MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Repeats of Buchnera aphidicola str. APS (Acyrthosiphon pisum) chromosome

Total Repeats: 398

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_002528	AAAATT	2	12	2135	2146	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
2	NC_002528	ATATTA	2	12	2717	2728	50 %	50 %	0 %	0 %	15616632
3	NC_002528	TTTTAT	2	12	3039	3050	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	15616632
4	NC_002528	GGAATT	2	12	3217	3228	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	15616633
5	NC_002528	AAAACA	2	12	5822	5833	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	15616636
6	NC_002528	CATCAG	2	12	9822	9833	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	15616640
7	NC_002528	ACTGAA	2	12	11111	11122	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	15616640
8	NC_002528	TAAAAA	2	12	11530	11541	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	15616641
9	NC_002528	GCCATT	2	12	12723	12734	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	15616642
10	NC_002528	TGAACG	2	12	12752	12763	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	15616642
11	NC_002528	TGAATA	2	12	15549	15560	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	15616645
12	NC_002528	ATTAAT	2	12	17188	17199	50 %	50 %	0 %	0 %	28952039
13	NC_002528	ATATTT	2	12	18165	18176	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
14	NC_002528	TAAAAA	2	12	24803	24814	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
15	NC_002528	ATAAAA	2	12	25686	25697	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	15616654
16	NC_002528	AATATA	2	12	27814	27825	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
17	NC_002528	AATGAT	2	12	30152	30163	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	15616658
18	NC_002528	AGAAAA	2	12	32948	32959	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	15616659
19	NC_002528	TTTTTG	2	12	34913	34924	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	15616660
20	NC_002528	ACATAT	2	12	40954	40965	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	15616663
21	NC_002528	CTACTG	2	12	42520	42531	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	15616663
22	NC_002528	ATTTCG	2	12	44878	44889	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	15616664
23	NC_002528	AGAAAC	2	12	47300	47311	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	15616668
24	NC_002528	TCATTT	2	12	47563	47574	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	15616668
25	NC_002528	TATAGA	2	12	48103	48114	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	15616669
26	NC_002528	GTTTTT	2	12	49166	49177	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	15616670
27	NC_002528	CAATTT	2	12	51376	51387	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	15616672
28	NC_002528	ATCTTT	2	12	55535	55546	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	15616676
29	NC_002528	ATTTTT	2	12	60060	60071	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	15616680
30	NC_002528	ATCTGT	2	12	60549	60560	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	15616680
31	NC_002528	TTCAAA	2	12	65459	65470	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	15616685
32	NC_002528	TAAAGA	2	12	66328	66339	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	15616686
33	NC_002528	TAATTT	2	12	67297	67308	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	15616686
34	NC_002528	ATTTCC	2	12	72097	72108	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	15616691
35	NC_002528	TTAAAA	2	12	72900	72911	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	15616692
36	NC_002528	TACTAT	2	12	73553	73564	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	15616692
37	NC_002528	AAATCA	2	12	75172	75183	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	15616693
38	NC_002528	GATATG	2	12	75335	75346	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	15616693
39	NC_002528	ATAGAA	2	12	76584	76595	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	15616694
40	NC_002528	TGATTT	2	12	76677	76688	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	15616694
41	NC_002528	ATTAAA	2	12	76919	76930	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
42	NC_002528	AATTAA	2	12	76967	76978	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
43	NC_002528	GAAAAA	2	12	79470	79481	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	15616696
44	NC_002528	TATTGA	2	12	81449	81460	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	15616698
45	NC_002528	ATTTCT	2	12	83179	83190	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	15616701
46	NC_002528	TTTTAA	2	12	83928	83939	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	15616702
47	NC_002528	AATAAA	2	12	84538	84549	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	15616703
48	NC_002528	TAAAAA	2	12	85623	85634	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	15616704
49	NC_002528	ATGTTA	2	12	86900	86911	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	15616706
50	NC_002528	ATTTTT	2	12	87290	87301	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	15616707
51	NC_002528	TAAAAT	2	12	87719	87730	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
52	NC_002528	TTTATA	2	12	87866	87877	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
53	NC_002528	ATTTTA	2	12	89373	89384	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	15616709
54	NC_002528	AAAATT	2	12	90073	90084	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	15616709
55	NC_002528	TTTTTC	2	12	90935	90946	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	15616710
56	NC_002528	TGAAAA	2	12	92401	92412	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	15616711
57	NC_002528	AAAAAT	2	12	98898	98909	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
58	NC_002528	AACATT	2	12	99123	99134	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	15616716
59	NC_002528	TTATTT	2	12	102063	102074	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	15616718
60	NC_002528	CATGGT	2	12	103677	103688	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	15616719
61	NC_002528	ATAGTA	2	12	108544	108555	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	15616724
62	NC_002528	TTGATG	2	12	109880	109891	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	15616726
63	NC_002528	TAAAAA	2	12	111421	111432	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
64	NC_002528	ATTTAT	2	12	114272	114283	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	15616730
65	NC_002528	TAAAAA	2	12	121876	121887	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	15616737
66	NC_002528	TGTTCT	2	12	122904	122915	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	15616738
67	NC_002528	ATTTTA	2	12	124325	124336	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	28952042
68	NC_002528	TTTTTC	2	12	125422	125433	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	28952042
69	NC_002528	AAAGAA	2	12	126188	126199	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	15616741
70	NC_002528	TTTTTA	2	12	126911	126922	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	15616741
71	NC_002528	TCTTTT	2	12	127393	127404	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	15616742
72	NC_002528	TAAAAA	2	12	127633	127644	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
73	NC_002528	AATGAT	2	12	132898	132909	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	15616746
74	NC_002528	TTAAAT	2	12	133812	133823	50 %	50 %	0 %	0 %	15616749
75	NC_002528	TGAATA	2	12	135856	135867	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	15616750
76	NC_002528	ATTTTC	2	12	138448	138459	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	15616752
77	NC_002528	TAAAAA	2	12	139191	139202	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	15616753
78	NC_002528	ATTCAT	2	12	139859	139870	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	15616754
79	NC_002528	TTTTTA	2	12	140331	140342	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	15616755
80	NC_002528	ATAAAA	2	12	141350	141361	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	15616755
81	NC_002528	TTTTAT	2	12	141661	141672	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	15616755
82	NC_002528	TTAAAT	2	12	142306	142317	50 %	50 %	0 %	0 %	28952043
83	NC_002528	TTTATT	2	12	143678	143689	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
84	NC_002528	AAATAA	2	12	143754	143765	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
85	NC_002528	CTTTTT	2	12	143950	143961	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	15616757
86	NC_002528	TAAAGT	2	12	144957	144968	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	15616758
87	NC_002528	CATCAA	2	12	150644	150655	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	15616764
88	NC_002528	CTAAAT	2	12	153630	153641	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	15616765
89	NC_002528	ATTAGA	2	12	155412	155423	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	15616767
90	NC_002528	GAATAA	2	12	156576	156587	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	15616768
91	NC_002528	ATTTAA	2	12	158816	158827	50 %	50 %	0 %	0 %	15616769
92	NC_002528	GAATTT	2	12	161676	161687	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	15616772
93	NC_002528	TTTCCT	2	12	163560	163571	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	15616773
94	NC_002528	TTATTT	2	12	172179	172190	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	15616780
95	NC_002528	TTTTTA	2	12	174556	174567	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	15616784
96	NC_002528	ATTTTA	2	12	176804	176815	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	15616785
97	NC_002528	TTTAAT	2	12	177423	177434	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	15616785
98	NC_002528	CTGGAA	2	12	177647	177658	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	15616785
99	NC_002528	ATATTT	2	12	180383	180394	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
100	NC_002528	AAAGAT	2	12	181546	181557	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	15616787
101	NC_002528	ATATAA	2	12	181795	181806	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	15616787
102	NC_002528	ATTTTT	2	12	181947	181958	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
103	NC_002528	AGTGAA	2	12	184991	185002	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	15616790
104	NC_002528	ATAGAA	2	12	185451	185462	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	15616790
105	NC_002528	AAAAGA	2	12	185835	185846	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	15616791
106	NC_002528	GTCTTT	2	12	185853	185864	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	15616791
107	NC_002528	GCTTTA	2	12	185989	186000	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	15616791
108	NC_002528	AACAAA	2	12	186501	186512	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
109	NC_002528	ATTACT	2	12	186595	186606	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
110	NC_002528	AAATTC	2	12	187376	187387	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	15616792
111	NC_002528	TTTATT	2	12	188436	188447	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	15616794
112	NC_002528	AAACAA	2	12	190171	190182	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	15616795
113	NC_002528	ATTAAA	2	12	190496	190507	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	15616795
114	NC_002528	TCTATT	2	12	190548	190559	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	15616795
115	NC_002528	AACTTT	2	12	190605	190616	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	15616795
116	NC_002528	ATTTTT	2	12	193186	193197	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
117	NC_002528	ATTTTT	2	12	194329	194340	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	15616798
118	NC_002528	TTAATT	2	12	195932	195943	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	15616799
119	NC_002528	ATTAAT	2	12	196882	196893	50 %	50 %	0 %	0 %	15616799
120	NC_002528	TTTTCC	2	12	197338	197349	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	15616799
121	NC_002528	TGACAA	2	12	199016	199027	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	15616800
122	NC_002528	GTTTTA	2	12	201006	201017	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	15616803
123	NC_002528	TTTTCT	2	12	201759	201770	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	15616804
124	NC_002528	ATAGAA	2	12	204760	204771	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	15616808
125	NC_002528	ATTGGT	2	12	205652	205663	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	15616809
126	NC_002528	AGATAT	2	12	206204	206215	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	15616810
127	NC_002528	CATTCG	2	12	207455	207466	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	15616811
128	NC_002528	ATTTTT	2	12	208021	208032	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	15616811
129	NC_002528	CCTAAT	2	12	208219	208230	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	15616811
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131	NC_002528	TTGTTT	2	12	210227	210238	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	15616813
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134	NC_002528	TTTATA	2	12	212490	212501	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	15616814
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148	NC_002528	ATTTTA	2	12	232452	232463	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
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161	NC_002528	TTAATA	2	12	249130	249141	50 %	50 %	0 %	0 %	15616843
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242	NC_002528	TTTTAA	2	12	401747	401758	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	15616971
243	NC_002528	GAATTA	2	12	407496	407507	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	15616974
244	NC_002528	CACTCG	2	12	407597	407608	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	15616974
245	NC_002528	CAAAAT	2	12	408169	408180	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	15616974
246	NC_002528	CTAATA	2	12	410927	410938	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	15616977
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366	NC_002528	ATATTT	2	12	596252	596263	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	15617156
367	NC_002528	TTAAAA	2	12	597171	597182	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	15617156
368	NC_002528	AACCAT	2	12	597403	597414	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	15617156
369	NC_002528	TCCTGT	2	12	598364	598375	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	15617157
370	NC_002528	CTTTTC	2	12	599068	599079	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	15617157
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375	NC_002528	CCTGGA	2	12	606714	606725	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	15617163
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377	NC_002528	TAATTT	2	12	616006	616017	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	15617172
378	NC_002528	TTTGAT	2	12	616890	616901	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	15617173
379	NC_002528	TTCAGG	2	12	617858	617869	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	15617174
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382	NC_002528	AATAGA	2	12	623064	623075	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	28952060
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385	NC_002528	TAAAAA	2	12	623946	623957	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
386	NC_002528	AGAACT	2	12	624205	624216	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	15617181
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389	NC_002528	ATTATC	2	12	628287	628298	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	15617184
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392	NC_002528	AAAAAT	2	12	633507	633518	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
393	NC_002528	TTAAAT	2	12	636866	636877	50 %	50 %	0 %	0 %	15617190
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.