MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Non-Coding Repeats of Chlamydophila pneumoniae AR39

Total Repeats: 139

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_002179	TTTGT	2	10	28041	28050	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
2	NC_002179	GAAAA	2	10	56834	56843	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
3	NC_002179	TGATG	2	10	60075	60084	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
4	NC_002179	TTTGA	2	10	73129	73138	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
5	NC_002179	AATAG	2	10	80145	80154	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
6	NC_002179	TTAAT	2	10	80205	80214	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
7	NC_002179	GAGAG	2	10	86363	86372	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
8	NC_002179	CTTTT	2	10	111167	111176	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
9	NC_002179	TAAAA	2	10	128094	128103	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
10	NC_002179	GTTAT	2	10	132895	132904	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
11	NC_002179	AAATT	2	10	142657	142666	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
12	NC_002179	ATAAA	2	10	164176	164185	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
13	NC_002179	TTAAA	2	10	173313	173322	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
14	NC_002179	GAAAA	2	10	194832	194841	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
15	NC_002179	TGTCT	2	10	194873	194882	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
16	NC_002179	ATTAA	2	10	195847	195856	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
17	NC_002179	TGATT	2	10	197889	197898	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
18	NC_002179	CAATC	2	10	200505	200514	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
19	NC_002179	TTTAG	2	10	203790	203799	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
20	NC_002179	TTTTA	2	10	223777	223786	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
21	NC_002179	TTGCT	2	10	226818	226827	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
22	NC_002179	TACTC	2	10	226847	226856	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
23	NC_002179	GATAG	2	10	247145	247154	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
24	NC_002179	TTTAG	2	10	261015	261024	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
25	NC_002179	CTTAA	2	10	261083	261092	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
26	NC_002179	TTGTG	2	10	270452	270461	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
27	NC_002179	TTTAT	2	10	273831	273840	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
28	NC_002179	TTTAA	2	10	275682	275691	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
29	NC_002179	TTCTT	2	10	281466	281475	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
30	NC_002179	TGGTA	2	10	283147	283156	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
31	NC_002179	TTTAT	2	10	289963	289972	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
32	NC_002179	ATTTT	2	10	291827	291836	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
33	NC_002179	AAATT	2	10	293623	293632	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
34	NC_002179	TTTTA	2	10	302131	302140	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
35	NC_002179	AAGAC	2	10	307960	307969	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
36	NC_002179	AAAGT	2	10	308330	308339	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
37	NC_002179	AGGAT	2	10	317529	317538	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
38	NC_002179	GAGAG	2	10	322145	322154	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
39	NC_002179	TAAAA	2	10	330359	330368	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
40	NC_002179	AAGGG	2	10	336592	336601	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
41	NC_002179	AAATT	2	10	346831	346840	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
42	NC_002179	TTATG	2	10	376404	376413	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
43	NC_002179	AAGAA	2	10	392074	392083	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
44	NC_002179	TTTAG	2	10	395467	395476	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
45	NC_002179	TTTTA	2	10	408699	408708	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
46	NC_002179	GGAAA	2	10	420190	420199	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
47	NC_002179	TTAAT	2	10	429251	429260	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
48	NC_002179	ATTTG	2	10	429408	429417	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
49	NC_002179	TAAAA	2	10	431335	431344	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
50	NC_002179	TCTTT	2	10	434470	434479	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
51	NC_002179	AGATG	2	10	439335	439344	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
52	NC_002179	ATTTT	2	10	462080	462089	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
53	NC_002179	TAATT	2	10	466230	466239	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
54	NC_002179	GTTTT	2	10	500499	500508	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
55	NC_002179	TTTCT	2	10	515496	515505	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
56	NC_002179	TCTTT	2	10	523697	523706	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
57	NC_002179	TTAAG	2	10	526285	526294	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
58	NC_002179	TTTTG	2	10	542347	542356	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
59	NC_002179	ATTTT	2	10	547155	547164	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
60	NC_002179	GCCAA	2	10	548616	548625	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
61	NC_002179	GATTG	2	10	553421	553430	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
62	NC_002179	GAATT	2	10	553503	553512	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
63	NC_002179	CTTTT	2	10	558766	558775	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
64	NC_002179	AAAAG	2	10	560579	560588	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
65	NC_002179	TTTAT	2	10	563400	563409	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
66	NC_002179	CTTAG	2	10	572120	572129	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
67	NC_002179	GTTTT	2	10	573167	573176	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
68	NC_002179	CTAAT	2	10	579637	579646	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
69	NC_002179	ATAAA	2	10	579652	579661	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
70	NC_002179	AGATC	2	10	583387	583396	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
71	NC_002179	ATCAA	2	10	583554	583563	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
72	NC_002179	AAAAT	2	10	588443	588452	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
73	NC_002179	GCATG	2	10	590499	590508	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
74	NC_002179	TTAAA	2	10	600441	600450	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
75	NC_002179	AAAAG	2	10	618604	618613	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
76	NC_002179	ATCAT	2	10	630168	630177	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
77	NC_002179	TTCTA	2	10	631324	631333	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
78	NC_002179	ACGAA	2	10	631637	631646	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
79	NC_002179	CAAAG	2	10	634867	634876	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
80	NC_002179	ATCTA	2	10	640339	640348	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
81	NC_002179	AAGAA	2	10	663565	663574	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
82	NC_002179	TCAAA	2	10	667153	667162	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
83	NC_002179	CTCCC	2	10	682513	682522	0 %	20 %	0 %	80 %	Non-Coding
84	NC_002179	CTCTA	2	10	687432	687441	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
85	NC_002179	GAAAA	2	10	746986	746995	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
86	NC_002179	AGAAA	2	10	746996	747005	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
87	NC_002179	TTTTC	2	10	747017	747026	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
88	NC_002179	AGCTA	2	10	750143	750152	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
89	NC_002179	ATTAA	2	10	756223	756232	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
90	NC_002179	TAGAT	2	10	763187	763196	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
91	NC_002179	TACTC	2	10	768285	768294	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
92	NC_002179	AAAAT	2	10	768433	768442	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
93	NC_002179	ACCTC	2	10	811128	811137	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
94	NC_002179	AGTGG	2	10	813549	813558	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
95	NC_002179	ATATT	2	10	813630	813639	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
96	NC_002179	AGACA	2	10	813675	813684	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
97	NC_002179	ATAGC	2	10	814008	814017	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
98	NC_002179	CGAGA	2	10	818335	818344	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
99	NC_002179	TTAAA	2	10	845644	845653	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
100	NC_002179	CAAAA	2	10	860037	860046	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
101	NC_002179	TTATT	2	10	872539	872548	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
102	NC_002179	ATTTT	2	10	914821	914830	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
103	NC_002179	GAAAA	2	10	931597	931606	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
104	NC_002179	TTTTC	2	10	944421	944430	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
105	NC_002179	AATTA	2	10	974816	974825	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
106	NC_002179	TAAAA	2	10	981961	981970	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
107	NC_002179	TTATT	2	10	988037	988046	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
108	NC_002179	TAATT	2	10	988313	988322	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
109	NC_002179	ATAAA	2	10	995445	995454	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
110	NC_002179	TTTAA	2	10	1000908	1000917	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
111	NC_002179	TACGC	2	10	1001024	1001033	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
112	NC_002179	AACAT	2	10	1008003	1008012	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
113	NC_002179	AAAGA	2	10	1008911	1008920	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
114	NC_002179	TATAA	2	10	1010245	1010254	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
115	NC_002179	ATCCC	2	10	1011552	1011561	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
116	NC_002179	AATTT	2	10	1031027	1031036	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
117	NC_002179	TAACT	2	10	1068400	1068409	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
118	NC_002179	TTCAG	2	10	1068844	1068853	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
119	NC_002179	ACATA	2	10	1069139	1069148	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
120	NC_002179	CTTTC	2	10	1070218	1070227	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
121	NC_002179	CTTCC	2	10	1077300	1077309	0 %	40 %	0 %	60 %	Non-Coding
122	NC_002179	TTTCA	2	10	1092528	1092537	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
123	NC_002179	TTCTT	2	10	1109761	1109770	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
124	NC_002179	ATACG	2	10	1116202	1116211	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
125	NC_002179	AGACA	2	10	1132671	1132680	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
126	NC_002179	AGACA	2	10	1132872	1132881	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
127	NC_002179	TTTTC	2	10	1133206	1133215	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
128	NC_002179	GTAGA	2	10	1133246	1133255	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
129	NC_002179	TTATA	2	10	1133911	1133920	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
130	NC_002179	TGCTG	2	10	1135154	1135163	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
131	NC_002179	AAATT	2	10	1149399	1149408	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
132	NC_002179	AATTT	2	10	1149434	1149443	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
133	NC_002179	ATTTT	2	10	1152454	1152463	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
134	NC_002179	AAAGA	2	10	1164825	1164834	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
135	NC_002179	ATTAA	2	10	1203574	1203583	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
136	NC_002179	CTTTC	2	10	1219958	1219967	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
137	NC_002179	TCTTG	2	10	1220017	1220026	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
138	NC_002179	CTTTA	2	10	1222903	1222912	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
139	NC_002179	GTGTT	2	10	1224844	1224853	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.