	259251	40 %	20 %	20 %	20 %	16081395
153	NC_002578	GGCTT	2	10	259664	259673	0 %	40 %	40 %	20 %	16081395
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155	NC_002578	ATCCA	2	10	264302	264311	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
156	NC_002578	ATCAG	2	10	264556	264565	40 %	20 %	20 %	20 %	16081400
157	NC_002578	CTGCC	2	10	265485	265494	0 %	20 %	20 %	60 %	16081401
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161	NC_002578	GAAAG	2	10	277710	277719	60 %	0 %	40 %	0 %	16081411
162	NC_002578	TATTG	2	10	278779	278788	20 %	60 %	20 %	0 %	16081411
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165	NC_002578	TTCCA	2	10	282389	282398	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
166	NC_002578	CTATG	2	10	282588	282597	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
167	NC_002578	CAGGC	2	10	283703	283712	20 %	0 %	40 %	40 %	16081414
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169	NC_002578	CATTC	2	10	288095	288104	20 %	40 %	0 %	40 %	16081416
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171	NC_002578	ATGCG	2	10	289756	289765	20 %	20 %	40 %	20 %	16081417
172	NC_002578	ATCAG	2	10	290341	290350	40 %	20 %	20 %	20 %	16081417
173	NC_002578	ATATT	2	10	292675	292684	40 %	60 %	0 %	0 %	16081420
174	NC_002578	TAAAG	2	10	293587	293596	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
175	NC_002578	AATTT	2	10	298086	298095	40 %	60 %	0 %	0 %	16081422
176	NC_002578	GATCA	2	10	298282	298291	40 %	20 %	20 %	20 %	16081423
177	NC_002578	AGGTC	2	10	298592	298601	20 %	20 %	40 %	20 %	16081423
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181	NC_002578	TCTTT	2	10	309715	309724	0 %	80 %	0 %	20 %	16082508
182	NC_002578	GAAGA	2	10	310935	310944	60 %	0 %	40 %	0 %	16081429
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185	NC_002578	ATTTT	2	10	313422	313431	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
186	NC_002578	CCTTG	2	10	314378	314387	0 %	40 %	20 %	40 %	16081432
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199	NC_002578	AACTG	2	10	330433	330442	40 %	20 %	20 %	20 %	16081444
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201	NC_002578	TGAGC	2	10	332050	332059	20 %	20 %	40 %	20 %	16081445
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218	NC_002578	ACACC	2	10	352913	352922	40 %	0 %	0 %	60 %	Non-Coding
219	NC_002578	GCATC	2	10	352976	352985	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
220	NC_002578	TCTTT	2	10	353127	353136	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
221	NC_002578	TGGAG	2	10	353424	353433	20 %	20 %	60 %	0 %	16081464
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225	NC_002578	GGATC	2	10	359278	359287	20 %	20 %	40 %	20 %	16081470
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249	NC_002578	CCTGG	2	10	379944	379953	0 %	20 %	40 %	40 %	16081489
250	NC_002578	ATCCG	2	10	380158	380167	20 %	20 %	20 %	40 %	16081489
251	NC_002578	ATTTT	2	10	380962	380971	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
252	NC_002578	GAACT	2	10	381239	381248	40 %	20 %	20 %	20 %	16081491
253	NC_002578	ATATA	2	10	383536	383545	60 %	40 %	0 %	0 %	16081493
254	NC_002578	GCAAG	2	10	384898	384907	40 %	0 %	40 %	20 %	16081494
255	NC_002578	TTGAT	2	10	386092	386101	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
256	NC_002578	AGGAG	2	10	386207	386216	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
257	NC_002578	AATCC	2	10	386692	386701	40 %	20 %	0 %	40 %	16081496
258	NC_002578	ACAAA	2	10	389001	389010	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
259	NC_002578	CAAAT	2	10	389311	389320	60 %	20 %	0 %	20 %	16081498
260	NC_002578	ATGAA	2	10	390246	390255	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
261	NC_002578	AGGAG	2	10	390965	390974	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
262	NC_002578	AATGA	2	10	391438	391447	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
263	NC_002578	TTCGC	2	10	391877	391886	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
264	NC_002578	CTTTA	2	10	393727	393736	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
265	NC_002578	AAATT	2	10	393748	393757	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
266	NC_002578	TTTCC	2	10	394355	394364	0 %	60 %	0 %	40 %	16081501
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268	NC_002578	GTTAC	2	10	394926	394935	20 %	40 %	20 %	20 %	16081502
269	NC_002578	ATTGA	2	10	396190	396199	40 %	40 %	20 %	0 %	16081503
270	NC_002578	ATTCG	2	10	401190	401199	20 %	40 %	20 %	20 %	16081505
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272	NC_002578	CGCTG	2	10	402297	402306	0 %	20 %	40 %	40 %	16081505
273	NC_002578	TAACA	2	10	406374	406383	60 %	20 %	0 %	20 %	16081509
274	NC_002578	ATTGA	2	10	406679	406688	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
275	NC_002578	TATAT	2	10	408457	408466	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
276	NC_002578	CATAT	2	10	409154	409163	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
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389	NC_002578	TATGT	2	10	563198	563207	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
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399	NC_002578	ATATA	2	10	570318	570327	60 %	40 %	0 %	0 %	16081648
400	NC_002578	TATAT	2	10	573773	573782	40 %	60 %	0 %	0 %	16081650
401	NC_002578	ATCGG	2	10	577115	577124	20 %	20 %	40 %	20 %	16081652
402	NC_002578	TCCTC	2	10	578136	578145	0 %	40 %	0 %	60 %	16081653
403	NC_002578	TTTCC	2	10	578598	578607	0 %	60 %	0 %	40 %	16081653
404	NC_002578	ATGGA	2	10	581691	581700	40 %	20 %	40 %	0 %	16081656
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