MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Coding Repeats of Clostridium acetobutylicum ATCC 824 plasmid pSOL1

Total Repeats: 72

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_001988	AATATA	2	12	50	61	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	15004706
2	NC_001988	GATAAA	2	12	5958	5969	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	15004708
3	NC_001988	TAAAAA	2	12	6317	6328	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	15004708
4	NC_001988	AAATTG	2	12	6981	6992	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	15004709
5	NC_001988	GAAAAA	2	12	13018	13029	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	15004716
6	NC_001988	TAAAAC	2	12	18885	18896	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	15004722
7	NC_001988	AATTTT	2	12	21814	21825	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	15004724
8	NC_001988	CAAATA	2	12	23320	23331	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	15004726
9	NC_001988	TTCTTT	2	12	24752	24763	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	15004728
10	NC_001988	AAAAGA	2	12	26078	26089	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	15004729
11	NC_001988	TAGTGC	2	12	27891	27902	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	15004731
12	NC_001988	TTATAG	2	12	27956	27967	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	15004731
13	NC_001988	TAGAAA	2	12	31340	31351	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	15004734
14	NC_001988	GATTTA	2	12	31657	31668	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	15004734
15	NC_001988	ATATCT	2	12	35619	35630	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	15004739
16	NC_001988	TTCATT	2	12	42517	42528	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	15004747
17	NC_001988	AAAATT	2	12	43547	43558	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	15004747
18	NC_001988	AAGTGA	2	12	47364	47375	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	15004751
19	NC_001988	TGAATT	2	12	50015	50026	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	15004753
20	NC_001988	CAAAGG	2	12	51348	51359	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	15004754
21	NC_001988	TAGCAA	2	12	55769	55780	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	15004759
22	NC_001988	TAATTT	2	12	57795	57806	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	15004760
23	NC_001988	TATGAT	2	12	67651	67662	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	15004769
24	NC_001988	GCTAAT	2	12	67822	67833	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	15004769
25	NC_001988	AGTTAA	2	12	69915	69926	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	15004770
26	NC_001988	TTCCAT	2	12	70630	70641	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	15004771
27	NC_001988	GCTATT	2	12	70843	70854	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	15004771
28	NC_001988	TTTAGC	2	12	71250	71261	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	15004771
29	NC_001988	AATTAA	2	12	71388	71399	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	15004772
30	NC_001988	GCTTTA	2	12	73278	73289	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	15004774
31	NC_001988	GTAAAA	2	12	79007	79018	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	15004778
32	NC_001988	TTTCCA	2	12	81106	81117	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	15004781
33	NC_001988	TTACTA	2	12	83197	83208	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	15004782
34	NC_001988	TAAAAA	2	12	87332	87343	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	15004787
35	NC_001988	CATTTT	2	12	89059	89070	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	15004790
36	NC_001988	ACTTAA	2	12	93744	93755	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	15004793
37	NC_001988	ACTTTA	2	12	99463	99474	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	15004799
38	NC_001988	ATAATT	2	12	103259	103270	50 %	50 %	0 %	0 %	15004802
39	NC_001988	ATCAGC	2	12	107470	107481	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	15004805
40	NC_001988	GTTGCA	2	12	111178	111189	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	15004807
41	NC_001988	TATGAA	2	12	112821	112832	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	15004809
42	NC_001988	ATCATT	2	12	113023	113034	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	15004809
43	NC_001988	CAGAAG	2	12	117313	117324	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	15004814
44	NC_001988	CCACTG	2	12	120075	120086	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	15004817
45	NC_001988	CTTTTA	2	12	121481	121492	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	15004818
46	NC_001988	CCTGAA	2	12	125419	125430	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	15004821
47	NC_001988	CCTGAA	2	12	127202	127213	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	15004822
48	NC_001988	AACATA	2	12	131334	131345	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	15004824
49	NC_001988	ATTTAT	2	12	134138	134149	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	15004826
50	NC_001988	ACCTCC	2	12	134534	134545	16.67 %	16.67 %	0 %	66.67 %	15004827
51	NC_001988	TTTAAT	2	12	136803	136814	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	15004829
52	NC_001988	GTACTA	2	12	138441	138452	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	15004831
53	NC_001988	TTGGCT	2	12	142699	142710	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	15004834
54	NC_001988	TAATTG	2	12	144884	144895	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	15004837
55	NC_001988	GCATTA	2	12	145526	145537	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	15004838
56	NC_001988	CAATTT	2	12	152825	152836	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	15004844
57	NC_001988	ACAAAA	2	12	153669	153680	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	15004845
58	NC_001988	CTTACT	2	12	157869	157880	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	15004851
59	NC_001988	TTTGGT	2	12	161739	161750	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	15004853
60	NC_001988	CTTTTG	2	12	163372	163383	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	15004854
61	NC_001988	AAAGGA	2	12	166084	166095	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	15004857
62	NC_001988	AAATGC	2	12	167933	167944	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	15004859
63	NC_001988	CTTTAA	2	12	171036	171047	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	15004863
64	NC_001988	TATTGT	2	12	172756	172767	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	15004863
65	NC_001988	ATGGCA	2	12	178990	179001	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	15004866
66	NC_001988	ATACCT	2	12	183300	183311	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	15004871
67	NC_001988	AAACTA	2	12	184822	184833	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	15004873
68	NC_001988	TAAAAA	2	12	185900	185911	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	15004876
69	NC_001988	ATTAGT	2	12	187314	187325	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	15004877
70	NC_001988	TTAATT	2	12	187402	187413	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	15004877
71	NC_001988	AAGATT	2	12	190824	190835	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	15004880
72	NC_001988	AAAATC	2	12	190998	191009	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	15004880

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.