MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Non-Coding Repeats of Chlamydophila pneumoniae J138 chromosome

Total Repeats: 146

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_002491	AATAA	2	10	10375	10384	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
2	NC_002491	TATTT	2	10	26933	26942	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
3	NC_002491	TCTAG	2	10	27100	27109	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
4	NC_002491	GCTAA	2	10	57862	57871	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
5	NC_002491	GAGTA	2	10	72533	72542	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
6	NC_002491	ATCTA	2	10	77631	77640	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
7	NC_002491	AGAAA	2	10	93800	93809	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
8	NC_002491	TCTTT	2	10	93824	93833	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
9	NC_002491	CATAG	2	10	104222	104231	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
10	NC_002491	TTGTT	2	10	138119	138128	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
11	NC_002491	TCTTT	2	10	153447	153456	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
12	NC_002491	GGGGA	2	10	158348	158357	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
13	NC_002491	TCTTT	2	10	167117	167126	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
14	NC_002491	TTTTC	2	10	177295	177304	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
15	NC_002491	AAAAT	2	10	199432	199441	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
16	NC_002491	TAGAT	2	10	200525	200534	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
17	NC_002491	AAAGA	2	10	205618	205627	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
18	NC_002491	TAGAA	2	10	209543	209552	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
19	NC_002491	ATGAT	2	10	210699	210708	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
20	NC_002491	TTCTT	2	10	222264	222273	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
21	NC_002491	ATTAA	2	10	229506	229515	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
22	NC_002491	TTTTC	2	10	232805	232814	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
23	NC_002491	TTTAA	2	10	240423	240432	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
24	NC_002491	CATGC	2	10	250366	250375	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
25	NC_002491	ATTTT	2	10	252423	252432	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
26	NC_002491	TTTGA	2	10	257311	257320	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
27	NC_002491	TAAAA	2	10	258720	258729	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
28	NC_002491	ATTTT	2	10	261216	261225	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
29	NC_002491	ATTAG	2	10	261233	261242	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
30	NC_002491	CTAAG	2	10	268750	268759	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
31	NC_002491	TAAAA	2	10	270926	270935	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
32	NC_002491	CTTTT	2	10	280291	280300	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
33	NC_002491	AAAAT	2	10	293715	293724	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
34	NC_002491	CAAAA	2	10	298524	298533	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
35	NC_002491	AAATG	2	10	299733	299742	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
36	NC_002491	ACTTA	2	10	314585	314594	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
37	NC_002491	AAAGA	2	10	325375	325384	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
38	NC_002491	AAAAT	2	10	336418	336427	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
39	NC_002491	AATTA	2	10	374644	374653	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
40	NC_002491	CATCT	2	10	401546	401555	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
41	NC_002491	AAAGA	2	10	406411	406420	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
42	NC_002491	TTAAA	2	10	407639	407648	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
43	NC_002491	ATTTT	2	10	409546	409555	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
44	NC_002491	CAAAT	2	10	411474	411483	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
45	NC_002491	CTTCT	2	10	411544	411553	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
46	NC_002491	TTAAA	2	10	411557	411566	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
47	NC_002491	AAATT	2	10	411629	411638	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
48	NC_002491	TAATA	2	10	414021	414030	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
49	NC_002491	TTTTA	2	10	432168	432177	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
50	NC_002491	TAAAA	2	10	432185	432194	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
51	NC_002491	GAATT	2	10	444906	444915	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
52	NC_002491	CTAAA	2	10	445417	445426	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
53	NC_002491	CATAA	2	10	464480	464489	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
54	NC_002491	ATGGG	2	10	469271	469280	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
55	NC_002491	TAATT	2	10	494053	494062	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
56	NC_002491	ATTTT	2	10	510525	510534	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
57	NC_002491	CTCTC	2	10	518740	518749	0 %	40 %	0 %	60 %	Non-Coding
58	NC_002491	ATCCT	2	10	523356	523365	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
59	NC_002491	TACTT	2	10	532554	532563	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
60	NC_002491	GTCTT	2	10	532925	532934	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
61	NC_002491	AATTT	2	10	547262	547271	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
62	NC_002491	TAAAA	2	10	548964	548973	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
63	NC_002491	AAAAT	2	10	549058	549067	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
64	NC_002491	TTAAA	2	10	565203	565212	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
65	NC_002491	CACAA	2	10	570433	570442	60 %	0 %	0 %	40 %	Non-Coding
66	NC_002491	GTTAA	2	10	579801	579810	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
67	NC_002491	CTAAA	2	10	579870	579879	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
68	NC_002491	CTATC	2	10	593740	593749	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
69	NC_002491	AACAA	2	10	599049	599058	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
70	NC_002491	TAGAG	2	10	614038	614047	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
71	NC_002491	AAGCA	2	10	614068	614077	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
72	NC_002491	TAAAA	2	10	617110	617119	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
73	NC_002491	ACTAA	2	10	637098	637107	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
74	NC_002491	GATTG	2	10	640384	640393	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
75	NC_002491	AATCA	2	10	643000	643009	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
76	NC_002491	TTAAT	2	10	645042	645051	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
77	NC_002491	TCCCC	2	10	645735	645744	0 %	20 %	0 %	80 %	Non-Coding
78	NC_002491	AGACA	2	10	646016	646025	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
79	NC_002491	TTTTC	2	10	646057	646066	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
80	NC_002491	AACAA	2	10	655027	655036	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
81	NC_002491	AGAAT	2	10	655301	655310	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
82	NC_002491	TTTAA	2	10	667577	667586	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
83	NC_002491	TCGTC	2	10	691764	691773	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
84	NC_002491	TAATT	2	10	698233	698242	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
85	NC_002491	CAACA	2	10	698268	698277	60 %	0 %	0 %	40 %	Non-Coding
86	NC_002491	ATAAC	2	10	707996	708005	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
87	NC_002491	TTTTA	2	10	712797	712806	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
88	NC_002491	AAAAG	2	10	729724	729733	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
89	NC_002491	AATTA	2	10	760686	760695	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
90	NC_002491	CTATT	2	10	760747	760756	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
91	NC_002491	ACAAA	2	10	766373	766382	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
92	NC_002491	TCAAA	2	10	767763	767772	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
93	NC_002491	TCACA	2	10	780815	780824	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
94	NC_002491	TTTTC	2	10	784059	784068	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
95	NC_002491	AAAAT	2	10	812868	812877	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
96	NC_002491	TAAAA	2	10	823150	823159	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
97	NC_002491	TAAAG	2	10	847784	847793	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
98	NC_002491	ATGTT	2	10	847881	847890	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
99	NC_002491	AGACA	2	10	850667	850676	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
100	NC_002491	TTAAT	2	10	867114	867123	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
101	NC_002491	TAAAA	2	10	871760	871769	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
102	NC_002491	AATTT	2	10	898527	898536	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
103	NC_002491	TCTTT	2	10	905864	905873	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
104	NC_002491	CTGCT	2	10	905916	905925	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
105	NC_002491	TAAAA	2	10	918235	918244	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
106	NC_002491	AATTT	2	10	921293	921302	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
107	NC_002491	CTCTA	2	10	937444	937453	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
108	NC_002491	AGAAA	2	10	937484	937493	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
109	NC_002491	TCTAT	2	10	956059	956068	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
110	NC_002491	AAAGA	2	10	960929	960938	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
111	NC_002491	ATTAT	2	10	961077	961086	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
112	NC_002491	TGAAA	2	10	978164	978173	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
113	NC_002491	AAATT	2	10	992664	992673	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
114	NC_002491	AGGGA	2	10	993392	993401	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
115	NC_002491	GGAAA	2	10	1000475	1000484	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
116	NC_002491	TATGT	2	10	1001555	1001564	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
117	NC_002491	CTGAA	2	10	1001850	1001859	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
118	NC_002491	AGTTA	2	10	1002294	1002303	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
119	NC_002491	TAAAA	2	10	1004964	1004973	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
120	NC_002491	AAATT	2	10	1039669	1039678	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
121	NC_002491	TTATA	2	10	1060452	1060461	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
122	NC_002491	TCTTT	2	10	1061787	1061796	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
123	NC_002491	ATGTT	2	10	1062695	1062704	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
124	NC_002491	GAATA	2	10	1066837	1066846	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
125	NC_002491	GCGTA	2	10	1069675	1069684	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
126	NC_002491	TTAAA	2	10	1069791	1069800	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
127	NC_002491	TTTAT	2	10	1075254	1075263	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
128	NC_002491	ATATA	2	10	1077279	1077288	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
129	NC_002491	AATTA	2	10	1082386	1082395	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
130	NC_002491	AATAA	2	10	1082662	1082671	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
131	NC_002491	CTCAT	2	10	1082748	1082757	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
132	NC_002491	TAATT	2	10	1095883	1095892	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
133	NC_002491	CTATT	2	10	1096064	1096073	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
134	NC_002491	TAAAA	2	10	1116583	1116592	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
135	NC_002491	CTTTT	2	10	1136158	1136167	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
136	NC_002491	TAGAA	2	10	1147146	1147155	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
137	NC_002491	TAAAA	2	10	1152934	1152943	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
138	NC_002491	GTTTT	2	10	1152979	1152988	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
139	NC_002491	GGAGC	2	10	1173672	1173681	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
140	NC_002491	TTGTT	2	10	1177367	1177376	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
141	NC_002491	AGAGA	2	10	1180439	1180448	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
142	NC_002491	GAAAG	2	10	1197997	1198006	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
143	NC_002491	GGGAT	2	10	1203987	1203996	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
144	NC_002491	GAGAG	2	10	1205699	1205708	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
145	NC_002491	TTGCA	2	10	1214454	1214463	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
146	NC_002491	TTTAA	2	10	1222061	1222070	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.