MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tetra-nucleotide Non-Coding Repeats of Chlamydophila pneumoniae J138 chromosome

Total Repeats: 389

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_002491	TCTT	2	8	512	519	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
2	NC_002491	GTCT	2	8	3851	3858	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
3	NC_002491	CTAC	2	8	3965	3972	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
4	NC_002491	GCTT	2	8	4062	4069	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
5	NC_002491	TCGC	2	8	10198	10205	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
6	NC_002491	CGTA	2	8	11469	11476	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
7	NC_002491	TTTA	2	8	12852	12859	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
8	NC_002491	CTTT	2	8	18204	18211	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
9	NC_002491	ATCT	2	8	18212	18219	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
10	NC_002491	GAAA	2	8	18229	18236	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
11	NC_002491	TGTC	2	8	41931	41938	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
12	NC_002491	TTTC	2	8	43491	43498	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
13	NC_002491	TTAT	2	8	44353	44360	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
14	NC_002491	TATC	2	8	53925	53932	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
15	NC_002491	TTTA	2	8	57972	57979	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
16	NC_002491	AGTT	2	8	58070	58077	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
17	NC_002491	AAGT	2	8	60454	60461	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
18	NC_002491	TTTA	2	8	60482	60489	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
19	NC_002491	CACC	2	8	60647	60654	25 %	0 %	0 %	75 %	Non-Coding
20	NC_002491	GATA	2	8	65998	66005	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
21	NC_002491	TCTT	2	8	70270	70277	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
22	NC_002491	GCTT	2	8	70409	70416	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
23	NC_002491	ATTT	2	8	70486	70493	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
24	NC_002491	TTAA	2	8	70508	70515	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
25	NC_002491	TCCC	2	8	77451	77458	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
26	NC_002491	TAGA	2	8	77539	77546	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
27	NC_002491	ATCG	2	8	78318	78325	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
28	NC_002491	TTTG	2	8	78335	78342	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
29	NC_002491	ATAA	2	8	80340	80347	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
30	NC_002491	GTAC	2	8	80470	80477	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
31	NC_002491	ATTT	2	8	80564	80571	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
32	NC_002491	ATAG	2	8	82554	82561	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
33	NC_002491	TAAT	2	8	84592	84599	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
34	NC_002491	TTAA	2	8	84823	84830	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
35	NC_002491	CTAT	2	8	86785	86792	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
36	NC_002491	GCCA	2	8	88973	88980	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
37	NC_002491	TAAG	2	8	89320	89327	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
38	NC_002491	AAGC	2	8	89362	89369	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
39	NC_002491	AGAA	2	8	89398	89405	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
40	NC_002491	TAAG	2	8	93387	93394	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
41	NC_002491	TAGT	2	8	104189	104196	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
42	NC_002491	AGAT	2	8	104206	104213	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
43	NC_002491	CAAA	2	8	104315	104322	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
44	NC_002491	GAAA	2	8	111759	111766	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
45	NC_002491	GAAT	2	8	132307	132314	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
46	NC_002491	GTTG	2	8	133619	133626	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
47	NC_002491	AAAT	2	8	137587	137594	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
48	NC_002491	TCTT	2	8	137624	137631	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
49	NC_002491	CGAA	2	8	137916	137923	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
50	NC_002491	AAGT	2	8	137943	137950	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
51	NC_002491	GATT	2	8	143485	143492	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
52	NC_002491	GATT	2	8	155932	155939	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
53	NC_002491	TTAA	2	8	156167	156174	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
54	NC_002491	CCCT	2	8	158447	158454	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
55	NC_002491	AGAT	2	8	167078	167085	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
56	NC_002491	GGAA	2	8	171116	171123	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
57	NC_002491	ATGA	2	8	171143	171150	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
58	NC_002491	AAGT	2	8	172037	172044	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
59	NC_002491	TATC	2	8	172204	172211	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
60	NC_002491	TCTA	2	8	172348	172355	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
61	NC_002491	TTCT	2	8	182093	182100	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
62	NC_002491	TTAT	2	8	182110	182117	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
63	NC_002491	AAGT	2	8	182241	182248	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
64	NC_002491	TTGT	2	8	183475	183482	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
65	NC_002491	CTAT	2	8	183504	183511	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
66	NC_002491	CATT	2	8	199116	199123	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
67	NC_002491	CCTA	2	8	199163	199170	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
68	NC_002491	TAAC	2	8	199410	199417	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
69	NC_002491	CTAA	2	8	204337	204344	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
70	NC_002491	TCAT	2	8	205512	205519	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
71	NC_002491	AAAT	2	8	206032	206039	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
72	NC_002491	AGAA	2	8	210650	210657	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
73	NC_002491	GAAG	2	8	213060	213067	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
74	NC_002491	GAAG	2	8	213297	213304	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
75	NC_002491	TTGA	2	8	213770	213777	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
76	NC_002491	ACCC	2	8	217274	217281	25 %	0 %	0 %	75 %	Non-Coding
77	NC_002491	ACTC	2	8	223776	223783	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
78	NC_002491	AATA	2	8	224704	224711	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
79	NC_002491	GCCT	2	8	226364	226371	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
80	NC_002491	TACC	2	8	226418	226425	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
81	NC_002491	TAAT	2	8	229473	229480	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
82	NC_002491	ATTT	2	8	232267	232274	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
83	NC_002491	AAAG	2	8	235539	235546	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
84	NC_002491	AGTA	2	8	238616	238623	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
85	NC_002491	CTTC	2	8	240540	240547	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
86	NC_002491	ATCA	2	8	246785	246792	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
87	NC_002491	CAAC	2	8	250945	250952	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
88	NC_002491	ATTT	2	8	252490	252497	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
89	NC_002491	ATGA	2	8	256685	256692	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
90	NC_002491	AAAT	2	8	256763	256770	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
91	NC_002491	GTGC	2	8	257232	257239	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
92	NC_002491	GCAC	2	8	257361	257368	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
93	NC_002491	TACC	2	8	258781	258788	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
94	NC_002491	AAAC	2	8	258885	258892	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
95	NC_002491	ATTT	2	8	260143	260150	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
96	NC_002491	TTTA	2	8	260174	260181	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
97	NC_002491	TAAT	2	8	260239	260246	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
98	NC_002491	TCCC	2	8	261067	261074	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
99	NC_002491	TAAA	2	8	261127	261134	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
100	NC_002491	ATGA	2	8	261856	261863	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
101	NC_002491	ATAA	2	8	270102	270109	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
102	NC_002491	TAAC	2	8	270887	270894	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
103	NC_002491	CTAG	2	8	275593	275600	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
104	NC_002491	TTAC	2	8	277498	277505	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
105	NC_002491	TAAG	2	8	277540	277547	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
106	NC_002491	ATAA	2	8	277742	277749	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
107	NC_002491	CTAT	2	8	279739	279746	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
108	NC_002491	TTTA	2	8	280227	280234	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
109	NC_002491	CTTC	2	8	281187	281194	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
110	NC_002491	CAAA	2	8	283094	283101	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
111	NC_002491	CTAA	2	8	285469	285476	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
112	NC_002491	TAGA	2	8	292839	292846	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
113	NC_002491	AAAG	2	8	293125	293132	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
114	NC_002491	CCAT	2	8	293905	293912	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
115	NC_002491	ATAA	2	8	294689	294696	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
116	NC_002491	GAAA	2	8	295637	295644	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
117	NC_002491	AAGA	2	8	300984	300991	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
118	NC_002491	TAAA	2	8	310866	310873	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
119	NC_002491	TTTA	2	8	314211	314218	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
120	NC_002491	GCAA	2	8	314289	314296	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
121	NC_002491	TCTT	2	8	318088	318095	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
122	NC_002491	GTTA	2	8	320232	320239	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
123	NC_002491	GAAA	2	8	328201	328208	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
124	NC_002491	GGTA	2	8	329557	329564	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
125	NC_002491	GATT	2	8	332416	332423	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
126	NC_002491	AAAT	2	8	333135	333142	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
127	NC_002491	TCTT	2	8	337086	337093	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
128	NC_002491	TCTA	2	8	337381	337388	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
129	NC_002491	TATT	2	8	341497	341504	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
130	NC_002491	TAAA	2	8	348684	348691	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
131	NC_002491	TAAA	2	8	348740	348747	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
132	NC_002491	CCTA	2	8	365637	365644	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
133	NC_002491	TCTT	2	8	372417	372424	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
134	NC_002491	TAAT	2	8	378120	378127	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
135	NC_002491	ACAA	2	8	378144	378151	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
136	NC_002491	ATTA	2	8	378344	378351	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
137	NC_002491	CTAA	2	8	388276	388283	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
138	NC_002491	GAAA	2	8	392587	392594	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
139	NC_002491	GTTT	2	8	392635	392642	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
140	NC_002491	TGAT	2	8	392780	392787	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
141	NC_002491	TTCT	2	8	392842	392849	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
142	NC_002491	TAAA	2	8	399646	399653	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
143	NC_002491	TTTC	2	8	401114	401121	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
144	NC_002491	GCTG	2	8	406651	406658	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
145	NC_002491	TTAT	2	8	407553	407560	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
146	NC_002491	TCTT	2	8	410070	410077	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
147	NC_002491	TAAA	2	8	410098	410105	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
148	NC_002491	CGAA	2	8	411311	411318	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
149	NC_002491	TTAA	2	8	411662	411669	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
150	NC_002491	AAAG	2	8	413834	413841	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
151	NC_002491	TATT	2	8	415409	415416	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
152	NC_002491	TAAA	2	8	415421	415428	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.