MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tri-nucleotide Repeats of Chlamydia muridarum Nigg plasmid pMoPn

Total Repeats: 88

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_002182	TGG	2	6	9	14	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
2	NC_002182	GCT	2	6	359	364	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	10957569
3	NC_002182	AAG	2	6	497	502	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	10957569
4	NC_002182	GGA	2	6	616	621	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	10957569
5	NC_002182	TGA	2	6	711	716	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	10957569
6	NC_002182	TGG	2	6	736	741	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	10957569
7	NC_002182	CAA	2	6	786	791	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	10957569
8	NC_002182	AGT	2	6	796	801	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	10957569
9	NC_002182	AGC	2	6	817	822	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	10957569
10	NC_002182	GAA	2	6	911	916	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	10957569
11	NC_002182	TCT	2	6	1078	1083	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	10957568
12	NC_002182	TCT	2	6	1095	1100	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	10957568
13	NC_002182	ATG	2	6	1158	1163	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	10957568
14	NC_002182	CCA	2	6	1294	1299	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	10957568
15	NC_002182	TAA	2	6	1387	1392	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	10957568
16	NC_002182	TTG	2	6	1442	1447	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	10957568
17	NC_002182	AGA	2	6	1484	1489	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	10957568
18	NC_002182	CCT	2	6	1497	1502	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	10957568
19	NC_002182	GCA	2	6	1504	1509	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	10957568
20	NC_002182	TGC	2	6	2028	2033	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	10957568
21	NC_002182	AAT	2	6	2103	2108	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
22	NC_002182	AAG	2	6	2372	2377	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	10957567
23	NC_002182	ATG	2	6	2422	2427	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	10957567
24	NC_002182	GAA	2	6	2499	2504	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	10957567
25	NC_002182	GGC	2	6	2714	2719	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	10957567
26	NC_002182	AAT	2	6	2730	2735	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	10957567
27	NC_002182	ACG	2	6	2891	2896	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	10957567
28	NC_002182	ATT	2	6	2949	2954	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	10957567
29	NC_002182	GAA	2	6	3006	3011	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	10957567
30	NC_002182	GAA	2	6	3027	3032	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	10957567
31	NC_002182	GAT	2	6	3129	3134	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	10957567
32	NC_002182	TTA	2	6	3169	3174	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	10957567
33	NC_002182	TCA	2	6	3376	3381	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	10957567
34	NC_002182	AGA	2	6	3569	3574	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
35	NC_002182	TAG	2	6	3621	3626	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
36	NC_002182	GCT	2	6	3671	3676	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
37	NC_002182	TAT	2	6	3729	3734	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
38	NC_002182	AAT	2	6	3944	3949	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
39	NC_002182	TAT	2	6	3988	3993	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
40	NC_002182	TGA	2	6	4024	4029	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
41	NC_002182	GAA	2	6	4505	4510	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
42	NC_002182	CAA	2	6	4724	4729	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	10957573
43	NC_002182	ATA	2	6	4730	4735	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	10957573
44	NC_002182	GCA	2	6	4760	4765	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	10957573
45	NC_002182	TTG	2	6	4976	4981	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	10957573
46	NC_002182	AAC	2	6	5050	5055	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	10957573
47	NC_002182	AGG	2	6	5062	5067	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	10957573
48	NC_002182	AAG	2	6	5181	5186	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	10957573
49	NC_002182	TTC	2	6	5221	5226	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	10957573
50	NC_002182	AGG	2	6	5305	5310	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	10957573
51	NC_002182	AAT	2	6	5425	5430	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	10957573
52	NC_002182	AGA	2	6	5463	5468	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
53	NC_002182	GTT	2	6	5488	5493	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
54	NC_002182	TTA	2	6	5525	5530	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	10957572
55	NC_002182	ACA	2	6	5664	5669	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	10957572
56	NC_002182	ATT	2	6	5688	5693	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	10957572
57	NC_002182	ACA	2	6	5876	5881	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	10957571
58	NC_002182	AAT	2	6	6046	6051	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	10957571
59	NC_002182	CAT	2	6	6090	6095	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	10957571
60	NC_002182	AGC	2	6	6140	6145	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	10957571
61	NC_002182	ATG	2	6	6186	6191	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	10957571
62	NC_002182	TAG	2	6	6198	6203	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	10957571
63	NC_002182	TGG	2	6	6220	6225	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	10957571
64	NC_002182	AAG	2	6	6234	6239	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	10957571
65	NC_002182	GAA	2	6	6347	6352	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	10957571
66	NC_002182	CAA	2	6	6453	6458	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	10957571
67	NC_002182	CTT	2	6	6491	6496	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	10957571
68	NC_002182	TTC	2	6	6702	6707	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	10957570
69	NC_002182	CTT	2	6	6725	6730	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	10957570
70	NC_002182	GGA	2	6	6738	6743	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	10957570
71	NC_002182	GAA	2	6	6796	6801	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	10957570
72	NC_002182	AAG	2	6	6809	6814	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	10957570
73	NC_002182	ACA	2	6	6864	6869	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	10957570
74	NC_002182	CTT	2	6	6877	6882	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	10957570
75	NC_002182	GTT	2	6	6923	6928	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	10957570
76	NC_002182	CAA	2	6	6935	6940	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	10957570
77	NC_002182	ATC	2	6	6978	6983	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	10957570
78	NC_002182	TTA	2	6	7002	7007	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	10957570
79	NC_002182	GCT	2	6	7087	7092	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	10957570
80	NC_002182	CTT	2	6	7180	7185	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	10957570
81	NC_002182	TCT	2	6	7257	7262	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	10957570
82	NC_002182	GCA	2	6	7326	7331	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	10957570
83	NC_002182	GTT	2	6	7332	7337	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	10957570
84	NC_002182	CCG	2	6	7364	7369	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
85	NC_002182	TAT	2	6	7390	7395	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
86	NC_002182	TGG	2	6	7444	7449	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
87	NC_002182	TGG	2	6	7466	7471	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
88	NC_002182	TGG	2	6	7488	7493	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.