MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tetra-nucleotide Repeats of Xylella fastidiosa 9a5c plasmid pXF51

Total Repeats: 144

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_002490	TCGT	2	8	559	566	0 %	50 %	25 %	25 %	10956713
2	NC_002490	AGCG	2	8	1089	1096	25 %	0 %	50 %	25 %	10956714
3	NC_002490	CAGA	2	8	1250	1257	50 %	0 %	25 %	25 %	10956714
4	NC_002490	AGGC	2	8	2039	2046	25 %	0 %	50 %	25 %	10956714
5	NC_002490	TGCC	2	8	2097	2104	0 %	25 %	25 %	50 %	10956714
6	NC_002490	GGCT	2	8	2215	2222	0 %	25 %	50 %	25 %	10956714
7	NC_002490	ATTG	2	8	2511	2518	25 %	50 %	25 %	0 %	10956714
8	NC_002490	AAGG	2	8	2929	2936	50 %	0 %	50 %	0 %	10956714
9	NC_002490	TCCA	2	8	3931	3938	25 %	25 %	0 %	50 %	10956717
10	NC_002490	TTAT	2	8	4148	4155	25 %	75 %	0 %	0 %	10956718
11	NC_002490	ACCA	2	8	4380	4387	50 %	0 %	0 %	50 %	10956718
12	NC_002490	CTTT	2	8	4764	4771	0 %	75 %	0 %	25 %	10956718
13	NC_002490	TGAA	2	8	4872	4879	50 %	25 %	25 %	0 %	10956718
14	NC_002490	TGAT	2	8	6042	6049	25 %	50 %	25 %	0 %	10956718
15	NC_002490	CAAC	2	8	6731	6738	50 %	0 %	0 %	50 %	10956719
16	NC_002490	CAAG	2	8	6930	6937	50 %	0 %	25 %	25 %	10956719
17	NC_002490	ATCT	2	8	7245	7252	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
18	NC_002490	CCGT	2	8	7457	7464	0 %	25 %	25 %	50 %	10956720
19	NC_002490	AATG	2	8	7541	7548	50 %	25 %	25 %	0 %	10956721
20	NC_002490	CTCG	2	8	8528	8535	0 %	25 %	25 %	50 %	10956722
21	NC_002490	TGAA	2	8	9147	9154	50 %	25 %	25 %	0 %	15426424
22	NC_002490	GAAG	2	8	9191	9198	50 %	0 %	50 %	0 %	10956723
23	NC_002490	TGGC	2	8	9262	9269	0 %	25 %	50 %	25 %	10956723
24	NC_002490	GAAG	2	8	9395	9402	50 %	0 %	50 %	0 %	10956723
25	NC_002490	GCCA	2	8	9975	9982	25 %	0 %	25 %	50 %	10956724
26	NC_002490	ATTT	2	8	10554	10561	25 %	75 %	0 %	0 %	10956724
27	NC_002490	AGAA	2	8	11143	11150	75 %	0 %	25 %	0 %	10956725
28	NC_002490	AAAC	2	8	11525	11532	75 %	0 %	0 %	25 %	10956725
29	NC_002490	TGAA	2	8	12258	12265	50 %	25 %	25 %	0 %	10956726
30	NC_002490	CCTG	2	8	12333	12340	0 %	25 %	25 %	50 %	10956726
31	NC_002490	ATCA	2	8	12394	12401	50 %	25 %	0 %	25 %	10956726
32	NC_002490	CTGC	2	8	12468	12475	0 %	25 %	25 %	50 %	10956726
33	NC_002490	TTGC	2	8	12614	12621	0 %	50 %	25 %	25 %	10956726
34	NC_002490	AAGC	2	8	12869	12876	50 %	0 %	25 %	25 %	10956726
35	NC_002490	TCTT	2	8	13255	13262	0 %	75 %	0 %	25 %	10956727
36	NC_002490	AGCA	2	8	13339	13346	50 %	0 %	25 %	25 %	10956727
37	NC_002490	CGCT	2	8	13445	13452	0 %	25 %	25 %	50 %	10956727
38	NC_002490	TACT	3	12	13526	13537	25 %	50 %	0 %	25 %	10956727
39	NC_002490	CTCG	2	8	13576	13583	0 %	25 %	25 %	50 %	10956727
40	NC_002490	TTGA	2	8	14274	14281	25 %	50 %	25 %	0 %	10956727
41	NC_002490	TGAT	2	8	14896	14903	25 %	50 %	25 %	0 %	10956727
42	NC_002490	AAGA	2	8	15293	15300	75 %	0 %	25 %	0 %	10956728
43	NC_002490	GCAA	2	8	15354	15361	50 %	0 %	25 %	25 %	10956728
44	NC_002490	GCAA	2	8	15687	15694	50 %	0 %	25 %	25 %	10956728
45	NC_002490	AGTT	2	8	15953	15960	25 %	50 %	25 %	0 %	10956728
46	NC_002490	ATTA	2	8	16018	16025	50 %	50 %	0 %	0 %	10956728
47	NC_002490	GCAA	2	8	16302	16309	50 %	0 %	25 %	25 %	10956728
48	NC_002490	GTCG	2	8	16683	16690	0 %	25 %	50 %	25 %	10956728
49	NC_002490	CAAT	2	8	16906	16913	50 %	25 %	0 %	25 %	10956728
50	NC_002490	CAAG	2	8	17439	17446	50 %	0 %	25 %	25 %	10956728
51	NC_002490	AGAA	2	8	17610	17617	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
52	NC_002490	TAAT	2	8	18296	18303	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
53	NC_002490	CTTG	2	8	18651	18658	0 %	50 %	25 %	25 %	10956730
54	NC_002490	TGGT	2	8	19179	19186	0 %	50 %	50 %	0 %	10956731
55	NC_002490	CTCA	2	8	19885	19892	25 %	25 %	0 %	50 %	10956734
56	NC_002490	GAAG	2	8	20174	20181	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
57	NC_002490	TTGA	2	8	20514	20521	25 %	50 %	25 %	0 %	10956735
58	NC_002490	TGCG	2	8	20573	20580	0 %	25 %	50 %	25 %	10956735
59	NC_002490	TCAC	2	8	20762	20769	25 %	25 %	0 %	50 %	10956736
60	NC_002490	ACCA	2	8	20843	20850	50 %	0 %	0 %	50 %	10956736
61	NC_002490	GGCT	2	8	21006	21013	0 %	25 %	50 %	25 %	10956736
62	NC_002490	TTTC	2	8	21441	21448	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
63	NC_002490	CCAA	2	8	21769	21776	50 %	0 %	0 %	50 %	10956737
64	NC_002490	TAAA	2	8	21986	21993	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
65	NC_002490	TCTT	2	8	22022	22029	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
66	NC_002490	ACCG	2	8	22172	22179	25 %	0 %	25 %	50 %	10956738
67	NC_002490	GCGG	2	8	22466	22473	0 %	0 %	75 %	25 %	10956739
68	NC_002490	AGCA	2	8	22803	22810	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
69	NC_002490	CAGA	2	8	22944	22951	50 %	0 %	25 %	25 %	10956740
70	NC_002490	GCAT	2	8	23480	23487	25 %	25 %	25 %	25 %	10956741
71	NC_002490	CCAG	2	8	24141	24148	25 %	0 %	25 %	50 %	10956742
72	NC_002490	TGCA	2	8	24380	24387	25 %	25 %	25 %	25 %	10956742
73	NC_002490	AATA	2	8	25140	25147	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
74	NC_002490	TGGC	2	8	25270	25277	0 %	25 %	50 %	25 %	10956743
75	NC_002490	GCTG	2	8	25330	25337	0 %	25 %	50 %	25 %	10956743
76	NC_002490	TCAC	2	8	25354	25361	25 %	25 %	0 %	50 %	10956743
77	NC_002490	AGCA	2	8	25722	25729	50 %	0 %	25 %	25 %	10956743
78	NC_002490	GGCG	2	8	26516	26523	0 %	0 %	75 %	25 %	10956745
79	NC_002490	CGGC	2	8	27006	27013	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
80	NC_002490	AGCG	2	8	27387	27394	25 %	0 %	50 %	25 %	10956747
81	NC_002490	CACC	2	8	27560	27567	25 %	0 %	0 %	75 %	10956747
82	NC_002490	AAGG	2	8	27796	27803	50 %	0 %	50 %	0 %	10956747
83	NC_002490	GCAA	2	8	28411	28418	50 %	0 %	25 %	25 %	10956748
84	NC_002490	CAGC	2	8	29034	29041	25 %	0 %	25 %	50 %	10956748
85	NC_002490	GTTG	2	8	29613	29620	0 %	50 %	50 %	0 %	10956750
86	NC_002490	GGTT	2	8	30433	30440	0 %	50 %	50 %	0 %	10956751
87	NC_002490	CAAT	2	8	31530	31537	50 %	25 %	0 %	25 %	10956751
88	NC_002490	CTTT	2	8	31910	31917	0 %	75 %	0 %	25 %	10956752
89	NC_002490	GCGG	2	8	31987	31994	0 %	0 %	75 %	25 %	10956752
90	NC_002490	CATG	2	8	32072	32079	25 %	25 %	25 %	25 %	10956752
91	NC_002490	TGCG	2	8	32562	32569	0 %	25 %	50 %	25 %	10956753
92	NC_002490	GGCT	2	8	32693	32700	0 %	25 %	50 %	25 %	10956753
93	NC_002490	TTGC	2	8	32801	32808	0 %	50 %	25 %	25 %	10956753
94	NC_002490	TTTC	2	8	33311	33318	0 %	75 %	0 %	25 %	10956754
95	NC_002490	GAAT	2	8	33551	33558	50 %	25 %	25 %	0 %	10956754
96	NC_002490	CAAG	2	8	33617	33624	50 %	0 %	25 %	25 %	10956754
97	NC_002490	AGCA	2	8	34238	34245	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
98	NC_002490	CTCA	2	8	34292	34299	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
99	NC_002490	CTCA	2	8	34532	34539	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
100	NC_002490	CATG	2	8	34717	34724	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
101	NC_002490	TCAT	2	8	35178	35185	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
102	NC_002490	GGAC	2	8	36304	36311	25 %	0 %	50 %	25 %	10956755
103	NC_002490	AGAC	2	8	36370	36377	50 %	0 %	25 %	25 %	10956755
104	NC_002490	AGAT	2	8	36730	36737	50 %	25 %	25 %	0 %	10956756
105	NC_002490	GTAG	2	8	37048	37055	25 %	25 %	50 %	0 %	10956756
106	NC_002490	AACA	2	8	37057	37064	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
107	NC_002490	CTTC	2	8	38096	38103	0 %	50 %	0 %	50 %	10956757
108	NC_002490	CACG	2	8	38582	38589	25 %	0 %	25 %	50 %	10956757
109	NC_002490	CTGC	2	8	38968	38975	0 %	25 %	25 %	50 %	10956757
110	NC_002490	AGGG	2	8	39499	39506	25 %	0 %	75 %	0 %	10956758
111	NC_002490	CCCT	2	8	39582	39589	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
112	NC_002490	CAGG	2	8	41076	41083	25 %	0 %	50 %	25 %	10956761
113	NC_002490	TGAG	2	8	41464	41471	25 %	25 %	50 %	0 %	10956762
114	NC_002490	AAGG	2	8	41813	41820	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
115	NC_002490	TTGT	2	8	41896	41903	0 %	75 %	25 %	0 %	10956763
116	NC_002490	ACAA	2	8	42851	42858	75 %	0 %	0 %	25 %	10956764
117	NC_002490	TAAT	2	8	43195	43202	50 %	50 %	0 %	0 %	10956764
118	NC_002490	ACGC	2	8	43516	43523	25 %	0 %	25 %	50 %	10956765
119	NC_002490	TTTG	2	8	43538	43545	0 %	75 %	25 %	0 %	10956765
120	NC_002490	ATTA	2	8	43883	43890	50 %	50 %	0 %	0 %	10956765
121	NC_002490	AATT	2	8	43921	43928	50 %	50 %	0 %	0 %	10956765
122	NC_002490	AATA	2	8	44243	44250	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
123	NC_002490	TTTA	2	8	44465	44472	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
124	NC_002490	TGAA	2	8	45621	45628	50 %	25 %	25 %	0 %	10956768
125	NC_002490	TTGA	2	8	45679	45686	25 %	50 %	25 %	0 %	10956768
126	NC_002490	TTGA	2	8	45853	45860	25 %	50 %	25 %	0 %	10956769
127	NC_002490	AGAA	2	8	45879	45886	75 %	0 %	25 %	0 %	10956769
128	NC_002490	CAGC	2	8	46560	46567	25 %	0 %	25 %	50 %	10956769
129	NC_002490	GCTC	2	8	47035	47042	0 %	25 %	25 %	50 %	10956770
130	NC_002490	CTTG	2	8	47549	47556	0 %	50 %	25 %	25 %	10956770
131	NC_002490	GGTT	2	8	47786	47793	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
132	NC_002490	CCTT	2	8	47971	47978	0 %	50 %	0 %	50 %	10956771
133	NC_002490	GTCC	2	8	47979	47986	0 %	25 %	25 %	50 %	10956771
134	NC_002490	CTTC	2	8	48753	48760	0 %	50 %	0 %	50 %	10956772
135	NC_002490	GATT	2	8	48991	48998	25 %	50 %	25 %	0 %	10956772
136	NC_002490	GTTT	2	8	49085	49092	0 %	75 %	25 %	0 %	10956772
137	NC_002490	AATA	2	8	49232	49239	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
138	NC_002490	TTTA	2	8	49454	49461	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
139	NC_002490	ATGG	2	8	49934	49941	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
140	NC_002490	AAAT	2	8	49948	49955	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
141	NC_002490	AGCA	2	8	50673	50680	50 %	0 %	25 %	25 %	10956774
142	NC_002490	GTTT	2	8	51032	51039	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
143	NC_002490	TTCT	2	8	51049	51056	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
144	NC_002490	TTCT	2	8	51062	51069	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.