MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Repeats of Xylella fastidiosa 9a5c chromosome

Total Repeats: 2171

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_002488	AATTT	2	10	4398	4407	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
2	NC_002488	TGCGT	2	10	8340	8349	0 %	40 %	40 %	20 %	15836611
3	NC_002488	AAGTG	2	10	8391	8400	40 %	20 %	40 %	0 %	15836611
4	NC_002488	GATCA	2	10	10065	10074	40 %	20 %	20 %	20 %	15836612
5	NC_002488	GATGT	2	10	12774	12783	20 %	40 %	40 %	0 %	15836617
6	NC_002488	CAATT	2	10	12898	12907	40 %	40 %	0 %	20 %	15836617
7	NC_002488	CAAAG	2	10	15428	15437	60 %	0 %	20 %	20 %	15836620
8	NC_002488	CTTTT	2	10	16607	16616	0 %	80 %	0 %	20 %	15836621
9	NC_002488	GTCGT	2	10	19453	19462	0 %	40 %	40 %	20 %	15836626
10	NC_002488	TGTGC	11	55	19731	19785	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
11	NC_002488	GCTTG	2	10	20704	20713	0 %	40 %	40 %	20 %	15836629
12	NC_002488	TGCGT	2	10	22701	22710	0 %	40 %	40 %	20 %	77747482
13	NC_002488	AGATC	2	10	23583	23592	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
14	NC_002488	AGCGA	2	10	24770	24779	40 %	0 %	40 %	20 %	15836634
15	NC_002488	AATGG	2	10	24800	24809	40 %	20 %	40 %	0 %	15836634
16	NC_002488	ATTGA	2	10	25093	25102	40 %	40 %	20 %	0 %	15836635
17	NC_002488	ACAAT	2	10	25457	25466	60 %	20 %	0 %	20 %	15836635
18	NC_002488	GTGCA	2	10	25691	25700	20 %	20 %	40 %	20 %	15836635
19	NC_002488	GGGAC	2	10	28499	28508	20 %	0 %	60 %	20 %	15836637
20	NC_002488	ACGGT	2	10	30207	30216	20 %	20 %	40 %	20 %	15836637
21	NC_002488	GTGCT	2	10	31042	31051	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
22	NC_002488	CGGCG	2	10	31374	31383	0 %	0 %	60 %	40 %	15836639
23	NC_002488	TTGCG	2	10	34781	34790	0 %	40 %	40 %	20 %	15836643
24	NC_002488	TGAGG	2	10	35661	35670	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
25	NC_002488	GTTTG	2	10	37254	37263	0 %	60 %	40 %	0 %	15836647
26	NC_002488	TGCGC	2	10	38491	38500	0 %	20 %	40 %	40 %	15836648
27	NC_002488	AGCCG	2	10	39631	39640	20 %	0 %	40 %	40 %	15836649
28	NC_002488	TGCGT	2	10	41018	41027	0 %	40 %	40 %	20 %	15836650
29	NC_002488	GGCTT	2	10	41886	41895	0 %	40 %	40 %	20 %	15836650
30	NC_002488	TTTGG	2	10	42819	42828	0 %	60 %	40 %	0 %	15836650
31	NC_002488	GTGTC	2	10	43711	43720	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
32	NC_002488	GATCC	2	10	43897	43906	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
33	NC_002488	ATTTG	2	10	46864	46873	20 %	60 %	20 %	0 %	15836655
34	NC_002488	TAGGA	2	10	47364	47373	40 %	20 %	40 %	0 %	15836655
35	NC_002488	GCGCC	2	10	48213	48222	0 %	0 %	40 %	60 %	15836655
36	NC_002488	CGATG	2	10	48862	48871	20 %	20 %	40 %	20 %	15836655
37	NC_002488	GGTAT	2	10	51426	51435	20 %	40 %	40 %	0 %	15836658
38	NC_002488	TGATC	2	10	51663	51672	20 %	40 %	20 %	20 %	15836658
39	NC_002488	GCATT	2	10	51773	51782	20 %	40 %	20 %	20 %	15836659
40	NC_002488	CAAAA	2	10	52162	52171	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
41	NC_002488	TCGAT	2	10	53610	53619	20 %	40 %	20 %	20 %	15836664
42	NC_002488	TGTGT	2	10	54779	54788	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
43	NC_002488	TGCTT	2	10	54793	54802	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
44	NC_002488	TCATT	2	10	55131	55140	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
45	NC_002488	TTGGC	2	10	55513	55522	0 %	40 %	40 %	20 %	15836666
46	NC_002488	TTGAG	2	10	57509	57518	20 %	40 %	40 %	0 %	15836668
47	NC_002488	GCAGC	2	10	57872	57881	20 %	0 %	40 %	40 %	15836668
48	NC_002488	GACTG	2	10	58124	58133	20 %	20 %	40 %	20 %	15836669
49	NC_002488	TTGCT	2	10	58928	58937	0 %	60 %	20 %	20 %	15836669
50	NC_002488	AAATT	2	10	60698	60707	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
51	NC_002488	ATTTC	2	10	62539	62548	20 %	60 %	0 %	20 %	15836674
52	NC_002488	GTGTT	2	10	64046	64055	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
53	NC_002488	TTAGA	2	10	64596	64605	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
54	NC_002488	AATTG	2	10	65818	65827	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
55	NC_002488	TTGTT	2	10	66424	66433	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
56	NC_002488	TCGTG	2	10	67628	67637	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
57	NC_002488	ACCGT	2	10	70145	70154	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
58	NC_002488	ATCCC	2	10	71619	71628	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
59	NC_002488	GCATC	2	10	71948	71957	20 %	20 %	20 %	40 %	15836676
60	NC_002488	TGTGC	2	10	74159	74168	0 %	40 %	40 %	20 %	15836678
61	NC_002488	AACCA	2	10	76690	76699	60 %	0 %	0 %	40 %	Non-Coding
62	NC_002488	TTGCT	2	10	76794	76803	0 %	60 %	20 %	20 %	15836681
63	NC_002488	CCGTT	2	10	78123	78132	0 %	40 %	20 %	40 %	77747485
64	NC_002488	TTTAA	2	10	79659	79668	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
65	NC_002488	TTCGG	2	10	83705	83714	0 %	40 %	40 %	20 %	15836687
66	NC_002488	CGTGA	2	10	83720	83729	20 %	20 %	40 %	20 %	15836687
67	NC_002488	AACGC	2	10	84013	84022	40 %	0 %	20 %	40 %	15836687
68	NC_002488	GCAGG	2	10	84330	84339	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
69	NC_002488	GATGC	2	10	84899	84908	20 %	20 %	40 %	20 %	15836688
70	NC_002488	TGAAC	2	10	86948	86957	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
71	NC_002488	GTACA	2	10	87321	87330	40 %	20 %	20 %	20 %	15836692
72	NC_002488	TGCGG	2	10	87562	87571	0 %	20 %	60 %	20 %	15836692
73	NC_002488	CCTCC	2	10	90945	90954	0 %	20 %	0 %	80 %	15836695
74	NC_002488	ATGTT	2	10	91339	91348	20 %	60 %	20 %	0 %	15836696
75	NC_002488	TTCCT	2	10	91951	91960	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
76	NC_002488	CAGCT	2	10	94450	94459	20 %	20 %	20 %	40 %	15836699
77	NC_002488	AGAGA	2	10	98340	98349	60 %	0 %	40 %	0 %	15836705
78	NC_002488	TGCAT	2	10	99591	99600	20 %	40 %	20 %	20 %	15836707
79	NC_002488	TCTTT	2	10	99603	99612	0 %	80 %	0 %	20 %	15836707
80	NC_002488	TGCAA	2	10	101011	101020	40 %	20 %	20 %	20 %	15836708
81	NC_002488	TGGCG	2	10	101520	101529	0 %	20 %	60 %	20 %	15836708
82	NC_002488	GCGTA	2	10	102301	102310	20 %	20 %	40 %	20 %	15836709
83	NC_002488	ACGCC	2	10	102594	102603	20 %	0 %	20 %	60 %	15836709
84	NC_002488	TAGGA	2	10	108564	108573	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
85	NC_002488	GCGGA	2	10	108598	108607	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
86	NC_002488	AATGC	2	10	110123	110132	40 %	20 %	20 %	20 %	15836718
87	NC_002488	TGACC	2	10	111727	111736	20 %	20 %	20 %	40 %	15836721
88	NC_002488	TGATC	2	10	111739	111748	20 %	40 %	20 %	20 %	15836721
89	NC_002488	TCGCA	2	10	112615	112624	20 %	20 %	20 %	40 %	15836721
90	NC_002488	CGCGT	2	10	113723	113732	0 %	20 %	40 %	40 %	15836723
91	NC_002488	TGGAT	2	10	113962	113971	20 %	40 %	40 %	0 %	15836723
92	NC_002488	CATCG	2	10	114011	114020	20 %	20 %	20 %	40 %	15836723
93	NC_002488	TGCTG	2	10	118457	118466	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
94	NC_002488	TGAGG	2	10	119115	119124	20 %	20 %	60 %	0 %	15836727
95	NC_002488	CGTGT	2	10	120545	120554	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
96	NC_002488	CTGAA	2	10	123554	123563	40 %	20 %	20 %	20 %	15836729
97	NC_002488	ATCTA	2	10	124618	124627	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
98	NC_002488	GTGAC	2	10	127595	127604	20 %	20 %	40 %	20 %	15836733
99	NC_002488	ACTGC	2	10	128546	128555	20 %	20 %	20 %	40 %	15836735
100	NC_002488	GCCAT	2	10	128918	128927	20 %	20 %	20 %	40 %	77747488
101	NC_002488	ACAGC	2	10	128976	128985	40 %	0 %	20 %	40 %	77747488
102	NC_002488	TTCCC	3	15	129224	129238	0 %	40 %	0 %	60 %	15836737
103	NC_002488	CTGGA	2	10	130011	130020	20 %	20 %	40 %	20 %	15836737
104	NC_002488	GAACA	2	10	130534	130543	60 %	0 %	20 %	20 %	15836737
105	NC_002488	GGCGC	2	10	132813	132822	0 %	0 %	60 %	40 %	15836739
106	NC_002488	TGTGG	2	10	137846	137855	0 %	40 %	60 %	0 %	15836743
107	NC_002488	GTTGT	2	10	140807	140816	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
108	NC_002488	GTGTT	2	10	141399	141408	0 %	60 %	40 %	0 %	15836746
109	NC_002488	GCGTC	2	10	142511	142520	0 %	20 %	40 %	40 %	15836746
110	NC_002488	GTTTG	2	10	144782	144791	0 %	60 %	40 %	0 %	15836748
111	NC_002488	TGGGA	2	10	145651	145660	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
112	NC_002488	GATGT	2	10	145675	145684	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
113	NC_002488	AGCAC	2	10	146961	146970	40 %	0 %	20 %	40 %	15836749
114	NC_002488	CCGAC	2	10	147241	147250	20 %	0 %	20 %	60 %	15836749
115	NC_002488	GATGT	2	10	147508	147517	20 %	40 %	40 %	0 %	15836749
116	NC_002488	GGTGC	2	10	148180	148189	0 %	20 %	60 %	20 %	15836750
117	NC_002488	GCCAG	2	10	148195	148204	20 %	0 %	40 %	40 %	15836750
118	NC_002488	TGCGT	2	10	149462	149471	0 %	40 %	40 %	20 %	15836752
119	NC_002488	TGGGT	2	10	154336	154345	0 %	40 %	60 %	0 %	Non-Coding
120	NC_002488	GTTGC	2	10	154924	154933	0 %	40 %	40 %	20 %	77747490
121	NC_002488	AGCGC	2	10	155687	155696	20 %	0 %	40 %	40 %	77747490
122	NC_002488	AGCGT	2	10	155815	155824	20 %	20 %	40 %	20 %	77747490
123	NC_002488	CAGCG	2	10	157617	157626	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
124	NC_002488	ATTAT	2	10	158468	158477	40 %	60 %	0 %	0 %	15836760
125	NC_002488	TGGAT	2	10	158902	158911	20 %	40 %	40 %	0 %	15836760
126	NC_002488	CGGAG	2	10	164222	164231	20 %	0 %	60 %	20 %	15836766
127	NC_002488	GAAAA	2	10	164760	164769	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
128	NC_002488	TGTGT	2	10	165568	165577	0 %	60 %	40 %	0 %	15836769
129	NC_002488	TCGAT	2	10	166161	166170	20 %	40 %	20 %	20 %	15836770
130	NC_002488	GAGGT	2	10	170795	170804	20 %	20 %	60 %	0 %	15836774
131	NC_002488	TTGTT	2	10	172140	172149	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
132	NC_002488	TCGTG	2	10	173344	173353	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
133	NC_002488	ACCGT	2	10	175861	175870	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
134	NC_002488	ATCCC	2	10	177335	177344	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
135	NC_002488	GCATC	2	10	177664	177673	20 %	20 %	20 %	40 %	15836775
136	NC_002488	GCTTG	2	10	180726	180735	0 %	40 %	40 %	20 %	77747492
137	NC_002488	TTACA	2	10	181677	181686	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
138	NC_002488	AACTG	2	10	182875	182884	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
139	NC_002488	AATAG	2	10	183081	183090	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
140	NC_002488	CGCGT	2	10	184304	184313	0 %	20 %	40 %	40 %	15836779
141	NC_002488	GAGTG	2	10	185420	185429	20 %	20 %	60 %	0 %	15836780
142	NC_002488	TTGCC	2	10	187499	187508	0 %	40 %	20 %	40 %	15836782
143	NC_002488	GTGCT	2	10	189349	189358	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
144	NC_002488	GCAAC	2	10	189984	189993	40 %	0 %	20 %	40 %	15836785
145	NC_002488	GACTG	2	10	191953	191962	20 %	20 %	40 %	20 %	161378178
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149	NC_002488	TGCAT	2	10	196938	196947	20 %	40 %	20 %	20 %	77747493
150	NC_002488	CGCGC	2	10	198281	198290	0 %	0 %	40 %	60 %	15836794
151	NC_002488	GGCTT	2	10	199216	199225	0 %	40 %	40 %	20 %	15836794
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153	NC_002488	GCATC	2	10	202662	202671	20 %	20 %	20 %	40 %	15836797
154	NC_002488	AACAA	2	10	202935	202944	80 %	0 %	0 %	20 %	15836797
155	NC_002488	GATGT	2	10	204084	204093	20 %	40 %	40 %	0 %	15836800
156	NC_002488	GTGCC	2	10	204350	204359	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
157	NC_002488	GTGGC	2	10	204963	204972	0 %	20 %	60 %	20 %	15836801
158	NC_002488	GTGTT	2	10	205462	205471	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
159	NC_002488	ACCGA	2	10	205582	205591	40 %	0 %	20 %	40 %	15836802
160	NC_002488	GTTGG	2	10	205880	205889	0 %	40 %	60 %	0 %	15836802
161	NC_002488	TGTCG	2	10	208086	208095	0 %	40 %	40 %	20 %	15836806
162	NC_002488	GTTGC	2	10	208284	208293	0 %	40 %	40 %	20 %	15836806
163	NC_002488	CGATG	2	10	208564	208573	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
164	NC_002488	GGTTG	2	10	208902	208911	0 %	40 %	60 %	0 %	15836807
165	NC_002488	TGCGC	2	10	208995	209004	0 %	20 %	40 %	40 %	15836807
166	NC_002488	GGCGT	2	10	212081	212090	0 %	20 %	60 %	20 %	77747494
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172	NC_002488	CGATT	2	10	219164	219173	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
173	NC_002488	ATGGC	2	10	220624	220633	20 %	20 %	40 %	20 %	15836817
174	NC_002488	GAAGG	2	10	222995	223004	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
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176	NC_002488	TGACA	2	10	226418	226427	40 %	20 %	20 %	20 %	15836825
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180	NC_002488	TGTCG	2	10	231210	231219	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
181	NC_002488	GCCAG	2	10	231476	231485	20 %	0 %	40 %	40 %	161378177
182	NC_002488	CGTGG	2	10	232122	232131	0 %	20 %	60 %	20 %	161378177
183	NC_002488	GCGTG	2	10	234184	234193	0 %	20 %	60 %	20 %	15836830
184	NC_002488	GCGGT	2	10	236310	236319	0 %	20 %	60 %	20 %	15836832
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194	NC_002488	GCTCA	2	10	243322	243331	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
195	NC_002488	ATTGT	2	10	245190	245199	20 %	60 %	20 %	0 %	15836839
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197	NC_002488	CGAAT	2	10	252015	252024	40 %	20 %	20 %	20 %	15836844
198	NC_002488	TACTC	2	10	253117	253126	20 %	40 %	0 %	40 %	15836845
199	NC_002488	TGCAT	2	10	254736	254745	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
200	NC_002488	GGCAT	2	10	254783	254792	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
201	NC_002488	ACTTG	2	10	254811	254820	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
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234	NC_002488	CATTA	2	10	298285	298294	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
235	NC_002488	AGAGA	2	10	299504	299513	60 %	0 %	40 %	0 %	15836892
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242	NC_002488	GTGAG	2	10	309946	309955	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
243	NC_002488	TGGTC	2	10	311038	311047	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
244	NC_002488	GCCAG	2	10	312130	312139	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
245	NC_002488	TGCTG	2	10	315384	315393	0 %	40 %	40 %	20 %	15836901
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248	NC_002488	AAAGG	2	10	317330	317339	60 %	0 %	40 %	0 %	15836905
249	NC_002488	TGTGA	2	10	317734	317743	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
250	NC_002488	ACGTA	2	10	319047	319056	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
251	NC_002488	ATTCA	2	10	319458	319467	40 %	40 %	0 %	20 %	15836908
252	NC_002488	TTTGG	2	10	319787	319796	0 %	60 %	40 %	0 %	15836909
253	NC_002488	ATTTG	2	10	320707	320716	20 %	60 %	20 %	0 %	15836910
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262	NC_002488	ATGCA	2	10	331681	331690	40 %	20 %	20 %	20 %	15836920
263	NC_002488	TTGAT	2	10	332539	332548	20 %	60 %	20 %	0 %	15836920
264	NC_002488	GTGTT	2	10	332792	332801	0 %	60 %	40 %	0 %	15836921
265	NC_002488	TTGTT	2	10	333365	333374	0 %	80 %	20 %	0 %	15836921
266	NC_002488	CGGTG	2	10	334174	334183	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
267	NC_002488	GCGAG	2	10	335390	335399	20 %	0 %	60 %	20 %	15836922
268	NC_002488	CGGCG	2	10	337015	337024	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
269	NC_002488	GGTTG	2	10	337139	337148	0 %	40 %	60 %	0 %	15836924
270	NC_002488	TGTGT	2	10	338240	338249	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
271	NC_002488	CTGGG	2	10	342354	342363	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
272	NC_002488	TGCAC	2	10	342710	342719	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
273	NC_002488	TCAGT	2	10	348333	348342	20 %	40 %	20 %	20 %	15836941
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354	NC_002488	TCGCC	2	10	433836	433845	0 %	20 %	20 %	60 %	15837025
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389	NC_002488	ATTCA	2	10	466217	466226	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
390	NC_002488	TAAGC	2	10	466399	466408	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
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407	NC_002488	CTTTG	2	10	491407	491416	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
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