MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Non-Coding Repeats of Xylella fastidiosa 9a5c chromosome

Total Repeats: 414

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_002488	AATTT	2	10	4398	4407	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
2	NC_002488	TGTGC	11	55	19731	19785	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
3	NC_002488	AGATC	2	10	23583	23592	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
4	NC_002488	GTGCT	2	10	31042	31051	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
5	NC_002488	TGAGG	2	10	35661	35670	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
6	NC_002488	GTGTC	2	10	43711	43720	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
7	NC_002488	GATCC	2	10	43897	43906	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
8	NC_002488	CAAAA	2	10	52162	52171	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
9	NC_002488	TGTGT	2	10	54779	54788	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
10	NC_002488	TGCTT	2	10	54793	54802	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
11	NC_002488	TCATT	2	10	55131	55140	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
12	NC_002488	AAATT	2	10	60698	60707	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
13	NC_002488	GTGTT	2	10	64046	64055	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
14	NC_002488	TTAGA	2	10	64596	64605	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
15	NC_002488	AATTG	2	10	65818	65827	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
16	NC_002488	TTGTT	2	10	66424	66433	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
17	NC_002488	TCGTG	2	10	67628	67637	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
18	NC_002488	ACCGT	2	10	70145	70154	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
19	NC_002488	ATCCC	2	10	71619	71628	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
20	NC_002488	AACCA	2	10	76690	76699	60 %	0 %	0 %	40 %	Non-Coding
21	NC_002488	TTTAA	2	10	79659	79668	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
22	NC_002488	GCAGG	2	10	84330	84339	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
23	NC_002488	TGAAC	2	10	86948	86957	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
24	NC_002488	TTCCT	2	10	91951	91960	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
25	NC_002488	TAGGA	2	10	108564	108573	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
26	NC_002488	GCGGA	2	10	108598	108607	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
27	NC_002488	TGCTG	2	10	118457	118466	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
28	NC_002488	CGTGT	2	10	120545	120554	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
29	NC_002488	ATCTA	2	10	124618	124627	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
30	NC_002488	GTTGT	2	10	140807	140816	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
31	NC_002488	TGGGA	2	10	145651	145660	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
32	NC_002488	GATGT	2	10	145675	145684	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
33	NC_002488	TGGGT	2	10	154336	154345	0 %	40 %	60 %	0 %	Non-Coding
34	NC_002488	CAGCG	2	10	157617	157626	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
35	NC_002488	GAAAA	2	10	164760	164769	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
36	NC_002488	TTGTT	2	10	172140	172149	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
37	NC_002488	TCGTG	2	10	173344	173353	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
38	NC_002488	ACCGT	2	10	175861	175870	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
39	NC_002488	ATCCC	2	10	177335	177344	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
40	NC_002488	TTACA	2	10	181677	181686	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
41	NC_002488	AACTG	2	10	182875	182884	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
42	NC_002488	AATAG	2	10	183081	183090	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
43	NC_002488	GTGCT	2	10	189349	189358	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
44	NC_002488	GTGCC	2	10	204350	204359	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
45	NC_002488	GTGTT	2	10	205462	205471	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
46	NC_002488	CGATG	2	10	208564	208573	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
47	NC_002488	CGATT	2	10	219164	219173	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
48	NC_002488	GAAGG	2	10	222995	223004	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
49	NC_002488	TTGGT	2	10	231090	231099	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
50	NC_002488	TGTCG	2	10	231210	231219	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
51	NC_002488	TTAGT	2	10	243302	243311	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
52	NC_002488	GCTCA	2	10	243322	243331	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
53	NC_002488	TGCAT	2	10	254736	254745	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
54	NC_002488	GGCAT	2	10	254783	254792	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
55	NC_002488	ACTTG	2	10	254811	254820	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
56	NC_002488	GCTCA	2	10	262520	262529	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
57	NC_002488	AATTT	2	10	274524	274533	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
58	NC_002488	ATTTT	2	10	277557	277566	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
59	NC_002488	CTCCA	2	10	296994	297003	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
60	NC_002488	CATTA	2	10	298285	298294	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
61	NC_002488	CCGTG	2	10	309034	309043	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
62	NC_002488	GTGAG	2	10	309946	309955	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
63	NC_002488	TGGTC	2	10	311038	311047	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
64	NC_002488	GCCAG	2	10	312130	312139	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
65	NC_002488	CGATG	2	10	315633	315642	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
66	NC_002488	TGTGG	2	10	316563	316572	0 %	40 %	60 %	0 %	Non-Coding
67	NC_002488	TGTGA	2	10	317734	317743	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
68	NC_002488	ACGTA	2	10	319047	319056	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
69	NC_002488	CGGTG	2	10	334174	334183	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
70	NC_002488	CGGCG	2	10	337015	337024	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
71	NC_002488	TGTGT	2	10	338240	338249	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
72	NC_002488	CTGGG	2	10	342354	342363	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
73	NC_002488	TGCAC	2	10	342710	342719	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
74	NC_002488	AGCTG	2	10	353981	353990	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
75	NC_002488	CAGCT	2	10	373077	373086	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
76	NC_002488	TTGAA	2	10	383878	383887	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
77	NC_002488	TTTCA	2	10	384598	384607	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
78	NC_002488	TGTGA	2	10	387448	387457	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
79	NC_002488	TTTGT	2	10	389832	389841	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
80	NC_002488	TGTAT	2	10	393973	393982	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
81	NC_002488	CGGGT	2	10	398346	398355	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
82	NC_002488	TGGGT	2	10	403845	403854	0 %	40 %	60 %	0 %	Non-Coding
83	NC_002488	CAGTA	2	10	404241	404250	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
84	NC_002488	GTGCT	2	10	405924	405933	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
85	NC_002488	GGATA	2	10	406660	406669	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
86	NC_002488	AGGTG	22	110	407890	407999	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
87	NC_002488	TTAGT	2	10	408046	408055	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
88	NC_002488	AGCCA	2	10	416883	416892	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
89	NC_002488	TGTTT	2	10	422446	422455	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
90	NC_002488	ATTTC	2	10	439131	439140	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
91	NC_002488	GCTTG	2	10	451281	451290	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
92	NC_002488	TTCGT	2	10	455990	455999	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
93	NC_002488	TACTT	2	10	456998	457007	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
94	NC_002488	TGGTT	2	10	457655	457664	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
95	NC_002488	TGCAA	2	10	463693	463702	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
96	NC_002488	TGTGT	2	10	465243	465252	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
97	NC_002488	GATGC	2	10	465798	465807	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
98	NC_002488	ATTCA	2	10	466217	466226	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
99	NC_002488	TAAGC	2	10	466399	466408	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
100	NC_002488	TGCTG	2	10	473273	473282	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
101	NC_002488	CTGTA	2	10	478993	479002	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
102	NC_002488	CTTTG	2	10	491407	491416	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
103	NC_002488	CACCT	2	10	524147	524156	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
104	NC_002488	AAATT	2	10	525270	525279	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
105	NC_002488	CAGAT	2	10	526591	526600	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
106	NC_002488	TATTG	2	10	527603	527612	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
107	NC_002488	TTTAA	2	10	541139	541148	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
108	NC_002488	GGCAG	2	10	546584	546593	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
109	NC_002488	GTGAT	2	10	546687	546696	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
110	NC_002488	GTGTC	2	10	553011	553020	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
111	NC_002488	TGTGA	2	10	557358	557367	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
112	NC_002488	AGGGT	2	10	580599	580608	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
113	NC_002488	TTTTG	2	10	580895	580904	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
114	NC_002488	GGCTT	2	10	596377	596386	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
115	NC_002488	AGTTT	2	10	601772	601781	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
116	NC_002488	TTTTG	2	10	607061	607070	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
117	NC_002488	GTCTT	2	10	620506	620515	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
118	NC_002488	ATGGC	2	10	645085	645094	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
119	NC_002488	CTCGG	2	10	663209	663218	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
120	NC_002488	GCCGC	2	10	682663	682672	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
121	NC_002488	ATTGC	2	10	691339	691348	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
122	NC_002488	GATTT	2	10	693416	693425	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
123	NC_002488	CAATG	2	10	699635	699644	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
124	NC_002488	GTTCA	2	10	702146	702155	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
125	NC_002488	TGGCG	2	10	702243	702252	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
126	NC_002488	GGTGT	2	10	703140	703149	0 %	40 %	60 %	0 %	Non-Coding
127	NC_002488	TGAGT	2	10	717158	717167	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
128	NC_002488	GATCT	2	10	725237	725246	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
129	NC_002488	TGTGC	2	10	728012	728021	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
130	NC_002488	CAGGG	2	10	728432	728441	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
131	NC_002488	GGTTC	2	10	731954	731963	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
132	NC_002488	GCACT	2	10	739645	739654	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
133	NC_002488	GTGCG	2	10	757985	757994	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
134	NC_002488	ATTGT	2	10	764810	764819	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
135	NC_002488	GTAGG	2	10	779738	779747	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
136	NC_002488	CATCG	2	10	787002	787011	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
137	NC_002488	TCCGC	2	10	826866	826875	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
138	NC_002488	GAAGC	2	10	831199	831208	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
139	NC_002488	CTTTG	2	10	832216	832225	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
140	NC_002488	GTAGG	2	10	866798	866807	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
141	NC_002488	GCTGT	2	10	874985	874994	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
142	NC_002488	GGTGT	2	10	875972	875981	0 %	40 %	60 %	0 %	Non-Coding
143	NC_002488	GCATA	2	10	884195	884204	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
144	NC_002488	GTGTG	2	10	887126	887135	0 %	40 %	60 %	0 %	Non-Coding
145	NC_002488	CATTA	2	10	887302	887311	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
146	NC_002488	TCGGG	2	10	895478	895487	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
147	NC_002488	GGTGC	2	10	910848	910857	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
148	NC_002488	CGTCA	2	10	916913	916922	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
149	NC_002488	AGGTG	2	10	921146	921155	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
150	NC_002488	ATTAA	2	10	923682	923691	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
151	NC_002488	TCTCT	2	10	928581	928590	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
152	NC_002488	TGCTG	2	10	937210	937219	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
153	NC_002488	TAGCG	2	10	965063	965072	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
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156	NC_002488	GCTTT	2	10	979958	979967	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
157	NC_002488	AGGTG	2	10	984894	984903	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
158	NC_002488	TGTGT	2	10	987722	987731	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
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162	NC_002488	CAAAA	2	10	1017795	1017804	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
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165	NC_002488	ATGTC	2	10	1024709	1024718	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
166	NC_002488	GGTTC	2	10	1025995	1026004	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
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171	NC_002488	AGTCA	2	10	1081612	1081621	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
172	NC_002488	TGTTT	2	10	1081889	1081898	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
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174	NC_002488	GGTGT	2	10	1094944	1094953	0 %	40 %	60 %	0 %	Non-Coding
175	NC_002488	TGTTT	2	10	1099853	1099862	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
176	NC_002488	TGGCC	2	10	1108280	1108289	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
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183	NC_002488	TCCGC	2	10	1143012	1143021	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
184	NC_002488	TGCAA	2	10	1153397	1153406	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
185	NC_002488	TGTGT	2	10	1155139	1155148	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
186	NC_002488	ATCTT	2	10	1166351	1166360	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
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191	NC_002488	TATTT	2	10	1173504	1173513	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
192	NC_002488	GCCAT	2	10	1178888	1178897	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
193	NC_002488	GATCT	2	10	1178929	1178938	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
194	NC_002488	TGCGG	2	10	1182361	1182370	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
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198	NC_002488	GGTGC	2	10	1197167	1197176	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
199	NC_002488	CAGTG	2	10	1202742	1202751	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
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250	NC_002488	TTGCA	2	10	1545647	1545656	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
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262	NC_002488	TTGGA	2	10	1638576	1638585	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
263	NC_002488	GCAAG	2	10	1646449	1646458	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
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270	NC_002488	TCGCG	2	10	1681888	1681897	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
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272	NC_002488	GTGGC	2	10	1694063	1694072	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
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276	NC_002488	CGGTT	2	10	1707739	1707748	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
277	NC_002488	ATCGG	2	10	1716223	1716232	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
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279	NC_002488	AATGG	2	10	1717096	1717105	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
280	NC_002488	GTACC	2	10	1719006	1719015	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
281	NC_002488	CCCAC	2	10	1719598	1719607	20 %	0 %	0 %	80 %	Non-Coding
282	NC_002488	GCATT	2	10	1725918	1725927	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
283	NC_002488	GATGC	2	10	1726492	1726501	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
284	NC_002488	CATTT	2	10	1732290	1732299	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
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412	NC_002488	AATGA	2	10	2657234	2657243	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
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414	NC_002488	CGGGG	2	10	2660538	2660547	0 %	0 %	80 %	20 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.