MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Non-Coding Repeats of Vibrio cholerae O1 biovar El Tor str. N16961 chromosome I

Total Repeats: 123

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_002505	GACGCC	2	12	4702	4713	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
2	NC_002505	ATCAAA	2	12	7187	7198	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
3	NC_002505	AAGAGT	2	12	20923	20934	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
4	NC_002505	AAGCGA	2	12	23077	23088	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
5	NC_002505	AAAGAG	2	12	23221	23232	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
6	NC_002505	TGAAAT	2	12	57775	57786	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
7	NC_002505	CTTTTT	2	12	102662	102673	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
8	NC_002505	TCTCGC	2	12	102684	102695	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
9	NC_002505	CTAATG	2	12	149115	149126	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
10	NC_002505	TGAAAT	2	12	155017	155028	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
11	NC_002505	TACCGC	2	12	175176	175187	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
12	NC_002505	ATTTTT	2	12	178447	178458	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
13	NC_002505	CTTTGT	2	12	229936	229947	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
14	NC_002505	CTATGT	2	12	285133	285144	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
15	NC_002505	TTCGGT	2	12	292992	293003	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
16	NC_002505	TGAAAT	2	12	328182	328193	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
17	NC_002505	TGTCTT	2	12	329573	329584	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
18	NC_002505	GCTTTT	2	12	339705	339716	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
19	NC_002505	TCAAAA	2	12	356225	356236	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
20	NC_002505	TAAGGT	2	12	362109	362120	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
21	NC_002505	TGAAAT	2	12	405786	405797	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
22	NC_002505	TTTATT	2	12	454428	454439	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
23	NC_002505	ACGTGA	2	12	460056	460067	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
24	NC_002505	TCACTG	2	12	461998	462009	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
25	NC_002505	CTATGC	2	12	463311	463322	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
26	NC_002505	TTTCCC	2	12	481590	481601	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
27	NC_002505	CTGCAA	2	12	486403	486414	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
28	NC_002505	ACTTTG	2	12	510638	510649	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
29	NC_002505	TTGGTT	2	12	522913	522924	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
30	NC_002505	CTCACC	2	12	533421	533432	16.67 %	16.67 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
31	NC_002505	ATTAAC	2	12	538410	538421	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
32	NC_002505	TAAATT	2	12	603020	603031	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
33	NC_002505	TGATGG	2	12	616545	616556	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	Non-Coding
34	NC_002505	TGCGGC	2	12	638296	638307	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
35	NC_002505	CATTAT	2	12	665766	665777	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
36	NC_002505	GCTTGC	2	12	716553	716564	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
37	NC_002505	TGAAAT	2	12	766726	766737	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
38	NC_002505	TCCTTG	2	12	838327	838338	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
39	NC_002505	TTTAAA	2	12	853013	853024	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
40	NC_002505	TCATCG	2	12	866858	866869	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
41	NC_002505	TCCTCA	2	12	870422	870433	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	Non-Coding
42	NC_002505	GTATTG	2	12	881661	881672	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
43	NC_002505	ATGAAA	2	12	882237	882248	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
44	NC_002505	ATTTTT	2	12	936403	936414	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
45	NC_002505	TAATAT	2	12	937653	937664	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
46	NC_002505	CCAGTG	2	12	963674	963685	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
47	NC_002505	TATCCT	2	12	978308	978319	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
48	NC_002505	TAATAC	2	12	978471	978482	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
49	NC_002505	AAAGAG	2	12	993375	993386	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
50	NC_002505	TTATTT	2	12	998891	998902	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
51	NC_002505	AGCCTA	2	12	1008680	1008691	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
52	NC_002505	ATTTAT	2	12	1037590	1037601	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
53	NC_002505	ACACCG	2	12	1043274	1043285	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
54	NC_002505	AGTGTG	2	12	1121299	1121310	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	Non-Coding
55	NC_002505	AAAGGA	2	12	1136272	1136283	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
56	NC_002505	TGCAAT	2	12	1212391	1212402	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
57	NC_002505	TTAGAT	2	12	1275385	1275396	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
58	NC_002505	CCTGAC	2	12	1308645	1308656	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
59	NC_002505	TGCCTA	2	12	1332976	1332987	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
60	NC_002505	AACGCT	2	12	1362261	1362272	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
61	NC_002505	GTTAGG	2	12	1389156	1389167	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	Non-Coding
62	NC_002505	GTTTAC	2	12	1417353	1417364	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
63	NC_002505	GCAGCG	2	12	1418452	1418463	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
64	NC_002505	TTCAAG	2	12	1441766	1441777	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
65	NC_002505	TCGCTC	2	12	1463459	1463470	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
66	NC_002505	CTTGTT	2	12	1486538	1486549	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
67	NC_002505	CTCTGG	2	12	1578120	1578131	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
68	NC_002505	CTCTGG	2	12	1582971	1582982	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
69	NC_002505	TCGGAG	2	12	1618319	1618330	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
70	NC_002505	TGAGCT	2	12	1618446	1618457	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
71	NC_002505	CTTTGA	2	12	1625168	1625179	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
72	NC_002505	GGTATC	2	12	1734032	1734043	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
73	NC_002505	GTGATG	2	12	1734978	1734989	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	Non-Coding
74	NC_002505	ATCACC	2	12	1735315	1735326	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	Non-Coding
75	NC_002505	GTGCTG	2	12	1739972	1739983	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
76	NC_002505	GTTAAG	2	12	1757183	1757194	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
77	NC_002505	CCAAAA	2	12	1800337	1800348	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
78	NC_002505	GCCAAA	2	12	1874160	1874171	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
79	NC_002505	ATAAAA	2	12	1967350	1967361	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
80	NC_002505	TAACGA	2	12	1986645	1986656	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
81	NC_002505	GATCAA	2	12	2004932	2004943	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
82	NC_002505	GGGATT	2	12	2047968	2047979	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	Non-Coding
83	NC_002505	AACGAA	2	12	2048023	2048034	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
84	NC_002505	TACCTA	2	12	2084279	2084290	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
85	NC_002505	CGGCAT	2	12	2091611	2091622	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
86	NC_002505	AATTCC	2	12	2098207	2098218	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
87	NC_002505	AAAGAG	2	12	2124285	2124296	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
88	NC_002505	ATTTTT	2	12	2143876	2143887	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
89	NC_002505	TAAATG	2	12	2159247	2159258	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
90	NC_002505	ACCCAA	2	12	2164625	2164636	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
91	NC_002505	GACTTC	2	12	2227266	2227277	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
92	NC_002505	TATTAA	2	12	2236261	2236272	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
93	NC_002505	TTACAT	2	12	2236434	2236445	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
94	NC_002505	TATCAA	2	12	2254494	2254505	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
95	NC_002505	TCACCT	2	12	2271272	2271283	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	Non-Coding
96	NC_002505	CAGCTG	2	12	2332909	2332920	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
97	NC_002505	AAAAAG	2	12	2366358	2366369	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
98	NC_002505	GGCTTT	2	12	2366501	2366512	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
99	NC_002505	AAGGTT	2	12	2368108	2368119	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
100	NC_002505	AAGCGA	2	12	2392570	2392581	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
101	NC_002505	CCCTGC	2	12	2433908	2433919	0 %	16.67 %	16.67 %	66.67 %	Non-Coding
102	NC_002505	CTGATA	2	12	2487514	2487525	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
103	NC_002505	GCTGAT	2	12	2489027	2489038	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
104	NC_002505	CACTTG	2	12	2489790	2489801	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
105	NC_002505	GGTAAT	2	12	2522400	2522411	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
106	NC_002505	CTTTTT	2	12	2581270	2581281	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
107	NC_002505	GCCTCC	2	12	2618106	2618117	0 %	16.67 %	16.67 %	66.67 %	Non-Coding
108	NC_002505	CCTCGC	2	12	2657330	2657341	0 %	16.67 %	16.67 %	66.67 %	Non-Coding
109	NC_002505	ACACAA	2	12	2671773	2671784	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
110	NC_002505	ATTTCA	2	12	2677342	2677353	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
111	NC_002505	AATATG	2	12	2683252	2683263	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
112	NC_002505	AATGAT	2	12	2683574	2683585	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
113	NC_002505	TTTTGA	2	12	2684105	2684116	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
114	NC_002505	ATCTGC	2	12	2738870	2738881	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
115	NC_002505	TTGCAG	2	12	2747642	2747653	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
116	NC_002505	GCGACG	2	12	2790432	2790443	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
117	NC_002505	GGAAAT	2	12	2825450	2825461	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
118	NC_002505	ATTCAG	2	12	2854115	2854126	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
119	NC_002505	CAAAGG	2	12	2855571	2855582	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
120	NC_002505	ATTACT	2	12	2894714	2894725	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
121	NC_002505	TGAGTG	2	12	2921365	2921376	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	Non-Coding
122	NC_002505	ATTTCA	2	12	2928993	2929004	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
123	NC_002505	ATTTCA	2	12	2934742	2934753	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.