MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Coding Repeats of Vibrio cholerae O1 biovar El Tor str. N16961 chromosome I

Total Repeats: 1704

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_002505	CAGTG	2	10	2878	2887	20 %	20 %	40 %	20 %	15640036
2	NC_002505	CGCAG	2	10	5470	5479	20 %	0 %	40 %	40 %	15640040
3	NC_002505	TCTGC	2	10	5631	5640	0 %	40 %	20 %	40 %	15640041
4	NC_002505	TTGAT	2	10	5790	5799	20 %	60 %	20 %	0 %	15640041
5	NC_002505	AAGTG	2	10	9241	9250	40 %	20 %	40 %	0 %	15640045
6	NC_002505	AGCTC	2	10	9415	9424	20 %	20 %	20 %	40 %	15640045
7	NC_002505	CTGCG	2	10	9863	9872	0 %	20 %	40 %	40 %	15640045
8	NC_002505	CCAAA	2	10	12107	12116	60 %	0 %	0 %	40 %	471237023
9	NC_002505	AAGCG	2	10	12200	12209	40 %	0 %	40 %	20 %	471237023
10	NC_002505	GCTGA	2	10	13068	13077	20 %	20 %	40 %	20 %	471237023
11	NC_002505	GCTAA	2	10	15712	15721	40 %	20 %	20 %	20 %	15640051
12	NC_002505	CGCAG	2	10	15779	15788	20 %	0 %	40 %	40 %	15640051
13	NC_002505	GGTTG	2	10	15975	15984	0 %	40 %	60 %	0 %	15640051
14	NC_002505	TGGTT	2	10	17271	17280	0 %	60 %	40 %	0 %	15640052
15	NC_002505	TCTGC	2	10	17804	17813	0 %	40 %	20 %	40 %	15640052
16	NC_002505	TCGAT	2	10	18011	18020	20 %	40 %	20 %	20 %	15640052
17	NC_002505	GGCGT	2	10	18782	18791	0 %	20 %	60 %	20 %	15640052
18	NC_002505	TTCTG	2	10	18954	18963	0 %	60 %	20 %	20 %	471237024
19	NC_002505	CCAGA	2	10	19313	19322	40 %	0 %	20 %	40 %	471237024
20	NC_002505	GTACC	2	10	23864	23873	20 %	20 %	20 %	40 %	15640059
21	NC_002505	TGCAT	2	10	27490	27499	20 %	40 %	20 %	20 %	15640061
22	NC_002505	CGCAG	2	10	28007	28016	20 %	0 %	40 %	40 %	15640063
23	NC_002505	ATACA	2	10	28927	28936	60 %	20 %	0 %	20 %	15640063
24	NC_002505	GCACC	2	10	30873	30882	20 %	0 %	20 %	60 %	15640064
25	NC_002505	GCCAT	2	10	33423	33432	20 %	20 %	20 %	40 %	161582037
26	NC_002505	TAAAG	2	10	35142	35151	60 %	20 %	20 %	0 %	471237025
27	NC_002505	CTCTG	2	10	38580	38589	0 %	40 %	20 %	40 %	15640073
28	NC_002505	AATCC	2	10	39300	39309	40 %	20 %	0 %	40 %	15640074
29	NC_002505	CGGCG	2	10	40841	40850	0 %	0 %	60 %	40 %	15640075
30	NC_002505	GCAGC	2	10	42521	42530	20 %	0 %	40 %	40 %	15640076
31	NC_002505	AAAAG	2	10	48181	48190	80 %	0 %	20 %	0 %	15640082
32	NC_002505	CAATC	2	10	49074	49083	40 %	20 %	0 %	40 %	15640083
33	NC_002505	TGCGC	2	10	50139	50148	0 %	20 %	40 %	40 %	15640086
34	NC_002505	GTTTG	2	10	50184	50193	0 %	60 %	40 %	0 %	15640086
35	NC_002505	AAGAT	2	10	50741	50750	60 %	20 %	20 %	0 %	15640087
36	NC_002505	AGCAC	2	10	53232	53241	40 %	0 %	20 %	40 %	15640090
37	NC_002505	GCAGC	2	10	63659	63668	20 %	0 %	40 %	40 %	15640095
38	NC_002505	GCTGC	2	10	64648	64657	0 %	20 %	40 %	40 %	15640097
39	NC_002505	CCAAG	2	10	64733	64742	40 %	0 %	20 %	40 %	15640097
40	NC_002505	CAGCG	2	10	68291	68300	20 %	0 %	40 %	40 %	15640100
41	NC_002505	GTGAA	2	10	69289	69298	40 %	20 %	40 %	0 %	15640101
42	NC_002505	GTTGG	2	10	71570	71579	0 %	40 %	60 %	0 %	15640104
43	NC_002505	TCCGA	2	10	74362	74371	20 %	20 %	20 %	40 %	471237026
44	NC_002505	CAAGC	2	10	75942	75951	40 %	0 %	20 %	40 %	15640107
45	NC_002505	GCCAC	2	10	77022	77031	20 %	0 %	20 %	60 %	15640110
46	NC_002505	GCGCT	2	10	77473	77482	0 %	20 %	40 %	40 %	15640111
47	NC_002505	AAGCC	2	10	79925	79934	40 %	0 %	20 %	40 %	15640113
48	NC_002505	CAAGC	2	10	83381	83390	40 %	0 %	20 %	40 %	15640117
49	NC_002505	GCTTT	2	10	87509	87518	0 %	60 %	20 %	20 %	15640121
50	NC_002505	ATGGC	2	10	87930	87939	20 %	20 %	40 %	20 %	15640122
51	NC_002505	GATCC	2	10	88008	88017	20 %	20 %	20 %	40 %	15640122
52	NC_002505	CATCA	2	10	89507	89516	40 %	20 %	0 %	40 %	15640123
53	NC_002505	GATCA	2	10	90596	90605	40 %	20 %	20 %	20 %	15640124
54	NC_002505	AGCTG	2	10	93134	93143	20 %	20 %	40 %	20 %	161582036
55	NC_002505	GAAGA	2	10	93144	93153	60 %	0 %	40 %	0 %	161582036
56	NC_002505	CCAAA	2	10	94947	94956	60 %	0 %	0 %	40 %	15640128
57	NC_002505	TCATC	2	10	95877	95886	20 %	40 %	0 %	40 %	15640130
58	NC_002505	TCACC	2	10	96561	96570	20 %	20 %	0 %	60 %	15640130
59	NC_002505	AGTTG	2	10	100284	100293	20 %	40 %	40 %	0 %	15640135
60	NC_002505	GATCT	2	10	100914	100923	20 %	40 %	20 %	20 %	15640137
61	NC_002505	AAAGC	2	10	104345	104354	60 %	0 %	20 %	20 %	15640140
62	NC_002505	ACAGC	2	10	104508	104517	40 %	0 %	20 %	40 %	15640140
63	NC_002505	AAAGT	2	10	105803	105812	60 %	20 %	20 %	0 %	15640140
64	NC_002505	GTTCC	2	10	107964	107973	0 %	40 %	20 %	40 %	15640144
65	NC_002505	CGCAG	2	10	110864	110873	20 %	0 %	40 %	40 %	15640148
66	NC_002505	GCGAT	2	10	112959	112968	20 %	20 %	40 %	20 %	15640150
67	NC_002505	GCTTG	2	10	113172	113181	0 %	40 %	40 %	20 %	15640150
68	NC_002505	CGATG	2	10	114023	114032	20 %	20 %	40 %	20 %	15640151
69	NC_002505	CCGTA	2	10	118526	118535	20 %	20 %	20 %	40 %	15640154
70	NC_002505	CGCAG	2	10	119760	119769	20 %	0 %	40 %	40 %	15640156
71	NC_002505	TTTTG	2	10	124598	124607	0 %	80 %	20 %	0 %	15640161
72	NC_002505	CAAGC	2	10	124658	124667	40 %	0 %	20 %	40 %	15640161
73	NC_002505	CTTGC	2	10	124838	124847	0 %	40 %	20 %	40 %	15640161
74	NC_002505	GGCAG	2	10	125218	125227	20 %	0 %	60 %	20 %	15640161
75	NC_002505	GTTGG	2	10	126661	126670	0 %	40 %	60 %	0 %	15640162
76	NC_002505	TTGTA	2	10	127003	127012	20 %	60 %	20 %	0 %	15640163
77	NC_002505	CTTCG	2	10	130572	130581	0 %	40 %	20 %	40 %	15640166
78	NC_002505	TCGGA	2	10	132124	132133	20 %	20 %	40 %	20 %	471237027
79	NC_002505	GGACA	2	10	132178	132187	40 %	0 %	40 %	20 %	471237027
80	NC_002505	TTTTG	2	10	134998	135007	0 %	80 %	20 %	0 %	15640174
81	NC_002505	TTGGT	2	10	135043	135052	0 %	60 %	40 %	0 %	15640174
82	NC_002505	TGGTG	2	10	135515	135524	0 %	40 %	60 %	0 %	15640175
83	NC_002505	AAGCC	2	10	137056	137065	40 %	0 %	20 %	40 %	15640178
84	NC_002505	GCAAG	2	10	137590	137599	40 %	0 %	40 %	20 %	15640178
85	NC_002505	CAAAA	2	10	137795	137804	80 %	0 %	0 %	20 %	15640178
86	NC_002505	TGGTT	2	10	139605	139614	0 %	60 %	40 %	0 %	15640180
87	NC_002505	ATTAC	2	10	140121	140130	40 %	40 %	0 %	20 %	15640181
88	NC_002505	GATGG	2	10	142307	142316	20 %	20 %	60 %	0 %	15640182
89	NC_002505	AAAGA	2	10	142802	142811	80 %	0 %	20 %	0 %	15640183
90	NC_002505	TGCTT	2	10	143536	143545	0 %	60 %	20 %	20 %	15640184
91	NC_002505	CTCAG	2	10	143605	143614	20 %	20 %	20 %	40 %	15640184
92	NC_002505	GAGTT	2	10	146809	146818	20 %	40 %	40 %	0 %	15640186
93	NC_002505	TGATT	2	10	147725	147734	20 %	60 %	20 %	0 %	15640187
94	NC_002505	TTGGG	2	10	148807	148816	0 %	40 %	60 %	0 %	15640187
95	NC_002505	GCAAA	2	10	149957	149966	60 %	0 %	20 %	20 %	15640188
96	NC_002505	GCTTG	2	10	150148	150157	0 %	40 %	40 %	20 %	15640189
97	NC_002505	ATGAA	2	10	158658	158667	60 %	20 %	20 %	0 %	15640192
98	NC_002505	AACGC	2	10	158810	158819	40 %	0 %	20 %	40 %	15640192
99	NC_002505	CCAGA	2	10	159569	159578	40 %	0 %	20 %	40 %	15640194
100	NC_002505	GCACC	2	10	160115	160124	20 %	0 %	20 %	60 %	15640194
101	NC_002505	TGGCT	2	10	160661	160670	0 %	40 %	40 %	20 %	15640194
102	NC_002505	GAACT	2	10	160752	160761	40 %	20 %	20 %	20 %	15640194
103	NC_002505	CAAGA	2	10	164419	164428	60 %	0 %	20 %	20 %	15640197
104	NC_002505	TGGTC	2	10	169554	169563	0 %	40 %	40 %	20 %	15640200
105	NC_002505	GCCGA	2	10	169771	169780	20 %	0 %	40 %	40 %	15640200
106	NC_002505	CGCGA	2	10	169935	169944	20 %	0 %	40 %	40 %	15640200
107	NC_002505	CTGGG	2	10	172562	172571	0 %	20 %	60 %	20 %	15640202
108	NC_002505	AATAA	2	10	176233	176242	80 %	20 %	0 %	0 %	15640205
109	NC_002505	ATCTT	2	10	184149	184158	20 %	60 %	0 %	20 %	15640212
110	NC_002505	TTTCT	2	10	186534	186543	0 %	80 %	0 %	20 %	15640214
111	NC_002505	TTTGT	2	10	187958	187967	0 %	80 %	20 %	0 %	15640214
112	NC_002505	TTTTC	2	10	188220	188229	0 %	80 %	0 %	20 %	15640215
113	NC_002505	TTTTC	2	10	188506	188515	0 %	80 %	0 %	20 %	15640215
114	NC_002505	GCTCA	2	10	190314	190323	20 %	20 %	20 %	40 %	15640216
115	NC_002505	GCCAA	2	10	193529	193538	40 %	0 %	20 %	40 %	15640218
116	NC_002505	TGTGG	2	10	194466	194475	0 %	40 %	60 %	0 %	15640220
117	NC_002505	TGGCG	2	10	194975	194984	0 %	20 %	60 %	20 %	15640220
118	NC_002505	GGGTC	2	10	198327	198336	0 %	20 %	60 %	20 %	15640222
119	NC_002505	ACCAC	2	10	198491	198500	40 %	0 %	0 %	60 %	15640222
120	NC_002505	CGAGG	2	10	200016	200025	20 %	0 %	60 %	20 %	15640224
121	NC_002505	ACCAC	2	10	201518	201527	40 %	0 %	0 %	60 %	15640225
122	NC_002505	AGCTC	2	10	205265	205274	20 %	20 %	20 %	40 %	15640229
123	NC_002505	GCGCT	2	10	206738	206747	0 %	20 %	40 %	40 %	15640230
124	NC_002505	CCAAC	2	10	208110	208119	40 %	0 %	0 %	60 %	15640230
125	NC_002505	GCGCT	2	10	209316	209325	0 %	20 %	40 %	40 %	471237030
126	NC_002505	CCAAC	2	10	210105	210114	40 %	0 %	0 %	60 %	15640232
127	NC_002505	CTCAC	2	10	210694	210703	20 %	20 %	0 %	60 %	15640233
128	NC_002505	CACTG	2	10	211881	211890	20 %	20 %	20 %	40 %	15640233
129	NC_002505	GCTTG	2	10	212037	212046	0 %	40 %	40 %	20 %	15640233
130	NC_002505	TGTGA	2	10	217929	217938	20 %	40 %	40 %	0 %	161582033
131	NC_002505	TGTGC	2	10	218093	218102	0 %	40 %	40 %	20 %	161582033
132	NC_002505	TCGGT	2	10	220769	220778	0 %	40 %	40 %	20 %	15640243
133	NC_002505	TGAGT	2	10	227093	227102	20 %	40 %	40 %	0 %	15640250
134	NC_002505	GCGCG	2	10	228671	228680	0 %	0 %	60 %	40 %	15640252
135	NC_002505	GCAGC	3	15	229367	229381	20 %	0 %	40 %	40 %	15640253
136	NC_002505	ATCGC	2	10	230245	230254	20 %	20 %	20 %	40 %	15640254
137	NC_002505	AGTTG	2	10	230329	230338	20 %	40 %	40 %	0 %	15640254
138	NC_002505	GTTTG	2	10	232027	232036	0 %	60 %	40 %	0 %	15640257
139	NC_002505	TGCGT	2	10	232167	232176	0 %	40 %	40 %	20 %	15640257
140	NC_002505	ATCCA	2	10	233836	233845	40 %	20 %	0 %	40 %	15640259
141	NC_002505	CTCGC	2	10	234732	234741	0 %	20 %	20 %	60 %	15640260
142	NC_002505	TTGCT	2	10	235035	235044	0 %	60 %	20 %	20 %	15640260
143	NC_002505	TAGCT	2	10	239210	239219	20 %	40 %	20 %	20 %	15640264
144	NC_002505	ATTTT	2	10	242008	242017	20 %	80 %	0 %	0 %	15640267
145	NC_002505	AGATA	2	10	242168	242177	60 %	20 %	20 %	0 %	15640267
146	NC_002505	TAGAG	2	10	242527	242536	40 %	20 %	40 %	0 %	15640267
147	NC_002505	TTATT	2	10	242617	242626	20 %	80 %	0 %	0 %	15640267
148	NC_002505	GCAAT	2	10	242698	242707	40 %	20 %	20 %	20 %	15640268
149	NC_002505	AGTGC	2	10	244048	244057	20 %	20 %	40 %	20 %	15640269
150	NC_002505	GAATG	2	10	245277	245286	40 %	20 %	40 %	0 %	15640270
151	NC_002505	TGCAA	2	10	247187	247196	40 %	20 %	20 %	20 %	471237031
152	NC_002505	GAGCA	2	10	247714	247723	40 %	0 %	40 %	20 %	471237031
153	NC_002505	ATTGA	2	10	248513	248522	40 %	40 %	20 %	0 %	15640272
154	NC_002505	CCTAG	2	10	250291	250300	20 %	20 %	20 %	40 %	15640273
155	NC_002505	ATTTT	2	10	252506	252515	20 %	80 %	0 %	0 %	15640275
156	NC_002505	TATAG	2	10	256093	256102	40 %	40 %	20 %	0 %	15640279
157	NC_002505	GTATC	2	10	258795	258804	20 %	40 %	20 %	20 %	15640281
158	NC_002505	TGCGA	2	10	259654	259663	20 %	20 %	40 %	20 %	15640281
159	NC_002505	ATGGG	2	10	259702	259711	20 %	20 %	60 %	0 %	15640281
160	NC_002505	GGATA	2	10	264834	264843	40 %	20 %	40 %	0 %	471237032
161	NC_002505	ATTTT	2	10	268386	268395	20 %	80 %	0 %	0 %	15640292
162	NC_002505	TGCAG	2	10	269495	269504	20 %	20 %	40 %	20 %	15640293
163	NC_002505	AAGCA	2	10	274825	274834	60 %	0 %	20 %	20 %	15640298
164	NC_002505	GATTG	2	10	275768	275777	20 %	40 %	40 %	0 %	15640299
165	NC_002505	CATCA	2	10	277268	277277	40 %	20 %	0 %	40 %	15640300
166	NC_002505	TCACC	2	10	279774	279783	20 %	20 %	0 %	60 %	15640304
167	NC_002505	TGCGC	2	10	280526	280535	0 %	20 %	40 %	40 %	15640304
168	NC_002505	TTGGG	2	10	280537	280546	0 %	40 %	60 %	0 %	15640304
169	NC_002505	TCAGC	2	10	281230	281239	20 %	20 %	20 %	40 %	15640305
170	NC_002505	TCAAA	2	10	281335	281344	60 %	20 %	0 %	20 %	15640305
171	NC_002505	TAGAG	2	10	283155	283164	40 %	20 %	40 %	0 %	15640306
172	NC_002505	TTGGT	2	10	286096	286105	0 %	60 %	40 %	0 %	15640309
173	NC_002505	TGGCA	2	10	288959	288968	20 %	20 %	40 %	20 %	15640310
174	NC_002505	GTGCT	2	10	289448	289457	0 %	40 %	40 %	20 %	15640311
175	NC_002505	ACGCC	2	10	296050	296059	20 %	0 %	20 %	60 %	15640314
176	NC_002505	TGATT	2	10	297264	297273	20 %	60 %	20 %	0 %	161582030
177	NC_002505	CTAGC	2	10	301313	301322	20 %	20 %	20 %	40 %	15640321
178	NC_002505	ATTGC	2	10	303085	303094	20 %	40 %	20 %	20 %	15640323
179	NC_002505	ACGTG	2	10	303124	303133	20 %	20 %	40 %	20 %	15640323
180	NC_002505	GTGCT	2	10	308025	308034	0 %	40 %	40 %	20 %	15640328
181	NC_002505	CCGAG	2	10	308668	308677	20 %	0 %	40 %	40 %	15640328
182	NC_002505	AAAAT	2	10	310954	310963	80 %	20 %	0 %	0 %	15640330
183	NC_002505	TGGCG	2	10	311907	311916	0 %	20 %	60 %	20 %	15640331
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185	NC_002505	GTACC	2	10	315681	315690	20 %	20 %	20 %	40 %	15640332
186	NC_002505	GCATC	2	10	316155	316164	20 %	20 %	20 %	40 %	15640332
187	NC_002505	GCCTG	2	10	317499	317508	0 %	20 %	40 %	40 %	15640333
188	NC_002505	CGATG	2	10	319470	319479	20 %	20 %	40 %	20 %	15640335
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191	NC_002505	TCCGA	2	10	322496	322505	20 %	20 %	20 %	40 %	15640337
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195	NC_002505	CAAAA	2	10	331287	331296	80 %	0 %	0 %	20 %	15640344
196	NC_002505	TGCCA	2	10	331378	331387	20 %	20 %	20 %	40 %	15640344
197	NC_002505	TTTCA	2	10	334069	334078	20 %	60 %	0 %	20 %	15640347
198	NC_002505	CTGTA	2	10	335416	335425	20 %	40 %	20 %	20 %	15640348
199	NC_002505	CACAC	2	10	336217	336226	40 %	0 %	0 %	60 %	15640348
200	NC_002505	TGGCA	2	10	337848	337857	20 %	20 %	40 %	20 %	15640351
201	NC_002505	TACTG	2	10	338422	338431	20 %	40 %	20 %	20 %	15640352
202	NC_002505	CAGGT	2	10	338709	338718	20 %	20 %	40 %	20 %	15640352
203	NC_002505	TCGTA	2	10	342558	342567	20 %	40 %	20 %	20 %	471237035
204	NC_002505	GAAGC	2	10	343456	343465	40 %	0 %	40 %	20 %	471237035
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209	NC_002505	CGTAC	2	10	346105	346114	20 %	20 %	20 %	40 %	15640356
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212	NC_002505	TTGGT	2	10	350161	350170	0 %	60 %	40 %	0 %	15640358
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214	NC_002505	CTGCA	2	10	352674	352683	20 %	20 %	20 %	40 %	15640361
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223	NC_002505	CGCAC	2	10	369203	369212	20 %	0 %	20 %	60 %	15640373
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234	NC_002505	AGCTC	2	10	391941	391950	20 %	20 %	20 %	40 %	15640403
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239	NC_002505	ACGCG	2	10	397975	397984	20 %	0 %	40 %	40 %	15640411
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247	NC_002505	CGGAA	2	10	428330	428339	40 %	0 %	40 %	20 %	15640429
248	NC_002505	CGCAC	2	10	429459	429468	20 %	0 %	20 %	60 %	15640430
249	NC_002505	TGGTT	2	10	433068	433077	0 %	60 %	40 %	0 %	15640432
250	NC_002505	TACGT	2	10	434837	434846	20 %	40 %	20 %	20 %	15640435
251	NC_002505	ACATC	2	10	436837	436846	40 %	20 %	0 %	40 %	15640438
252	NC_002505	GGCAG	2	10	440838	440847	20 %	0 %	60 %	20 %	15640441
253	NC_002505	TTTGA	2	10	441403	441412	20 %	60 %	20 %	0 %	15640441
254	NC_002505	CGAAT	2	10	441969	441978	40 %	20 %	20 %	20 %	15640441
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257	NC_002505	GCGCA	2	10	445845	445854	20 %	0 %	40 %	40 %	15640446
258	NC_002505	TCTGG	2	10	448040	448049	0 %	40 %	40 %	20 %	15640447
259	NC_002505	GGCGC	2	10	448629	448638	0 %	0 %	60 %	40 %	15640447
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263	NC_002505	GCCAA	2	10	449767	449776	40 %	0 %	20 %	40 %	15640447
264	NC_002505	GCAAG	2	10	450041	450050	40 %	0 %	40 %	20 %	15640447
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266	NC_002505	TTTGC	2	10	456349	456358	0 %	60 %	20 %	20 %	15640453
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384	NC_002505	ATCGA	2	10	641455	641464	40 %	20 %	20 %	20 %	15640629
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395	NC_002505	GTGAG	2	10	659099	659108	20 %	20 %	60 %	0 %	471237045
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