MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tetra-nucleotide Non-Coding Repeats of Chlamydophila pneumoniae AR39

Total Repeats: 393

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_002179	TTCA	2	8	2667	2674	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
2	NC_002179	AATC	2	8	5503	5510	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
3	NC_002179	ATCT	2	8	15678	15685	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
4	NC_002179	TGTT	2	8	21626	21633	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
5	NC_002179	CTTT	2	8	21650	21657	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
6	NC_002179	ATTA	2	8	23030	23037	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
7	NC_002179	AATA	2	8	25148	25155	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
8	NC_002179	TGAT	2	8	25251	25258	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
9	NC_002179	TTCT	2	8	25295	25302	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
10	NC_002179	ATAA	2	8	28011	28018	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
11	NC_002179	TTAA	2	8	28168	28175	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
12	NC_002179	TAAT	2	8	34642	34649	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
13	NC_002179	AAAT	2	8	34666	34673	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
14	NC_002179	CTTT	2	8	35681	35688	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
15	NC_002179	GAAA	2	8	35732	35739	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
16	NC_002179	ATCC	2	8	40103	40110	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
17	NC_002179	GCCT	2	8	40233	40240	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
18	NC_002179	ATTA	2	8	44821	44828	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
19	NC_002179	AAAG	2	8	59895	59902	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
20	NC_002179	TTTA	2	8	61396	61403	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
21	NC_002179	TTCT	2	8	66513	66520	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
22	NC_002179	AATT	2	8	80173	80180	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
23	NC_002179	AATT	2	8	81094	81101	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
24	NC_002179	ATTA	2	8	81137	81144	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
25	NC_002179	AAAT	2	8	81159	81166	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
26	NC_002179	AAAT	2	8	83591	83598	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
27	NC_002179	CTAT	2	8	83654	83661	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
28	NC_002179	TTAC	2	8	87860	87867	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
29	NC_002179	TTAA	2	8	96730	96737	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
30	NC_002179	CAAA	2	8	103701	103708	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
31	NC_002179	GAAA	2	8	104526	104533	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
32	NC_002179	TTTC	2	8	104543	104550	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
33	NC_002179	TAGA	2	8	116103	116110	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
34	NC_002179	ATGA	2	8	125795	125802	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
35	NC_002179	TTTA	2	8	128108	128115	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
36	NC_002179	CCTT	2	8	133022	133029	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
37	NC_002179	ATAA	2	8	133130	133137	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
38	NC_002179	AAAG	2	8	133289	133296	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
39	NC_002179	TTGT	2	8	133363	133370	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
40	NC_002179	TAGG	2	8	141579	141586	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
41	NC_002179	TATT	2	8	142578	142585	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
42	NC_002179	ATTT	2	8	142611	142618	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
43	NC_002179	ACAA	2	8	149224	149231	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
44	NC_002179	AGAA	2	8	165627	165634	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
45	NC_002179	AGAA	2	8	174273	174280	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
46	NC_002179	GTAT	2	8	174423	174430	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
47	NC_002179	ACCT	2	8	174768	174775	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
48	NC_002179	GTAC	2	8	174983	174990	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
49	NC_002179	AAAT	2	8	179240	179247	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
50	NC_002179	ATTA	2	8	179261	179268	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
51	NC_002179	CATT	2	8	185773	185780	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
52	NC_002179	AAAC	2	8	185835	185842	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
53	NC_002179	AATG	2	8	193362	193369	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
54	NC_002179	CTAT	2	8	193395	193402	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
55	NC_002179	ATAA	2	8	193449	193456	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
56	NC_002179	AATT	2	8	198600	198607	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
57	NC_002179	ATTT	2	8	200563	200570	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
58	NC_002179	TAAT	2	8	200608	200615	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
59	NC_002179	TTTC	2	8	209946	209953	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
60	NC_002179	GATA	2	8	219923	219930	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
61	NC_002179	AAAT	2	8	222930	222937	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
62	NC_002179	ATTA	2	8	229146	229153	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
63	NC_002179	AAAT	2	8	234134	234141	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
64	NC_002179	CTTA	2	8	235066	235073	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
65	NC_002179	AAGG	2	8	237605	237612	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
66	NC_002179	TTGA	2	8	237691	237698	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
67	NC_002179	TCTT	2	8	241818	241825	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
68	NC_002179	TATT	2	8	241831	241838	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
69	NC_002179	TATT	2	8	241864	241871	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
70	NC_002179	AAAC	2	8	251263	251270	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
71	NC_002179	ATAA	2	8	251612	251619	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
72	NC_002179	TGAA	2	8	259164	259171	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
73	NC_002179	TGAT	2	8	260938	260945	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
74	NC_002179	TTTA	2	8	261137	261144	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
75	NC_002179	AAAT	2	8	266974	266981	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
76	NC_002179	GACT	2	8	273543	273550	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
77	NC_002179	GCTT	2	8	273789	273796	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
78	NC_002179	TATT	2	8	279775	279782	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
79	NC_002179	GAAC	2	8	280701	280708	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
80	NC_002179	GATC	2	8	281047	281054	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
81	NC_002179	AAAG	2	8	281124	281131	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
82	NC_002179	AAAG	2	8	281537	281544	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
83	NC_002179	CGAT	2	8	281558	281565	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
84	NC_002179	TATT	2	8	281714	281721	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
85	NC_002179	GTTT	2	8	281962	281969	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
86	NC_002179	GATA	2	8	283010	283017	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
87	NC_002179	GACT	2	8	283102	283109	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
88	NC_002179	TTTG	2	8	283117	283124	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
89	NC_002179	TTAA	2	8	293555	293562	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
90	NC_002179	GGTA	2	8	299259	299266	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
91	NC_002179	TGGA	2	8	299367	299374	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
92	NC_002179	TCCA	2	8	300070	300077	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
93	NC_002179	GAAG	2	8	300371	300378	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
94	NC_002179	TGAT	2	8	301304	301311	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
95	NC_002179	ATAG	2	8	301326	301333	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
96	NC_002179	AGAA	2	8	307866	307873	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
97	NC_002179	GTTT	2	8	312607	312614	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
98	NC_002179	CTGA	2	8	315073	315080	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
99	NC_002179	TTGT	2	8	315255	315262	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
100	NC_002179	TTCT	2	8	317491	317498	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
101	NC_002179	TTCT	2	8	322313	322320	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
102	NC_002179	ATTA	2	8	330339	330346	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
103	NC_002179	TCTT	2	8	336580	336587	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
104	NC_002179	TTCT	2	8	338042	338049	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
105	NC_002179	AAAG	2	8	341064	341071	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
106	NC_002179	AATT	2	8	343970	343977	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
107	NC_002179	ATTG	2	8	346886	346893	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
108	NC_002179	AGAA	2	8	347069	347076	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
109	NC_002179	TAAA	2	8	350982	350989	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
110	NC_002179	TCAT	2	8	352496	352503	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
111	NC_002179	TAGT	2	8	352542	352549	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
112	NC_002179	TAAA	2	8	352581	352588	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
113	NC_002179	TGTT	2	8	359556	359563	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
114	NC_002179	ATTG	2	8	364686	364693	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
115	NC_002179	TTGA	2	8	376654	376661	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
116	NC_002179	TTGT	2	8	380994	381001	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
117	NC_002179	GCTG	2	8	386580	386587	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
118	NC_002179	TACA	2	8	387138	387145	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
119	NC_002179	AAGT	2	8	391385	391392	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
120	NC_002179	CTTG	2	8	392043	392050	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
121	NC_002179	AGAA	2	8	401903	401910	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
122	NC_002179	ATTA	2	8	406615	406622	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
123	NC_002179	GTAA	2	8	408773	408780	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
124	NC_002179	TTCC	2	8	409378	409385	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
125	NC_002179	TATT	2	8	414993	415000	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
126	NC_002179	TTTA	2	8	423643	423650	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
127	NC_002179	AAGA	2	8	424207	424214	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
128	NC_002179	TTAT	2	8	425439	425446	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
129	NC_002179	TACG	2	8	427074	427081	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
130	NC_002179	TTAA	2	8	429222	429229	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
131	NC_002179	GTTT	2	8	429564	429571	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
132	NC_002179	TGAG	2	8	429618	429625	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
133	NC_002179	TTTA	2	8	430786	430793	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
134	NC_002179	AAGA	2	8	430814	430821	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
135	NC_002179	GAAA	2	8	439769	439776	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
136	NC_002179	ATTT	2	8	447480	447487	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
137	NC_002179	AAGA	2	8	448038	448045	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
138	NC_002179	AATC	2	8	448100	448107	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
139	NC_002179	TTAG	2	8	452605	452612	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
140	NC_002179	TTAT	2	8	456706	456713	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
141	NC_002179	AGAC	2	8	456936	456943	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
142	NC_002179	TTAA	2	8	457187	457194	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
143	NC_002179	TGGA	2	8	457289	457296	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
144	NC_002179	TAGG	2	8	457297	457304	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
145	NC_002179	TGCT	2	8	457351	457358	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
146	NC_002179	CTTG	2	8	457582	457589	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
147	NC_002179	TGCG	2	8	457689	457696	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
148	NC_002179	GACA	2	8	461943	461950	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
149	NC_002179	TAAT	2	8	462533	462540	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
150	NC_002179	TTTG	2	8	462732	462739	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
151	NC_002179	ATTA	2	8	462757	462764	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
152	NC_002179	AAGA	2	8	468459	468466	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.